1978年12月召开的十一届三中全会，开辟了以经济建设为中心，对内搞活，对外开放的新路。当时新疆维吾尔自治区党委坚决贯彻执行十一届三中全会确定的路线、方针和政策，得到了邓小平的肯定。
但是，新疆的改革开放和现代化建设同样受到来自 “左”和“右”的干扰。1981年10月，邓小平在与时任新疆维吾尔自治区区委书记的王恩茂（1913-2001，曾任新疆军区司令员兼政委）的谈话中指 出：“一定要保证政治上与中央保持一致，不允许同三中全会以来的路线、方针、政策有抵触，不允许有攻击、诽谤中央领导同志的错误言论。 ”
新疆思想战线上曾出现一个十分突出的问题，这就是民族分裂主义势力抬头，有人公然写文章说新疆自古以来就不是中国的领土；有些地方非法宗教活动猖獗，有些 宗教人士公开要求干预政治，干预教育，甚至散布汉人由共产党领导，少数民族由伊斯兰教协会领导；有的公开要求电台每星期五播放《古兰经》。
1981年，民族分裂主义分子在新疆接连制造了多起危害国家安全的动乱和暴乱事件。 1981年1月13日至16日，喀什地区叶城县发生了少数民族分裂主义分子利用宗教煽动不明真相的群众上街游行，冲击县委、县公安局，高喊“伊斯兰共和国 万岁”“誓死捍卫伊斯兰独立旗帜”“打倒异教徒”“打倒黑大爷”等反动口号。经党中央和国务院批准，16日由人民解放军对叶城实行戒严，使动乱得以平息。
1981年5月27日，喀什地区伽师县发生民族分裂分子窜至县人武部军械仓库，抢走枪支弹药的武装暴乱事件。事件发生以后，自治区党委、自治区人民政府、 乌鲁木齐部队党委，以及地区行政、军事部门，迅速判断事件的性质，果断采取措施，一举平息暴乱，挖出了“东突厥斯坦燎原党”和“东突厥斯坦民族解放阵线” 等反动组织，收缴全部被抢的枪支弹药。
1981年8月，邓小平到新疆视察。 8月16日，邓小平在同自治区党委第二书记谷景生谈话时，针对新疆发生的事件明确指出：“新疆的根本性问题是共和国还是自治区的问题。我们和苏联不同，我 们不能搞共和国，我们是自治区。法律上要解决这个问题，要有民族区域自治法。 ”“新疆稳定是大局，新疆一定要稳定，不稳定一切事情都办不成。 ”“不允许搞分裂，谁搞分裂就处理谁。 ”
1984年5月31日，第六届全国人民代表大会第二次会议通过了《中华人民共和国民族区域自治法》，标志着我国民族区域自治进入一个新阶段。
1987年10月13日，邓小平会见匈牙利社会主义工人党总书记卡达尔时又说：“解决民族问题，中国采取的不是民族共和国联邦制度，而是民族区域自治的制度。我们认为这个制度比较好，适合于中国的情况。我们有很优越的东西，这是我们社会制度的优势，不能放弃。 ”
