另一個史實是隨著雅克薩戰俘的進入北京，東正教也隨之而來，滿清政府對他們是相當地寬容，允許其享受宗教信仰的自由，並專門劃撥一块地，以供他們建築作爲宗教祈禱活動的教堂，該址在今北京的東直門内。在東正教自己的記載中有另一個故事：公元一六九二年，俄國的使節曾致函滿清近侍大臣：“請至聖皇帝降旨，准于中國地方建造教堂。我俄羅斯商人願于中國建造教堂，如蒙至聖皇帝指給地址，我俄羅斯君主等，將按價出資建造”。但康熙並未同意，“查得西洋各國之人來中國，只是永久居留者曾建教堂，並無于我國續建教堂之例。故此事亦毋庸議。”但在北京的東正教堂確實是存在的，俄國人稱之爲“尼古拉教堂”，北京人呼之爲“羅刹廟”。
有一點華夏宗教近代史知識的人都知道，在列強瓜分滿清時，德國來華的基督教傳教士是其侵畧的幚兇和助手，且是其主觀上的意願，相比於德國天主教及基督教人員，其它國家的傳教士就不是那様主動和情願。實際上，如果你挖開歷史，不用細看就能很明確地得出更貼進事實的結論，沙俄政府和東正教是一體化的，東正教會“起着俄國政府的官方代表的作用，教會的經費是俄國政府供給的，指示是來自俄國政府的，不言而喻，政府的願望是通過教會促進俄國的政治利益”，傳教士和教徒是俄國對外政策的有力工具，其作用就是以更快的速度“打開中國的窗户”，並進一步“引導皇帝及其親信大臣和全體居民贊助此項神聖事業”，銷蝕華夏各民族人民的意志和精神，使華夏成爲名實相符的“黄色的俄羅斯”。因此東正教侵入華夏的首要任務是“逐步地使中國和西伯利亞那些愚妄無知、執迷不悟的生靈，皈依眞正的上帝。”除此之外，東正教傳教士在華夏的另一重要目的還是作爲沙皇俄國政府的情報機構。
雖然早就在進行傳教及其它活動，但東正教在滿清的正式合法化是通過《中俄天津條約》及《中俄續增條約》（卽《北京條約》）加以穏固的。傳教内容被強行塞進這兩個不平等條約是俄國最先使用的詭計，而顢頇無知的滿清貴族官員並不明白這爲各國列強利用傳教士在華夏大地進行間諜活動鋪平了道路。美國傳教士衞三畏曾説“第一個提出對這個題目拟訂一項條欵的人是俄國公使。緊接着，在把由他起草的條文送與滿清官員舉行談判時，他們表示同意准許傳教士可在中國全境旅行。因爲這些人通常都會説漢語。”在基督教的歷史資料中，很多傳教士都記録了這件事，並把此事上報給各自的政府，由此英、法等歐洲列強都跟着俄國的後面向滿清提出條欵大致相同的條約要求，從而傳教士在華夏大地上通行無阻，幹着各自想幹的事，自由地擴張。
東正教在關東眞正的暴發是與東清鐵路的修建步調一致的，隨着這條鐵路的開通，東正教可以説是沿線開花，鐵路延申到哪里，教堂就建在哪里，鐵路通車了，教堂也就開放做禮拜了。據遼寧社科院的資料，僅哈爾濱、牡丹江、沈陽、旅大及滿洲里等地，東正教就修建了一百余座教堂。關東最先建的東正教堂在哈爾濱的香坊，這一年是一八九八年，因爲這里是東清鐵路工程局的所在地又是東清鐵路的樞紐。次年，接着又在哈覼濱的南崗建立了第二座教堂，當地人稱爲“南崗喇嘛臺”。由此爲開端，東正教在哈爾濱地區陆續建了十多處教堂，這里用“處”而不用“座”的原因是，每座教堂不光是孤零零的一個建筑，而是其周圍的一片土地都劃入了教堂的範籌之内。
除去教堂外，東正教還在關東和内蒙東部地區開辦神學院及男女學校。東正教的神學院和男女學校與其它國家基督教傳教士在華夏大地建立的學堂的最大區别是，它們專門培養傳教士以繼承東正教，完全不傳播現代的文明。東正教還利用俄國在滿清的特權開辦企業，據統計有木材廠、蠟燭廠、肥皂廠、面粉廠、制磚廠、縫衣店、飬牛場等等。使用一個現成的詞就是東正教不僅在思想上進行侵畧，它同時沙俄對滿清經濟侵畧的極積參與者，一九0三年他們向俄國政府聖務院所報在華財産總值五十多萬美元，是外國在華傳教團體中的大富翁。
