但是转基因食物的安全性一直是个隐患。转基因食物支持者宣称，人们食用转基因植物食品后，其中的绝大部分DNA已降解，并在肠胃道中失活。但是科学研究表明，极小部分（<0.1%）例如标记基因特别是抗生素抗性标记基因会转移至肠道微生物或上皮细胞。水平基因转移（horizontal gene transfer, HGT），又称侧向基因转移（lateral gene transfer, LGT），是指在差异生物个体之间，或单个细胞内部细胞器之间所进行的遗传物质的交流。差异生物个体可以是同种但含有不同的遗传信息的生物个体，也可以是远缘的，甚至没有亲缘关系的生物个体。单个细胞内部细胞器主要指的是叶绿体、线粒体及细胞核。虽然水平基因转移的比例小，但潜在危害巨大，因为这可以改变转基因食物使用者的基因库（Genome）。
转基因植物最常见的一种外来插入基因是苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis）分泌出杀虫的δ-毒素蛋白晶体（crystal），又名晶体蛋白或Cry蛋白。Cry蛋白对鳞翅目（如蛾与蝶）、双翅目（如苍蝇、蚊子）和鞘翅目（甲虫）有很大杀伤力。因此，可将苏云金芽孢杆菌发酵生产制成高效生物杀虫剂，或用cry基因制成防虫害的转基因产品。世界上存在许多种不同的苏云金芽孢杆菌，这些不同的品种可以产生不同的Bt蛋白用来对付不同的目标昆虫。成型的Cry蛋白没有活性，除非被目标昆虫的幼虫所食用。这些Cry蛋白粘在幼虫的肠道内，产生活性。它们与特定受体（specialized receptors）结合，洞穿肠道膜，导致肠道内物质外流，最后杀死幼虫。
1998年8月10日，苏格兰罗威特研究所（Rowett Institute）的普兹泰（Arpad Pusztai）试验。普兹泰在电视节目中介绍了自己的一项实验。他用两种没有在市场上销售过的转入了植物凝血素的转基因土豆喂养老鼠，发现“这些食用了转基因土豆的老鼠出现了轻微的发育迟缓现象，免疫系统也受到影响”。普斯泰的实验设计方法遭到了由罗威特研究所和其他科研单位的科学家共同组成的委员会质疑。这个委员会以及后来皇家学会质疑的内容包括：第一，普兹泰选择未做熟的生土豆作饲料来喂养大鼠，而土豆在生吃状态下含有很多自然毒素，容易导致问题；第二，普兹泰声称发现了毒性反应的凝血素的实验组并未使用转基因土豆，而是直接在普通的生土豆中添加外源低毒性凝血素，且用量超过正常适用范围的5000倍。调查委员会得出结论，普兹泰的数据不能作为支持转基因食品会损害发育和免疫系统的证据。但是，普兹泰后来在大名鼎鼎的《柳叶刀》杂志发表了其实验结果，表明了科学界对他的研究成果的认可。
1999年，美国康乃尔大学昆虫学家约翰·洛西（John Losey）在《自然》杂志上发表通讯，发现用带有转Bt基因抗虫玉米花粉的马利筋草叶片饲喂美国大斑蝶（Monarch Butterfly），导致44％的幼虫死亡。这一研究发表后，立刻在世界范围内掀起了一场有关转基因作物生态安全的辩论。洛西的实验也遭到了质疑，比如这一实验是在实验室完成的，并不反映田间情况。针对这些质疑，美国环境保护局组织昆虫专家对帝王蝶问题展开专题研究。结论认为，转基因抗虫玉米花粉在田间对帝王蝶并无威胁，原因有三点（1）玉米花粉大而重，因此扩散不远。在田间，距玉米田5米远的马利筋杂草上，每平方厘米草叶上只发现有一粒玉米花粉。（2）帝王蝶通常不吃玉米花粉，它们在玉米散粉之后才会大量产卵。（3）在所调查的美国中西部田间，田间帝王蝶的实际数量很大。
2000年，美国Aventis crop science公司生产的“星联”（Star Link）转基因玉米出现在人类食物中，这是经过基因改造的有机体（genetically modified organism）污染人类食物供应的第一个案例。星联玉米中加入了一种叫做Cry9c的Bt蛋白。Cry9c能够有效对付鳞翅目昆虫。基于Cry9c蛋白难以在人体消化系统中被分解、既抗热又可能导致过敏，美国国家环境保护局规定星联玉米完全不能用于人类食物。2000年9月，反转基因组织Genetically Engineered Food Alert在连锁快餐店Taco Bell的墨西哥卷饼饼皮——卡夫食品（Kraft）制造——中发现星联玉米。9月18日，《华盛顿邮报》报道了此新闻，从而引起全球300多种含玉米产品的回收潮。星联玉米召回事件发生后，新的法案在美国国会被提出，美国国会开始关注转基因食品的强制标签问题。美国政府于2001年1月出台了转基因食品管理草案。
2001年11月，美国加州大学伯克利分校的奎斯特（David Quist）和查佩拉（Ignacio H. Chapela）在《自然》杂志上发表通信，报道说在墨西哥南部禁止种植转基因玉米的地区种植的地方品种中检测到转基因作物，表明商业化转基因作物与地方品种间存在大量的基因流动。他们发现在墨西哥南部Oaxaca地区采集的6个玉米地方品种样本中，有CaMV35S启动子及Novartis Bt 11抗虫玉米中的adhl基因相似序列。绿色和平组织认为墨西哥玉米已经受到了基因污染，甚至墨西哥小麦玉米改良中心的基因库也可能受到了基因污染。但也有人质疑其在方法学上有错误，因为转入Bt玉米中的基因序列是adhl-S基因，而作者测出的是玉米中本来就存在的adhl-F基因，两者的基因序列完全不同。《自然》杂志最终撤回了对该论文的支持，但并没有撤销这篇论文的发表。
2003年至2004年，美国俄亥俄州立大学哥伦布分校的植物生态学家艾利森· 斯诺（Allison Snow），对采集自墨西哥奥克萨卡125个农田的870个植物样本进行了分析，但并没有在玉米种子中发现任何转基因序列。然而，2009年，墨西哥国立自治大学的分子生态学家埃琳娜·阿尔瓦雷兹－拜拉（Elena Alvarez-Buylla）与加利福尼亚大学伯克利分校的植物分子遗传学家阿尔玛﹒派尼若－尼尔森（Alma Piñeyro-Nelson），发现了与奎斯特在2001年（在奥克萨卡23个地点采集的3个样本）和2004年（2个样本）所发现的相同的DNA片段。在另一项研究中，阿尔瓦雷兹－拜拉与合作者发现，从墨西哥全国1765户农民那里收集来的种子中，有一小部分含有转基因。在当地社群进行的其他研究中，也不断发现转基因的踪影，但这些研究却很少能得以发表。
斯诺和阿尔瓦雷兹－拜拉承认，取样方法的不同可能导致转基因检测结果的差异。斯诺说：“我们在不同的田地取样，所以他们发现了转基因，而我们则没有。”当科学界在争论转基因片段是否侵入了墨西哥玉米时，斯诺谈道：“转基因作物进驻墨西哥的玉米地似乎已经无可避免。有些证据甚至显示这是正在发生的情况，但现在还很难说这种现象发生的频率有多高，后果又会是什么。”阿尔瓦雷兹－拜拉坚持，转基因的散播将会危害墨西哥玉米的健康，改变其特性，例如外表及味道，而这些品质对那里的农民是相当重要的。一旦转基因进入原生种，就很难（即使不是不可能）被去除。随着转基因性状在当地玉米种群中长期积累，原生种的健康最终是会受到影响的（例如与原生种抢夺能源和资源，或者扰乱原生种的代谢过程）。
2005年5月22日，英国《独立报》披露了转基因研发巨头孟山都公司的一份秘密报告。据报告显示，吃了转基因玉米的老鼠，血液和肾脏中会出现异常。最后迫于压力，应欧盟要求，公布了完整的1139页的试验报告。欧盟对安全评 价的材料及补充试验报告进行分析后，认为将“Mon863”投放市场不会对人和动物健康造成负面影响，于2005年8月8日决定授权进口该玉米用于动物饲料，但不允许用于人类食用和田间种植。经欧洲独立学者研究，老鼠在吃了MON 863经过90天后，肝与肾等具解毒功能的器官纷纷出现不利影响，此外对心臟、肾上腺素、脾臟、造血系统等也都有损害。
2012年，《食品和化学毒物学》（Food and Chemical Toxicology）杂志刊登了法国卡昂大学分子生物学家塞拉利尼等人的一份研究报告。该报告称，将100只雄性和100只雌性大鼠分成10组，分别喂食孟山都公司的NH603转基因玉米及其他食物，两年后发现，喂食转基因玉米的实验大鼠出现肿瘤的风险高、寿命短。该论文中还附有长有乒乓球般大小肿瘤的大鼠图片。质疑的焦点首先是该实验的样本太少，每组只有10只大鼠。而要在两年时间内进行严肃的肿瘤学研究，需要数个至少包括50只老鼠的小组。对此塞拉利尼回应说，许多对于毒理学和致癌机理的研究也是用这种大鼠，也是只有10只。在一些质疑者看来，塞拉利尼论文中所呈现的患癌率和寿命的变化，更多是自然产生的，但是，而作者在结论中却刻意选取了有利于支持转基因致癌的数据。对此，塞拉利尼曾经回应说，在历史数据中，2年SD雌性大鼠罹患乳腺纤维瘤的为13%～62%，但在他们的实验中对照组的发病率要低得多，这才是真正的对照，而他们的实验鼠发病率比对照组高很多，这使得他们的研究结果有显著性。动物的死亡率也是这样。可见，这是一个严谨的有对照组的毒理学实验设计。
但是，11月29日，《食品和化学毒物学》杂志出版方爱思唯尔集团（Elsevier）28日在美国宣布，由于研究方法和结论皆存在严重问题，决定撤除这篇论文。对此，塞拉利尼团队发表声明，称将坚持自己的结论。声明说，以往的研究发现凡是显示转基因农作物有负面效果的，都会被监管者从实验到统计方法做严格的重审，凡是声称转基因农作物安全的研究，都被照单接受。只要是没有报告负面效果的研究，都被接受为“安全”的证明，无论他们的研究方法有何种不足。用同样的实验动物，同样的数量，做90天实验证明转基因安全的结论成立，而做720天证明转基因不安全的结论不成立，反被撤稿。这是一种什么力量在推动呢？
转基因食品安全性评估是一项复杂、精细的综合性工作。目前得到经济合作与发展组织（OECD）、联合国粮农组织（FAO）、世界卫生组织（WHO）以及多个国家认同 的安全性评估原则是：实质等同原则（substantial equivalence）、个案分析原则（caseby-case）和逐步完善原则 （step-by-step）等。欧盟基本禁止在环境中释放培养转基因食品。欧盟认为，科学存在局限性，无论研究方法多么严格，结果总具有某些不确定性。为最大程度保护消费者的健康和环境，欧盟采用“预防原则”（precautionary principle）作为管制转基因食品的理论基础。
美国的转基因食品主要由美国食品与药物管理局(FDA)，美国农业部(USDA)，和美国环保局(EPA)负责检测、评价和监督。在美国，任何一种转基因食品的生产都必须根据具体情况,经过上述三个机构中一个或多个审查，只是三个部门的侧重点不同。美国美国对转基因食品持积极支持的态度，其基本立场在1986年美国白宫科技政策办公室颁布的“生物工程产品管理框架性文件”中得以体现。由于美国对转基因食品的管理采取相对宽松的政策，美国的转基因作物和转基因食品发展非常快，在世界上处于垄断地位。
根据美国农业部2013年的统计数据，美国97%的甜菜，93%的大豆，90%的棉花和90%作为动物饲料的玉米属于转基因作物。加拿大虽然没有具体的数字和百分比，但由于很多粮食都是从美国进口，所以比率也应该不小。事实上，想要绝对避免转基因产品很难很难，因为我们吃的大多数食物都可能含有转基因源。如果你住在欧洲，那么避免转基因食品是非常容易的，因为法律要求所有商品都必须标明是否含转基因成分。但是在美国和加拿大，食品制造商并不强制需要标明他们的食品是转基因或者非转基因。作为消费者，我们在没有知情权的情况下，如何鉴定转基因食品呢？
1、了解日常生活中常见的转基因产品。以下这些产品你要小心了，有很大的可能他们都是经过转基因改造的：大豆，玉米，油菜籽/菜籽油，甜菜，棉花，奶制品，糖，木瓜，玉米制品，面包等烘培食品。
2、买标注“100%有机”(100% organic)的食品：加拿大和美国政府规定，如果某公司的产品直接经过转基因处理或者间接饲喂转基因饲料，那么该产品不得标注“100%有机”字样，你也会发现有机食品会比普通生产的同类产品价格更高，外观也不尽相同。这里澄清一下：“有机”（organic）不等于“100%有机”(100% organic)，标注“有机”的食品，不代表它绝对不含转基因源，事实上，产品中可能含有转基因成分最多可高达30%。因此，一定要睁大眼睛，看清楚“100%有机”字样。
3、认识权威有机食品认证机构：QAI，Oregon Tilth或者CCOF都比较研究，相比之下，USDA有机认证非常不给力，如果一种产品仅仅通过了USDA有机认证，那么它很可能不是“100%有机”的。
4、通过标签号码来识别：标签PLU码（Using Price Look-up Codes）是用来标明产品的生产类型。如果PLU码是四位的号码，那么该食品是常规生产的（Conventionally Produced）；如果PLU码是以8开头的五位号码，那么他就是确定的转基因产品；如果PLU码是以9开头的五位号码，那么该产品就是有机（organic）产品。例如：#4011是普通黄香蕉；#94011就是有机黄香蕉；#84011就是转基因黄香蕉。
5、买100％青草喂养的牛羊肉：大多数肉牛一生大部分时间是吃青草的，但它们生命中的最后一段时间却是在饲养场里面吃转基因玉米度过的，其目的是为了增加牛肉的肌内脂肪并且使得肌 肉跟脂肪能够很好的融合，一方面增加重量，一方面增加口感。如果你不喜欢转基因产品，那就要挑选100%吃青草长大的牛，或牧场喂养的牛。以上规则同样也适用于羊肉。非反刍动物比如猪，以及鸡鸭那样的家禽，这类动物不可能是100%吃青草的，所以要找“100%有机”的肉才行。
6、选标注“非转基因”（non-GM或GMO-free）的产品：曾经有一段时间，市场上很难找到有这样标识的产品，但是幸亏有了“Non-GMO Project”这样一个组织，在他们的推动下，这样的非转基因标识越来越常见了。你也可以参考他们的网站（http://www.nongmoproject.org），看哪些公司以及产品是不使用转基因技术的。但是 读者心中要有谱，这个列表并不完整，有些厂商因为各种各样的其他原因而没有声明列入。
7、在本地小农场购买农产品：尽管一半以上的转基因产品都是美国制造，但是大部分转基因产品都是大型机械化农场出产的。不喜欢碰转基因的朋友们可以去本地的农贸市场采购农产品，去这样的地方买菜不仅能够避免转基因，而且还能买到便宜实惠的农产品。当然不是所有农场出来的蔬果都是非转基因的。
8、尽量购买完整食材：买完整食材，然后自己亲自料理。现在很多人喜欢买那些Processed Food，就是那些装在盒子里或者罐子里的东西，比如罐头食品，方便面等。
9、自己种菜：这个相信很多人都已经开始做了，在自己House后院开一片耕地，自己知道自己用的什么种子，用的什么肥料，不仅随时吃到健康新鲜的蔬果，而且可以享受稼穑的快乐。
10、其他小贴士：
（1）不要听信“天然”或者“纯天然”这类宣传，这只不过是聪明的营销手段了，研究表明，消费者对“天然”这个词的喜爱程度要比“有机”这个词来得多得多，因为很多人觉得“天然”就代表“有机”，其实压根不是那么回事儿！任何产品都可以说自己的产品是“天然”“纯净”“原生态”而不用负什么法律责任。
（2）去餐馆吃饭的时候，你要是问厨师或者服务生哪些食物是转基因的，他们大概也说不上来。倒不是故意隐瞒，他们可能是真的不知道。因此比较聪明的方法就是问他们用什么油烹调食品，无外乎四种：玉米油，大豆油，油菜籽油或棉籽油。当然，你要是觉得以上几种油都不保险，你可以要求厨师用黄油来烹调，虽说炼制黄油的牛奶也有可能是来自于吃转基因玉米饲料长大的牛，但那毕竟是二手转基因产品，感觉上可能稍微好一些。
（3）QCS是另一种有机认证机构
（4）厂家如果标注其产品是“非转基因”，只是说该产品的处理技术采用非转基因的方法，并不代表该产品就一定是健康的。很多人误认为非转基因就是优质健康的，这也是误解。
（5）如果你在后院亲自种植果蔬，请注意所使用的种子，确定这些种子是来自于那些获得了“安全种子认证”(safe seed pledge)的企业。
