一九九0年,马任国家统一委员会研究委员。
二月,国民党发生二月政争,分裂成主流派与非主流派,并引发了野百合学运。马是支持李登辉的主流派。
一九九一年,马担任陆委会副主委兼发言人,并当选为国民党不分区国大代表。
二月,连战出任行政院院长,马受邀出任法务部部长。在任法务部部长期间,马搞了个司法改革,即检察官询问证人作笔录时,必须打开录下不能涂改的录音机,一份笔录就得有一份录音(二00七年,马任在野的国民党主席,是下届总统最有力的竞争者。为了给扁的“国务机要费”开脱,民进党控告马在台北市长任内贪污了类似性质的“首长特别费”。马在那段期间曾使用“首长特别费”核销在一场流浪犬认养活动中认养的流浪犬“马小九”的健康检查和治疗费用,并将每月“首长特别费”的半数汇入负责照料“马小九”的妻子周美青的账户,因而遭台北地方检察署以贪污罪起诉。负责此案的检察官侯宽仁篡改了对马在市长任上的出纳吴丽洳的问讯证言笔录,被马的律师促请法官把吴所作之证的原始录音调出来听,结果证明检察官篡改证言,蓄意诬陷。最后马被判无罪,参选并当选总统)。
同年,马将《中央肃清烟毒协调督导会报》改为《中央反毒会报》,大力禁毒。
那时社会上一度经常发生原住民少女遭诱拐卖淫的童妓问题,引起社会震怒。马宣布决心消除童妓,在一九九五年主持通过了“儿童及少年性交易防制条例”,此后相关的犯罪率降到原来的十分之一以下,基本控制了台湾的童妓问题。
一九九六年,马誓言大力查贿,他半年内在全台八百八十三个县市议员中起诉了三百四十一个,遭致有些国民党议员告状说马“动摇党本”。
六月,在党内压力之下,马被调任行政院政务委员。李登辉在私下斥责马用批评党来建立个人声望,“国民党差点被他搞垮”。
一九九七年,连战内阁饱受白晓燕命案等政治风雨的冲击。马在五月八日因此声明“辞官退隐”,辞去政务委员,表示以后专心教育,不再问政,将不参加一九九八年台北市市长选举。辞官后,马向政治大学申请教职,政大法学院为此专门召开临时院务会议受理马的申请。同年八月,马担任了政大法律系副教授。
一九九八年,马复出代表国民党击败陈水扁而当选为台北市市长。
二000年,国民党在总统选举时分裂,李登辉和马大力支持连战,而民望较高的宋楚瑜则独立参选。马在选前的几天接连违法公布虚假民调,被认为是宋楚瑜以些微票数落败的原因之一。
原本是李登辉派的马因为国民党连萧(万长)配的败选,喊出了“要李登辉下台”的口号,并对群众说:“各位要求李主席下台,我会支持各位的主张,我会去促成!”,向李登辉逼宫,接着马上访谈节目敦促李登辉辞去党主席。
二000年,马主张党员直选党主席。
二00二年,马以百分之六十四点一一的得票率连任台北市市长。他是迄今得票率最高的台北市市长。
马在市长任内的政绩包括大力整顿消防安全,使火灾死亡人数降低;减少交通事故发生次数,(不过机车肇事及死亡人数有所增加);打击酒后驾车;提高暴力犯罪破案率,减少暴力犯罪和大规模搬迁危险山坡地住户以防范土石流伤亡。
马广设平价健身中心,规划兴建台北小巨蛋(多功能体育馆),建设台北县市河滨脚踏车道,开辟河滨公园,整合亲山步道和开辟淡水河蓝色公路。
马政府因推动“垃圾费随袋征收”(以前是随水征收,用水多,垃圾费就高。马政府改用专用垃圾袋为计量工具计算应缴垃圾費的金额,丢多少,付多少,垃圾袋越大,装的垃圾越多,所繳的垃圾費就越高和厉行垃圾分类(以随机破袋的检查方式,劝导并开罚不配合的民众或业者)政策而获得“二00一亚洲废弃物管理杰出奖”。
马政府在八年内投入了三百多亿元将污水下水道接管率从百分之四十增加到百分之八十左右。
马推动智慧公车系统,在他的市长任内,台北捷运六条线路完工通车,并在全球首创小绿人交通信号(行人倒数计时显示器,分成上下两个灯面,上方是通知行人灯号即将变化的倒计数,下方是个催人行走的小绿人)。
在马任内,二00一年华翠大桥通车,二00二年环东大道全线通车,二00五年信义快速道通车,二00六年复兴北路车行地下道和中山新桥通车,二00七年猫空空中缆车完工。
二00五年,马政府合并十家市立医院为市立联合医院,市医整并以后因为议价能力提高,一年的药价成本节省了六亿五千万元。
二00六年,马政府建设公众区免费上网网络Wifly,不过效果不彰。继任市长郝龙斌于二0一一年不得不重新建设TPE-Free。
一九九0—一九九四年间的官派台北市长黄大洲在任内把基隆河截弯取直,规划为轻工业园区,陈水扁开放了厂商进驻,马将之更名为内湖科技园区,用优惠措施引进科技业者进驻。马还完成了南港软件产业园区土地的征收。
二00一年九月,纳莉(Nari)台风来袭前,马表示“台北市已做好万全防台准备”,不料因为玉成抽水站设置于机房外的冷却系统被水淹没而自动停机,造成台北史无前例的大淹水,夺走了三十多条人命,捷运也因为淹水而停驶,财产损失估计达上百亿元。
二00五年二月,马宣布参选党主席,同年七月,他击败了王金平。马随即进一步开放党员直选中常委,并推动“政党人事精简案”。马创建了国民党青年团,从在校青年中遴选出青年团总团长,从社会青年中遴选出青工会总会长。
二00七年二月,马因特别费案而辞去党主席,由副主席吴伯雄当选接任。
二00八年
三月,马参选总统,以近七千六百六十五万票、百分之五十八点四五的得票率击败民进党的谢长廷,当选为台湾第十二任总统,国民党重新掌执政权,完成第二次政党轮替。马的重要政见之一是有别于蒋经国“不接触、不谈判、不妥协”“三大政策”的“新三大政策”“不统、不独、不武”。他坚持在中华民国宪法架构下维持“九二共识”后的台海现状,即“一中各表”,坚决反对中共所提出的“一国两制”,称两岸关系是一种特别的关系,不过“不是两个中国”,“不是国与国的关系”。在就职演说里,马说:“英九虽然不是在台湾出生,但台湾是我成长的故乡,是我亲人埋骨的所在。我尤其感念台湾社会对我这样一个战后新移民的包容之义、栽培之恩与拥抱之情。我义无反顾,别无悬念,只有勇往直前,全力以赴!”在竞选期间,马作出“马上好”的承诺,提出了“六三三”计划:年平均经济增长率超过百分之六,失业率控制在百分之三以下,二0一六年人均收入超过三万美元。不料他刚上任便赶上了全球金融危机。为了振兴经济,马政府于二00九年初举债八百五十八亿元,并发放了消费券。为了增加台湾就业机会,马推出鼓励大陆台商回台投资的“鲑鱼返乡”政策。然而,顶新集团回台后被爆出潲水油(泔水油)和炒作地皮等负面新闻,使这项政策饱受争议。到马的第一任期结束时,台湾平均经济增长率仅百分之一点七三,别说达不到百分之六的预定目标,离前任陈水扁执政期间的平均百分之四点八七还有好长一段距离。
五月,蔡英文从谢长廷手中接下第十二任党主席职务,成为民进党创党以来首位女性党主席。同月,行政院召开新内阁上任后的首次院会,会上通过“加强地方建设,扩大内需方案”、“周末包机及大陆观光客来台方案”和“当前物价稳定方案”等重大政策决议案。同月,海基会董事长江丙坤率领代表团到达北京,进行“两岸互信协商之旅”,重启自一九九九年李登辉的“两国论”后中断九年的两会协商机制。
七月,行政院成立组织改造推动小组,陆续实施“政府再造”,截至二0一六年五月马政府解散前,完成组织改造的部会有:文化建设委员会升格为文化部,卫生署升格为卫生福利部,劳工委员会升格为劳动部和国家科学委员会升格为科技部等。
十月,国民年金正式开办,所有二十五岁至六十五岁、非军公教、劳、农加保者的国民均强制纳保。同月,美国国务院宣布近年来最大规模的对台军售,包括爱国者(Patriot)三型防空导弹、阿帕契(Apache)攻击直升机、鱼叉(Harpoon)反舰潜射导弹和标枪(Javelin)反装甲导弹等,总金额为美元六十四亿六千三百万元。同月,“一0二五反黑心顾台湾”大游行于台北举行,估计有六十万人上街表达对马及其政府在两岸、经济和食品卫生等方面施政的不满。
十一月,第二次江陈会谈在台北圆山饭店举行,就两岸空运直航、海运直航、通邮和食品安全四大议题展开协商并签署了协议。为抗议第二次江陈会,爆发了野草莓运动。同月,民进党为抗议陈云林来台的“呛马围陈”行动估计有十万多人参加,部分抗议民众游行结束后转往圆山饭店附近抗议,与警方爆发了近十年来最严重的警民流血冲突。同月,行政院主计处公布第三季经济成长率为百分之负一点0二,创近七年来最大的衰退幅度。
十二月,第二次江陈会谈四项协议在未经立法院决议的情况下生效,台海两岸正式开始直接通商、通航、通邮,达成台湾与大陆间的全面三通。
二00九年
一月,总统府因共谍案遭台北地检署搜索,涉案的总统府专门委员王仁炳和前国会助理陈品仁被台北地方法院裁定收押禁见。同月,司法院大法官认定“羁押法”规定看守所对羁押被告与律师会见时全程录音、录影并可作为呈堂证供属违宪行为。
二月,财政部公布上月出口一亿二千三百七十万美元、进口八千九百七十万美元,分别较去年同月减少百分之四十四点一和百分之五十六点五,创下史上最大减幅,其中出口值连续五个月呈现衰退。同月,国道六号全线通车。
四月,江丙坤与陈云林在南京举行第三次会谈,双方就两岸空中定期航班、金融合作、共同打击犯罪及司法互助达成三项协议。
五月,民进党与多个民间社团于台北和高雄同步举行“呛马保台”大游行,表达对马政府的两岸、经济和人权政策的不满,合计约有三十万人参与。同月,卫生署长叶金川率领中华台北代表团以观察员身分参加在瑞士日内瓦召开的第六十二届世界卫生大会,这是中华民国睽违三十八年后首次参加联合国外围组织的活动。
六月,在萨尔瓦多卸任总统萨卡(A.Saca)举办的国宴上,马与时任美国国务卿克林顿(H.Clinton)会面,这是台美三十一年来最高级别的对话。同月,马宣布将参加下届党主席竞选。同月,立法院通过“再生能源发展条例”。
九月,马的首任行政院院长刘兆玄宣布负起八八水灾(二00九年八月六—十日期间,台风莫拉克(Morakot)挟带的破纪录的降雨量在台湾中部、南部及东南部造成严重水灾,导致六百八十一人死亡,十八人失踪)的政治责任,内阁总辞。这是因天灾而内阁总辞的首例。接任院长吴敦义是马政府任内任期最长的行政院院长。
十月,马参选第六任党主席选举并获胜。他立即重拳打击黑金政治,弱化国民党中常委权力,与地方派系强行切割,迫使党政军退出媒体和校园。
十二月,第四次江陈会在台中举行,进行了关于签订“海峡两岸经济合作框架协议”(ECFA)的谈判。
二0一0年
一月,美国国防部宣布对台军售计划,拟出售台湾六十架UH-60黑鹰(Black Hawk)直升机、一百十四套爱国者三型导弹、两艘鹗级(Osprey-class)扫雷舰和十二套鱼叉反舰导弹等,总金额约六十四亿美元。
四月,行政院开始“加强取缔伪劣假药及非法广播电台”,清除非法电台及违规广告,净化视听环境。非法广播电台在二0一0年时有一百九十家,到二0一四年时已彻底消失。同月,马与民进党主席蔡英文首次就“海峡两岸经济合作架构协议”议题进行电视辩论。
六月,在重庆举行第五次江陈会谈,正式签署了“海峡两岸经济合作架构协议”。
十一月,五都市长及市议员选举,国民党籍郝龙斌、朱立伦和胡志强以及民进党籍赖清德和陈菊分别当选为台北、新北、台中、台南和高雄市市长。
十二月,第六次江陈会谈在台北举行,会上签署了“两岸医药卫生合作协议”。
马政府从二0一0年起开始推动四大智能产业(云运算、智慧电动车、智慧绿建筑和发明专利产业化)、六大新兴产业(生物科技、观光旅游、绿色能源、医疗照护、精致农业和文化创意)以及十大重点服务业(数位内容、流行音乐、美食国际化、国际医疗、会展、WiMax(无线宽频服务)、国际物流、高科技及创新产业筹资中心 (金融)、华文电子商务和高等教育输出)等政策。
二0一一年
四月,国民党提名马竞选连任总统(马在六月宣布行政院长吴敦义为其竞选连任的副手)。同月,民进党总统初选由党主席蔡英文胜出,成为台湾第一位女性总统候选人。
六月,陆客自由行正式启动,大陆方面先行开放北京、上海和厦门三个城市的居民赴台观光,实际核准来台人数则由台湾方面视市场供需调整。
八月,蔡英文表示两岸并不存在所谓的“九二共识”,而将推动“台湾共识”。
九月,蔡英文宣布其副手人选为民进党秘书长苏嘉全。
十二月,由六家媒体共同举办二0一二总统大选第一场电视辩论,马英九、蔡英文和宋楚瑜三位候选人就外交、两岸和经济民生等诸多议题进行辩论。同月,五都升格正式实施,此乃一九五0年以来台湾地方制度的最大变革。其后,桃园县于二0一一年被赋予“准直辖市”地位,二0一四年底正式升格为直辖市,为台湾的第六都。
马推动党务改革,在二0一一年开始实施国民党党务干部公开招考,为国民党注入新血。马在国家发展研究院下设青年发展委员会,将青年团归属国发院,文化传播委员会增设国际事务部,并扩大了新媒体部的功能与编制。
二0一二年
一月,马以六百八十九万多票、百分之五十一点六的得票率击败了民进党的蔡英文以及亲民党的宋楚瑜,成功连任第十三任总统。
二月,第八届立法院由国民党籍王金平和洪秀柱分别当选为院长和副院长。王金平至此连任了五届立法院院长,而洪秀柱成为第一位女性立法院副院长。
三月,台北市政府出动上千名警力强制拆除不愿参与都市更新的士林王家,成为台湾首件政府强拆仍有住户的民宅的都市更新案。
五月,民进党举行第十四届党主席选举,前行政院长苏贞昌以百分之五十点四七的得票率从五位候选人中胜出。
九月,为了宣示台湾对钓鱼岛列屿的主权,马一行首度登上距钓鱼岛约一百四十公里的彭佳屿慰问岛上官兵,并与驻扎在东沙与南沙的海巡署部队连线视频。同月,总统府公布两岸、外交及国安人事调整,由王郁琦出任陆委会主委、林中森接任海基会董事长。同月,以宜兰南方澳渔民为主的百艘台湾渔船前往钓鱼岛列屿海域宣示渔权,随行护卫的十二艘海巡署舰艇与日本海上保安厅的舰艇以互喷水柱对峙。其间台湾船只距离钓鱼岛本岛最近处仅二点一海浬。
十月,海军大气海洋局前政战处长张祉鑫中校和其他七名退伍军官疑因在大陆时被中共吸收,将有关潜艇作战的机密的气象水文资料泄漏给共军。涉案军官遭军法机关逮捕与起诉(张祉鑫被判十五年徒刑,服刑过半后获假释)。
二0一三年
一月,在增加保费、减少疾病支付金额等方案因民意汹汹而被否定之后,马推出年金改革方案,目标在逐步延后退休年龄、减少退休军公教人员的百分之十八的优惠存款、未来的退休所得不超过现职所得的百分之八十等,这些举措重创了国民党的“铁票仓”。接替吴敦义就任行政院院长的陈冲请辞,由江宜桦接任。同月,为了表达对马政府施政失当的不满,民进党在台北举行“人民火大,一路呛马”游行,约有二十万人上街。
二月,国民党荣誉主席连战在北京会见了习近平。
三月,由绿色行动公民联盟等一百五十个民间团体共同发起反核游行,在台北、台中、高雄和台东串连反核,估计约有二十二万人参加。
四月,台湾与日本在台北签署“台日渔业协议”,就两国重叠的专属经济海域的渔业作业安排达成渔业资源共享的共识。
七月,发生“洪仲丘事件”(义务役士官洪仲丘预定于二0一三年七月六日退伍,却在七月四日死亡,由于死者生前疑似遭霸凌、虐待而引发社会舆论关注),促使民间团体发起“白衫军运动”,要求政府重视军中人权,促进国军制度改革。
八月,立法院通过“军事审判法”修正案,规定非战时现役军人犯刑法之罪将由普通法院侦审。国防部宪兵指挥部随即执行“日新专案”,由武装宪兵配合各地警政单位戒护,将二百七十多名犯罪军人(含三位中将和两位少将)分十一个戒护队送至十一个地区的一般司法监狱。
九月,马借立法院院长王金平赴马来西亚参加女儿婚礼之际,突然宣布掌握了王金平为民进党立委柯建铭“关说”(向法院打招呼)的证据,开除了王金平的国民党党籍。同月,台北地方法院裁准王金平继续保留行使国民党党员权利的申请。同月,台湾高等法院裁定驳回国民党的抗告,王金平得以继续保有党籍和立法院院长身份。一贯强调捍卫司法正义的马的民调满意度因此跌至百分之十以下,创历任台湾总统民调的倒数第一。《联合报》的一个调查显示,只有不到两成民众认为马是在捍卫“司法正义”,超过六成的人将之视为国民党的内斗。同月,立法院民进党党团揭露特侦组在一段时间里监听立法院总机。王金平表示:“监听国会在民主国家是不可思议的事情”。
二0一四年
三月十八日,大批要求逐条审查“海峡两岸服务贸易协议”,反对两岸经济整合的大学生从立法院侧门进入院区,并占领议场及主席台,太阳花学运由此发生。二十三日,示威学生由立法院移至行政院,他们翻越围墙与拒马,进入行政院院区并占领大楼,同时黑色岛国青年阵线呼吁群众前往支援。二十四日凌晨,警方动用特勤与保警,以镇暴水车、警棍与盾牌等驱离在前一天晚间占领行政院大楼的学生。根据警政署的统计,有五十五名学生及一百十九名警员受伤送医。二十八日,马与十一所大学的校长座谈,就学生运动交换意见,并盼与会大学校长能协助政府建立沟通平台,让大家以理性与和平的方式解决问题。三十日,大批群众聚集于凯达格兰大道并提出包括“退回服贸,先立法(两岸监督条例)再审查”在内的四项诉求。黑色岛国青年阵线表示共有五十万群众参与了此场集会。四月六日,王金平到立法院与太阳花学运学生会面,同意学生“先立法再审查”的诉求。四月十日,为时二十四天的“占领立法院”行动结束。马政府最后搁置了“两岸服务贸易协议”。