一个衣衫褴褛的植物学家
植物学家写的科普、时评、游记、散文
引言
虽然新冠疫情大势已过，但相关病毒仍然是科学家和大众的热门话题。道理很简单，科学可以帮助大家预测未来，防患于未然（虽然萨斯和新冠都是漏网之鱼）。
昨天，自然科学的顶级杂志之一——《自然Nature》的子刊——《自然通讯（Nature Communication）》上刊登论文，题为“Genomic screening of 16 UK native bat species through conservationist networks uncovers coronaviruses with zoonotic potential（通过自然保护网络对16 种英国本土蝙蝠物种进行基因组筛查，发现潜在的人畜共患的冠状病毒）”《自然》很久没发表类似的论文了。该论文的通讯作者是英国伦敦的帝国理工学院（Imperial College London）的Vicent Savolainen。
《自然Nature》的很多（？全部）子刊都是收费杂志，《自然通讯（Nature Communication）》也不例外。一两千美金一篇论文，想交钱的人还太多。在上面发一篇论文，在国内被看成是“重大成果”。英国鬼子就这么厉害，收了你高价，还让你痛哭流涕地感激不尽！这是题外话。
他们的新发现
他们从英国的蝙蝠粪便中分离测得了9个冠状病毒序列。这9个病毒包括4个甲型冠状病毒alphacoronaviruses,一个是乙型支系A冠状病毒（Merbecovirus）, 还有4个乙型支系B冠状病毒Sarbecoviruses。这9个病毒里，甲型冠状病毒感染猪、猫熊、蝙蝠之类的动物，跟人类没什么关系。尽管中东爆发过乙型支系A冠状病毒感染的MERS（中东呼吸道综合症），对人类威胁也不大。而威胁大的是乙型支系B冠状病毒。萨斯和新冠都是支系B冠状病毒Sarbecoviruses。
取样太少
这篇论文的猫腻和重大缺陷在于，取样太少。在他们所建的进化树上，只有7个欧洲和非洲的样（Sarbecoviruses乙型支系B冠状病毒），12个亚洲的样。而且他们的进化树上，也没给出枝长（branch length；衡量DNA序列差异的指标）。单看这么小的一棵树，英国样就显得很重要了，跟亚洲样（包括萨斯和新冠）看上去很近。给人的错觉就是，喔啊，他们发现的英国冠状病毒也很可能会感染人啊。这就是他们论文的重点，可能这也是能在《自然通讯》发表的重要原因。因为这吸引眼球啊。杂志高兴，作者们高兴，但读者被忽悠了。
事实上，如果合理或者尽量全面取样，就会发现，欧洲和非洲的冠状病毒跟萨斯和新冠在亲缘关系上距离很远，在DNA序列上差异非常大。
为啥跟萨斯和新冠在亲缘上差异大的冠状病毒，就不大可能感染人呢？亲缘关系由基因序列决定，而基因序列决定了蛋白质的序列，包括病毒的刺突蛋白——感染人类细胞的唯一武器。
进化盲枝与遗传多样性
他们论文的结论主要是“英国 乙型支系B冠状病毒需要进一步的分子适应，才能感染
人类，其人畜共患风险需要更密切的关注（While UK sarbecoviruses would require further molecular adaptations to infect humans, their zoonotic risk warrants closer surveillance）”。这是他们的卖点。
在进化生物学里有个名词叫“进化盲枝”或者叫“进化的死胡同”（evolutionary dead end），是由短期内选择性有利但最终导致谱系多样化降低的性状造成的。
如果他们的进化树有足够多的取样，就会发现，欧洲和非洲的乙型支系B冠状病毒Sarbecoviruses实际上都是进化上的盲枝、死胡同、孤岛。那里的冠状病毒遗传多样性不高，仅存在大约12个有分子上区别的进化枝（lineages）。这些进化枝形成的时间已经很久了，迄今为止还没在欧洲和非洲的乙型支系B冠状病毒观察到活跃的进化（遗传多样性），最重要的原因是那里的相关的蝙蝠的种类不多。而亚洲，特别是中国的乙型支系B冠状病毒进化活跃，有非常高的多样性。所以，冠状病毒的危险区在亚洲。下面这棵树取样也不多，但好一些。
冠状病毒的进化，除了普通的进化机制（突变、遗传漂变、基因流和自然选择）外，基因重组（recombination）也起非常重要的作用。在岩洞的一个蝙蝠身上，可以分离出数种冠状病毒。这些病毒在分子水平上会发生重组，大大加快进化速度。
所以《自然通讯（Nature Communication）》这篇论文的噱头，基本上算是忽悠。
其他相关研究/报道
《自然Nature》很会做生意。除了发表《自然通讯（Nature Communication）》那篇论文外，他们在《自然Nature》上做跟进报道。于是有了题目为“Trove of new coronaviruses uncovered in bats — but threat is unclear（在蝙蝠中发现大量新型冠状病毒——但威胁尚不清楚）”的文章。作者为Ewen Callaway。不外乎科普《自然通讯》那篇论文，再采访欧美大学中的所谓“专家”，推销给他们的论文和论文中的发现（英国佬真是善于这种一条龙的忽悠服务）。Callaway这篇文章的关键在于“威胁尚不清楚”，让读者产生许多遐想。他采访了美国华盛顿州立大学（Pullman）的分子病毒学家迈克尔·莱特科（Michael Letko），盐湖城犹他大学的分子进化生物学家泰勒·斯塔尔(Tyler Starr) 。这两位“专家”口吻类似，呼应《自然通讯》那篇论文的结论，英国的冠状病毒对人类健康有潜在威胁（可以引起类似于新冠那样的疫情）。笔者查了他们发表的论文，他们确是病毒学家，但跟生物亲缘学相关的进化生物学方面还是非常欠缺。
Callaway的《自然Nature》那篇报道还提到另一篇bioRxiv上的预印本论文，题目为“英国马蹄蝠中发现的 乙型支系B冠状病毒； 序列变异和流行病学（Sarbecoviruses of British Horseshoe Bats; Sequence Variation and Epidemiology）” 。这篇论文稿子倒算中规中矩，但也有类似的问题，虽然他们的结论不像《自然通讯》那篇论文那么大胆。
生物进化与科学界的噱头
笔者对那篇《自然通讯》论文的通讯作者Savolainen还有些了解。他跟笔者原来是同行，都做植物亲缘、分类和进化。他作为第一作者有两篇有花植物亲缘的论文被广泛引用，笔者做博士和博士后研究有花植物时，也经常引用他的两篇论文。他后来转做病毒。这也说明研究植物和病毒（以及别的生物类群）进化在DNA水平确实相通（哈哈，难怪“一个衣衫褴褛的植物学家”写了那么多受欢迎的关于新冠的科普文章！哈哈，难怪“一个衣衫褴褛的植物学家”写了那么多受欢迎的关于新冠的科普文章！如果您再怀疑笔者写的关于病毒进化的文章，就是您傻了。哈哈）。做病毒进化当然比做植物分类与进化更容易生存。也难怪笔者的大学19个同班同学中，只有4个还在真正做植物学研究。
按说，Savolainen这样一位植物学家/进化生物学家当然懂得生物亲缘学（phylogeny；phylogenetics）中取样、枝长、支持率在重建进化树中的重要性。但如果取样完美了、枝长和支持率都给出了，那他们这篇论文就没有卖点了。笔者曾经不止一次指出，新冠溯源之所以还没有结果，最重要的原因是，没有亲缘生物学家（phylogenetist）的参与。而Savolainen是亲缘植物学家（plant phylogenetist）出身，却在有影响的杂志上发表这样带有忽悠性的关于新冠病毒的论文，实在不该。
另一方面，也说明有的科学家为了发表论文、发表高影响因子的论文，有可能不告诉读者真相的全部。科学界也有不少人贩卖噱头。而有影响力的杂志，可能为利益驱使，与所谓的“专家”一道起舞，忽悠读者。当科学与利益结合起来时，就有人铤而走险。
Stay critical！
作者简介：植物学家、进化生物学家，业余写些游记、散文、科普和时评。四川雅安市石棉县人，兰州大学学士，中科院成都生物所硕士，德国美因茨（Mainz）大学博士，密苏里植物园资深研究员。微信：gonggashan1. email: gonggashan@gmail.com；公众号：一个衣衫褴褛的植物学家。
