在藏传佛教四大派系中，格鲁派是最大的教派。早在十六世纪中叶，格鲁派就已经传遍了西藏各地，仅僧人人数就占全藏人口的四分之一。
而达赖和班禅同属藏传佛教格鲁派创始人，宗喀巴的两个大弟子传承下来的两个活佛转世系统，是同一个教派中的两个最高的精神领袖，并且在历史上两个人一直是互为师徒关系。所以，多年来他们之间的关系不仅相安无事，而且在各自政教事务中相互还多有支持和帮助。
因此，在广袤的藏族地区一直有“天上的太阳、月亮，地上的达赖、班禅”的民谚。表达了西藏广大僧俗民众期望达赖、班禅之间和谐、溶洽的美好祝愿。
所不同的是达赖的名号的产生较班禅的名号产生早六十多年，而他们的正式封号又都是在清朝之后。
达赖喇嘛的封号是在1653年清朝顺治皇帝的时候；而班禅喇嘛的封号是在1713年康熙皇帝的时候。由于产生的年代有先有后，所以转世次数也有多少的不同。
截至目前为止，达赖喇嘛系统已经转世到了十四世，班禅喇嘛系统也已经转到了十一世。
早在明朝后期，由于西藏地方势力处在分裂的状态下，互相争夺权利，在一些别有用心的头领挑唆下，当时统治西藏的蒙古部拉藏汗曾经悍然宣布了不许达赖喇嘛系统继续转世的决定。
为此，班禅罗桑曲吉坚赞还借为拉藏汗治病的机会，说服了拉藏汗，使他收回了不准达赖系统转世的成命。
1616年四世达赖云丹嘉措去世。在达赖职务空缺期间，罗桑却吉坚赞又义不容辞的前往拉萨，担任了代理空缺的达赖喇嘛和职务，主持了政教事务。
也是在这期间罗桑却吉坚赞还负责寻访到了四世达赖喇嘛赖云丹嘉措的转世灵童。也正是寻访到了这个转世灵童后，才保证了达赖喇嘛系统得以正常延续，并没有因拉藏汗的干预而中断。
历史有时候具有很大的偶然性。当时如果拉藏汗坚持不许达赖喇嘛系统继续转世，西藏后来的历史也许会完全改写。从这个意义上来说罗桑却吉坚赞对于达赖系统的活佛转世功不可没。也正是罗桑却吉坚赞在寻访到灵童之后，又亲自担任了灵童的老师，才使五世达赖喇嘛成功的登上了历史舞台。
当然，拉藏汗绝对没有料到，自己当初同意寻找达赖喇嘛的转世灵童，会给自己带来什么结局。1641年，明崇祯14年，五世达赖和罗桑却吉坚赞一起，将另一支蒙古势力引入西藏，一举消灭了拉藏汗。
1653年，清朝顺治皇帝正式册封阿旺罗桑嘉措为五世达赖，阿旺罗桑嘉措由此又成西藏政教的最高统治者。在这个期间，可以说是达赖喇嘛与班禅喇嘛之间关系最为融洽的时期。
由于达赖喇嘛和班禅是两个平行互不隶属的系统，在长期发展中产生一些磨擦是正常的。但是这种磨擦一旦被人利用后，就可能酿成矛盾甚至是冲突。
而这种矛盾和冲突最初的显现，是在十三世达赖喇嘛和九世班禅喇嘛个人之间表现出来的。
九世班禅却吉尼玛，于1883年(清光绪九年藏历第十五个绕迥之水羊年)正月十二日诞生在前藏的塔布噶厦地方。他的家境十分贫苦，母亲丹曲措姆，是个哑巴，给—家贵族放牧牛羊。他的一个弟弟出家当了僧人。
却吉尼玛被认定班禅转世灵童前，由外祖父家抚养，被认定后，他的母亲出家当了尼姑。
1888年 (藏历土鼠年)正月十五日，在布达拉宫举行九世班禅灵童金瓶掣签仪式时，结果从3名灵童中，选定了却吉尼玛。
当天却吉尼玛就拜十三世达赖为师。十三世达赖喇嘛还亲自为他剪了发，取了法名为吉尊·洛桑却吉尼玛·格勒朗杰巴桑布(简称却吉尼玛)。自此之后 ，达赖喇嘛与班禅喇嘛之间一直以师徒相称，而且互相交往甚密。
他们之间后来出现不和的原因，有人认为：是因为一次九世班禅到拉萨拜见老师十三世达赖时，由于所带的仪仗队在经过布达拉宫时，居然还敢击鼓奏乐。所以让十三世达赖喇嘛十分反感。认为：班禅在师傅门前击鼓是一种妄自尊大。为此，十三世达赖还罚了班禅1500两白银。
在这件事情上，明显的是显示了班禅的年幼无知，失礼在前。所以在班禅甘愿受罚之后，十三世达赖喇嘛再也没有提过此事。
而且在1902年，九世班禅在受比丘戒时。当时已经地位显赫十三世达赖喇嘛又欣然的担任了班禅受比丘戒的主持，给了班禅以无比的荣耀。所以，有人说：达赖和班禅之间的结怨从那次鼓乐事件后就开始了，这种说法并不准确。
应该说他们二人之间的矛盾是起源是在后来抗英以失败之后。由于抗英失败，十三世达赖私自逃出西藏，当时昏庸的清廷驻藏大臣联豫，假皇帝的名义取消了十三世达赖封号，并擅自把九世班禅却吉尼玛迎入拉萨，意欲让班禅出任摄政，而取代出走的十三世达赖喇嘛。
在这一方面，九世班禅是一位很有政治远见的人，他知道在这种事情上，如果自己稍有不慎，就会伤害自己和达赖喇嘛之间的感情。
他考虑到由他代理达赖的职权，只能造成达赖和他本人之间的猜疑，影响西
藏内部的团结，不利于抗英保国的斗争。因此，他没有接受这个旨意。
虽然班禅喇嘛坚持不就代理达赖喇嘛的职位，但联豫的这个指令无疑是把班禅推上了与达赖对立的台面上来了。在这种情况下，即使达赖喇嘛不怪罪他，也不可能不不防备他。
事实上正是联豫这个错误的决定，给英国人创造了一个在达赖和班禅之间挑拨离间机会。于是英国人乘十三世达赖喇嘛私自离开西藏之后，马上又以在印度召开佛事会议为名，突然邀请班禅去印度参加一个法会。
谁都看出来了这是英国人耍的一种手腕，妄图当面抬举班禅喇嘛，实际是用班禅来打压达赖喇嘛。所以班禅当即借口政教事务繁忙，再三加以谢绝。
但当时英印代表鄂康诺以若拒绝赴印，即表明“英藏关系失和，将重新开战”相威胁。
在这种情况下，九世班禅迫于无奈，又借口回绝说：“我往印度不难，但须禀陈钦宪，奏知大皇帝殊批照准，方可起程，否则实在难以从命。”
腐败无能的清政府明知这是英国人设的圈套，但又不敢得罪英国人，居然答应了英国人的要求，所以英国官员马上回复班禅说：“该国有信，如果届时不到，所产生后果均由你来承担，请细思之……”。
为顾全大局，班禅还是禀报朝廷后，于10月12日启程前往印度。。
九世班禅到印度后，英国人还特别安排一次九世班禅拜见英皇太子礼仪，坚持要求班禅对英皇太子施跪拜礼，企图达到把英、藏关系变成一种君臣关系的事实。
九世班禅当然看出了英国人的这种目的，因此坚持不从，当称：“我只在大皇帝前跪拜，其余不行。”
英国人见此情况，也不好强迫，只好仍行执手常礼。
为此，班禅在印度期间处处小心谨慎，坚持只参加佛事活动，绝不谈论政治，并在佛事活动结束后，立即于当月初返回了西藏，让英国人枉费了一番“苦心”。
班禅在印度表现出的不卑不亢，不仅维护了自己的国格，而且也维护了民族的尊严，受到国内外的广泛称赞。
尽管是这样，班禅的这次出访，还是加重了达赖喇嘛对他的防范。
在1909年，十三世达赖喇嘛为躲避清兵的追捕，出走印度时，达赖又要求九世班禅与他团结一致，一道出走。
班禅当时已经看出十三世达赖喇嘛已经陷入了英国人设下的圈套，就没有答应他的要求，这就使达赖喇嘛更加恼怒，而且两人之间的隔阂越来越深。
按贯例达赖喇嘛在拉萨的噶夏政府与在日喀则的班禅堪布会议厅，是两互不隶属的两个平行机构，同属朝廷驻藏大臣管辖。
清朝灭亡后，拉萨的噶厦地方政府趁当时西藏没有了驻藏大臣之机，单方改变了原来的互不隶属的关系，强迫班禅堪布厅服从达赖喇嘛的领导。同时向班禅喇嘛管辖区派粮、款，征税、征兵。
班禅堪布会议厅坚持应该依照旧例，互不隶属。并提出：虽然清政府已经不存在了，但所有改变也要经过中央政府批准方可执行。为此双方由争执开始，演变出了许多矛盾，并渐加激化。
1915年开始，十三世达赖又在后藏日喀则设立基宗(相当于内地的行政公署)，任命了二个人为基宗本。基宗本的权利很大，不仅侵犯了班禅的固有权利，还开始直接摊派各种赋税，其条件之尖刻，更难让班禅接受。
为此，于1916年春九世班禅给十三世达赖喇嘛写信，信中申述了札什伦布寺的困难，并要求亲自到拉萨与达赖喇嘛面谈。
而这时十三世达赖喇嘛却故意搪托，推说政务繁忙邀第二年见面。
于是九世班禅只好又等待了一年。
一年后，班禅来到了拉萨后，十三世达赖喇嘛对班禅的到来表现十分冷漠，
使班禅在感情上受到了很大的伤害。
大约在1923年11月，班禅又几次派代表赴拉萨向十三世达赖喇嘛说明情
况。而达赖喇嘛竟然未经任何审讯，便把班禅派出几位僧官投进了监狱。
其实，当时十三世达赖喇嘛这样做的目的有两个：其一，就是想借内地战乱时期，逐步在西藏境内全面建立起自己的权威。
在这期间，他一方面削弱了噶夏政府中四名噶伦的权力，在噶伦之前把自己侄子朗顿任命为司伦；另一方面要把班禅的堪布会议厅置于噶夏政府之下，大大的削弱了班禅的固有权力；
其二，最重要的是十三世达赖喇嘛要想建立属于自己的一支强大的军队，而这支军队建立需要巨额的军费开支，所以必须要从班禅的领地上加大税收。
于是，十三世达赖喇嘛居然以已经过去两百来年前的(1791年)西藏与尼伯尔廓尔喀战争期间，为了对付廓尔喀军队攻占扎会伦布寺，当时的班禅曾垫付了噶夏政府救援军费总额的四分之一的事件为先例。没有道理的又强迫班禅补交1888年、1904年两次抗英战争和1912年至1913年与清朝驻藏部队两次战争，军费的总支出四分之一军费。
这对于扎什伦布寺和班禅喇嘛来说，无疑是一个天文数字。
不仅如此，接着达赖喇嘛又通过噶夏政府颁布了《火蛇年法令》。按照这个法令，扎什伦布寺和班禅的领地，不仅要增加赋税，交纳农奴的差役税、还要接受附加税等各种名目繁多盘剥。
这时班禅喇嘛已经看出：在这种情况下，要么如数交纳达赖在法令上所罗列数目的税金；要么与其对抗。而对抗的结果，会使扎什伦布寺蒙受更大的损失。权思再三，班禅喇嘛觉得只有自己出走，才可躲过这个欲加的劫难。
后来，恰巧有一名被十三世达赖喇嘛扣押的代表，从拉萨逃回札什伦布寺，
九世班禅从代表所述说的情况中，知道达赖喇嘛下一步就要对自己动手了。于是九世班禅给达赖喇嘛留下了一封信，在当年11月15日夜晚，他带着贴身的十五名侍从连夜出逃。
穿越藏北草原，翻越唐古拉山，进入青海藏区。从此班禅就一直在内地开始了十四年的流浪生活。
达赖喇嘛也很快得知班禅喇嘛已经出走的消息，马上指派两名孜本(营长)率藏兵去追堵，然而班禅喇嘛一行已经翻越了唐古拉山。
班禅出逃后，达赖喇嘛便乘机派古觉大堪布罗桑丹增取代了班禅，掌管了扎什伦布寺和日喀则地区的政教事务。
班禅一行逃出西藏，经青海、晓行夜宿，直至半年以后才到达兰州。
到达兰州后，班禅一行受到了北洋督军陆洪涛的热情欢迎。
然后，又从甘肃到达西安。到了内地，这时班禅喇嘛才发现当时的北京政府像走马上灯的一样换人，各地军伐像变戏法一样的改旗易帜。班禅的心情十分忧虑，所以他一到西安就向全国发表了呼吁停止内战、团结救国的通电。
在通电中表达了他的爱国爱教的热情，受到了各界人士的爱戴。
1925年2月九包班禅一行抵达北京后。北洋政府研究决定：按清乾隆接待六世班禅的前例和规格，隆重欢迎班禅到京。
由于当年六世班禅居住过的黄寺年久失修，不适居住，北洋政府又决定中南海瀛台作为班禅行辕，指定蒙藏院总裁贡桑诺尔布等筹办招待事宜。
同年8月1日段祺瑞临时政府颁金册金印，增封班禅“宣诚济世”；同时批准成立班禅驻北京办事处。以后又陆续成立驻青海、四川、奉天（沈阳）、绥远（呼和浩特）办事处。
1928年南京国民政府成立后，班禅又在南京设立了办事处。并于1931年10月在南京国民会议上。班禅还发表了“西藏是中国的领土”的讲演。此间国民政府还特别向班禅大师颁发了玉册玉印，并赐予他为“护国宣化广慧大师”名号。
两年后，班禅又向国民政府提出解决西藏问题的16条意见，并派人回藏与达赖喇嘛直接交涉返藏事宜，当时十三世达赖喇嘛也表示欢迎班禅回藏。
1935年3月九世班禅提出回藏计划。国民政府当即拨付经费100万，建立护送卫队和护送专使行署。
于是班禅一行取道甘南拉卜楞寺，于年底到达青海玉树。这时日军大规模侵占华北，加上此时噶夏政府又突然提出：要九世班禅必需讲清当初离开日喀则的原委和所带财物的数目，这明显是一种刁难。
为保证九世班禅的人身安全，国民政府令“暂缓返藏”。此间班禅还发表了《告西陲同胞书》，号召藏、蒙人民团结抗日，共赴国难；并亲自主持大法会祈祷抗战胜利。
由于回藏受阻，班禅心情抑郁；加之长年漂泊，身心交瘁。11月起左肋剧痛，饮食锐减。病中仍时时询问抗战消息。不幸于1937年12月1日圆寂于玉树大寺甲拉颇章宫，享年54岁。
九世班禅的圆寂后，国民政府为表彰九世班禅为维护祖国统一，爱国爱教所做的贡献，又追赠班禅为“护国宣化广慧圆觉大师”名号。派特使戴传贤致祭。
班禅大师法体于1941年迎抵扎什伦布寺并建灵塔祀殿,供奉和纪念。并在祭祀仪式之后，开始寻访九世班禅转世灵童。
几经周折，班禅堪布会议厅终于在青海地方寻找支一名叫官宝慈丹的灵童。噶夏政府为抵制班禅堪布厅寻找的灵童，又提出了两名幼童，作为灵童与班禅堪布会义厅进行抗衡。
班禅堪布会议厅认为：官宝慈丹灵慧异常，聪明过人，并已经过当时十四世达赖的经师和当时的摄政热振活佛打卦，以及降神、占卜，又能正确选取九世班禅所使用过的物品等，没有必要再与另外两名幼童再举行金瓶掣签仪式了，于是将情况如实呈报了国民政府行政院。
无奈不久之后，当时摄政热振活佛已被代理摄政达札.阿旺松绕暗害，噶厦政府一伙分裂主义分子在达札.阿旺松绕的操纵下，又召开会议不仅不承认官宝慈丹为班禅喇嘛的灵童，还公然做出废除班禅名号，不准转世的决定。噶夏政府这一决定，理所当然的激起了藏族众多僧人的反对。
在这种情况下，班禅堪布会议厅又派专人向国民党政府请求命令免于掣签。当时正是解放战争后期，国民党政府已由南京迁至广州，虽然国民党已准备退居台湾；但还是批准了官宝慈丹为九世班禅的转世灵童，并决定在扎什伦布寺举行了坐床大典，同时致电噶夏政府。但噶夏政府故意拖延，迟迟不复。
经国民政府再三催促，噶夏政府又刁难说：班禅坐床大典应在拉萨举行，并不准带兵护送。
在这种情况下，为确保班禅的人身安全，国民党政府于当年 6 月 3 日在广州明令公布：准予青海的官宝慈丹为九世班禅的转世灵童，可于青海塔尔寺举行坐床大典。
于是，在1949年8月10日上午11时，第十世班禅坐床典礼正式在塔尔寺普观文殊殿前大讲经院隆重举行。由蒙藏委员会长关吉玉和马步芳代办马继融厅长会同主持。关吉玉代表总统宣读明令，颁赐礼品，由班禅敬谨接受。
据报载当时的情景：是时风日晴和，人天欢畅。到有青省府官员及蒙藏各大活佛暨青、康、甘千百户、头人等共五千余人。仪式庄严肃穆。
至下午三时典礼欢成，同深赞叹。”终于寻访和认定了第九世班禅的合法继承人，他就是第十世班禅尔德尼·确吉坚赞。
新中国成立后，十世班禅立即给毛泽东、朱德致电祝贺。１９５０年１月，班禅及堪布会议厅又致电中央人民政府，“谨代表西藏人民，恭请速发义师，解放西藏，肃清反动分子，驱逐在藏帝国主义势力，巩固西南国防，解放西藏人民。”旗帜鲜明地拥护中央人民政府。
中央人民政府亦对十世班禅十分尊重，在西藏和平解放谈判时日确定后，特邀他也赴京。
当中央政府提出和平解放西藏的谈判，班禅也应该作为一方参加时，居然受到了噶夏政府所派的代表反对。
对于过去噶夏政府对班禅各种阻挠和无端的指责，由于当时十四达赖还没有亲政，在摄政达札的操纵下可以理解；可在和平解放西藏谈判的时候，十四世达赖喇嘛已经亲政了，为什么还会出现这种情况呢？
所以，在谈判过程中，中央政府坚持班禅的问题必须纳入谈判的范畴，并向噶夏政府的代表出示了十世班禅的封册和印鉴后，加上当时西藏地方政府的首席代表阿沛·阿旺晋美做了大量的工作，才使谈判没有陷入僵局。
1952年4月28日，十四世达赖喇嘛-丹增嘉措与十世班禅额尔德尼·确吉坚赞在布达拉宫日光殿会见，双方交换哈达、行碰头礼。经过二十多年后，在中央人民政府多次协调下，在十四世达赖喇嘛和十世班禅喇嘛时期，达赖和班禅两人的关系，才在表面上恢复了正常。
但没想到，在不久之后，他们两个人又分道扬镳了……
