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武汉新病毒的科研进展 3

(2020-01-25 17:05:53) 下一个

近几天本城刊载了许多关于武汉新病毒发展的新闻和科普文章。

为了解答网友所关心的问题并介绍一些相关知识,过去的几天本博主写了几个短文,非常感谢城主把它们放到了首页,让更多的读者得以了解:

《柳叶刀》介绍武汉深圳医院的情况武汉新病毒的科研进展 2武汉新病毒的科研进展

一、

从现有的27个公共共享的新型冠状病毒(nCoV)基因组(序列),检查了遗传多样性以推断共同祖先(common ancestor,生物界最感兴趣的话题之一)的日期和传播速度。发现:27个采样的基因组非常相似,相差0-5个突变,大约每周一个突变。有的组成RNA的核碱基变了,但组成病毒蛋白的氨基酸没变,且突变点是多样的;这种遗传多样性的无法解释,这种爆发是一次人先得病然后船给大家还是在海鲜市场许多人同时被传染的。


此次事件很可能发生在2019年11月或12月初。

详见:https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-01-25?n=1

二、

中国疾控中心主任高福等19位学者1月24日在《新英格兰医学杂志》网站(nejm.org)上发表了一篇关于新型冠状病毒的文章(10.1056/NEJMoa2001017),这之前他们已将三个病人的完整的基因组已提交给了GASAID.org,可以上网查到:IVDC-HB-01、IVDC-HB-04和IVDC-HB-05。他们认为最接近的基因序列是舟山蝙蝠SARS样病毒。见下图:



但是,中国科学院武汉病毒研究所研究员石正丽29位学者在生物预印本网站(biorxiv.org)上发表的有关新型冠状病毒及其潜在的蝙蝠起源的文章(10.1101/2020.01.22.914952,这篇文章已经修改到v2版)却说分析表明,新病毒在整个基因组中与RaTG13非常相似,整体基因组序列一致性为96.2%。系统发育分析还显示,RaTG13是新病毒的最近亲戚,与其他SARSr-CoV形成明显的世系。受体结合蛋白刺突(S)基因与RaTG13的93.1%nt具有同一性。与 RaTG13的密切系统发育关系为nCoV-2019的蝙蝠起源提供了证据。

这一段中RaTG13的基因序列数据在美国 ncbi.nlm.nih.gov 数据库中查不到,所以学者们得到的结果都是“新病毒与舟山蝙蝠SARS样病毒最接近”。谁知到武汉病毒所还有RaTG13的数据呀。“让人很生气”。如果高福有了这个数据会不会撤稿?(注:这只是我的一段气话。)

RaTG13是指2013年7月24日在云南普洱捕捉的一头雄性中华菊头(蝙)蝠身上获取SARS基因序列。该序列已于昨天(1月24日)上传到GISAID.org的网站上供公众下载。

三、

在生物预印本网站上(biorxiv.org)近期发表的新论文还有:

1,北京大学工学院生物医学工程系教授朱怀球、浙江大学医学院第一医院传染病诊治国家重点实验室副主任肖永红等9位的“深度学习算法预测新型冠状病毒的宿主和感染性”(10.1101/2020.01.21.914044),论点是:水貂可能是新型冠状病毒的中间宿主。

SARS时期的中间宿主是果子狸,前两天的文章说是蛇。实际是任何可能吃到蝙蝠的动物被捕捉并在发病的海鲜市场上贩售的,都可能是将新病毒传给人的“元凶”。

2,意大利罗马校园生物医学大学的六位学者的“新病毒进化的证据”(10.1101/2020.01.24.915157)。他们从GISAID网站上下载的15个(今天已有26个,新增加的包括美国 1例)可用的全基因组序列和基因库中可用的12个高度相似的全基因组序列构建了系统发育树(5个来自SARS,2个来自MERS和5个来自Bat SARS样冠状病毒)。结论是新病毒与2015年分离出的蝙蝠SARS样冠状病毒序列MG772934.1(舟山蝙蝠)最接近。此外,他们还研究了新病毒N、E、S和M基因段的突变。

3,瑞士伯尔尼大学的两位学者的“武汉新病毒早期人际传播模式”(10.1101/2020.01.23.917351)。他们得出流行病学中基本传染数(Basic reproduction number)R0约为2.2(1.4–3.8之间)。RO是指平均一个传染者可以传给几个人。

4,香港中文、香港理工的大学8位学者对基本繁殖数的初步估计(2020.01.23.916395)认为,R0在2.73-7.10之间。

这里列出几种大家熟悉传染病的R0值

疾病 传播途径 R0
麻疹 空气传播 12-18
白喉 唾液 6-7
天花 空气/飞沫传播 5-7
脊髓灰质炎 粪便传播 5-7
风疹 空气传播、 飞沫传播 5-7
流行性腮腺炎/td> 空气传播、 飞沫传播/td> 4-7
HIV/AIDS 性/(体)血液/母婴传播 2-5
百日咳/td> 空气/飞沫传播/td> 5.5
SARS 空气/飞沫传播 0.85-3
1918年流感大流行 空气传播、 飞沫传播 2-3
埃博拉出血热 体液传播 1.5-2.5


看了上表,你想象新病毒的R0大概是。本人上篇博文中的例子是1个去那个海鲜市场买过食材的人传给了两个家庭的9个人。中国的情况很复杂,本城今天的新闻就说“牛津学者:帝国理工的武汉疫情预测几乎没参考性”。

 

 

 

 

 

 

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阅读 ()评论 (12)
评论
明秋 回复 悄悄话 感谢科普
赌城看客 回复 悄悄话 回复 'valore' 的评论 : 谢谢来访。
中科院武汉病毒所石正丽团队的工作是大家公认的,她们已经发表过很多相关论文,发布过许多相关数据,只是 RaTG13 没及早公布很遗憾。如果她们在1月5日复旦大学在美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)网站发布“Wuhan-Hu-1完整基因序列”第一版之后,到1月17日复旦升级到第3版之前,在同网站上发布她们已有云南普洱蝙蝠SARS病毒基因数据 RaTG13 就好了。
美国这个网站有自动匹配功能,可以找到基因组最亲的亲戚。而她们在1月24日才在德国网站上发布,很遗憾。在此之前我们、任何人上此网站半分钟就能得到复旦大学上传的武汉新病毒与2018年南京军区军事科学研究所上传的舟山蝙蝠SARS样病毒有 88.65% 和 89.12% 的相似度。
而1月24日当我们看到武汉病毒所在德国网站上上传的云南普洱蝙蝠SARS病毒基因数据后,与复旦的基因数据相比较得到的结果是96.12%。所以,从24日起“武汉”更像“普洱”。不过这里无法上载我们测试结果的图片。
至于她们泄露病毒的可能性,应该极小。“玩病毒的人会更谨慎小心”。
valore 回复 悄悄话 那么现在有结论吗?与舟山蝙蝠还是中华菊头蝠更接近?看有报道说2010年钟南山接受采访认为SARS有可能重来,特别提到香港,武汉有中华菊蝠。最新外媒又有报道可能是武汉p4实验室泄露。这种可能性有么?
Stegy223 回复 悄悄话 回复'赌城看客'的评论: "RaTG13a序列请见:https://bbs.wenxuecity.com/health/882388.html"

谢谢!
赌城看客 回复 悄悄话 回复 '枕寒流' 的评论 : 谢谢留言。
赌城看客 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : 是,可能许多读者不了解描述自然界事物变化的数学模型,这本是与政治无关的学术问题。不过通过讨论对知识扩散有益。谢谢留言,谢谢称赞。
赌城看客 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : 谢谢来访。
RaTG13a序列请见:https://bbs.wenxuecity.com/health/882388.html
我不是大侠。
Donald_Trump 回复 悄悄话 这种无非实验室里做做的学问。按这种这么细节的结论,为何癌症还不能由药物来治愈?
枕寒流 回复 悄悄话 感谢分享!
Stegy223 回复 悄悄话 不同于Genbank( 对所有人无条件的公开access),这个GISAID
https://platform.gisaid.org/epi3/frontend#5065ba. 要详细个人信息,啥意思? 赌城大侠能不能出个 .v4 把RaTG13a序列提供给大家?
Fanreninus 回复 悄悄话 我说过英国牛人那算法过于简单,因为那样得到的数字只和国外病人数字成绝对比例,结果遭到不少人的责备。一般的模型都是通过R来算的。
Fanreninus 回复 悄悄话 好文,现在看来RO可能更趋向于上限。
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