润涛阎的小天地

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润涛阎科学故事(二):一瓢冷水一个巧遇

(2019-05-11 02:45:58) 下一个

皮特让系秘书给初来乍到的我办理了图书馆复印卡,就是付了钱的卡,插入就可以复印了。我天天在图书馆读资料,也在那里遇到了一位好客的中国人,他是学生在读博,也常常在图书馆查资料。是他主动跟我打招呼,从此我们成了朋友。万没想到,后来我破解葡萄糖转运机理之谜,与认识他有关。

 

我偶尔也去实验室看看,虽然我还没拿工资,可在皮特眼里也算是他的雇员了。一天,他在楼道里看到我,让我在实验室等他几分钟,他说电话约好了一位教授,如果他现在有时间我们去见他。

 

这教授是搞X光衍射的,他还把他的一位技术员叫过去,四人开始谈合作的事。皮特先讲我们想通过合作,就是用X光衍射揭开葡萄糖载体蛋白的工作机理,是怎么把葡萄糖带入细胞膜的动态模型。当然我们先纯化膜蛋白。教授听说我们还没纯化膜蛋白,就笑了。他说膜蛋白纯化不容易结晶更难,这些都需要很长时间摸索。皮特说他清楚,让他跟我讲,并让他给我介绍X光衍射解构膜蛋白的特点与瓶颈,说我没搞过。

 

教授就说:“X衍射解构,外行人总把它看成是照相一类的,可不是照相那么简单。衍射斑点无法给出任何直接的动态结构。你还没解决膜蛋白纯化、结晶的难题,你就是把你的膜蛋白结晶了,明天就拿过来,仅仅根据衍射斑点你是无法知道工作机理是怎样的。别说是动态机理,就是结构本身,都不是那么容易得知的。就好比DNA双螺旋结构,那可不是靠衍射斑点解密的。瓶颈在于你要提前知道这个结构应该是怎样的,然后去查看斑点。你要在脑子里想出一个结构,如果衍射斑点与你想出来的结构吻合,就算对上了。你这葡萄糖膜蛋白有没有已知的类似的机理模型?比如说任何载体膜蛋白的机理?如果有,那就容易先想出来类似的静态结构,再跟衍射斑点对照。”

 

皮特说:“没任何膜蛋白载体模型可以参考。”教授一听就摇头,看着我说:“这动态的模型,如果靠凭空想象就跟衍射斑点吻合?衍射的材料是一种状态,是静止的,还得推断动态是怎样的。这难比登天!如果有这样的人就凭头脑想象的动态模型,刚好跟在静态结晶时衍射斑点吻合,那要是做出来,那他跟上帝差不多,一定震惊整个学界。所以,关键的创造性在于凭空想出来的动态结构刚好是对的。可你应该知道:人类凭大脑想象出来的动态模型,基本上都跟事实对不上!比如说DNA结构是什么样的,不同的人不是衍射斑点的差异,而是想象力。同样的衍射斑点,鮑林想出来的是三螺旋,而沃森想出来的是双螺旋,其他人没能想出一个结构。光靠看衍射斑点,你们是无法得知葡萄糖载体蛋白的动态模型的。搞X射线衍射解构,我们合作没问题,可你需要知道,如果没有构想,那基本上等于浪费时间;如果用别人在其它同一个膜蛋白上已知动态模型对照衍射斑点,我们再搞出结构,那三流杂志都很难发表,因为没新意。你可别误会,我是很高兴合作的,但需要让你知道情况是怎样的。”

 

他介绍的详细做法,我这没搞过的门外汉听得云里雾里。结论就是靠X衍射得知葡萄糖载体的动态模型是非常困难的。如果容易,早就有人做出来了。

 

回去的路上,皮特问我:“润涛,你还想破解这个谜底吗?”

“是的。显然,X射线衍射这条路走不通,我无法预设动态模型,胡乱猜想出来的那得多少种啊?跟微观的真实情况可能一个都对不上。还没有任何膜载体蛋白的工作机理被破解,我想我们必须走其它的路。怎么走,我也不知道呢。可从另一方面看,现在还没有任何膜蛋白载体的转运机理被破解对我们来说也是机会。假如已经有了,或者在我改进了膜蛋白结晶技术而完成了从纯化到结晶的步骤期间,有人用生化或其它方法得到了机理模型,那我们解构的论文属于精雕细刻,只能去三流杂志,那还不如干点别的。所以,我们可以走其它的路子。”

 

“其它的路?你别想用拉伸玻璃管技术(他用手比划着拉伸玻璃管)研究膜载体蛋白。离子通道有开关,不论是电压开关还是靠另外的因子控制,都可以用该技术研究离子通道的开关是怎么工作的。而膜载体没开关,只要有被转运的底物分子,就直接进去。这办法也不适用,还能有其它什么办法研究葡萄糖载体得出工作机理?”

 

“我不知道。我得想。”

“好的。你想吧。需要我帮忙,告诉我,跟哪个实验室合作都不是问题。”

 

(注:皮特说的拉伸玻璃管,叫patch clamp,发明人两手拿这一跟细玻璃管,用火烧玻璃管的中间段,在没化掉前用两只手拉伸,拉很长,玻璃管非常细,但里边还是空的。用此微玻璃管扎细胞膜,把细胞膜切下一小块就堵在了微管里边,就有可能这小块细胞膜上只有一个离子通道蛋白,便可研究离子通道如何打开与关闭。很快就有了专门拉伸微玻璃管的仪器,此玻璃管技术研究离子通道野路子我开始琢磨揭秘葡萄糖载体模型的第二年(1991)获得了诺贝尔奖。可惜,这技术我们无法用于载体膜蛋白的研究。)

 

这可真是天意!我在图书馆结识的这位博士生竟然为我揭开这世纪之谜无意中打开了一扇门。要不说精彩故事总是那么神奇呢。

 

待续。

 

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关于颜宁博士的“过去50年X光衍射未能解构葡萄糖载体的工作机理”,我的解释是这样的:

 

1.是否有前人发表过,不能只看X光衍射一个领域。过去50年没人利用X光衍射得出葡萄糖载体机理,不等于葡萄糖载体的工作机理没被揭开,因为在科学解密领域什么研究方法无所谓。就算你的方法搞出来的在你眼里更仔细,那也要说出前人已经知道了同样的机理。 

2.关于是否读过前人得出过同样结论的文章,这不重要,因为无法证明你没读过。否则,你何必要把世纪之谜改成半个世纪?不就是想说X光衍射得出的结果才算,否则哪里来的半个世纪?再说了,科学界不在意你是否读过同样的模型机理研究。就好比专利,你不能说我没读过就不交专利费。你没读过,那你怎么能如此神速地就搞出来了的? 

3.真相并没大家想象的那么难澄清。搞X光衍射的大牛们不是在葡萄糖载体膜蛋白领域,只是看到她投稿的论文前言里讲:“葡萄糖载体的工作机理依然是未知的”(这句话在发表了的论文里还在)便信以为真。她也没撒谎,她的意思是指过去50年里X光衍射领域没人能搞出来葡萄糖载体蛋白的工作机理,而审稿人认为她讲的是不论通过什么方法,葡萄糖载体蛋白的机理都没被人研究出来过。根子就在这里。当然,我无法排除她真的没读过我的两篇文章。我跟她素不相识也未曾谋面,不了解真相只能靠简单的推理,毕竟她的团队很多人,有的在读博士。读博士搞葡萄糖载体蛋白,不查一下这个领域里是否有文章发表过,
令科学家费解。而且论文是发表在《细胞》、《美国科学院院报》上的。

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评论
cloudhk 回复 悄悄话 不对。刚才这段引用说的是钠离子和另外一个放电的什么一样,跟博主的没有关系。不过她博客里原话说的是碰瓷,看完对她好失望,虽然一直也没追捧过她。
紧跟着学 回复 悄悄话 回复 '92m' 的评论 : 颜宁用钠离子的图来证明她想到喇叭口和Yan-Maloney 模型无关,这听起太有此地无银三百两的感觉!可她发表是葡萄糖转运机理论文不是钠离子机理。她现在知道了葡萄糖载体机理,是Yan 和 Maloney第一次发表的,就应该承认和尊重前辈的成果。这里在美国做科研几十年的学者,都知道做科研不容易,苦思冥想和大量的推算实验,有时是错的,或者发现别人已经做过了。在别人已经做过的东西上你再添砖加瓦,再有新意都很难上一流刊物。但做学术研究,如果参考过别人的学术文章,和多少无关,在自己文章的Reference里面都必须提到,或者知道别人比自己提前解决了学术问题,必须接纳认可,这都是大家在美国自觉遵守的学术道德。

看到你贴的几段颜宁在她微博对此事的态度,和我们真的有代沟了。我周围人对学术谦虚严谨,对科学研究公平公正的态度,在颜宁的文字里看不到。看到的是任性和随性。 希望有合适的方式,美国该领域的学术界对这个发明葡萄糖载体机理的先后次序有一个公正的评判。

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回复 '润涛阎' 的评论 : 不懂生物科学,难道她的意思是既然1966年那个钠离子通道模型看起来像喇叭口,所以之后一切任何其他像喇叭口的模型都是由此受启发而得来的?喇叭口已成为公有领域?
cloudhk 回复 悄悄话 翻了下她的微博,看到了这段话:
“人骨骼肌中控制动作电位的钠离子通道与电鳗中控制放电的那个亲戚长的竟然一模一样,连糖基化位点都没差。谁敢不相信进化!”
。。。。
我是文科生,估计她要用这个钠离子通道一直混淆下去了。看完好失望啊,为什么年少成名的人不给自己留一点余地?为什么要把所有的好处都占尽才满意?怪不得觉得那高颧骨不舒服,原来在这里。
时不时来看看 回复 悄悄话 > 没读过她的论文,不过看她微博汉语写作的文风都是这样的

颜宁挺可怜的,以42岁的高龄追着20-30来岁各种帅哥的动态,对爱是极度地渴望吧;用10几岁叛逆少年的口吻说着非黑即白的豪言,内心是极度的不平静吧?这样的蠢蠢欲动的心,如何能把持住眼睛看2-8埃的结构呢?

可是可是哪位20-30岁娱乐界帅哥敢来娶你颜美女呢?
灌水三千 回复 悄悄话 回复 'leisure' 的评论 :
在这篇综述中,作者指出:

The bestcharacterized members of the family are UhpT and GlpT, both of E. coli, for which detailed topological models have been presented (29, 90, 91)

其中90, 91 两篇文章就是老阎在CELL和PNAS的文章。

所以我认为颜宁在她的结构文章中不提或只间接引老阎的文章都是欠妥当的。

间接地引了其实可以作为颜推托的借口的, 可是她现在傲慢得连借口也不愿意找了。
fanfu002 回复 悄悄话 颜团队是否读过Yan & Maloney的论文,应该让Nature自己去询问及判断。只要Nature再审评是否颜团队的是最先就可。如果Nature还不了解近况,那(最好由第三方)通知他们就行。
旧日云中守 回复 悄悄话 人家已经成名,在这利益的驱使下,利益团体是空前团结的,作为政治生物,他们追求的是权力、名声和地位,个人喜好与价值观念可以参照政客,屎壳郎肯定是拼死护住自己眼前的那堆,如果国内有采访施一公的,他绝对就是回答,不了解这个人,不清楚他做了啥,炒作起来的人你还能指望他们有何公共道德,再说美国社会本来就强调个普世价值,没啥道德。希望阎先生尽快写完这个系列,然后发英文,至于自然杂志期刊会怎么回话,只能走一步算一步。您不在学界很多年,您的导师当年都失败了,这个世界很多时候很多事是没地方去说理的。但是您的美好回忆和逻辑创新的故事会留下来,真相可能被掩盖,不可能永远被掩盖!有位望您健康快乐长寿,可以看到那一天。
92m 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : 不懂生物科学,难道她的意思是既然1966年那个钠离子通道模型看起来像喇叭口,所以之后一切任何其他像喇叭口的模型都是由此受启发而得来的?喇叭口已成为公有领域?
92m 回复 悄悄话 回复 'deep-depression' 的评论 : 没读过她的论文,不过看她微博汉语写作的文风都是这样的,估计和这里的大部分人都有代沟吧哈哈
达姆TU 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :
没法告诉她。她的微博,她能决定删什么,留什么。她的博客留言大部分都是吹捧她的粉丝的话,我没必要去做无用功。但是她一定看到了这里,而且心里很清楚怎么回事。她的回复称润涛阎的话是一面之辞,孰是孰非,让内行人去判断。
我现在对颜宁的人品也有了质疑。

润涛阎 回复 悄悄话 回复 '达姆TU' 的评论 :

你能告诉她吗?

她搞的不是钠离子啊,是葡萄糖载体。葡萄糖载体的机理模型是Yan&Maloney第一个发表的。她这是欺骗外行啊。如果她搞的是钠离子,而非葡萄糖,她就需要把钠离子的模型在文章里给出参考文献。

还真的见到奇葩了。
达姆TU 回复 悄悄话 颜宁已经知道了这里讨论的,并且已经在微博上回复了。我把微博截图,发在了城里的论坛奇闻怪谈里(因为这里留言无法直接贴图)

http://bbs.wenxuecity.com/ghost/184712.html
旧日云中守 回复 悄悄话 https://www.cnbeta.com/articles/tech/844377.htm
这里更狠,叫做八杆子打不着的科普博主,真是牛的不行,美国院士,这口气大的比川总统有一拼。
leisure 回复 悄悄话 小颜2012 Nature文章没有应用Cell的任何文章,但她引用了
18. Pao, S. S., Paulsen, I. T. & Saier, M. H., Jr Major facilitator superfamily. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 1–34 (1998)

这篇回顾文章的第90条文献就是老阎的文章
90.?Yan R.-T., Maloney P. C. (1993) Identification of a residue in the translocation pathway of a membrane carrier. Cell 75:37–44.
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回复 '时不时来看看' 的评论 :

从给出的证据看,小颜的团队不是在打“擦边球”,而是在撒谎啊。
旧日云中守 回复 悄悄话 https://m.weibo.cn/u/1656918431是真的这么说的
old-dream 回复 悄悄话 老阎这里跟帖的可能都是习惯于以君子之心度人之腹。
deep-depression 回复 悄悄话 回复 '92m' 的评论 : 怎么是这样的说辞,难道她跟韩寒一样是个假货?
旧日云中守 回复 悄悄话 如果真的是说阎先生在碰瓷颜教授,二十后发文章的人说二十年前发文章的碰瓷了,这世界真奇妙!那么激起华人内斗的大帽子就不要扣了,估计阎先生和颜教授都认为君子不能欺人以方,就让事实说话吧!等着看两个人的科普文章对比!然后就是阎先生递交质疑,然后再次被颜院士团伙的主流科学家仲裁,变成狗屁倒灶一地鸡毛!阎先生的确是声望很高,但是批斗一系列粉的过程中得罪人的也是大把,真是个让人绝望的世界!
时不时来看看 回复 悄悄话 博主别剧透故事里会有关于施一公的情节。如果您说话“小施”能听一点,建议他放过颜宁,让颜美女回归自我,找个帅哥嫁了。放过的意思是,解除一切关系,包括师生。

“1992年,施一公和赵仁滨在校园结婚。1993年大年初六,他们的一对龙凤胎儿女出生。”
lin13590 回复 悄悄话 经过这几天的讨论,舆论已经形成,且已传到国内。现在最重要的是,给Nature 及Science 写信,指出颜宁论文中的末知并非是末知,而是1993 年在Cell 就发表了的已知,这种letter to the editor 是会给当事人及审稿人 看的, 大部分是半学术性质的,登出来了跟论文一样是永久保存资料。这封信建议尽快由老阎本人来写,希望老阎积极点,这不仅仅是为你本人,也是为你的导师及整个社会。
时不时来看看 回复 悄悄话 http://www.xys.org/dajia/shiyigong.html
old-dream 回复 悄悄话 侧面了解一下吧:
http://www.xys.org/xys/ebooks/others/science/dajia20/shiyigong.txt
http://xysblogs.org/fangzhouzi/archives/1710
old-dream 回复 悄悄话 回复 '流云飞瀑' 的评论 :
看来在那里待久了的人,行为有典型的兲朝特色,不能期待太高啊。
流云飞瀑 回复 悄悄话 看颜宁的回复估计是要不认账了。期待阎兄好好维权,把真相大白于天下。
92m 回复 悄悄话 nyouyouM :谁再E-mail骚扰,我就把这些地址贴到微博上,给网络广告们送粮食。之前的一笔勾销,从现在开始,别说我没有提前警告!毁誉由人,这本来就不是个体可以控制的;在网上随便怎么闹腾,别来烦我就好。但是发E-mail等于踢上门,不能忍!同理,玩微博在自己地盘骂人,随便;但到我这胡说八道,那就做好被删黑的准备。我早就放弃在网络上讲理,毕竟被碰瓷出了经验,不会再像小时候那么na?ve(糟了,用面面表情上瘾,估计这个会隔三差五出现,不喜请自行取关)
92m 回复 悄悄话 nyouyouM :@返朴 《117专栏》我本来还苦思冥想写什么,因为我家王萍和史隽对于疾病和药物开发实在比我都理解深刻的多。术业有专攻,我怕我跑到健康专题晃荡,会写的不伦不类。不过这两天一堆神经病竟然给我写邮件骚扰(当然已经一概配合着面面表情拉黑)。任何人要是真有底气,正儿八经在学术期刊发篇评论,作者们自然正儿八经写回复,这叫做学术争论。否则给您做广告,让吃瓜群众免费看戏么?

不过这倒是提醒了我,完全可以把自己的科研领域做个科普嘛,省的[吃瓜]群众不知道来龙去脉,把个绘声绘色的网络一面之词当经典,这是欺负人家1966年就提出alternating access机理原型的Jardetzky老先生三年前去世了么?请@返朴 过一周提醒我写这篇科普啊
92m 回复 悄悄话 你们去小颜微博看了吗?感觉她被惹毛了的样子,在威胁把这两天给她发邮件的网友们邮箱放在网上公布呢
chezclement 回复 悄悄话 阎先生不明说的简单合理的推论是,清华花大钱买了大设备,小颜要做大实验,11(霍普金斯的那个博士生?)记起Yan-Maloney模型,建议之后6个月就在大电镜上证实了。文章要投Nature,就不能引用阎的文章。
不仅是读过文献没有引用。这个实验根本就是源于那文献里的模型!
cowwoman 回复 悄悄话 回复 '紧跟着学' 的评论 : 我觉得她是很专心和认真的人。
cowwoman 回复 悄悄话 回复 '油人队球迷' 的评论 : 你们都太聪明了!老阎的读者们也都是有水平的。谢谢答疑。
紧跟着学 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 : 对不起,看起来是我太敏感了。身为女性,我对颜宁得到外籍院士还是很骄傲的,钦佩她的才华。但是到现在她还没有发声做个总结或者解释,有些失望。她有才气没有人质疑,但现在对她的人品有一些疑惑呢。我赞同你说的,这样的行为很难用士或侠评价。我们静等,她是不是一个有担当的科学家。这事不会悄无声息就了的。

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几天前,我认为颜是位“颇有担当的科学家”,当断定她知道博主科学发现后仍然在Nature文章上声称不知道,而且已经近7年了,我对她在科学上的评价是“一位不合格的科学家”。

这样的行为很难让我用士或侠评价。您觉得呢?
油人队球迷 回复 悄悄话 回复 'cowwoman' 的评论 : 来个不太严肃的跟帖, 你要"时不时来看看"评论那位L女士, 他回复"没有评论". 按照国务院发言人的套路理解, 信息越少, 信息量越大 - 他的评论已经在里边儿了. 另外担心评论稍有"不慎", 性别歧视的帽子又来了 :)
时不时来看看 回复 悄悄话 找这个文献是博士生基本功,比起颜宁做埃米级实验的难度差太远太远了。颜宁看到那个结构是在2-6埃米的长度上,约10的负9次方米。

这也佐证,颜宁不可能找不到那么用几毫米大字写了20年的重要相关文章,还发表在Cell上:)

旧日云中守 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 : 您真牛!老阎都得对您说声服气!您这工作细致的!感觉最过瘾的就是阎先生说逻辑推理觉得“颜教授打了擦边球”,您立即回放剪辑录像,并用慢动作高清晰镜头说:“看,擦边了”。
时不时来看看 回复 悄悄话 抱歉,对李一诺女士,我没有评价。
时不时来看看 回复 悄悄话 这是我如何断定颜宁知道博主1993 Cell文章的:

颜宁2012 Nature文章,点这个https://www.nature.com/articles/nature11524
向下拉,找到第18条参考文献,长这样

18. Pao, S. S., Paulsen, I. T. & Saier, M. H., Jr Major facilitator superfamily. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 1–34 (1998)

这篇文献的全文在这https://mmbr.asm.org/content/62/1/1.full

向下拉到参考文献第90条就是博主1993 Cell文章
90.Yan R.-T., Maloney P. C. (1993) Identification of a residue in the translocation pathway of a membrane carrier. Cell 75:37–44.

所以颜宁应该知道博主1993文章。
cowwoman 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 : 你介绍下,我搜了不少她的东西。感觉她很油。她该比颜宁不老实。实在太过聪明了。
油人队球迷 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 : "因为小颜2012年文章中引用了一篇1998年的回顾总结性文章,这篇文章中回顾了老阎1993年的结果." - 你这句话是重点, 对引用文章的细节关注和验证, 符合博主推崇的逻辑思维方法论, 赞一个.
时不时来看看 回复 悄悄话 真心希望对这个是非还感兴趣的女士(们)找李一诺(搜微信一诺)和颜宁私下聊聊。

从我对博主的了解,如果这个机理是他自己一个人的发现,估计诺奖给颜宁他也会为她高兴。他不可能去"举报” 以收回颜宁的Nature文章甚至是美院士称号,发这个博文也是觉得对Maloney先生的在天之灵有个交代。

对于我这类吃瓜群众,颜宁做啥真没半毛钱关系。搞清来龙去脉纯属好奇,评价一番纯属红尘一男之举。

我也不再评价这事了 :)
cowwoman 回复 悄悄话 女人大脑和男人不一样,男人抽象思维厉害很多。老阎不死乞白咧的告诉你,对没生化训练过的人真不懂他论文到底论述啥呢,而颜宁的很直观好理解。但我相信同行一定能鉴定出来。我是不废话了,只希望公平正义在人间。
旧日云中守 回复 悄悄话 回复 '紧跟着学' 的评论 : 时不时来看看没有歧视的意思,风尘才有歧视的意味啊?我们都是红尘男女,阎先生终身的克己、自律,致力于学习、科研、社会、人文、政治、文学,加上退休,虽身在红尘精神境界已经超脱红尘!所以说不在一个波段。
时不时来看看 回复 悄悄话 > 你说颜宁乃红尘一女. 让我感觉你有性别歧视的口气

抱歉,让您有这个感觉。

不过,红尘指繁华世间https://baike.baidu.com/item/%E7%BA%A2%E5%B0%98/2377
一女 指平凡一女子,愿争不属于自己的名利。

几天前,我认为颜是位“颇有担当的科学家”,当断定她知道博主科学发现后仍然在Nature文章上声称不知道,而且已经近7年了,我对她在科学上的评价是“一位不合格的科学家”。

这样的行为很难让我用士或侠评价。您觉得呢?
紧跟着学 回复 悄悄话 回复 'cowwoman' 的评论 : 你这么讲我想起来了,老阎和施一公曾经同校,老阎发表葡萄糖载体的两篇文章时,小施也在霍普金斯医学院,老阎当时还得了霍普金斯“青年科学家奖”。你觉得施一公有没有可能和颜宁讲过老阎这个葡萄糖载体的工作机理?我知道没有根据乱猜不好,但这很容易让人联想啊
cowwoman 回复 悄悄话 老阎和施一公同宗同门。。。。。有今天的结局可能是必然的。施一公选的徒弟有意思。时间和所有人开了一个人大玩笑。命!
cowwoman 回复 悄悄话 老阎和施一公同宗同门。。。。。有今天的结局可能是必然的。施一公选的徒弟有意思。时间和所有人开了一个人大玩笑。命!
紧跟着学 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 : 猜想你是一位男士。 你说颜宁乃红尘一女. 让我感觉你有性别歧视的口气。虽然网络世界别人看不到你的脸,但落笔尊重他人,有些绅士风度应该很容易做到吧。

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我个人对小颜的看法:无他,亦乃红尘一女.

博主和她根本不在一个波段.
紧跟着学 回复 悄悄话 回复 '旧日云中守' 的评论 : 润涛阎第一篇文章就是表达了淡泊名利和不希望看到华人内斗的意愿。博主说人生追寻真善美,是他自幼年起的终身追求。同理在科学界也要讲真善美, 有良知的。颜宁和团队之前知道不知道已经不重要了,因为现在应该知道这个相同成果已经有人在20年前就发表过了。这个公关危机如果处理就看颜宁的人品和智慧了,主动权抓在手里,认可前辈的结果,会得到大众的尊敬。如果拖延时间,以为可以不了了之,那主动变被动,就像楼下这位讲的,英文版出来就不会这么平静了。在美国做这方面研究的中国科研着,是不会平静接受的。

我想看到的是,润涛阎有一天可以坐在家中闭目默默地对Dr.Maloney说,We did it,我们的成果被学术界认可。

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最重要的是阎先生把这个系列写完,然后中文、英文摘要写出来,国内知名网站、国外社交媒体和科学的刊物网站都发过去,相信会给一个说法,没准成为弹药呢!阎先生目的是告慰逝者,同时自己心气得平,我们大部分读者尤其是长时间的“阎粉”都相信您本人是真的淡泊名利,但是我真的认为会有些不能掌控的情况发生,比如利用此事做些阎先生都不愿意见的事,希望颜教授看到此系列博文后立即反应动起来,人际危机公关意识有没有啊?最好的结果就是阎先生和颜教授直接沟通,把矛盾限制在大家可以接受的范围,否则结果就真是华人内斗了!阎先生选择今天才站出来说话,已经是极有节制、极厚道了,如果颜教授以为仁者可欺侮,那城里大把吃不饱也要打抱不平的,我不信阎先生写完此系列的文章,英文版出来后还是这么平静。
旧日云中守 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 : 同意您的判断!
时不时来看看 回复 悄悄话 我个人对小颜的看法:无他,亦乃红尘一女.

博主和她根本不在一个波段.

坐等下集.
旧日云中守 回复 悄悄话 最重要的是阎先生把这个系列写完,然后中文、英文摘要写出来,国内知名网站、国外社交媒体和科学的刊物网站都发过去,相信会给一个说法,没准成为弹药呢!阎先生目的是告慰逝者,同时自己心气得平,我们大部分读者尤其是长时间的“阎粉”都相信您本人是真的淡泊名利,但是我真的认为会有些不能掌控的情况发生,比如利用此事做些阎先生都不愿意见的事,希望颜教授看到此系列博文后立即反应动起来,人际危机公关意识有没有啊?最好的结果就是阎先生和颜教授直接沟通,把矛盾限制在大家可以接受的范围,否则结果就真是华人内斗了!阎先生选择今天才站出来说话,已经是极有节制、极厚道了,如果颜教授以为仁者可欺侮,那城里大把吃不饱也要打抱不平的,我不信阎先生写完此系列的文章,英文版出来后还是这么平静。
时不时来看看 回复 悄悄话 我来小结一下:

葡萄糖能直接进入生物细胞提供能量,这个过程开始于很久很久很久很久很久以前.

科学家发现这个事实在大约100以前,随后葡萄糖是如何直接进入细胞的就成了一个世纪性科学难题.

老阎和Maloney于1993年发现并论证了这个机理,结果发表在顶级期刊Cell上.

按科学常理,这个机理的发现者称号自此就不该有任何别人的份了.

大约20年后小颜登场.她及其清华团队在2012和2015年的2篇Nature文章中声称这个机理在那之前还不可知,但他们发现了,所以在那两篇文章中报告给大家.

老阎最近这两篇博客文章表明,小颜发现的结构或机理,就是他们1993年发现的,一模一样.

小颜是尴尬了,有两个可能的事情可以主动做: 要么否认她的结果与老阎的一样(这个很难),要么否认她在发Nature文章前知道老阎20年前的结果.

然而许多人的推理及经历表明:小颜及团队在发表那两篇Nature文章前是知道老阎20年前结果的.我本人的结论也如此,因为小颜2012年文章中引用了一篇1998年的回顾总结性文章,这篇文章中回顾了老阎1993年的结果.

因此,小颜是在明知老阎及合作者的科学发现的前提下,用不同的技术手段重现了那个发现.小颜的贡献也就仅限于确认了这个机理.当然,小颜今日之后对此做啥是她的事,但她要继续声称是那个机理的发现者会越来越越没人认可.

以上小结省略的不少细节在老阎的博文及评论中可以找到.
wxcityreader2007 回复 悄悄话 小yan没有引用老yan的文章,即使借口是没有看到也应该有责任,自己不知道的事不等于不存在,何况老yan的文章是发表在最高级的杂志上,在生物医学领域cell 的级别应该比Science和Nature高。这件事Nature杂志的编辑也有一定责任,因选择的审稿人一定也不是特别熟悉这个领域的进展。
紧跟着学 回复 悄悄话 回复 'lulalala' 的评论 : 非常赞同你的观点。如果颜宁得出的结果就是自己和团队辛苦做出来的,和润涛阎的结果一致只是巧合而已,我们应该尊重和认可两个人的成就,而不是打压谁,抬高谁。海外做科研的华人,在追寻科学知识的过程中,也认可和遵循科学界公平公正的原则。我觉得应该让颜宁和她的团队还有Nature杂志社知道老阎发表的论文,起码认可老阎的成就。颜宁Nieng Yan现在就在美国Princeton University大学,找到她的邮箱非常容易,Google 或者去Princeton University网站一查就能找到的。

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才看到你这篇博文,不知道现在留言是不是有点晩。
这里应该有个压差,细包改变形状是为了产生压差,葡萄糖单方向从压强高点流向压强低点,与细胞站着和躺着没关系。所以图一和图二工作示意图应该一致。
我觉得小Yan是不应该被打击的,老Yan是不应该被抹杀的。搞科研的人很辛苦,科研工作者应该有承上启下互相合作的关系,不管小Yan以前知道不知道老Yan的论文,现在她知道了就应该要面对的。
liuwenxue 回复 悄悄话 钦佩阎兄气量,但更感慨阎兄遭遇。以我对国内大学图书馆的了解,除非刻意不看,颜宁及其团队不可能看不到阎兄的原创论文的。因此为学术规范计,建议阎兄能有所行动并祝成功。
ran168 回复 悄悄话 回复 'Keyo' 的评论 :

建议由群里的多位生命科学家写给Nature期刊letter to the editor 问询,而非阎兄本人投书。我们就看下编辑们的回应。
chezclement 回复 悄悄话 那个学生是11?
康霖 回复 悄悄话 猜想颜宁可能度假去了? 这个消息应该会传到她那儿的,不然怎么没反应?

好奇搜了Peter Maloney,发现他12/12/2013 过世
颜的文章2014年六月发表
coincident??
cowwoman 回复 悄悄话 Crystal structure of the human glucose transporter GLUT1

的第一作者是邓东,第二作者是徐超,第三才是颜宁。看了这标题感觉表达更直观,大众化一些。科学网有颜宁写的这个实验的心路历程,不让转载,自己搜去吧。我觉得和第一作者关系不小。如果是抄袭,始作俑者估计不是颜宁。

对比老阎的论文题目,老阎的更抽象化,模型化一些。

如果颜宁凭这个进美国科学院,老阎早该进了。冤!

wibblypig0 回复 悄悄话 回复 'lin13590' 的评论 : 看到有人转发你的短文到国内的知乎网站了
Keyo 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : 在论文引言部分写出葡萄糖载体的工作机理还属未知,是非常冒险的。尤其是去一流杂志发表。模型一模一样,就很难给出解释。如果不一样,比如是个筒子模型,那就直接可以说否定了前人在《细胞》发表的工作机理模型。
_____________

博主在科普的同时,可否考虑给[Nature]编辑写信letter to the editor, 指出颜文引言中的不妥之处,将您的示意图和颜的示意图摆到一起,颜或她的团队是否读过您文章倒不必提。看nature编辑如何反应
雨女 回复 悄悄话 回复 'lin13590' 的评论 : 直接写成“不是颜宁,是润涛阎第一个发现了葡萄糖载体的工作机理”。
雨女 回复 悄悄话 回复 'livinghere' 的评论 : 不可能没有。就算清华没有,北京的几个科研单位肯定有。
livinghere 回复 悄悄话 有没有清华的?让清华的朋友,去清华图书馆看看是否有1993的Cell期刊就知道了。
雨女 回复 悄悄话 还是那句话。不同意没读过。如果一个人的研究课题是“葡萄糖载体的工作机理”,她必须要去查与此相关的文献。怎么可能看不到呢。你说她在清华看不到美国文献。cell和PNAS可都不是垃圾杂志。你在安慰自己。不过,我同意你在第一篇里面说的。你由衷地为她再一次证明你的模型是正确的感到高兴。这是真的。

很多科学家都是人梯。但是,踩梯子的人不能忘了。你的第一篇文章我都读懂了。这篇里的拉玻璃管也读懂了。

本来没怎么关注颜宁事件。今天论坛有人谈起,才来读你的文章。
BIT 回复 悄悄话 1. 颜宁团队没有看见老阎的文章不可能的, 那两个期刊还用网络检索吗? 随便顺藤摸瓜两步就看到了。尤其是一次性把本蛋白所有氨基酸都定点突变一次的发表在细胞上的研究,你说没看见, 别逗了。 他们就是装没有看见,或者说是故意把老闫这个当成和他们的研究不是一个类别,依此不予引用和提及。 这样就可以吹嘘说我们是第一。
2. 几十年来,到现在都是,只要是搞出个蛋白晶体结构的,都能上科学自然。 没有办法,就是这样。 但是反过来说,也有一定道理。 用其他方法得出的结论,都是间接的,只能称为假设或者模型。人家这个X-射线结构一出,就是最后的结论,不是模型了。
3. 中国那一套就是吹,都不能免俗,每个人都这样。重要的蛋白酶多了去了,解出哪个结构都是本领域重大进展,只有在中国才会吹成要得诺贝尔奖了似的。
油人队球迷 回复 悄悄话 又看了一遍文章结尾的3点, 有2个问题请教. 如果这个课题的机理结构是世纪之谜, 学界的很多人应该知道这个常识, 当颜博士打擦边球说她们解决了半世纪之谜, 是不是说前半个世纪已经有解? 关于这个科研成果的级别, 解决半个世纪的问题可以问鼎外籍院士 (当然美女团队也做了其它课题, 但这个无疑是最有含金量的一个), 那一个世纪的难题之解可不可以敲诺贝尔奖的门? 她们不愿/敢敲门, 算计还属明智.
cowwoman 回复 悄悄话 该把老阎的论文和颜宁的论文一并提交给自然杂志。那么多搞结构和膜蛋白的人,会不还老阎一个公正吗?自己的成就不去争取,才是该被批评的。这和道德没关系,是公正的问题。
油人队球迷 回复 悄悄话 这学术不易, 对大众科普更难. 我看老阎现在更看重后者. 如果是这样的话, 反正你现在已经退休了, 不如考虑回国内大学, 比如清华, 给那里的校长, 院士, 主任, 和大部分的学生多科普科普?
润涛阎 回复 悄悄话 “结构决定机理”,是搞X光衍射的人共同看法,因为没其它方法研究机理的情况下,只能靠结构来解释机理。事实上,用patch clamp(微玻璃管)研究离子通道的工作机理,就没结构的资料。所以,在可以用其它方法直接研究机理的情况下,就不需要用X光衍射间接探索分子的工作机理。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'lin13590' 的评论 :

这个没问题。我的PNAS文章就是结构的研究。那时没有现在的电脑软件可以画出立体结构,就用了平面示意图表示,专业的能读懂。
lin13590 回复 悄悄话 我把题目改成了:阎润涛而非颜宁首次发现了葡萄糖转运蛋白的机理及结构

其实我写的时刻,开始就是上面题目,但大部分文章只说结构,结构决定机理,葡萄糖转运蛋白有多种,但结构应该类似。
润涛阎 回复 悄悄话 葡萄糖载体,不论是细菌的还是动物的包括人的,都是有12个螺旋在细胞膜内,这是比我早很久就知道的模型,但葡萄糖载体如何工作把葡萄糖带入细胞,那时无人得知。我的文章得到的喇叭口对外对内变形模型,是在活体细胞膜上得到的。此模型后来被颜宁团队通过X射线衍射所证实。
旧日云中守 回复 悄悄话 我不是纠结什么路子,科学问题解决了就是路子对的,也许您说的“野路子”是指寻常人视野、视角、思维以外的路子,那么您被寻常人还有无耻的利益群体选择性漠视就可以理解了。问题是今天的您文学城十年养望,已经不是寻常人,国内如果不是封网,您的受众可以达到5亿,点击绝对超过十亿人次,就算是封网,我2015年听到我们的乡派出所所长说--“你不过是读了阎润涛的几篇文章就牛逼了”的对话(不是说我的,说另外一个同学)---就觉得阎先生可能自己都不知道您的影响力已经下乡了,作为今天最伟大的中文作家、思想家、科学家,这是在催您更新呢。
ran168 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

无需VPN翻墙, 国内任何人都可以在“百度学术搜索” Search 到你的文献:

https://xueshu.baidu.com/s?wd=RT+yan+PC+maloney+membrane+transporter&tn=SE_baiduxueshu_c1gjeupa&cl=3&ie=utf-8&bs=RT+yan+PC+maloney&f=8&rsv_bp=1&rsv_sug2=0&sc_f_para=sc_tasktype%3D%7BfirstSimpleSearch%7D&rsv_spt=3
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'lin13590' 的评论 :

你的题目不对。争论的是“葡萄糖载体的工作机理”是谁最早发现的。

而非结构。结构,不同的蛋白,哪怕都是葡萄糖载体,因为有很多种葡萄糖载体,结构的具体部分是不一样的,但转运葡萄糖的机理是一样的。你不能说话不严谨而被人家打脸。我们用的不是同一个葡萄糖载体,虽然都是12个螺旋在细胞膜内,虽然都转运葡萄糖,但有超过10种葡萄糖载体。都是用的同一个机理。必须强调工作机理。
old-dream 回复 悄悄话 回复 'lin13590' 的评论 :
Well done !
润涛阎 回复 悄悄话 不理解为何纠结什么是正路什么是野路子。就好比能上月球,谁管你是用火箭还是航天飞机?只要你上去了,管你怎么上去的。我在月球上留下了我的脚印你可以用望远镜看到就好。你用跟我不同的方式去了月球,看到的跟我看到的一样,证明我去过了。你就得承认我比你去得早。你是乘航天飞机去的,我是乘火箭去的,有关系吗?如果你在月球上所见与我在月球所见不同,你可以否定我去过。问题是你跟我得出的结论是一样的。另外,科学研究有其大家遵守的规则。比如爱因斯坦的相对论是在麦克斯韦电磁学基础上搞出来的,爱因斯坦就不能说麦克斯韦方程也是爱因斯坦搞出来的,他只能在麦克斯韦方程基础上的相对论才是他自己的。你就是在前人模型的基础上搞了新的发现,那你也不能把前人的模型也说成是你自己的。何况你搞出来的模型跟人家的本质上是一回事。不能说你换个图的方向就可以的。

我以后介绍科学家类似的故事。比如一个基因早就克隆出来了,发表了,那时候电脑软件不行,只能靠人的肉眼读DNA顺序,好几年后,另一科学家克隆和研究了同一基因,但把基因名字改了,申请了专利。等到电脑可以搜索DNA顺序,第一位才知道科学界对此重大发现者的追随如此热门,其实自己多年前就发表了,因为名称不响亮而被冷藏了。
时不时来看看 回复 悄悄话 功夫熊猫3开始部分,乌龟师傅在Spirit Realm (太虚世界)被Kai兄抢走气的时候说了一句,"When will you realize, the more you take, the less you have?"

“你啥时方明白,你攫取越多,你得到越少?”

借此送给颜宁博士。
lin13590 回复 悄悄话 这是我前天写的一短文,希望能传到国内去。

阎润涛而非颜宁首次发现了葡萄糖转运蛋白结构

网红美女科学家颜宁刚刚(4月30日)获选为美国科学院外籍院士,是今年仅有的两名中国科学家,真为她高兴。在国内大量的介绍中说颜宁在2014年是世界首位发现了葡萄糖转运蛋白结构的科学家。这个说法应该不对,是Yan首先发现了葡萄糖转运蛋白结构没错,但此Yan非彼Yan, 真正首先发现了细胞膜葡萄糖转运蛋白原理和结构的是来自中国大陆叫阎润涛的美籍科学家。阎润涛是何许人也?他是最有名的海外网红博主,在文学城其博客点击率2千4百多万,如果国内能开放他的博客,点击率估计会有数亿,曾经有国内转载其一篇博文,点击率达150万,由此可见其网红程度,尤其在海外应该不亚于颜宁。

阎润涛是中国改革开放后高考的首届(77级)大学生,上世纪80年代来美国留学,博士毕业后,在Johns Hopkins医学院付院长 Maloney的实验室从事膜蛋白研究,他在90年代初用克隆的细菌葡萄糖转运载体为研究对象,突变455个在载体膜蛋白上的氨基酸,并测量得到455个氨基酸突变体两边的数据,而后整理数据得出葡萄糖转运蛋白的工作原理是喇叭口模型,即在葡萄糖进入细胞膜喇叭口朝外,进入细胞膜后喇叭口朝内,这样得以将葡萄糖运入细胞内。这个突破性工作发表在世界最著名的专业杂志Cell(细胞)上( Yan, R. T., and P. C. Maloney. 1993. Identification of a residue in the translocation pathway of a membrane carrier. Cell 75:37–44.)。随后阎先生又用一年多时间测出了葡萄糖转运蛋白的氨基酸结构,其结果于1995年发表在PNAS《美国科学院院报》上(Yan, R. T., and P. C. Maloney. 1995. Residues in the pathway through a membrane transporter. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:5973–5976.).

20年多年后,博士毕业于普林斯顿大学的颜宁及其在清华大学的研究小组利用流行的X射线晶体衍射方法号称首次成功解析了葡萄糖转运蛋白GLUT1的晶体结构和工作机理,解决了困扰结构生物学界半世纪的科学难题。但从以上阎润涛的研究结果来看,正确的说法应该是颜宁证实了阎润涛关于葡萄糖转运蛋白的工作原理及结构。问题来了,颜博士虽末引用阎博士的论文,但实际到底有没有看过阎博士的两篇论文?阎本人说估计没有,认为国内有防火墙,看不到国外资料,他在百度根本搜不到他自己的论文。但这说法太牵强,首先,作为中国的顶尖科学家,绝对能查到所有的科学文献资料,我记得上世纪90年代初,在医科院图书馆就能查到所有资料,当时还没有互联网,但每个月图书馆会收到几个月前的PubMed 计算机小磁盘,何况现在,有什么资料查不到?另外,所有的科研人员在立项目之前,一定会查阅所有有关文献,查细胞膜载体看不到阎博士在世界最顶尖杂志文章的机率接近于零。无论如何,我们现在奢望颜宁博士能给个解释。
旧日云中守 回复 悄悄话 阎先生终于说了自己的分析方法是“正道”,用生化的、生物的手段研究活体蛋白当然比解剖木乃伊的纯化蛋白结晶意义更大。选择这个时机说明这件事情,也是等了很久也没有等到一个解释,颜教授该拿的也都落袋为安,可以说已经是极为厚道了!过度的解读或者抨击或者炒作,反而会失去此系列文章的最大意义!阎先生讲这个科研课题攻关的故事,是展示怎样的逻辑思维和动脑、动手解决问题的能力,把此系列文章当作科研思维解析来读,可能更加合适。至于这段公案,阎先生的此系列文章写下第一个字的时候,结果已经不言而喻,过一阵子,事件发酵一下,学界也许会有解释的,毕竟阎先生的文章印出来二十多年来就在那里摆着啊!当然阎先生自己不说,专业人员有意忽略或者隐瞒,我们是不会知道您做了什么,有什么意义的。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'ran168' 的评论 :

别歪楼啊。如果她在投自然杂志的论文稿件里讲“葡萄糖载体的模型已经用活体试验搞出来了我们用衍射也证明了是对的”,那审稿人再傻也会建议她去投二流杂志的啊。你以为颜博士连这个都不懂?开什么玩笑?
时不时来看看 回复 悄悄话 摘要是免费的呀,看了摘要还有啥好做的嘛。俺都看懂了glucose & E. Coli.颜美女傻到那种程度?
ran168 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

国内的翻墙(proxy server)的方法有很多,有VPN, Shadowsocks etc. 文学城亦并不在“绿色长城”的全封锁之中,PAC模式下亦可看到。

以颜美女及其科研团队的功力,阎兄关于细胞膜葡萄糖载体发表的文章的文摘,可以百分之一百地肯定,她们曾经阅读过,收录过,尤其是发表在PNAS, Cell期刊上的。但有否阅读并收集了全文,纸版或电子版,则不能妄言。毕竟这些顶级期刊出版商并不都是免费提供全文下载的(i.e. PNAS). 但以清华及其重点实验室的资源,这应该都不算事。

那为向在文章参考中根本无提及阎兄的贡献呢?其中的一个假设的“可能”,是阎兄“得罪”了颜美女了。还记得以前向作者索要文献的明信片吗?阎兄是否收到了她的请求,而忘记或拒绝了向她寄发你的文章?赶快翻下你的屉柜,看有否她曾给你的明信片。

补救还来得及.
时不时来看看 回复 悄悄话 小颜2012 Nature文章没有应用Cell的任何文章,但她引用了
18. Pao, S. S., Paulsen, I. T. & Saier, M. H., Jr Major facilitator superfamily. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 1–34 (1998)

这篇回顾文章的第90条文献就是老阎的文章
90.?Yan R.-T., Maloney P. C. (1993) Identification of a residue in the translocation pathway of a membrane carrier. Cell 75:37–44.

-- 所以,吃瓜群众结论:颜宁博士一开始就知道老阎的模型。
时不时来看看 回复 悄悄话 小颜国内院士过不了关是应该的。
时不时来看看 回复 悄悄话 glucose和coli两个字都出现在小颜2012 Nature和老阎1993 Cell摘要中,小颜做不到下面的事情,博士论文也不及格。俺对她的评价从一个“颇有担当的科学家”下调为不合格的科学家。

稍微缩小搜索范围,用Journal=Cell, Title/Abstract=glucose coli搜

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=(%22Cell%22%5BJournal%5D)+AND+Glucose+coli%5BTitle%2FAbstract%5D
总共12个文献,第2条就是1993 Cell文章

2
Identification of a residue in the translocation pathway of a membrane carrier.

Yan RT, Maloney PC.

Cell. 1993 Oct 8;75(1):37-44.

PMID: 8402899
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润涛迷弟 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :
阎大哥,希望你能深究下去。
不求名利,只求真相!
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'ran168' 的评论 :

谢谢!

我以为防火墙就是一个大闸门,把海外信息全部封锁。我是电脑盲,不知道是选择性堵。这是不是容易翻墙的技术上的原因?如果按照我以前的设想,防火墙是个大闸门,彻底堵死,那翻墙是否就难了?我这个电脑盲还以为在海外看到的国内网站是美国通过另外通道进去中国的呢。如果这样,她在做同样的机理研究之前当然会读我的文章。

有一个故事很好玩:记得大约在2016年我用谷歌搜索“颜宁”,看到一个视频,油管里有,她在电视节目《开讲》印象中主持人是撒贝宁,她介绍说她的博士生半路缀学了,不读博士了(也许是博士后半路不干了?她没详细介绍),她说如果这学生继续搞,就是这论文的第一作者。大意。我当时就对那位学生不干了产生猜测,说不定那位查到了我的文章,就辞学不搞了。不当第一作者,有没有这可能?那时候我的第一感觉就是这个---不干昧良心的事或怕出事。当然我的估计那时候也只是估计,对了的可能性也不高,就是当时瞬间的猜测。如果知道那人的名字,可以问。那时我认为颜宁没读过我的文章,因为防火墙,而那位半路出走的翻墙看到了我的文章,就不干了,宁肯放弃名扬四海的机会甚至学位。猜测啊,今天仍然是猜测。我为何得出颜宁没读过我的文章呢?这也是一个原因,她在全国电视上讲这事。她给出那学生放弃第一作者和学位而离去的理由是搞科学研究不如干别的职业。可我当时想:都快搞完了,改行也能等几个月吧?她介绍说他们一共用了6个月就搞出来了啊。就差那么短时间就放弃第一作者?当然,我今天依然是猜测。她提供这个信息还是令我对她那位学生产生敬意的,半路放弃了。如果文章里没那位的署名,表明是自己提出来的,否则,根据规则原本是第一作者在干到半路即使放弃了,那也是第二或第三作者。她没提名字,就无法从论文里得知。我一直想这事来着。
ran168 回复 悄悄话 我现在国内,测试了一下。Ncbi的pubmed无需VPN等翻墙亦可以浏览,Search很容易找到你在JBC, PNAS, JEB, Cell的文章。此外,不少国内免费的学术搜索如”百度学术搜索”都可以找到你发表的文章。因此,无论是资源丰富的清华,或在海外系统训练过的学霸,应不会miss你在此方向的发表的文章。起码己收集在她的EndNote里.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=yan+maloney
ZTM 回复 悄悄话 回复 '鲁钝' 的评论 :

同感。科学,贵在求真。楼主发现细胞膜奥秘在前,颜博士其后,应该沟通 澄清 还历史一个真相。并通告天下 尤其是颁奖机构及当事人。Let yes be yes, and no no.
冥王天蝎 回复 悄悄话 回复 'fonsony' 的评论 : 是吗?我回国后要换国内的服务,应该打不开文学城。这个其实不重要,重要的是,不但要让美国学界知道此事,也要让国内学界知道。追求科学道德,追求公平公正,打击投机取巧,人人有责。只有这样,才会鼓励人们尊重他人成果而不断努力创新。建议认识记者的朋友联系合适的记者对此事进行采访。
润涛阎 回复 悄悄话 当我听到Google有翻译功能时,立刻想到了鉴定其软件翻译水平的简易方法:把一段中文翻译成俄文,然后copy/paste从右边放到左边框里再翻译成德文,以此类推,来它个十几种语言翻译,最后再翻译成中文。其中的路经必须有不同语系,比如亚洲的日文韩文欧洲的几种中东的阿拉伯文,总之涵盖的语种差异越大范围越宽越好。转了一圈回来后,如果面目皆非,驴唇不对马嘴,表明这软件水平太低。过几年试一次看有没有长进。方法简便、快捷。可以比较不同的翻译软件。
润涛阎 回复 悄悄话 我论文题目给文科生掰开了说清楚就是:葡萄糖载体膜蛋白在转运葡萄糖途径中一个氨基酸的研究结果足以显示其机理模型(喇叭口朝外朝里变形)的唯一性

润涛阎 回复 悄悄话 回复 'fanfu002' 的评论 :

各位想法很多,私下里给我的建议也不少。看来追求公平的网友很多。在此一并致谢!
润涛阎 回复 悄悄话 我百思不得其解,就去把我两篇论文的一篇题目放入谷歌翻译,结果是:“鉴定膜载体的易位途径中的残基”,楼下可能在这个基础上更上一层楼,改成了残留物的鉴定。

记得一个笑话,我把一些短句诗词比如:不须放屁,试看天地翻覆;比如白日依山尽,比如醉酒当歌人生几何等等放入翻译,从中文到阿拉伯文,从阿拉伯文到韩文,从韩文到西班牙文,从西班牙文到俄文....日文...,经过十几个文种的翻译,最后再翻成中文,笑得受不了了。大家可以去试试,特别好玩。不知道现在谷歌翻译是不是好多了。我是几年前测试的。就是用同一句话copy/paste,反复翻译,最后回到中文。我用这个办法测试谷歌翻译的软件水平,最近没测试。
fanfu002 回复 悄悄话 论文是霍普金斯医学院的2位研究员发表的,院方是否应该有澄清的必要?
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'wibblypig0' 的评论 :

是的,你说得对。她用不同的方法得到的是100%跟我一样的结论。

主流派,是有历史发展阶段概念的。其实上篇那位网友说得对,对分子动态模型来说,用静态的方法才是野路子,不是正路。而分子生物学、生物化学的直接方法才是正路。然而,在用X光衍射解构派一方来说,就认为自己的方法是正路。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'cowwoman' 的评论 :

你对科学一窍不通。哪里有残留物,什么是残留物?分子模型鉴定还有残留物一说?
学点基本知识再评论好不?
wibblypig0 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : 是说小颜用主流方法完美验证了老阎用"野路子"做出的结果
cowwoman 回复 悄悄话 老Yan的论文是主要论述鉴定细胞膜载体运输后残留物的,文章提了载体运输路径是漏斗方式吞吐,但文章论述重点按标题推测肯定不是论述载体吞吐方式的。

小Yan的论文是通过衍射手段集中论证膜蛋白载体运输葡萄糖方式的。

小颜之所以能做出来实验和她前期在普林斯顿学到的实验技术有关系。而她的技术是基于施一公前期的研究成果的。施一公的技术又是在霍普金斯学的。只能说长江后浪推前浪。没有人能平白无故一日造山的。

这就好比医生,去了协和实习的出来就是协和水平。眼界和技术都不一样。科技在不断进步,后人很多东西都必须站在前辈的肩膀上,再上一个新高度。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'wibblypig0' 的评论 :

说什么呢?如果我当年是用结晶的死的状态推理出来的模型(因为那时候的衍射解构水平很低),她现在用活体蛋白得出的动态模型,那可以说她是进步了。事实上我当年是用活体搞出来的,她现在还是用结晶推理活体动态模型,而且跟我当年的结果一致。因为她在论文里说这个谜还是未知的,审稿人信了她的话,就等于是她第一个解密的。这算什么事?你讲的是和解?我们又没矛盾,也不打架,和解什么呢?搞不懂你在说什么。
wibblypig0 回复 悄悄话 胡说即兴想到的几句,胡说指出望海涵: 作为局外人,我们很容易建议如何如何做,就像大家已经给出的那样。从另一个角度,从老阎一系列博文里透出的做人做事的准则(姑且用这个吃词吧,就那意思)换位思考出发,这事对于老阎很不好办。解铃还需系铃人,也许最好的办法就是小颜主动联系老阎,以二人的高智商可能会想出一个不算太坏的解决办法。都是同胞,小颜又是年轻才貌双全少有的美才女,借用俗套的一句话结局如果是"双Yan合璧谁与争锋?!"该有多好,当然,现在这时候看来这更像是梦,也许老阎纠结几年才说出来是因为这个无解。。。
达姆TU 回复 悄悄话 回复 'cowwoman' 的评论 : 不是每个人都需要婚姻和家庭的,也不是每个人都看重婚姻家庭。我非常希望还科学一个真相,还润涛阎一个公道,但这和颜宁结婚与否无关。
达姆TU 回复 悄悄话 回复 '农村干部' 的评论 : 我不会揍你,我是告诉你,你有欠揍的性格。会有人揍你的。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 '田心文' 的评论 :

谢谢介绍。我没干过,听他讲也是云里雾里。我们需要知道动态模型,不是具体的结构,就是怎么动的,而把葡萄糖带入膜内。他的意思要我们做好搞不出来的准备。如果容易搞,早就有人搞出来了。
田心文 回复 悄悄话 所谓X射线衍射要先知道结构模型,才去对衍射斑点,是不正确的。由于衍射只记録衍射强度,无法得到相角,无法直接从衍射点推祘晶体结构,但人们可用其他方法,比如重原子法,把晶体泡重金属原子,衍射点可以直接推祘出重原子位置,再由重原子相角带出所有原子相角得结构模型。当然也有已知类似结构,作为模型来对衍射点的,叫分子取代法,就相对容易,得到的也不是新的结构,一般意义不大。可以说大部分蛋白质包括膜蛋白都是在不知道模型情况下解出来的。当然润先生在没有结构的情况下提出功能机理,比依赖模型才建立,难度大得多!
cowwoman 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : 不是看不惯独身。独身意味着和他人相处有困难。具体困难在哪里,很多种原因。是媒体在毁她,什么高颜值啊,破解世纪之谜。大家一看婚姻都解决不了,还解决世界之谜呢,自然胡说八道就来了。实际上她怎么也比那个六年生三娃还晋升全球经理人的同班同学李一诺强。清华人智商都高,也出不少油子。她算踏实勤奋的人。
old-dream 回复 悄悄话 回复 '葫芦岛' 的评论 "不论如何,文学城的小编应该把老Yan这么有价值的东西放在城头! ":
握手!上一篇我就评论道:这篇博文应该被放在文学城首页。但愿尽早引起文学城编辑们的主意。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 '葫芦岛' 的评论 :

谢谢解释!
葫芦岛 回复 悄悄话 在国内做科研的,都是被逼迫出文章,很多文章举证别人的已经有的东西,真正的原创是需要时间和风险。小Yan自己对这个是很清楚的,应该说她对这个擦边球心里也是不舒服的,这应该也是如回到了美国的原因之一。老Yan的工作是开创的,这应该是做科研的最大乐趣所在!

阎兄,对不起,我是瞎开王玩笑,前些日子我是看到文学城头说到小Yan的嫁人之事。不论如何,文学城的小编应该把老Yan这么有价值的东西放在城头!
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'phytofan' 的评论 :

谢谢!

有氧呼吸才能让一个葡萄糖分子获得38个ATP。因为细菌里没有线粒体,我就没单独解释。

从能量转化来说,最终是来自于太阳能。叶绿素把二氧化碳和水通过光子的能量一步步合成糖(分成三碳植物和四碳植物)。如果计算能量的话,六个单个碳原子的二氧化碳合成六个碳原子的葡萄糖分子,需要38个ATP的能量。细胞把一个葡萄糖分子氧化成单个碳原子的六个二氧化碳,放出38个ATP。所以,动物利用的能量还是来自于太阳能。ATP能量可以用于膜蛋白的变形。喇叭口朝外朝内的变化可以比作一个有弹簧的门,要么是拉的时候用力,要么推的时候用力。拉的时候用力的话,回去的时候就不需要能量了。推的时候用力,回去的时候也不需要能量了。所以,不论葡萄糖是在细胞膜外面磷酸化还是进去后磷酸化,葡萄糖分子+ATP变成六磷酸葡萄糖后,这个磷的共价键所带的能量小于这个磷在ATP上的能量,余下的能量足以令喇叭口转向。
phytofan 回复 悄悄话 中文糖酵解一般指无氧糖分解,glycolysis, 只是分解成pyruvate和产生二个ATP。如果这步转运至线粒体中进一步有氧糖解,才能产生38个ATP,完全分解为CO2 和水。另外,通过质子H+梯度产生ATP是发生在线粒体内膜,而葡萄糖是不能直接进入线粒体的,所以不能一并称为细胞膜。因为提到糖尿病和肿瘤,所以假设讨论的是人体细胞。糖如何进入细胞重要,但如何参与代谢更重要。癌症的最大代谢特点是在有氧的情况下要进行糖酵解 (Warburg effect). 稍为严谨一下。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 '葫芦岛' 的评论 :

两个素不相识从未谋面的两代人,也能被这么八卦?每个人都是有尊严的,这么伤害人家没道理。再说了,我从内心里感激她的研究。

关于结婚不结婚的话题。现在美国欧洲在婚龄内不结婚的或离了婚的女性占40-48%的比例了。快50%了。我搞不懂为何那么多人对选择单身的女人看不惯。独身是基本人权啊,再说了,这与科学研究风马牛不相及。千万别这么歪楼。
葫芦岛 回复 悄悄话 搞科研的人,会自觉不自觉地google自己的名字。Yan是小姓,加上专业上的关键词做google是很自然的事。小Yan可能很早就是老Yan的粉丝,(脑洞一下)小Yan的婚事也许与这有关呢!前些日子城头上还谈的小Yan婚事呢……
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'Keyo' 的评论 :

如果25年前我的研究被自然新闻版报道,那就会引起癌症研究者们的关注,就可能想方设法靶向堵死癌细胞膜上的葡萄糖载体喇叭口。直到2015年自然新闻版发表了颜宁的成果,研究癌症的才想到这一点。所以,无法预测纯理论的发现会带来什么后果的。提前让不同的学科科学家们了解真相,说不定结局就差别很大。糖尿病也一样。早知道了工作机理,其它领域的科学家们就在其自己的领域有想法了。我不是说实践上如果早20年被其它学科的科学家关注会怎样,我是说理论上
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'wibblypig0' 的评论 :

关键不是Google,而是PubMed。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'Keyo' 的评论 :

葡萄糖进入细胞的能量提供者,最终当然都可以归结为ATP,然而,方式则不同。这是为何从细菌到人,有不同的葡萄糖载体的原因,进行基因表达的控制、功能的控制。我以后会介绍一下。

在这里简单说几句。

葡萄糖在细胞膜外进行磷酸化,就是ATP把第三个磷(P)放在葡萄糖的第六个碳原子上,葡萄糖就变成了6磷酸葡萄糖,G-6-P。D6P通过葡萄糖载体进入膜内,一个磷P放出来,也就是说,喇叭口朝外时,接受6磷酸葡萄糖,喇叭口朝里时6磷酸葡萄糖进入细胞,一个磷原子进入喇叭口,喇叭口变形朝外。这样,进去的只有葡萄糖,而葡萄糖上的磷就出来了,不影响细胞里的磷含量。

一种是葡萄糖直接进去,比如人的红血球上的葡萄糖载体,输液到血管里,葡萄糖不进行磷酸化,而是直接进去。在喇叭口朝里时葡萄糖第6个碳原子上被磷酸化,变成G6P。不论是哪一种,葡萄糖被细胞变成二氧化碳和水放出38个ATP,称为糖酵解,第一步都是把葡萄糖变成6磷酸葡萄糖。只是要么发生在细胞膜外面,要么进去后。

还有一种是葡萄糖跟一个质子氢(H+)同时进去。要知道,质子氢有特殊的载体通道,叫ATPase,当质子氢通过这个膜蛋白进入细胞时,会在分子扭曲导致旋转的过程中把合成ATP。这是葡萄糖糖酵解过程中把质子氢和电子移到细胞膜外面的缘故,这样,质子氢外面的浓度比细胞膜里边高,它进去的势能就很大,这个势能足以合成ATP。也就是说,质子氢跟葡萄糖一起进去,就消耗了质子氢,否则这个质子氢就可通过自己的通道合成ATP。ATP就是具有高能的腺苷分子。

还有一种不是跟H+或P,而是跟K+离子,但道理是一样的。

为何要有这么多种葡萄糖载体?因为它是第一能量来源。从细菌就开始了,一直到人,都离不开葡萄糖,否则就饿死了。一个葡萄糖分子可以通过把质子氢放入细胞膜外面,然后进入细胞膜能合成38个ATP,心脏跳动,肌肉运动,细胞内的一切化学反应,都需要ATP提供能量。然而,不同的细胞需要不同量的葡萄糖,葡萄糖载体跟离子通道不同,离子通道需要有额外的开关,控制离子通道的开和关,而葡萄糖载体就是本身的喇叭口朝里朝外的变形来工作。葡萄糖载体每变形一次,就运输一个葡萄糖分子,而离子通道开启一次,可以进去上千个离子。葡萄糖分子个大,由6个碳原子和12个氢原子6个氧原子,而离子通道里边过去的离子就是一个原子,比如钠离子、氯离子。离子比葡萄糖分子小很多。离子通道就是细管,靠把门的控制开和关。葡萄糖载体没这个机制,就是靠自己,实际上是消耗能量而变形的。其实喇叭口朝里朝外的速度还是比汽车发动机的活塞上下转换速度快得多得多。

葡萄糖载体,人体就有14种,就是有14个基因可以单独调控其表达,基因表达,说的是产生多少个蛋白质分子。细胞膜上的葡萄糖载体需要多少,不同的细胞是不同的。所以,一种就是靠胰岛素控制的葡萄糖载体数量,以控制葡萄糖进入细胞膜的速度。红血球通过血液循环提供几乎所有的能量,而能量来源于ATP的合成(在腺苷上的第二个磷上再加一个磷,ADP+P=ATP),红血球细胞膜上就需要大量的葡萄糖载体,给心脏跳动肺呼吸肌肉运动提供能量。大脑也需要很多能量。还有恒温动物需要葡萄糖提供能量以保持体温。这些,都离不开葡萄糖载体。所以,科学家一百多年前就开始研究葡萄糖是怎么进入细胞膜的。在1993年我揭开了这个谜底。可惜,直到颜宁的文章发表,才引起科学媒体然后带到大众媒体知道了这事。我的论文不会超过几百人读过吧。所以,我感谢颜宁就在这一点。当然,科学知识,传播不传播是没多大关系的,就好比知道不知道细胞膜,不影响生活的。知道了葡萄糖载体的机理,也许可以设法靶向堵死癌细胞的喇叭口,或者研究如何解决糖尿病。就是说,明白了机理,对下一步的研究有意义。知识是积累过程。而对我来说,科学研究就是好玩而已。里边的乐趣是巨大的。我会介绍改造分子的设计构思。也许太专业,对大众科普很难很难。
wibblypig0 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : 老阎,我问过国内搞科研的朋友,他们说国内一流大学的教育网可以访问Google scholar,有些科研机构是购买vpn间接用Google,还有的从商业机构购买学术论文查阅服务。所以,像清华这类一流重点大学的研究人员是肯定可以搜索到全球论文的只要愿意
Keyo 回复 悄悄话 还没读博主阎师的cell的大作,也没读颜院的nature名文, 根据两个示意图先瞎猜一番。ATP 从膜内碗口进入葡萄糖通道,磷酸化一个位点,变成ADP 退出,细胞膜内碗口变wan碗底, 同时通道膜外部分变成碗口;葡萄糖从膜外碗口进入后,被磷酸化,然后膜外通道变成碗底, 膜内通道变成碗口,放磷酸葡萄糖离开,迎接下一个ATP 入膜内碗口。 另外一种情况,葡萄糖和ATP在通道内相遇,变成磷酸葡萄糖和ADP如细胞。

请博主在科普时判断我的瞎猜,给些背景原理
杰克_JK 回复 悄悄话 回复 '农村干部' 的评论 : [你又没护院挑你干嘛?要约你,我只需招个会吟诗的大妈,立马把你拿下^_^]

》你要是有这个本事,你肯定赢加我输。其是实际的结果是我们“双赢”!现在就是想找一个会吟诗的无论是不是大妈。只要是你有这样的法宝,我马上“缴械投降”!你要是找到了,通知我一声,我马上把自己“绑了”送过去!
农村干部 回复 悄悄话 回复 '杰克_JK' 的评论 : 你又没护院挑你干嘛?要约你,我只需招个会吟诗的大妈,立马把你拿下^_^
杰克_JK 回复 悄悄话 回复 '农村干部' 的评论 : 【没想到教授院里养两护院的,早知道来时带两肉夹馍。^_^】

》你的胆子不小啊,你挑战了'达姆TU'又来挑战我。你是不是觉得'达姆TU'没有回答你,你就要换人了?你难道也要呼唤我到你的地方,和你过两招?我不在乎啊,可以等你发话!
农村干部 回复 悄悄话 回复 '杰克_JK' 的评论 : 没想到教授院里养两护院的,早知道来时带两肉夹馍。^_^
Arnold2 回复 悄悄话 回复 'lingzi68' 的评论 : 好呀, 猪头丙你也帮帮忙吧, 你们的猪头宴办完了吗?
杰克_JK 回复 悄悄话 回复 '农村干部' 的评论 : [那儿都有你,不学好(^-^)]

》你要是和'达姆TU' 约架,别忘记通知我一声,我给你们敲边鼓。你只要是不对付我,我绝对旁观加喝彩。需要的话,我可以给你们鼓劲外加油。
农村干部 回复 悄悄话 回复 '杰克_JK' 的评论 : 那儿都有你,不学好(^-^)
农村干部 回复 悄悄话 回复 '达姆TU' 的评论 : 咱不在閻教授这玩粗的。我有博客,有种在美国约一个地方。到时候看看你怎么揍我,别忘了带上你的达姆蛋(^-^)。
lingzi68 回复 悄悄话 这个成功啊 是要天时地利外加人和
缺一不可呢
飘飘虎缺了啥捏?
大家帮帮忙吧 不然老人家郁闷不得解 窝家里怪Trump 这也不得法啊
fonsony 回复 悄悄话 @冥,从美国带回手机是可以上文学城的。
杰克_JK 回复 悄悄话 回复 '达姆TU' 的评论 : ‘有时也没有非常强烈的愿望要真的揍他’-改错
silverbug 回复 悄悄话 回复 '杰克_JK' 的评论 : 你说的这事让我想到爱尔兰物理学家约翰-贝尔。他对量子力学的贡献巨大,90年获得诺贝尔物理奖的提名,可惜没多久突发病离世,与诺奖失之交臂。 真让人惋惜。

我生物外行,因为cng学者的一篇科普文跟过来看看。
杰克_JK 回复 悄悄话 回复 '达姆TU' 的评论 : 【你这人很讨厌和丢人,你到底想说什么? 你如果想讽刺润涛阎就明说,要是真想得到科普就好好看文章。没必要说些不阴不阳的风凉话,我看你纯属欠揍。】

》呵呵,农村干部这人说话有时有点神经兮兮的,不是非常的明白他的真正意图。我们有时就经常的和他开开玩笑,说他头上的鸡冠花漂亮。有时有没有强烈的愿望要真的揍他!
Arnold2 回复 悄悄话 回复 '达姆TU' 的评论 : +1
达姆TU 回复 悄悄话 回复 '农村干部' 的评论 : 你这人很讨厌和丢人,你到底想说什么? 你如果想讽刺润涛阎就明说,要是真想得到科普就好好看文章。没必要说些不阴不阳的风凉话,我看你纯属欠揍。
桃花源主 回复 悄悄话 solo1 的回贴说明了《自然》和《科学》在专业性很强的领城名不符实。我前几年读霍金在《自然》上发表的文章气得不行。什么狗屁文章。《自然》还吹潘是量子之父。胡说一气。
桃花源主 回复 悄悄话 一个衍射图猜不出喇叭口的动态机理,因为有二个态,一个向外,一个向内。必须同时有二个图,正好有一个向内,一个向外,而且要想到这二个喇叭口是同一个通道的二个状态,才能猜到它的通道机理。所以概率上又低了一些。
杰克_JK 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

》呵呵,老阎啊,DNA的分子结构的诺奖也有一段外行人看不懂的非常大的问题。

华德森和克里克,威尔金斯获得DNA分子结构的诺奖,但是有一个女科学家富兰克林的工作,有人说是那项发现发明的奠基。可惜的是开奖的时候,女科学家已经不在世了。华德森还在他的传记小说【双股螺旋】里诋毁女科学家。在PBS里面有专题片,以你的知识含量,相信你不会不知道。

建议你和当事人有沟通,或是相关的机构沟通。再说你说的国内的防火墙挡住了国外的动向。我认为是没有可能,在互联网以前好久,国内已经有Medeline,重要刊物的发现是不可能被忽视掉的。呵呵,供你参考!
农村干部 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : 您老别急,要注意态度(^-^)。您是误解了,是不是因为城中的川粉落下病根了。我留言和您的政治理念无关,甚至您的过去某些观点俺是同意的。
首先真正做研究的科学家是不会指责别人不懂科学的,而是科普。您以为秃顶,戴副眼镜,穿上白大褂,手里再拿几个试管,嘴里再念叨着一般人听不懂的咒语,您就是科学家了。看样子您真不是在写故事,是科学探讨啊!没办法之所以误解就因为无论您写什么,文章里总是透出一些乡土气息。要因为这个让您于诺奖失之交臂,那可真冤。
就纳闷了,当年您为什么不挺一挺,再坚持一点点,那可真没小颜今天什么事了,普林斯顿的顶级教授肯定是您老的。(^-^)
originall 回复 悄悄话 https://www.youtube.com/watch?v=upTBjY-TuUg

过去50年。。。。被她和她的团队不到6个月就攻克了。。。。

看这表情和口气挺“淡定”的, 哈哈,但觉得有点儿哗众取宠的口气

眼白看着有点儿奇怪
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'solo1' 的评论 :

严格地说,X光透视不是看分子结构,是只要穿过皮肤肌肉就可。而X光衍射则是看几个埃的分子,无法直接照相,这就是衍射的意思。外行一听X光,就觉得是透视照相。跟外行谈论科学非常麻烦,不知道在什么地方需要补课。要不你试试给文科生们去讲解相对论,然后提问他们,你可能会气得撞墙。唯一的办法就是掰开了讲故事。在讲故事中把科普内容带进去。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 '农村干部' 的评论 :

你这类对科学一窍不通的人凑什么热闹?你得先学科学的基本原理。上来就讲立场,是不是我的政论文你不喜欢是因为立场不同而导致连科学研究也受立场的影响?去读与科学研究无关的文章,你搞不懂我们在说什么。什么剽窃都说出来了。一个对科学研究毫无了解的人看到别人谈论科学话题时就离远点。如果有兴趣了解,就潜水,别说外行话让懂科学的人笑话。科学态度是不分立场的,与利益也毫无关系的,是求真的。明白不?
农村干部 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : 您的意思是苍蝇不叮无缝的蛋?那您对小颜的文章有疑义吗?还是暗示您老的粉丝小颜有剽窃之嫌?
旧日云中守 回复 悄悄话 我从阎先生的中文叙事方式和风格就判断您不搞科研可惜了,然后上次在您博客里提了一句您的“野路子”以后,就觉得是真牛,查了google发现是做细胞膜载体的牛人,不敢多说,实在是这一块儿的知识都是死记硬背的,没想到背后有这么大的公案!吃个瓜欣赏这跨世纪难题解决的背后故事!迫切期待进一步了解您科研逻辑思维方式!相信像您解读紫檀木的保护和使用一样的天衣无缝!
润涛阎 回复 悄悄话 因为第一名就被质疑?陈景润、张益唐、张首晟等无数科学家都是在其领域里第一名,谁质疑过他们?搞结构的施一公,我没听说过谁质疑过他发表过的论文有疑问,至少到目前没有。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'originall' 的评论 :

是的。无法证明谁读过没读过某文章。就好比专利,你说我没看见你的专利,就没付专利费。没人信你这个说法。怎么证明你读没读那专利?否则你是怎么超乎寻常地快速就搞出来了的?
润涛阎 回复 悄悄话 回复 '北佛风光' 的评论 :

别着急啊。该怎么走,我自然有办法。人生真实故事远比名利重要。科学上的真假哪能永久迷惑大众?不可能的事。有趣的故事才是人生剧目的好看之处,因为搞某一科学研究的人非常少,但想知道故事的本来面目的则很多很多。留给历史的往往是真实故事。求真与立场无涉。
鲁钝 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : 看了文章和评论,我支持你设法和颜宁沟通一下,或有可能找回科学界应有的公正。
农村干部 回复 悄悄话 老閻如果是写故事,招粉,无可非议!!!
但涉及到科学的严谨,客观。觉得还是像楼下建议的和您当年发表文章的学术刊物沟通一下为好而不是在只有中国人的文学城撒狗粮(话有点糙)。您老不知道中国知识分子的劣性:谁第一抽谁。假如您现在是颜宁,那挨“扁”就是您老人家,当然被怜悯的就是那位“痛说革命家史”的二号了。我还再想,如果当年我的成果公布了,是不是就没YAHOO和GOOGLE什么事了(^-^)
润涛阎 回复 悄悄话 喇叭口模型只是个示意图,葡萄糖分子就6个碳原子,没那么夸张地大。根据衍射斑点怎么知道是喇叭口的?是先知道喇叭口模型,不论是自己想象出来的还是看到别人的,然后再与衍射斑点对照。
北佛风光 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : “我真的不想华人科学家里再出个韩春雨。可我又如何对得起我的恩师、挚友马龙尼先生?这不能按肤色对待吧?很纠结。纠结了好几年了,都没跟任何朋友谈起这事。我夹在颜宁与马龙尼之间、活人与死人之间、不同民族之间、求真与向善之间,挣扎了好几年。我倒是盼望颜宁博士给个解释,我希望我错了,我宁肯公开道歉,只要不纠结了就好。她在她的论文里给出了葡萄糖载体从细菌到人的细胞虽然有很多种但即使在氨基酸水平上都有很高的同质性。等于揭开一个机理之谜,就揭开了葡萄糖载体转运机理。这是玩擦边球游戏,在科学界是公认的最大的忌讳。给出前人的参考文献时,最关键的是:这个谜底是否已经被揭开?隔行如隔山,不在自己课题范围的审稿人靠的是投稿人的信誉。”

阎博主如果认为颜宁有可能在葡萄糖载体转运机理这个研究课题上玩擦边球游戏, 应该直接给《自然》投文说明一下, 在科研领域对一篇论文质疑这种事儿也常见, 是科研人员应有的认真品德。
北佛风光 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : “皮特让系秘书给初来乍到的我办理了图书馆复印卡,就是付了钱的卡,插入就可以复印了。我天天在图书馆读资料,也在那里遇到了一位好客的中国人,他是学生在读博,也常常在图书馆查资料。是他主动跟我打招呼,从此我们成了朋友。万没想到,后来我破解葡萄糖转运机理之谜,与认识他有关。”

很有趣的科研故事, 跟读欣赏。
时不时来看看 回复 悄悄话 从李一诺女士介绍的颜宁(我宁)看,颜宁是一位颇有担当的科学家。李一诺女士和颜宁是大学舍友,一直无话不谈的闺蜜,本科时候李甚至还学霸些。Nieng Yan的第一个字中多余的字母e是一诺的老爹替他们报GRE考试时候的笔误,沿用至今。

客观讲,颜宁的Nature 12, 15文章不太可能现在被撤稿,美外籍院士称号也不太可能就此去掉。但未来如果这个研究成果推荐诺奖,我相信颜宁至少会退避,且不论提名的人是否会提她。

博主把这段故事写出来,澄清事实是重要的。更重要的是让人们看到了真正的科学家的风范,尊重事实不单单是科学事实,还有科学历史。

坐等博主继续。
旧日云中守 回复 悄悄话 感谢科普!昨天在人家的帖子上发了几句话,被恶心的,郁闷的,然后感叹自己学识太浅,今天看了这篇才心气得平!明明是学术霸凌,却说是“明珠暗投”,明明是“惊人巧合”却说是“殊途同归,互相印证”,说的和谐极了,可惜我人微言轻学识浅,今天看了这一篇,顿时觉得阿Q一样爽了!学术界的霸凌,是刻画无盐,唐突西子,别人不知道他做的什么,阎先生自己不知道吗?他自己不知道吗?别说X光衍射,就是x光诊断到ct,发展出来断层解剖、影像解剖花了多少的人力物力?阎先生在没有参照的情况下弄出来结构加机理,那是解析,Roderick MacKinnon得了诺奖而阎先生没有,就是没有道理的!好了,阎先生被雪藏了,他更有价值的发明和发现的可能被断送了,像他这样的人不会只有他一个,如果所有人就理所当然认为有贡献的科学家转行开大巴车就与诺奖无缘,那是怎样的悲哀啊。制度如果断送了创造力,团体、派别如果阻挡了上升通道,就是悲剧!
cowwoman 回复 悄悄话 回复 '思考的蚂蚁' 的评论 : 该是光斑投影成像看出是喇叭口,不是提前猜的,喇叭口是投像的结果。成像而且是可重复的实验。
思考的蚂蚁 回复 悄悄话 外行人谈谈个人理解。错误的地方请老阎指正。

葡萄糖载体是一个复杂的立体结构,X光衍射的光斑就相当于把这个立体结构投影到平面形成的图形。而这个立体结构因为是动态的,那么结晶后的结构应该就是动态结构的一个瞬间的固化。

如果上面的理解是对的,那么X光衍射的光斑的形状可能是千姿百态的,看上去就是毫无规律的。当然实质上是有规律的,因为所有这些光斑都是一个不停变化的喇叭结构的投影。

比如下列数字有什么规律?
4 9 6 8 9 3 8 6 8 7 ...











看起来毫无规律,对吧?
如果有人告诉你是圆周率三位一组,每组取最大数。你一定可以很快验证这是对的。
3.14 159 265 358 979 323 846 264 338 327 ...

X衍射发现喇叭结构的难度跟上面这个问题有点类似,衍射也会导致信息丢失,就像三个数里面最大的覆盖了其余两个小的。但是反过来,如果你猜到这是圆周率中的三位数中最大值,验证起来就很容易。验证的数字越多,置信度就越高。

如果颜宁实验的X衍射光斑跟喇叭结构相差太多太多,那么她独立猜出喇叭结构的可能性跟她看过老阎的文章的可能性相比,自然是后者更大。


cowwoman 回复 悄悄话 在西方,一般人首先会给你很大信任感,如果你自己不珍惜,破坏了这种信任,那以后就有苦吃了。她也许是无意的,也许是路太顺,不知道天高地厚以为世界没人脑子灵光过她。颜宁的另一个幸运在于没活人指正她的半世纪之谜早不是迷,让她得以一路晋升。她应该跌倒再起来做一个真正的科学家。
originall 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

怎么称呼是都不影响结果,现在这个事情本来就是颜宁玩文字游戏钻空子欺世盗名,是觉得没必要再多制造文字错觉让不太了解的观众甚至不是这个方向的专家产生误解或者误导
originall 回复 悄悄话 回复 'cowwoman' 的评论 :

是不是实事求是,是不是骗,不是个人感觉的,尊重事实,
故意不故意骗或者杀人或者亵渎科学,看结果

如果不是颜宁发明的模型,她会不会得院士?如果不会,那盗用了模型发明权不是亵渎吗?
润涛阎 回复 悄悄话 野路子是指另辟蹊径,比如用拉伸玻璃管研究离子通道,在衍射领域就属于野路子。但丝毫不影响取代衍射。传统方法一定会遭到挑战,被称为野路子是一时的,其结论不接受也得接受。第一架飞机,肯定被人们称为野路子的胡乱搞。无所谓怎么称呼试验方法,关键是得到的结论经得起另外不同的方法的验证。这有什么可争论的?如果被传统方法或更新的方法验证是错的,那就是错的。如果被验证是对的,那就是对的。实践是检验真理的唯一标准。
cowwoman 回复 悄悄话 看了庄小威的突破奖视频,她做的摄像成影技术已经拍到到分子结构中,估计有了这些手段,人类还能发现更多奥秘。科技在不断进步,没有技术,生物学家解密的能耐也是打折扣的。
cowwoman 回复 悄悄话 我感觉不该批施一公,我认为他是实事求是的一个人。颜宁估计是不知道天高地厚不是故意骗。第一个吃螃蟹的最难,施一公给颜宁开了一条路。韩春雨是亵渎科学了,颜宁肯定是没有,她的世纪之迷假设搞错了,急功近利了。老阎错在温良恭俭让,更不该扯上死人活人和肤色。我认为老阎该有方舟子精神,必须向半世纪之谜的假说发起挑战。这才是尊重科学和实事求是。
originall 回复 悄悄话 感觉也是应该修改掉 野路子 这样的用词

希望能详细写出来研究过程,让大家也学学怎样的思维 做出这样的科研

感觉纠结中国人外国人,死人活人....这些毫无意义,在尊重科学面前,这些都不值得纠结,就是还事实真面目
originall 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

“如果审稿人以后也相信投稿人没读过前人的文章,则另当别论”

跟读没读过真没一毛钱关系,
读不读paper都在那,很多技术查不查,专利都在那,触犯了,就算是真的有眼无珠不是理由
冥王天蝎 回复 悄悄话 文学城在国内打不开。全文完成后,可发到“知乎”网站。发后估计看后的都会转自己微信朋友圈的。
phytofan 回复 悄悄话 其实阎兄心里无比清楚,只是不能一下点明。吃瓜群众眼睛雪亮的的!另外,请阎兄考虑修改"野路子”提法,虽然是调侃,但不利于陈述事实。的花了三四年,海量的工作,加上脑力激荡,这不是科研的真善美,还能是啥。人家颜小姐不到六个月就摘桃子,这不公平!
歪伯 回复 悄悄话 真正的大牛都是通才+大智慧,只在某一领域做出成绩的只能是专才,唯刻苦钻研plus小聪明尔。老阎赶紧把你这个科研系列写完,让我们从中感受你当年研究这个课题的思路和逻辑推理。真实事情的发生都是有逻辑性的。颜宁那种聪明从逻辑上来讲想象出这一个模型,很难,如果没有很强的逻辑说明,那就是打擦边球了。
solo1 回复 悄悄话 我本莱想在上篇加个评论,给不搞结构的人介绍一下x光衍射不像x光透视那样直接。你这篇写得很好,容易懂。
我读研究生的时候,做个一点结构,当时我就问老板是投科学还是自然,老板说投应用物理通讯。老板说,科学和自然的审稿人可能有名无实,像这种争议性很大的东西最好是让直接做的人来评价。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'originall' 的评论 :

所以,像韩春雨那样的骗术,事后审稿人愤怒点在于自己被骗。而玩擦边球的,事后审稿人的愤怒点在于自己被玩耍了。当然,如果审稿人以后也相信投稿人没读过前人的文章,则另当别论。在科学界,你不能以“我搞的比前人搞得仔细”为由就说没人搞过。就好比爱因斯坦的相对论,他必须承认是在麦克斯韦的基础上搞出来的,是高于麦克斯韦方程的。当然,麦克斯韦方程早已被广泛传播,他说不说审稿人都一清二楚。
originall 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

“颜宁说葡萄糖载体机理模型在她之前没被破解,她说这话时的意思是指用X光衍射方法。这不是撒谎。”

这肯定是撒谎,没人需要揣摩她的意思是限制在用x光衍射方法,这是科研paper,又不是心理医生在疏导病人需要揣摩
originall 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

我是说发paper时候跟韩春雨一样不知道这事儿的轻重偷换概念,断章取义,就是为了多篇paper,真是自己发明的模型肯定不会不知道轻重的

但是院士肯定不是自己真实的贡献赚来的,让他们当众打脸,那是很难,韩春雨也没打,不过肯定今后美国发表中国大陆送来的paper要谨慎了,影响后来的科研者,今后美国给中国男女院士也会慎重了
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'originall' 的评论 :

你老提韩春雨。我想了一下,这不是一回事。韩春雨是骗人。颜宁不是。颜宁的结论是可以重复的,而韩春雨的则无人能重复。颜宁这属于擦边球的玩法。论文的前言部分要告诉审稿人在这个领域前人有没有结论,以判断其价值。因为搞X光衍射的审稿大牛,未必在膜蛋白领域,因为膜蛋白太难搞,搞膜蛋白的就很少。即使搞膜蛋白,如果在信号传播领域,那跟葡萄糖载体简直是风马牛不相及,所以,论文前言看到“葡萄糖载体的转运机理还是未知的”一句,虽然说的是指用X光衍射还没人搞出它的机理,可审稿人自然认为其它方法也没人搞出来。这就是擦边球,是科学界的大忌。审稿人信投稿人,没精力去搜不在本领域的文献去核实,那是投稿人自己写的以后也为自己负责。当然,我还是判断她的团队里没人读过我的文章。这令我感觉更舒服些。

玩擦边球是人类的共有心理,与行业无关,是法律与道德的约束以判断其玩这个合算不合算。陈毅有个自嘲的故事,他知道他不会打仗也不会写诗。他说他既是诗人也是将军。为什么呢?“因为我在诗人面前说我是将军,诗人们都认可;我在将军们面前说我是诗人,将军们都认可。这样,我就又是诗人又是将军了。”这虽然是自嘲,但其心理有普遍性。

颜宁说葡萄糖载体机理模型在她之前没被破解,她说这话时的意思是指用X光衍射方法。这不是撒谎。审稿人就误以为是所有方法都没破解过这个模型,她是凭想象出来的模型跟衍射斑点就对上了。等于其想象力和逻辑推理能力登峰造极,令搞衍射的同行顶礼膜拜。
originall 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

她跟韩春雨思路可能差不多,就想多发篇paper,没想到闹这么大,真要是自己发现的模型,肯定知道是世纪级的发现,早就新闻联播报道了,他们有话语权。不是自己发现的,而且也根本不知道轻重

前几年海霞前夫也是清华生物教授有的没的什么科研topic还上新闻联播了。他们如果真做了大发现早就全国造神了,11g也不会放弃这个名利的

别再让互联网防火墙躺枪了,跟是否有internet ,防火墙没有一毛钱关系,就是什么都没有在美国做科研的人也能找到所有近几十年前人的paper,而且是必须的,否则那不是花几年时间精力胡闹吗?跟前人重复了怎么办。除非就想灌水或者混混

以前我就觉得不信老阎这样有创意的人在自己的领域没有成绩,就是focus2,3年也会有成绩,看来猜对了。不能独立思考没创意的脑子就是degree都全,研究一辈子也不会有什么自己的想法。

有思路的人有一个idea,就能有n个,迫不及待研究自己想法还来不及,是没时间精力混社会炒作的,黔驴技穷没什么别的思路的时候才会炒作,挺虚挺累的,11g这么混也挺累的, 西湖大学,估计他难自弃他爷爷的价值观和追求

其实带动国内生物科研是好的,但是还继续误导很多年轻人就不好了,他自己不知道生物混出来的是百分之几?
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'originall' 的评论 :

这应该也使审稿人震惊,感觉就像碰到了上帝级的解构科学家。因为在论文里作者介绍说:葡萄糖载体蛋白的工作机理还是未知的。审稿人是搞解构的无疑,但如果不是在膜蛋白领域,他们也就无法得知我的论文,只能信投稿人的说法。没有任何模型作为参考,就可凭空想象出动态机理模型,再对照衍射斑点,动态机理模型就出来了。这怎不让搞衍射解构的科学家们从内心里叹服!神级的科学家无疑。

如果是我,一定给出葡萄糖载体的机理模型发表了的参考文献,就说根据这个模型我们做了X光衍射解构,获得了同样的结果。哪怕去三流杂志,也是实事求是。

如果DNA双螺旋结构在X光衍射前就有人发表论文用另外的方法得知了这个秘密,那他们一定会发表论文说:X光衍射得出的DNA双螺旋结构跟用化学方法得到的一致。照样可以发表,只是杂志排名低而已。

但我在读颜宁的《自然》论文时认为颜宁团队里的博士们包括她本人都没读过我的文章,因为防火墙的缘故,完全是靠他们自己凭空想象出来的动态模型然后看衍射斑点刚好对上了。这有另一原因做这样的判断:在论文引言部分写出葡萄糖载体的工作机理还属未知,是非常冒险的。尤其是去一流杂志发表。模型一模一样,就很难给出解释。如果不一样,比如是个筒子模型,那就直接可以说否定了前人在《细胞》发表的工作机理模型。
originall 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

反正上篇我猜的都没错了:D
我也是能独立思考的人,不会轻信一些人自说的那套
韩春雨那事儿她没根据地就跳出来发声,就觉得脑子不逻辑,很难想象能思路严谨逻辑地独立做科研
originall 回复 悄悄话 看来我上篇猜的没错,
“如果说没看过,那肯定是装的。他们看了才会有信心细致地证明出来”
如果没看过,他们不可能有信心,花那么多时间精力在这上面

Arnold2 回复 悄悄话 占个沙发
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