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深度分析武汉新冠肺炎的源头

(2020-03-01 05:15:03) 下一个

这两天,一个来自台湾的视频风靡网络,之所以吸引公众眼球是因为视频讨论了此次武汉冠状肺炎的源头。大意简述如下:节目说,到目前为止全球科学家共收集了包括来自中国大陆,台湾,美国等国的93例病人新冠病毒样本。经病毒的基因序列分析发现,如果将病毒变异分为大家容易理解的“爷爷,儿子、孙子”的话,人们发现来自美国的病毒“爷爷,儿子,孙子”都有;台湾的有“儿子,孙子”;中国大陆的则都是“孙子”。视频节目“有图有真相”,因此主持人推论,此次新冠肺炎的源头很可能是美国而不是武汉海鲜市场或中国大陆湖北。媒体报道时常会有失偏颇,而权威专家的话却无戏言。也是两天前,国家卫健委高级别专家组组长、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心主任钟南山在一次新闻发布会上表示,“疫情虽然是首现出现在中国,但不一定是发源在中国”。前有台湾媒体报道推测,再有权威专家背书,一时间网络公众一股脑地相信,“原来美国是此次新冠肺炎的源头”,再次将新冠病毒的源头话题推向了风口浪尖。媒体的推论以及权威的背书咋听好像也有道理,但若仔细推敲,事情并非如此简单。

其一,理论上说,病毒每一代的变异性大致在0.1%左右。从逻辑上,越晚发现的病例变异越多。美国的病例发现比中国晚,反而是接近“爷爷”,逻辑上是说不通的。其二,台湾媒体报道的依据是大陆中科院科技论文预发布平台的一篇论文。公众会问,如果作者“选择性公布”其采集的样本呢?或者说只公布“孙子”或“儿子”而把“爷爷”藏起来?其三,如果美国是疫情的源头,从五个月前开始,美国没封城,没隔离,美国“流感”感染率为2600千万/3.2亿=8.1%。武汉如果不封城,不隔离,感染率至少60%以上,新冠流行病学的证据不支持源头是美国。

而若反证武汉是疫情的源头,则有更多的可能之处。第一,武汉是研究冠状病毒的,冠状疫情在武汉爆发....,偶然?第二,武汉政府一开始对一桩传染病天灾的疫情竭尽能事打压瞒报,为什么要如此,如果是天灾,怕的是什么?第三,2月14日中国大陆最高当局以及科技部下文关于“生物安全”,严格“病毒管理”。又是偶然?第四,此次疫情传染性极强,疫情在武汉呈爆炸式发展。依据最简单的逻辑思维,武汉不是源头谁是源头?第五,根据公开的资料,中科院武汉病毒所现存的致病性冠状病毒的基因序列与病人的样本基因序列相似性96%以上,又是偶然的?第六,前不久曾有公开发表的论文指出武汉市疾控中心的病毒实验室距离武汉海鲜市场的距离只有280米。而这个病毒实验室几年来也一直研究源于蝙蝠的冠状病毒。耐人寻味的是,这个病毒实验室比中科院武汉病毒所距离海鲜市场更近。

在目前新冠肺炎中间宿主尚未最终确定的情况下,有一种推论是比较可能的。实验室用来感染实验鼠的冠状病毒不慎泄漏。泄漏的病毒感染了野鼠,继而感染了人。然后人传人,疫情爆发......。当然,这只是一种可能性的推测。

客观地说,现在要想找到病毒的源头即便在理论上也是不可能了。为什么?因为病毒的繁殖周期很快,每6-8小时即可繁殖一代,繁殖过程中病毒的变异率也很高。作为RNA病毒的新冠病毒每代的突变率介于10-3至10-5之间。如果按千分之一突变率算,每六小时复制一代,一个月后,最高可以达到24X30=720小时=120代=12%的变异率。如此,如何可以找到源头病毒?换句话说,谁会承认自己的冷冻罐里的病毒就是那个原始病毒?所以,这将是一个无头案。如果没人承认,谁也无法指控别人的病毒就是那个原始的病毒。

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评论
体验生命 回复 悄悄话 回复 'FollowNature' 的评论 : "这个说法就太主观啦。 因为有蝙蝠的RATG13的原始病毒序列在, 进化关系就不难找。"
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要想找到病毒的源头至少满足两个条件,第一,在疫情早期,越早越好,搜集全部的病例病毒样本,测出全部病例样本的序列。第二,与实验室所有存储病毒的序列进行比对。
显然,第一个条件已经丧失。第二个条件也是问号?所以,理论上已经不可能了。
体验生命 回复 悄悄话 回复 '红米2015' 的评论 : "目前已知的与新冠病毒最接近的,是武汉病毒所多年前发现的一种蝙蝠冠状病毒,它与新冠病毒的相似度是96.2%。”
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这正是文章第五点提到的那个病毒,你再次将它举出来是何意?
武汉病毒所1月份公布的从病人样本中提取的新冠病毒基因序列距离疫情初发已经两月有余(11月算起),按照RNA病毒的变异率0.1%-0.001%计算,两月后的病毒变异范围在24%-0.24%之间,病毒所存储的“蝙蝠冠状病毒与新冠病毒的相似度是96.2%”,恰好是在新冠病毒的变异范围之内,没错吧?因此,这个存储的蝙蝠冠状病毒理论上是新冠病毒的源头嫌犯之一。说它是之一,因为武汉病毒所还存储据报道50种以上的其它冠状病毒,而这些病毒的序列并未公开,因而无从判断。
体验生命 回复 悄悄话 回复 '林向田' 的评论 :
由于国内信息不对称,最重要的这毕竟是一个很专业的议题,所以国内公众更相信所谓人造病毒的可能性。如果推测可能性,自然的被实验室筛选的致病性冠状病毒不慎泄露的可能性更大。
体验生命 回复 悄悄话 回复 'va_landlord' 的评论 :
若能达到或接近“分析全面,客观,透彻"的水准,意满也!
va_landlord 回复 悄悄话 分析全面,客观,透彻。
可是你一定会得罪人的。等着看。
va_landlord 回复 悄悄话 sgbigsell 发表评论于 2020-03-02 09:42:36
武汉人有自己的观察和认识,现在要求调查的呼声很高,武汉的死亡率奇高,真实死亡人数要加个零。没人是傻子,所以党就借钟南山这条狗的嘴,暗示是美国作祟。

洗地洗不清,
甩锅甩不掉。
一尊蠢又坏,
怕死是怂包。
周围马屁精,
都说妙又高

高!
sgbigsell 回复 悄悄话 武汉人有自己的观察和认识,现在要求调查的呼声很高,武汉的死亡率奇高,真实死亡人数要加个零。没人是傻子,所以党就借钟南山这条狗的嘴,暗示是美国作祟。

洗地洗不清,甩锅甩不掉。一尊蠢又坏,怕死是怂包。周围马屁精,都说妙又高!
mpc8240 回复 悄悄话 5毛洗地。
FollowNature 回复 悄悄话 "客观地说,现在要想找到病毒的源头即便在理论上也是不可能了。" --

这个说法就太主观啦。 因为有蝙蝠的RATG13的原始病毒序列在, 进化关系就不难找。 只要想找, 应该能找到。 不知美国去年夏季因抽电子烟而感染不明肺炎去世的样品保留没有? 应该是个很好的起点。 当然, 五毒所有没有改造病毒用于研究或产生疫苗也是有案可查的, 就看公布不公布.
林向田 回复 悄悄话 钟南山2月27号在广州医科大学举办疫情防控专场新闻通气会上说新冠肺炎虽然在中国始发,但不一定发源于中国,此番讲话是故意转移人们对武汉肺炎起源的质疑。最近两天国内朋友圈都是说美国带来的病毒,各种公众号都在发,都要甩锅给“万恶的美帝主义”。崔永元2月28日在推特做民意调查,请大家判断这个武汉新冠病毒是什么。提供4个选项:
1,天然病毒自然传播;- 12%。
2,天然病毒疏忽泄露;- 13%
3,人造病毒疏忽泄露;- 52%
4,人造病毒恶意传播。- 23%
红米2015 回复 悄悄话 道理都说明白了,多说无益。再举一个事实:大家都知道,目前已知的与新冠病毒最接近的,是武汉病毒所多年前发现的一种蝙蝠冠状病毒,它与新冠病毒的相似度是96.2%。
体验生命 回复 悄悄话 回复 '红米2019' 的评论 : “维基百科说的是一般的RNA病毒,不一定适用于冠状病毒。”
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冠状病毒也属于RNA病毒,为什么就不适用0.1%-0.001%的RNA病毒变异率?文中说的一个月12%是指可能存在的最大变异率。在统计学上,这个数据可存在于钟形曲线的某一端。也许很难取样得到,但不能否认这种高变异率的存在。现在的病例成千上万,是否可以将所有感染病人的病毒序列都能检测到?更不要说其中还有人为地隐瞒不报。比如有报道说现在中国大陆已经禁止公布新的病毒序列检测结果。
再强调一遍,每一个月后,作为RNA病毒的新冠病毒的变异率无论是12%,或者5%,再或者0.5%都是可能存在的,究竟是哪一个,取决于采集样本的个体差异。甚至还有“选择性公布”的差异......。
liu-fu 回复 悄悄话 华南市场也销售野生动物包括兔子,应该检测动物及其来源。样品也许被毁了。
Zucker 回复 悄悄话 分析的很切合实际。
红米2019 回复 悄悄话 刚看到,已经发现最多10个位点变异的新冠病毒。
Justness 回复 悄悄话 基因组研究揭示新冠病毒的全球传播轨迹

link: http://www.sci666.com.cn/39533.html
Justness 回复 悄悄话 经过一百多年的积累,美国有一套成熟应对疫情的程序。2003年萨斯爆发,中共隐瞒信息,坑惨了香港台湾新加坡加拿大,美国轻松应付。这次武汉病毒,香港台湾新加坡加拿大吸取教训,美国更加老练成熟。

在 2002 年至 2003 年暴发期间,近 8,100 人被感染。在美国,确定了八名经化验确诊的 SARS 感染者,而他们曾去过该病毒传播的地区。

(1):沙斯在2002年尾开始传入我国(新加坡),患病人数为238人,最后夺走了33条人命。

(2):两轮SARS疫情,加拿大共确诊375例SARS,45%为医护人员,死亡44例,病死率高达12%。

(3):香港在2003年2月至6月期间爆发严重急性呼吸系统综合症(Severe Acute Respiratory Syndrome,香港将简称SARS音译为“沙士”,未命名时称“非典型肺炎”),造成共1755人染病,299人死亡,是香港近年最严重的瘟疫。

(4):2003年,全台湾SARS疫情确诊感染病例为346人,73人死亡,11位医护殉职。
红米2019 回复 悄悄话 维基百科说的是一般的RNA病毒,不一定适用于冠状病毒。照你说的,一个月就变12%,现在这病毒已经流行了三个月了,应该变了超过三分之一,也就是大约1万个碱基,这和实际情况符合吗?就算降低100倍,也还远远高于实际观察到的最多7个位点变异。
xiangpi 回复 悄悄话 美国只是不检测让感冒病人喝水的。所以来源到底是不是美国也不好说。
体验生命 回复 悄悄话 回复 '广州老小北' 的评论 :
谢谢评论!
其实我写此文也是为首先说服自己。
体验生命 回复 悄悄话 回复 '红米2019' 的评论 :
关于病毒的变异性维基百科是这样说的:RNA viruses have mutation rates between 10?3 to 10?5 per base per generation.(RNA病毒每代每碱基的突变率介于10-3至10-5之间)。
这里给出了一个突变可能的范围,在0.1%-0.001%之间。注意是“每代”,而不是每年。有其他文章称冠状病毒的平均突变率约为0.05%。理论上说,每个病例的病毒突变率是完全不一样的。在这里只能讨论突变的可能范围或平均值。
体验生命 回复 悄悄话 回复 'LingYuan' 的评论 : “对这个问题,我的看法是已经超出了科学的范围。”
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我也部分认同你的这句话。世上无圣人,谁能不犯错?错了不要紧,只要找到原因,改了就好。人类历史就是一个不断反思和纠错的历史。但如果不尊重事实,不弄清楚原因,何谈纠错?若如此就超出了科学的范围,而进入了“政治正确”的歧路。
体验生命 回复 悄悄话 回复 'LingYuan' 的评论 :
基因的遗传及变异是生物界普遍存在的现象。对于病毒来说,变异率会更高。比如当病毒每复制一代,其生物遗传物质的碱基会有0.1%-0.001%的突变可能。这种突变导致了病毒基因序列的不同,理论上这种改变也可以引起病毒致病性包括传染性的改变。不知道说清楚了没有?
体验生命 回复 悄悄话 回复 'springdale' 的评论 :
谢谢评论!
我的感觉是,“天作孽犹可违,人作孽确可悲”。
体验生命 回复 悄悄话 回复 'PrimeryColor' 的评论 :
谢谢评论!
的确真相最重要!
体验生命 回复 悄悄话 回复 'ytwadk' 的评论 :
谢谢评论!
是什么人其实不重要,关键在于是否有道理。
体验生命 回复 悄悄话 回复 'MarsFather' 的评论 :
谢谢评论!理越辩越明,欢迎各种意见。
广州老小北 回复 悄悄话 昨晚看了台湾的视频,觉得讲法很新鲜。今日读君一文,茅塞顿开,谢谢!
红米2019 回复 悄悄话 突变率应该是10-3变异/每个位点/每年。新冠病毒大约有3万个不到一点位点,所以一年之后的病毒与原始病毒相比,大约会有30个位点发生变异。
红米2019 回复 悄悄话 病毒每一代的变异性大致在0.1%左右

没那么快。到现在为止检测的病毒基因序列,最多的变异是7个位点,大概是整个序列的万分之二。

再从另一个角度说,如果“千分之一突变率,每六小时复制一代”,那每6小时就会产生30个位点变异,每天产生120个,那一个病人的样品中,就会有各种各样的病毒序列,而不是像实际的,每个病人只有一种序列。
LingYuan 回复 悄悄话 对这个问题,我的看法是已经超出了科学的范围。

如果查源头是为了寻找规律,是应该支持的。如果是想抓“罪魁祸首”,则有背伦理。病毒是人类的共同“天敌”,其在哪里出现,何时出现,既有规律性,也有偶然性。如果不幸在某地出现了,人类作为一个总体要对其怀有尊重同情,甚至歉疚的态度才是。
LingYuan 回复 悄悄话 请教一个问题。变异率是用什么指标来度量的?比如说死亡率,或传染比R0
springdale 回复 悄悄话 假如,不是实验室泄漏的,那么,事情就更可怕了。
因为,中国的大城市,将来都有可能发生类似的疫情。

PrimeryColor 回复 悄悄话 在中国的爷爷, 爸爸, 还没有当上就变成灰了。土共不在乎真相, 消灭证据最在行。
ytwadk 回复 悄悄话 这个人是中央电视台的特约嘉宾。

另外所有美国的受感染的人都是来自中国,换句话说这些爷爷辈的都是由中国的。

文章的作者是中国人,并不是病毒方面的专家。

所以这个就是个谣言。
MarsFather 回复 悄悄话 台ba子。
MarsFather 回复 悄悄话 台巴子才是孙儿。
MarsFather 回复 悄悄话 这个视频几天前就在微信流传。那时,美国的病例都是输入型的。视频流传后,最近几天才出现不明源头感染。爷儿父儿孙儿,输入病例和美国有什么关系?这个台巴子才是孙儿。
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