LCMS监测分子量时,苄位的氨基,羟基,卤原子都很容易打断,分子量出苄基正离子的分子量。另外苯甲酸和苯甲酸酯,也会出打断羟基和烷氧基后的正离子的分子量。
在分析LCMS图谱时,通常一个特定峰的离子流图谱中,不止一种片段峰,我们在分析时可以相互印证,帮助我们判断反应是否成功。比如我们在做Boc保护的反应【叔丁氧羰基保护氨基】时,分析其LCMS图谱,看到出原料分子量[M+1]+的峰,我们不要武断的认为其就是原料,要仔细分析这个峰对应的MS图谱中是否有[M+100+1]+或[M+100+Na]+的很小的碎片峰, 只要有一点非常微小的片段,那大概率这个峰应该是上Boc后的产物峰而不是原料。