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浅评石正丽2013年《自然》论文

(2020-02-23 03:25:50) 下一个

新型冠状病毒到底是起源于自然, 还是来自人工改造? 对于非当事者这来说, 很可能是一个永久的谜。 “202022, 石正丽院士对此问题在微信朋友圈愤怒回应道: ‘2019新型冠状病毒是大自然给人类不文明生活习惯的惩罚, 我石正丽用我的生命担保, 于实验室没有关系。奉劝那些相信并传播不良媒体的谣传的人相信印度学者不靠谱的所谓学术分析的人, 闭上你们的臭嘴。’”。在海外网站, 没有闭上臭嘴的人似乎更多。自然起源说支持者和人工改造论者都像是在有理有据地争论。门外汉老牛带着一头雾水, 就着Google大神, 趁着周六无事, 把武汉病毒所石正丽院士于2013年发表在世界顶级科学杂志《自然》第503期的、有关冠状病毒研究的文章“学习”一下。先声明一下, 老牛本来不是很关心病毒起源- -虽然目前倾向于“新型病毒源于实验室病毒突变逃逸或者逃逸突变”、也不关心阴谋论更不是要招摇撞骗来贩卖中草药治疗肺炎之类。老牛学习此文纯粹是为自己解惑, 此文聊作周末读书笔记而已。

1), 老牛读此文的动机是想知道石正丽研究团队是为什么、怎样分离到这个利用ACE2受体的蝙蝠SARS-类似病毒的其中, 两位作者“Johna K. Mazet” “Peter Daszak”是谁? 好像面熟。原来他们是在《柳叶刀》上发表声明, 表示新型冠状病毒是来源于野生动物、坚决反对阴谋论的二十八位有良知的、“中国人民”不会忘记的外国科学家中的其中两位科学家。看到是“外国”科学家, 老牛是不是也该相信新型冠状病毒不是重组。其他二十六为是何方神圣? 老牛不是很关心。但是, 声明中有这两位的名字, 其公正性就要大折扣!

2), “reservoirs”? 蝙蝠的粪便就像是阿里巴巴山洞里的宝藏

3), 到第二年, 也就是2014年, 美国暂停了病毒学的“GOF (gain-of-function, 获得性功能)研究目的是为了防止科学家们研究”而不是“盾”、防止科学家们制造潜在的进攻性武器 2013年, SARS刚刚过去, MERS正在流行, 阿里巴巴的山洞宝藏果然有好宝物, 一下子就有了三个能识别ACE2受体的病毒。其中SL-CoV-WIV1是最厉害的病毒: 因为是用猴子细胞从蝙蝠粪便中分离出来的, 因此除了猴子细胞, SL-CoV-WIV1上的RBD也可以识别人、果子狸、蝙蝠的ACE2受体。体外实验表明SL-CoV-WIV1病毒真是多项全能病毒, 能识别其它的受体/细胞/物种。SL-CoV-WIV1有可能有未知的、别的RBD? 好厉害。

4), SL-CoV-WIV1可能不需中间宿主, 新冠病毒病也就有这种可能。 不知道为什么新冠病毒的中间宿主是如此的重要? 还有病原体挖掘项目/寻找病原体项目”?  项目本意是病毒流行作准备”, 不小心泄露了就会适得其反, 就有可能制造病毒流行

5), 中外科学家原来都在/早就在人造病毒(9,13), 人造病毒不稀奇。改一改病毒上的RBD(受体识别基团)就可以把蝙蝠病毒“变脸”成人类病毒?

6), 蝙蝠的粪不知道臭不臭? 有毒是肯定的了。要是新型冠状病毒起源于石院士所说的武汉海鲜市场, 该海鲜市场不但不能消毒灭毒, 而且要保护起来。

7), 这四个氨基酸似曾相识吧? 原来它们早已研究清楚了, 很重要很关键的四个位点。

8), 这里应该就是城里哪位博主说过的选择、筛选”? 猴子细胞Vero E6上的ACE2受体可以去筛选合适的病毒? ACE2受体就成了鱼饵、筛子、钥匙? SL-CoV-WIVI病毒颗粒在蝙蝠粪便zhong应该是很少很少的, 但是一旦培养、富集, 一微克的纯化病毒样品就可能有10亿个病毒颗粒 (根据冠状病毒颗粒的直径为120纳米换算而成)

9), SL-CoV-WIVI病毒不但能感染猴子细胞、人肺泡基底上皮细胞, 而且还能感染猪肾细胞? 简直就是一个定时炸弹。要纯化多少病毒才能干这么多实验?

10), 觉得这是此研究的最重要的发现是, 来自2003SARS康复患者的的血清能够对付SL-CoV-WIVI病毒! 好像只要是能治疗, 这种研究就可以在P3实验室、而不一定在P4实验室进行

引用石院士论文中此研究的指出的意义作为结束: 1, 本研究证明了2003年的SARS-CoV病毒来源于蝙蝠2, 对SL-CoV-WIV1病毒的研究发现, 有些蝙蝠冠状病毒能直接感染人, 不一定需要中间宿主; 3, 本研究表明, 蝙蝠冠状病毒比以前预想的更具有大的多样性此项研究者们对未来如果发现大量的、具有遗传多样性的蝙蝠冠状病毒不会感到意外;  4, 石研究团队的研究表明, 针对野生动物的病原体挖掘项目”——也就是寻找与已知病毒相关的未知病毒”, 于公众卫生健康而言非常重要

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评论
石牛 回复 悄悄话 回复 'lzr' 的评论 : 收藏,几年后拿来印证。

是啊, 今年以回头看看现在的认知, 会有很多颠覆的.
石牛 回复 悄悄话 回复 'lzr' 的评论 : 其实美国人也是很聪敏的,知道虽然现在的这些谣言都是集中在中国的研究者身上的,但是他们自己的名字也是清楚的列在作者名单上,而且排名靠前的很多,真的这种猜测传播开来调查起来,他们自己也是逃不了干系的,而且被怀疑的可能性更大。

谢留言. 是有些奇怪, 没有人追查这些合作者的所作所为.
石牛 回复 悄悄话 回复 '菲儿天地' 的评论 : 查了一下,好像石正丽石是American Academy of Microbiology的fellow。 不是通常我们称的中国科学院院士或工程院院士,也不是美国科学院National Academy of Sciences 院士。

菲儿天地好。 谢澄清石正丽研究身份。
closeby 回复 悄悄话 收藏,几年后拿来印证。
lzr 回复 悄悄话 其实美国人也是很聪敏的,知道虽然现在的这些谣言都是集中在中国的研究者身上的,但是他们自己的名字也是清楚的列在作者名单上,而且排名靠前的很多,真的这种猜测传播开来调查起来,他们自己也是逃不了干系的,而且被怀疑的可能性更大。
石牛 回复 悄悄话 回复 'two2J' 的评论 :

谢two2J博主来访鼓励。
菲儿天地 回复 悄悄话 多谢分享,学习了!

查了一下,好像石正丽石是American Academy of Microbiology的fellow。 不是通常我们称的中国科学院院士或工程院院士,也不是美国科学院National Academy of Sciences 院士。
two2J 回复 悄悄话 谢谢博主!这才是人们对待问题应有的态度,学习了。
石牛 回复 悄悄话 回复 '莲盆籽' 的评论 :

莲盆籽好。 确实学到不少东西。
石牛 回复 悄悄话 回复 '股聋' 的评论 : 最大可能还是某种事故, 广义的讲 "野味传染" 也是事故.
"生化武器阴谋论"的话, 不理解之前数年间高调发表论文是什么动机 - 那不该秘密低调么?

谢来访留言。 也完全不相信"生化武器阴谋论"。
莲盆籽 回复 悄悄话 不懂生命科学,我只认识细胞和病毒两词。
进来佩服一下认真研究学习的石牛。
股聋 回复 悄悄话 最大可能还是某种事故, 广义的讲 "野味传染" 也是事故.

"生化武器阴谋论"的话, 不理解之前数年间高调发表论文是什么动机 - 那不该秘密低调么?
石牛 回复 悄悄话 回复 '康赛欧' 的评论 :

康康周末好!
康赛欧 回复 悄悄话 不懂专业,看是石牛的博文进来捧个场。
石牛 回复 悄悄话 回复 'wzhcad' 的评论 : 2015年论文说的应该是合成病毒的事吧?说明还是做过这些方面的研究。至于这次是不是泄漏,没有证据。

谢来访。 是说2015年《自然》的SARS文章吧. 我看了一下, 好像武汉病毒所的参与程度非常有限。
wzhcad 回复 悄悄话 2015年论文说的应该是合成病毒的事吧?说明还是做过这些方面的研究。至于这次是不是泄漏,没有证据。
石牛 回复 悄悄话 回复 'Wtp003' 的评论 : NEW YORK POST 文章

谢链接。 读了。
Wtp003 回复 悄悄话 推测病毒从病毒所泄漏是合理质疑不是什么阴谋论,前有SRAS泄漏的例子,本文谈到研究所持有相关病毒的可能性,而病毒所的安全问题早有人提出来。但病毒所具备了必要条件不一定就是的。就像说街上有人拿刀杀人了你家好几把刀一样。昨天 NEW YORK POST 文章https://nypost.com/2020/02/22/dont-buy-chinas-story-the-coronavirus-may-have-leaked-from-a-lab/
说的更多些。
结论:目前没证据病毒是从病毒所泄漏,但有很多信息去合理质疑。
石牛 回复 悄悄话 回复 'Redcheetah' 的评论 : why did it happen in 武汉?

谢来访。 谁知道呢?
石牛 回复 悄悄话 回复 'Wtp003' 的评论 : 因为管理不善

哈哈哈, 看过El Chapo(大毒贩“矮子”)的连续剧, El Chapo就从号称最严格的监狱成功逃走两次。
Redcheetah 回复 悄悄话 why did it happen in 武汉?
Wtp003 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :
有良心的科学家和因为管理不善病毒泄漏,逻辑上二者之间没有必然的有我无它的关系。SARS病毒就泄漏了二次,难道都是恶毒的科学家干的?收集一堆信息不用心思就下结论不可取。现在学述界(不论国内还是国外)趋向认为海鲜市场不是原发地,那常理推断病毒来源有那些地方?
石牛 回复 悄悄话 回复 'helix22' 的评论 : 但是一定要说是武汉病毒所泄露的目前依然没有证据。石正丽团队过去发表了很多蝙蝠身上取到的冠状病毒(包括与现在相近的浙江发现的),没有一个是现在出现的这个病毒。 如果是不一心泄露,谁能确保不会是一个已发表的?当然,这也不能证明就一定不是泄露的。

谢来访。同意您的看法。
石牛 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : Peter Daszak是纽约一个专门研究疾病生态学组织的负责人,和石正丽有过长期的合作,石正丽是蝙蝠病毒研究方面的专家,在这个领域有很多合作者。她的成果都很能经受时间的考验,并不像有些国内学者的研究成果那样水分很大。她对由蝙蝠病毒引起的萨斯,武汉肺炎,广东猪瘟病毒的研究举世闻名,有良心的科学家是尽人皆知,只有那些不知道这些事实的人才一位能够用阴谋论打到她。

欢迎凡人博主来访留言。 绝对不怀疑Peter Daszak和石正丽的权威性。只是石院士应该比任何人都清楚病毒研究的危害性, 可能是由于气愤至极, 她说的是“生命担保”、“人类(中国人?)不文明的生活习惯的惩罚..”是不是有点儿过了?
helix22 回复 悄悄话 整篇文章都是正常的科学研究, 你翻译的最后四个结论基本上反映了文章的意义。 研究病毒当然有危险性,要不然建P4实验室干吗? 研究RBD的性质是对病毒的了解,不等于人造病毒,用的是生化方法(这篇文章只是与过去的研究对比),而且很多序列变异已经天然存在。

对普通人来说,我觉得唯一有价值的是有些蝙蝠带的冠状病毒具有直接感染人的潜力。

但是一定要说是武汉病毒所泄露的目前依然没有证据。石正丽团队过去发表了很多蝙蝠身上取到的冠状病毒(包括与现在相近的浙江发现的),没有一个是现在出现的这个病毒。 如果是不一心泄露,谁能确保不会是一个已发表的?当然,这也不能证明就一定不是泄露的。
Fanreninus 回复 悄悄话 一位=以为,抱歉!
Fanreninus 回复 悄悄话 Peter Daszak是纽约一个专门研究疾病生态学组织的负责人,和石正丽有过长期的合作,石正丽是蝙蝠病毒研究方面的专家,在这个领域有很多合作者。她的成果都很能经受时间的考验,并不像有些国内学者的研究成果那样水分很大。她对由蝙蝠病毒引起的萨斯,武汉肺炎,广东猪瘟病毒的研究举世闻名,有良心的科学家是尽人皆知,只有那些不知道这些事实的人才一位能够用阴谋论打到她。
石牛 回复 悄悄话 回复 'old-dream' 的评论 : 就怕流氓有文化!细思极恐。

同感。
石牛 回复 悄悄话 回复 'old-dream' 的评论 : 米国也不一定有这种远见。但是,某墙国一定没有这种远见。

谢来访。所谓“远见”吧, 都是有的,说说是很容易的。 但是魔鬼在细节里, 会牵涉到政策的执行力、个人/群体的自觉、吹哨人/群的存在、假定危险的的修复等等
old-dream 回复 悄悄话 就怕流氓有文化!细思极恐。即使这次病毒没有引发全人类灾难,过不了多久,不定还整出啥幺蛾子,潘多拉呢!
old-dream 回复 悄悄话 这就是为什么,现有基因编辑婴儿在墙国诞生,不久(可能是)又有了正在遗害全人类的武汉病毒。
old-dream 回复 悄悄话 ”国家一定要有远见, 一定要有政策条例等来预防约束个人行为.”
赞同这个。米国也不一定有这种远见。但是,某墙国一定没有这种远见。
石牛 回复 悄悄话 回复 'Wtp003' 的评论 : 这个要大赞。花时间去读原文是真关心。
谢大赞, 是花老时间了.
石牛 回复 悄悄话 回复 '杰克_JK' 的评论 : 是不是重组,你没有把问题说清楚。病毒的野生的重组是无时无刻都在发生的事。往哪个方向重组,只有上帝知道。你要是暗喻人源性的重组,你的要分清个人行为还是国家行为。

哈哈哈老牛是有点闲得无聊, 这篇博文花老时间了, 俺还是去胡扯美国选举美国弹劾的的问题吧.
记得2016年的一个关于世界安全的问题的文件, 谈到了核、人工智能AI、和生物研究危险等等. 巴兄说得很对, 国家一定要有远见, 一定要有政策条例等来预防约束个人行为.
Wtp003 回复 悄悄话 这个要大赞。花时间去读原文是真关心。没人以前提到”不知道为什么新冠病毒的中间宿主是如此的重要?”。原文还提到中中间宿主不是必须。加之现在学述界趋向于海鲜市场不是原发地,保有病毒存在地方重要性不言而喻。
杰克_JK 回复 悄悄话 回复 '石牛' 的评论 : 【看到是“外国”科学家, 老牛是不是也该相信新型冠状病毒不是重组。其他二十六为是何方神圣? 老牛不是很关心。但是, 声明中有这两位的名字, 其公正性就要大折扣了。】

》老牛啊,现在看你在追踪这个事,有点万维右派们喜欢做的事了!公正折扣还是不折扣的,为啥科学家不能说有良心的话?你除非假定每一个科学家都一定不会说公正的话。这是你的假定吗!28-2=26!为啥你的眼睛要盯着当中的2,而不是相信里面的26呢?

是不是重组,你没有把问题说清楚。病毒的野生的重组是无时无刻都在发生的事。往哪个方向重组,只有上帝知道。你要是暗喻人源性的重组,你的要分清个人行为还是国家行为。我就不扩展这个问题了。请你自己想想。
石牛 回复 悄悄话 回复 'BeijingGirl1' 的评论 : 石正丽是院士吗?

京妞周末好。 没有查, 只是看到过石正丽是美国微生物名誉院士。
石牛 回复 悄悄话 回复 'voiceofme' 的评论 : 当然也会有其他的天然冠状病毒被武汉病毒所提取出来,然后被露出。
欢迎来访。确实是, 就是担心泄漏逃逸问题。
BeijingGirl1 回复 悄悄话 不懂专业。 石正丽是院士吗?
voiceofme 回复 悄悄话 是太巧了。2013 发现的SL-CoV-WIV1是从云南BAT中提取出的天然冠状病毒,和2003年SARS最近的。当然也会有其他的天然冠状病毒被武汉病毒所提取出来,然后被露出。
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