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武汉新病毒的科研进展 2

(2020-01-23 21:47:22) 下一个

武汉新病毒的扩散牵动着海外华人的心。连我们的文学城也被戏称传染了新型肺炎。

我们关心包括毒源、宿主、传染能力、传播速度、如何防御和治疗等等。

科学家也同样关心,这里回顾一下在这几天里有什么科研新进展。

一、

传染病的传播和草原或森林的火灾扩散相似,都有数学模型,可以用计算机进行模拟。数学模型有简单的,也有复杂的。所涉及的数学包括常微分方程、偏微分方程、网络动力学和分形(fractal)等。

厦门大学公共卫生学院陈田木等六人在“生物预印本网站”(biorxiv.org)发表了“模拟武汉新型冠状病毒传播的数学模型”的文章,DOI: 10.1101/2020.01.19.911669。

作者提出可以用 Reservoir-People 传播(传染)网络模型(RP模型)计算出基本繁殖数(R0),以评估新病毒的传播能力,见下图。

图中的第一行是病毒源,假定是蝙蝠,分为四个部分:易受感染的蝙蝠(SB),暴露的蝙蝠(EB),受感染的蝙蝠(IB)和已康复的蝙蝠(RB)。

第二行是中间宿主,也分为四个部分:易受感染的宿主(SH),暴露的宿主(EH),受感染的宿主(IH)和已康复的宿主(RH)。

第三行是传染地-海鲜市场。

第四行是人群,分为五个部分:易感人群(SP),暴露人群(EP),有症状感染者(IP),无症状感染者(AP)和康复者/死亡者(RP)。

文章给出了这14部分的微分方程。

可惜我没看到大家最关心的用此模型算出的数字。

二、

目前除复旦大学上传到美国国立卫生研究院网站上以外,到写稿时为止还有25个病毒基因序列已上传到德国的gisaid.org网站上,供专业人员下载研究。其中包括浙江疾控中心2例、中科院武汉病毒所5例、中国疾控中心病毒所3例、北京协和医学院5例、湖北疾控中心1例、广东疾控中心6例;此外还有泰国2例、日本1例。

香港城市大学董宁等人的“基因组和蛋白质结构建模分析描述2019-nCoV的起源和传染性”,DOI: 10.1101/2020.01.20.913368

文章的文摘部分说:新病毒是蝙蝠样病毒的新型,并且在基因上与人类SARS冠状病毒的距离相当远(genetically fairly distant)。对这种新病毒的刺突(S)蛋白的结构分析表明,其S蛋白仅与人细胞上的ACE2受体弱结合,而人SARS冠状病毒对ACE2受体表现出强烈的亲和力。这些发现表明,这种新病毒在人与人之间不易传播,并且理论上不应该引起严重的人类感染。

诶呀妈呀,不易传播?还是读者自己下载看看吧,如果你想接着看的话。在网上输入文章题目后面的DOI号码就可以免费下载全文。

三、

迈克尔·C·莱科(Michael C Letko)二人的“谱系B的β冠状病毒包括2019-nCoV的细胞进入和受体使用的功能评估”,DOI: 10.1101/2020.01.22.915660

文章说:β冠状病毒中分为四个谱系:谱系B(包括SARS-CoV)和新兴的2019-nCoV,具有大约200种已发布的病毒序列,而谱系C(包括MERS-CoV)具有500多个病毒序列。冠状病毒的结构研究表明,刺突RBD能够独立于其余刺突蛋白折叠,并包含与宿主受体结合的所有结构信息。

这篇也是根据已发表的RNA序列研究新病毒与人体ACE2受体结合的理论文章。说明此次事件与17年不同的是中国最短的时间里公开发布了大量的全基因序列,无声的与世界各国科学家合作攻关。

四、

中国科学院武汉病毒所石正丽等29人有关新型冠状病毒及其潜在的蝙蝠起源的文章,DOI: 10.1101/2020.01.22.914952。

本城博友已有介绍,这里就省略了。

五、

北大等五个单位的研究人员在《医学病毒学杂志》(Journal of Medical Virology)上在线发表了关于蛇可能是中间宿主的论文(10.1002/jmv.25682)。

各大媒体如CNN、CBS的都报道了该论文的观点,科技媒体如《科学美国人》等也有报道。

尽管文章的内容也引起了争议,但立题是对的:“谁吃了蝙蝠染上了病毒,后又与人有接触”。就像17年前SARS时:果子狸猎杀蝙蝠带了毒、然后被抓、带到市场又传染给人。只是不知道武汉的那个市场里是不是卖那两种蛇和其他几种动物,是否已取样。

该文对比了(见下图)舟山蝙蝠病毒、武汉新病毒、银环蛇、眼镜蛇、旱獭属、刺猬、穿山甲、中华菊头蝠、原鸡、智人的基因。得出了蛇最可能是中间宿主。虽然很受争议,但已被西方媒体广泛报道。下图取自该论文,版权:《医学病毒学》杂志。

该期刊是小开本,表格的排版很难阅读。

复旦大学卢洪洲等三人的文章“中国武汉市病因不明的肺炎暴发:神秘与奇迹”(/jmv.25678)中有句话:“上个月,大多数患者去了武汉的鱼类和野生动物市场。 这个鱼类和野生动物市场也出售活体动物,例如家禽,蝙蝠,土拨鼠和蛇”。只知道关岛人吃蝙蝠,难道国人也吃蝙蝠?

《自然》、《科学》等要经过同行评审的期刊还没有见到关于新病毒的研究文章。

六、

许多人关心新病毒的基因突变,可以到这个网站看看:https://nextstrain.org/ncov?m=num_date。这是使用来自GISAID(截止到写稿时)的数据绘制的的新型冠状病毒(nCoV)的基因组流行病学树。将鼠标移到一个端点上,就可以看到这个基因序列中哪里发生了突变。只可惜两个相邻的端点是不是有亲属关系?不知道。

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阅读 ()评论 (17)
评论
赌城看客 回复 悄悄话 同济医学院赵建平教授等人今天在英国著名医学杂志《柳叶刀》发文介绍第一阶段金银潭医院的临床情况。
文章的说:所有41例患者患者均患有肺炎,部分有并发症,四名(10%)患者需要有创机械通气,两人(5%)用了人工心肺机。截至2020年1月22日,41名患者中的28名(68%)已出院,六名(15%)患者已死亡。
根据WHO的临时指南,少用皮质类固醇激素。
根据MERS的治疗经验干扰素β-1b,洛匹那韦和利托那韦。
这些在最新版的治疗方案中已体现。
赌城看客 回复 悄悄话 回复 'Wtp003' 的评论 : 哈哈,你挺快呀,我还没看呢。今天是年三十儿。新年快乐!
Wtp003 回复 悄悄话 换句话说开篇应改为
readily available information is importan but most likely not usable due to the nature of the information.
Wtp003 回复 悄悄话 回复 '赌城看客' 的评论 :
谢谢连接。可惜
”At the beginning of an outbreak such as this, readily available information is important to begin the assessment necessary to understand the risks and begin outbreak containment activities....”
他们忘了一句定义”真实可性的”
这从下面
”Early official information from the Chinese Government about the outbreak in Wuhan suggested that the source of the outbreak was being confirmed, that patients were being isolated, that tracing of contacts of known patients were being identified and observed for fever, and that no health workers had been infected.”
就可见若都加个”have not”就更完美了:)
赌城看客 回复 悄悄话 回复 'Wtp003' 的评论 : 再次感谢。
Wtp003 回复 悄悄话 回复 '赌城看客' 的评论 :
”我不敢写医,只敢写到药。”

这一看就是有学问的人说的话(真心,不是虚赞啊)。专业学问越大也就越能感受未知的世界有敬畏之心。
刚在时坛发了一贴,放在这吧。

”有感于城里关于武汉肺炎的文章
人命关天,大家都关注关心理所当然。读一些专业人士的文章收益不小,一些反映评论当地情况的也文有所值。但城头常见一些一看就是无专业知识却要赶热闹谈些自己都不明白的事,正所谓无知者无畏,诸如拿着虚假信息分析来分析去挑战英国科学方法估测的1700感染人数,这没几天就被打脸。现烧香拜佛靠着东看西补的“学问”最好还是不要在人命关天的事上信口开河。”

赌城看客 回复 悄悄话 回复 'Wtp003' 的评论 :
谢谢你的期待,我不敢写医,只敢写到药。
赌城看客 回复 悄悄话 回复 'Wtp003' 的评论 :
“我看了那篇今井夏子(第一作者)和付古笋(通讯作者、《流行病》杂志的创始编辑)的文章,是因为西方主流媒体在普遍引用(我是崇洋的)。今井夏子参与过有关埃博拉、巴西黄热病流行趋势和国际风险的研究。我估计‘烦人’觉得此文不过是医学院公卫系本科生课后作业的水平,才发博评论的。”这段是我在那里的留言。我也是觉得他们的模型太过简单,但敢说出计算结果。而上面这位厦门大学公共卫生学院陈田木(第一作者)只是毕业没几年的助教,敢填参数计算结果,却不敢公开发表。(我就不敢在博客上发表否定的言论。)
再次感谢你的留言,以及在其他博主地盘儿与我的对话。
Wtp003 回复 悄悄话 本想写希望又觉得期待更恰当结果就成了 希待:)
Wtp003 回复 悄悄话 回复 '赌城看客' 的评论 :
希待你的进展3能有治疗方面的成果
赌城看客 回复 悄悄话 非常感谢Stegy223、Fanreninus、Wtp003、旧日云中守的留言。
Wtp003 回复 悄悄话 这次由于武汉地方政府的无能,感染和死亡人数会是惊人。
旧日云中守 回复 悄悄话 赞!
Wtp003 回复 悄悄话 好文。关键是内容有依据。就是看最后一段引述”复旦大学..... 所有患者均接受了检疫的及时支持治疗”感觉怪异。想起城里有人就是靠这虚假信息写文”有理有据”批评英国用真实的数据模型估测1700感染者。这不到一周回头看,脸打的....
赌城看客 回复 悄悄话 关于“SARI是SARS的进化病毒”
1,SARI一词由来已久:
腺病毒可引起小儿“严重急性呼吸道感染”(severe acute respiratory infection,SARI)。北京医务界对SARS在2003年肆虐北京是“记忆犹新”、“时刻不忘”,所以很容易把严重急性呼吸道感染简称为SARI。你可以找到多年前的论文就用SARI。应该是北京儿内医生起的名“SARI”;
但是,
2,武汉新病毒是SARS的进化病毒:
科学界两周前就研究发现新病毒最接近舟山蝙蝠SARS样病毒。按病毒“进化”速度反推2年,更接近舟山蝙蝠SARS样病毒。进化不是只往“先进”方向变化,“进化”只是“演化”、“变化”。
Fanreninus 回复 悄悄话 好文,灯会细看!:)
Stegy223 回复 悄悄话 感谢及时分享!
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