雍正在位十三年的一大功绩就是“改土归流”。由于唐宋时期的羁縻州县制度,放任“以土官治土民。”承认少数民族首领的世袭地位,并授予官职。而这就造成了土官肆意妄为,并且为争利益,甚至越界摧残汉民。而且土官家族内部为争首领之位,自相残杀;廖无宁日。
雍正四年(1726年),清大臣鄂尔泰大力推行改土归流。即选派有一定任期的流官直接管理少数民族地区的政务。对反抗清廷流官,“恩威并用。”对少数激烈反抗的土司,“尽屠丑类。”其后滇、黔、桂、蜀、湘、鄂省的苗、彝、布依、侗、白、傣族“俾得各安其业。”
生活在湘西、黔东、川北的苗民素来桀骜不驯,改土归流后清廷推行“苗汉杂居”。但效果不佳。因为清朝疆域内人口从康熙朝的不断飞涨,大量的湖广百姓由于人多地少而利用“改土归流”政策涌入湘黔贵。这就造成了本就山多地少的苗族居地的土地危机。 由于苗族“三十年一小反、六十年一大反”的暴动习惯,清廷对以高压政策。从乾隆元年到乾隆六十年,苗区还算平静。但官府无法阻止土地兼并,土地在此期间逐渐集中到满、汉官绅手中。由于苗区各族人口也在六十年间飞涨,人地矛盾、族际矛盾越来越尖锐。
乾隆五十九年(1794年)二月,贵州铜仁小营寨苗民石柳邓,湘西永绥黄瓜寨苗民石三保,在湘西凤凰厅鸭保寨歃血盟誓,要“逐客民、复故土。”他们原定于第二年正月十五日起义。但由于消息走漏,石三保就于乾隆六十年(1795年)二月提前起事。清军开始并未重视,但当地苗人群起围攻各处城池。下乾州、围永绥。而其中乾州的吴八月所率苗人最为悍勇。他们身披铁甲,头戴铁盔、左盾又枪、口含利刃。翻山越岭、穿溪过涧如履平地。而且枪法准,颇有现代狙击手之风。吴八月越战越勇,很快控制了湘西大片地区。老到的清军主帅福康安一面用强大的军力不断打击义军。一面利诱义军领袖之一吴陇登投向清军。吴陇登出其不意抓住了帮其守寨的吴八月,吴八月后被清军处死。
同样的套路,石三保也被叛徒诱捕而亡。石柳邓坚守平垄城直至嘉庆元年(1797年)十二月,后来伤重逝世。至此,湘西庙民起义被彻底镇压。清军留兵二万,“屯田养勇,设卡防苗。”但人多地少的矛盾并未得到解决,嘉庆九年(1804年)底苗民起义再起,直到嘉庆十一年十二月才被彻底镇压。
清廷以折损带兵之将、抚民之官一百多员,用七省之兵,耗费白银近百万两的待机价总算把苗民起义镇压下去了。但人多地少、土地兼并的问题并没有解决,而且愈演愈烈。
守成之君嘉庆,不幸遇到了比他聪明能干的多的父亲、祖父和太祖父都未曾遇到的大麻烦。他的统治期正好是在清朝人口从爆破点到大拐点的快速上升期。但比起他的儿子道光帝、孙子咸丰帝,他又幸运多了。