雅美之途
教育，人文，社会
武汉病毒所的石正丽团队最近发表《Nature》《自然》论文，将她们的原创性发现刊登在全球最有信誉的科学杂志上，《自然》曾经发表过DNA双螺旋结构、单克隆抗体和逆转录酶等划时代的科学发现。当她们将自己结果首先发表在网上时，我曾经写博文祝贺。这次的《自然》文章似乎是她们的那篇网上论文的扩充版本，《自然》似乎也允许这样做了，不算重复发表以往的实验资料，以前是不行的。首次拿到武汉冠状病毒全基因序列的复旦张永振团队也在同期的《自然》上发表了文章，这次中国科学家的惊人表现与ZF的迟缓反应形成了鲜明的对照。
作为科学家，我对很多东西都充满质疑，但是我最不相信的就是阴谋论。在确凿证据出来之前，我肯定不相信武汉病毒所的团队有可能意外将病毒放出了实验室。大家应该明白，放出与她们前期论文所描述的相同病毒很容易被识别，世界同行都会重复你的实验。更不可能故意放出病毒来，那将是犯罪和反人类的行为，没有任何动机。
大家想想，我去自己的实验动物房都需要严格地防范，戴帽子、穿鞋和口罩还配上隔离衣。我们华大沒有P4实验室，美国只有联邦管理的地方才有这类严格防范烈性病原微生物的实验室, P4是世界标准。武汉病毒所的P4实验室为中国的唯一，为法国人设计但是中国人兴建的，花费上亿，相信中国人会遵守相应的国际规则。
阴谋论的重点是石正丽在2015年发表的文章：她们建立的毒力超强的嵌合病毒，这次泄露到了武汉的城区，这完全是胡言乱语。嵌合型病毒在科学实验室到处都是，玩病毒的基因组的实验太多了，可以用于检测突变了的病毒的致命性或者寻找免疫中和抗原以支持疫苗的设计和制备。听到一点什么嵌合的描述就起阴谋论之心，那是外行人的误解或诛心的谎言，科学家有责任向公众说明。具体到她们的那篇2015年的嵌合病毒论文，论文的主体作者来自美国北卡大学，石正丽只是合作方，所以如果说病毒泄露，先去美国北卡州的研究三角看是否有人大面积感染。他们当时就是想模拟蝙蝠病毒可能的变异，为未来变异株的爆发积累经验，未尝不可。那病毒的制备也是为了研究病毒与受体的相互作用，看人工突变后的病毒特性，这些都是在严格控制的环境里做的实验。因为该嵌合病毒确实能够感染人类细胞，并且免疫治疗和疫苗对它都沒效果。虽然嵌合病毒在体内的致死性开始也相当高，但是比野生型SARS要低些。美国方面确实质疑过科学家做出此病毒的初衷，这也可以理解，毕竟害怕病毒外漏，出现意外，所以美国主体研究组的课题被NIH在2014年叫停过，但是审查后又恢复了资助。
从2015年的嵌合病毒的文章看，全部的体内体外实验都是在美国北卡做的，超过15位作者除了石正丽倒数第二和武汉作者在中间外全部是美国人，石正丽只提了序列和质粒，她实验室的人做了个假设性实验。这是与北卡的合作课题，一般来说石正丽不会全力自己再去做，因为是别人的课题。在这种情况下，还炮制石正丽制造了超级病毒，真是什么诛心的人都有。
这次石正丽研究组发现的武汉冠状病毒是新病毒，为人类打破野生动物生态环境后所得到的报应，这新病毒肯定不是以前的嵌合病毒。她是拿生命担保的，我们当然应该相信她。中国应该加大力度打击野生动物市场才对，怎么可能对自己的杰出科学家制造阴谋论？
有人编造的石正丽的实验室把病毒放到了海鲜市场，这已经超出了我所知道的常识。我去过在武昌的病毒所，而华南海鲜市场则是在汉口江岸，离汉口火车站比较近，对于武昌那是无丈八尺远的地方。很难想像编造的病毒外漏会把这两个地方联系在一起，现在有人给出了具体的距离，他们相距32公里。被长江和汉水分隔的武汉有多么大，中国的芝加哥，外地人很难体会到的。阴谋论在中美都有，与美国不同的是，洋人在见证事实后就会回头，中国人会持续下去并且经久不衰。
现在阴谋论越演越烈，我今天遇到了令我难以置信的事情，因为连学文的人士都头头是道地跟我争论改造过的病毒的毒性。这就是典型阴谋论的象征，已经相当盛行了，像侦探小说般靠推论而不是证据争论科学问题。科学家永远面对事实，观点也永远随证据而变化。我在以前的博文中曾经解释中国科学家为什么这次做得这么快和漂亮，因为BAL（肺泡洗脱液）含高浓度病毒，样本为急性发作而无继发细菌感染，所以她们很快得到了病毒和序列。这个病毒所感染的主体组织与器官是与外界相通的，不像肝炎病毒或西尼罗河病毒必须取去世病人的肝脏或脑组织，那要困难得多。石教授是武汉大学毕业的，法国博士，受过相当好的训练。石正丽是做基础科研的，与乔治高的那篇流行病学的软科学文章沒法比，乔治高还有疾控中心主任的职责，石正丽沒有。必须强调：我与石正丽和乔治高亳无关系，但是做科学的都知道《自然》和《新英格兰医学杂志》是完全不同的杂志，前者发表的科学硬很多。
现在这武汉冠状病毒全世界都可以复制，基因序列全公开，是否为人造超级病毒会迅速被同行识別的，至今无任何国际同行专家公开质疑。再者，如果是实验室放出的病毒，石正丽是有被杀头的危险的，我们当然应该相信她，对武汉病毒所的阴谋论可以休矣。
为了避免阴谋论，我们必须学会独立思考，也就是美国文理教育所强调的Critical Thinking, 参见我在一篇文章里的描述：“英文里面的Critical Thinking指的是：获得和面对Facts, 考问Facts, 然后以Facts为基础缜密推理（reasoning) 从而最终得出结论的过程。因为它是美国文理教育（Liberal Arts) 的核心，所以我觉得应该把Critical Thinking 翻译成“理性思维”比较恰当”。
在文章中间让我谈点武汉病毒研究所，全名叫中国科学院武汉病毒研究所。我们在国内时是个很不起眼的研究所，这个研究所和武汉大学病毒系，都是耶鲁人创办的。当时武大的著名院士高尚荫是耶鲁博士，所以你可以想象他在武大有个生物系的情况下，还可以单独成立一个什么病毒系，完全没有必要分得这么细。
当时高尚荫的武汉病毒研究所在全国并不成气候，很少有野心的学生愿意考那里的研究生，与侯云德和曾毅等名星汇集的北京预防医科院病毒研究所完全不在一个层次上。这里是有些原因的，很重要的原因是高尚荫把病毒当成单一的微生物来玩，过份强调病毒作为工具在开创分子生物学中的作用，而不将病毒作为细胞内寄生物来看待，武大有细胞生物学专业。他们更不研究病毒与机体的互动，印证这点的是武大病毒系当时连有能力开出免疫学课程的教授都沒有，只有请从德国回国的我导师史良如教授去给他们讲免疫学，所以前武汉病毒所所长胡志红研究员都是从史教授那里学到的免疫学。当年的武大只研究病毒，不在意机体对病毒的免疫反应。圣路易斯华大的厉害是在超强免疫学的基础上孕育出大量一流病毒免疫学家，随便数数就有Skip Virgin, Mike Diamond和Robyn Klein。
武大病毒当年还有一个缺陷是集中研究与医学无关的病毒，他们很多人是研究昆虫病毒的，因为这是大佬高尚荫的兴趣。武大校友也这样认为：“中国以前都是微生物学免疫学混在一起，到80年代末才分开。武大病毒系招分很高，有很多学霸云集。因为没有医学专业，的确教师当中研究医学病毒的人极少”。“到现在，武大生科院教师们，研究医学相关的课题，还是不多。这的确是个大问题”。怪谁呢？怪不食人间烟火的耶鲁教育。回忆这段历史，如今的武汉病毒所确实是换了人间，现在他们是这次中国抗击武汉冠状病毒的重要科研机构，让我们祝福他们。
让我谈点国际上是如何面对质疑的，这或许对石正丽有点用。我做过高中辩论队的裁判，在国际科学会议上喜欢提问，在书面上也评审科学论文。我有一个习惯，那就是对那些很激烈地为自己辩护的人比较警惕。我记得当年英国摩尔根教授在意大利会议上质疑哈佛教授的基因踢除老鼠存在问题，因为他们踢除的蛋白并不在红细胞膜上表达，但是缺陷了该分子的红细胞却会呈现溶血现象。这是一个自然而很有力度的问题，哈佛组的文章当时刚发表在顶尖杂志Immunity上。面对摩尔根教授在大会上的提问，具有南美热血性格的哈佛教授情绪激动，他迅速将幻灯回到展现溶血的试管影像说：“看这里，看清楚点，这颜色你还能否认吗？”，溶血后血红蛋白释放到试管呈现红色，他当时是失控般地爆发。我们回来后谈及此事，阿肯森教授就说，情绪化的反击往往对你不利。还真被我们预料中了，多少年后哈佛的研究组承认自己在制备基因踢除鼠时载体设计出了错，所以他们的结论不能成立。那位英国教授也不善良，他是穷追不舍，一直把质疑弄到了哈佛医学院的高层。
所以我对石正丽的建议是，没有必要激动到拿自己的“生命担保”。生命对任何人都只有一次，应该在此强压力的日子过去后，带着家人去度个假，享受属于自己的人生。石教授应该拥有统领千军的气派，让实验数据说话，那印度人的论文不值得一驳，他们自己都不知趣而撤稿或将做重大修改。
武汉病毒所石正丽研究员的声明。
那篇2015年的Nature Medicine论文和各作者贡献的声明。
武汉大学前病毒学教授高尚荫。那些不满武汉病毒所的人注意了，你们别放过了耶鲁。因为错误的源头在耶鲁，是耶鲁沒有把高尚荫教育好。
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Californian2020-02-06 06:00:53回复悄悄话科学本身就要求怀疑一切。 管理不善和科研超出自己能及的范围是有可能的。
这就是你一个科学家让人闭嘴的证据？！真是醉了。
现在想骗大家比过去要难很多了。这篇文章只能显示你的无知。和掩盖你的同事的无耻而已。
不过，你显然忽略了一种可能性。即武毒所有人私下出售野生动物尸体，包括蝙蝠，给周围居民或餐饮老板。有些肉类可能带有病毒，将居民或老板感染了。因为这些居民或餐饮老板嗜好野生动物肉类，除了到武毒所购买外，另一个常去购买的地方就是那个海鲜市场。于是，他们又把病毒带入到海鲜市场。很多早期患者都是集中在海鲜市场。
这个过程有没有可能，是需要查证的。
另外石的说话方式很难和理性的科学家相匹配，难道科学家说理就是自己的生命担保和让别人闭臭嘴吗？ 我希望世界上能有更多的高手能出来证明病毒泄露是完全不可能的事，否则任何猜测都有可能。
Most people here do not understand correlation is not causality. Amazing.
这个新病毒的S-蛋白和SARS的S-蛋白高度相似。据说有~90%左右。
可是仔细辨认，两者的S蛋白有120 多处不同（或者单个氨基酸或者连续几个氨基酸不同）。当然从合成的角度来看，这是人工可能做到的。但是，120 多处的改变，由谁能预测到最终S蛋白的性质？可以说。没人能预测。 因为假说一处改变，会造成两种结果，则１２０处的改变，会有２的１２０ 次方的可能，有人能预测最后的 ２的１２０次方的最后结果吗？ 不可能。
当然，除非有人不需要预测结果，瞎胡乱作出一个，是什么就算什么。这人或者是疯子，或者是傻子。
below paper already indicates wuhan virus having high amino acid idenities withh most of BAT proteins, except small parts including S protein. Who knows which FUCKER made this chimeric virus, nature or experts. Some people really don't have universal bottom being a human being.
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736%2820%2930251-8/fulltext#seccestitle80
Synthetic recombinant bat SARS-like coronavirus is infectious in
cultured cells and in mice
JOURNAL Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (50), 19944-19949 (2008)
PUBMED 19036930
某研究，是中美双方合作的，但因为某种原因，美方明面上停止，但仍然在私下合作，具体实验地点在中国。然后，实验的载体，比如说猪，要被处理销毁，但因为非洲猪瘟猪肉涨价，被人卖到市场。再然后，事情就发生了。。。。。。
只有这样，才能完全解释得通，为什么武汉有奇高的死亡率，以及中国和美国的奇特反应，感觉双方互捏把柄，互相cover.
泄露假设的一种假设是：猴子被贩卖到海鲜市场。 这个应该不难查证。 不知有谁去查？
病毒所有没有泄漏也不能肯定，虽然理论上要求很严。想想北京的SARS也泄漏过，那个又是什么防范级别？
Burden of proof 落在指控人身上。按现时的政治制度和科学水平，可能要等上几十年才能真相大白。期间还是提出不同假设，而不是什么阴谋论。
病毒所应该建在山洞里，而不是建在市区。周围都是住?宅商店。我的问题是，要真是泄漏，为什么不是中心型扩散，附近的人先中招，再往远处伸展？
LOCUS NC_045512 29903 bp ss-RNA linear VRL 28-JAN-2020
DEFINITION Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete
genome.
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再问一次，他们给武汉人通过了什么“临床帮助”？谁规定病毒研究所的工作就是测病毒核酸序列、鉴定病毒种类的？人命关天，确定是否人传人不是比发论文、申请专利更重要？一线普通医生能看出问题，他们天天研究此病毒的顶尖科学家会不知道？
这个武汉病毒研究所的工作和目的到底是什么？
他们论文越出色、水平越高，我的怀疑越大。
By the way, how many P4 labs were built or duplicated in Wuhan after first lab was completed? Do you know?
这个病毒实验室根本不应该在武汉建，应该建在新疆和西藏交界处。在武汉万一来个地震，房子裂缝，密封设备砸坏，病毒跑出来，后果难以预料，鸡缸杯可能还有保险来提供经济弥补，病毒在武汉弥漫可真没救了。
但这也许是事故，2015年的NATURE文章有没有杂交出跨物种的杂交珠呢？SHI组会不会留了病毒样本冷冻呢？他们会不会在开展新的感染实验中造成了泄露呢？比如染毒的动物跑了，被卖给野味市场了。这都有合理的疑问。
伊朗也是犯错才打下了自己人的客机。
1，是不是质疑病毒源头就是阴谋论？一言不合，有挂标签嫌疑。
2，武汉是不是只有一个病毒研究所或机构？这些机构不是可能性最大吗？
3，滥吃野味不好，所谓海鲜市场会是不是误导？野味病源不是没有找到吗？有未接触该市场的早发病例（十二月 Lancet
文章）不己说明该市场并非唯一源头吗？
即使之前她们有这样的样品，是否会无意泄漏，与设备有关，也与工作人员是否认真负责，是否严格遵守规章制度有关。武汉病毒所之前有没有这样的病毒，研究人员的工作态度如何，我们外界不知道，不知有谁清楚。
到底真相如何，拭目以待。在真相出来之前，怀疑只是怀疑。坚决反对把怀疑当成事实，坚决反对把可能性当现实。
@ali88,石正丽她们的工作是找出病原体,鉴定病毒种类，为临床提供帮助。是不是人传人，从病毒核酸序列上是看不出来的
他们能写出如此高质量的论文，对新冠状病毒了解如此深刻，他们就在武汉，却对病毒感染武汉人没有任何预警和帮助，这不是很可耻、很不可思议吗？得出这样的结论，需要什么高深的知识？
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+100
中国这么多医学专家，刑侦高手不会傻的吧，等疫情过后，再下结论不迟吧。
作为对比，一线的八名医务工作者，12月就发现人传染人，并且在网上提醒亲友和大众。同时期，专门研究此病毒的武汉病毒所的石正丽团队为武汉做了什么？说出哪怕一件？
他们最近在自然发表文章，他们1月21日申请了治疗新病毒的专利。他们忙着为人类做贡献，就是没时间告诉武汉人一声这病毒会人传人。好高尚啊！
武汉病毒所石的团队自SARS后的17年里一直在描绘SARS病毒家族的家谱，她们一直有相关文章，而且这几年的文章里多次警告要警惕SARS或SARS样病毒回来。
中国内地有多个团队也在研究蝙蝠与SARS的关系，香港、新加坡和欧美都有独立或联合的研究项目。
可怕的是，从发布的基因序列及相关文章来看：中国的蝙蝠病毒与非典SARS病毒最接近。蝙蝠病毒已经给中国带来了两次大的灾难，还要加一次2017年广东猪冠状病毒感染-SADS，共三次了。
可以预言：中国的蝙蝠还会给中国带来第三SARS灾难。