通过前面的实验，我们知道情绪对大脑功能有立即的直接影响。根源可能在于长期生物进化过程中形成的自我保护机制，可以将大脑在某种程度或全部封闭起来。
目前比较明确的机制，是由位于大脑中后部的一个核团决定的，叫做杏仁体（amygdala）。杏仁体是我们大脑里面很少的、在我们出生之前就已经发育完成的核团，与大脑其它所有的主要功能区域都有直接的神经通路联系。这个核团的功能主要是存储恐惧、害怕等负面情绪记忆。一旦被激活，它就会抑制其它区域，使大脑的认知功能降低，同时使身体处于高度的应激状态。
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可以这么理解，杏仁体之所以在出生之前就已经完全发育，是生物界长期进化的结果，是进化在大脑中建立的保护机制。一旦感知周围环境存在可能的威胁，杏仁体就会被激活，对大脑无关的功能进行抑制，尽量使大脑对可能的威胁高度关注，同时使身体处于高度紧张状态。根据大脑对威胁程度的判定，要么去争斗，要么去逃避。这种现象 叫做杏仁体劫持（amygdala hijack），是情商中一个很重要的概念。
由于杏仁体的存储负面情绪的记忆功能，除感知威胁以外，其它导致负面情绪产生的因素达到一定程度，都可能引起某种程度的杏仁体劫持。比如在和别人吵架的时候，你能感觉到大脑认知和冷静思考的能力会显著降低，甚至完全丧失。
随着孩子的生长发育，大脑逐渐产生并完善对杏仁体产生情绪强度的控制能力。我们已知控制杏仁体的功能区域在大脑前部的额叶，是大脑发育最后完成的。所以，在孩子生长过程中，绝大部分时间情绪产生与情绪控制是不平衡的。对情绪的控制能力远远小于情绪发作的能力。这一点与成人不同。
除杏仁体以外，大脑中还可能存在有现在还不为人所认识的保护机制，也可以将大脑封闭起来。下面介绍一个自身经历的事情，虽然发生在初二或初三的时候，但从中可以体会到这些保护机制的存在。
那时我下午放学后，一般会去附近大学的操场上玩球，足球、篮球、排球不限，赶上什么玩什么，一起玩而的人也是中学生、大学生都有，能凑够人数就行。那一天天气很好，不冷也不热，正适合踢足球，玩儿的非常痛快。中间有一次我跳起来头顶球，往下落时，同班的一个块儿头很大的同学起动得慢，才刚往起跳，我们俩就撞在一起了。我的左眼磕到了他的肩膀上，磕碰的力量很大，虽然眼睛不太疼，但头给撞得很晕。过几秒钟，才发现为什么头晕了，而且很有意思，因为两只眼睛里看到的景象是不一样的。被撞的左眼视野里还保留着头顶球之前的景象，是过去的、固定的，而且非常非常的明亮。右眼中的景象则是活动的，随头的转动而变化。我正想仔细区分两眼里的不同景象，突然感到从眼睛开始向后头部开始剧烈疼痛，同时好像大叫了一声，闭上眼睛抱着头蹲了下去。闭上眼后，右眼的景象没有了，左眼的景象还在，非常鲜明，但头疼开始减轻了。通过不断地揉眼睛，左眼的景象逐渐消失，头也随之不疼了。我当时还不知道曾经大叫了一声，是那个同学事后告诉我才知道的，可把他给吓坏了，一直站在旁边陪着我，生怕把我眼睛给磕坏了。
从那次经历我体会到人脑是肯定不能同时接受两种不同的图像。印象之深，到现在我还能大致回忆起当时左眼中的明亮景象。从左右眼睛同时向大脑传递的不同图像，远远超出了大脑的信号处理能力，只好拉闸短路不干了，休息一下再重新启动吧。
不少人在使用电脑时遇到过相似的情形，就是蓝屏锁死现象。导致电脑蓝屏的原因一般是两个程序同时要求电脑某一个部分（硬件地址）进行信息处理，电脑忙不过来，也不知道该如何解决这种问题，就干脆歇菜死机了。
相信很少有人有过类似极端的经历。多年以后的今天再来分析这次经历，可以理解当时剧烈的头痛实际上是大脑的一种保护措施。对于过强的刺激，或太多、太复杂的信号，或是负面信息引起强烈的情绪反应，人体会本能地直接将部分神经网络或整个大脑关掉，避免造成更大的伤害。在我所遇到的极端的情况下，大脑采取的是迅速强烈的措施，将整个大脑关掉，导致我在当时什么也干不了。可以想象，多数情况下的过强信号，并没有强烈到这种程度，大脑只需要暂时将部分神经网络关闭，而导致部分大脑功能受影响，这个过程杏仁体也可能参与。很多这种情况是下意识的，本人是意识不到的或仅能模糊地意识到。一个比较明显的例子，就是在与人激烈争吵的状态下，大脑基本丧失了理性思考、分析的功能。另外，被别人批评、嘲笑、悲伤、恐惧等负面信息，可以引起强烈的情绪反应，就是过强的信号，也同样可以导致大脑暂时丧失部分功能。
同样的状况也可以发生在孩子的身上。根据儿童大脑的生理发育特点，这种状况还会经常出现的。
我们已经知道儿童的大脑发育还不完善，神经网络的突触数量远多过成人的突触数量，也就是说连接的比较乱；神经纤维之间缺乏髓鞘的绝缘保护，神经兴奋信号可以从一个通路中“泄漏”到另一个通路中，造成神经短路；另外，很多神经通路还没有经过选择、优化并固定。所以，过强的环境信号长时间刺激会很容易导致发育不完善的神经网络发生大面积短路，使信号在不应当出现的神经通路中传递，造成信息传递混乱；同时，神经元过度兴奋，大量消耗能量和神经递质而不能及时补充，可使用的神经通路数量减少，处理环境信号能力下降，造成这部分神经网络功能降低或短暂丧失。需要暂时关闭，休息恢复后才能重新启动。环境信号越强烈，持续时间越长，或神经网络发育程度越低，受到抑制的范围就越大。
如果过强的环境信号是偶然发生的，那么这种自我抑制对大脑起到的是保护作用，以短暂的牺牲局部功能来保证整个大脑持续维持其它基本生理功能。
可如果过强的环境信号多次出现，大脑需要反复进行自我抑制，那么这就演变成了我们已经熟悉的大脑的学习过程。反复自我抑制本身就变成了对大脑的一种环境信号，通过突触修饰，最终导致大脑出现结构性的改变，形成以抑制性神经元（突触）为主的通路来控制神经网络的兴奋程度，即抑制性神经通路。由于这种结构性变化以抑制性神经元（突触）为主，所控制的网络区域可以很容易地被外界环境信号诱导而降低兴奋程度、甚至封闭起来。被影响的神经网络，信息处理功能降低或丧失，对大脑的整体功能或多或少地产生影响。由于孩子的大脑还处于发育期，抑制性神经通路的存在，可干扰大脑的正常发育，所形成的神经网络或多或少具有某种缺陷。
出现完全相同的过强环境信号的情况可能很少见，是偶然发生的。但出现相类似的过强环境信号情况的机会却很多。年龄越小，出现类似过强环境信号的情况越多，因为很多时候，孩子的大脑会将不同的情况当作相同的情况来对待。由于孩子还没有形成或建立对因果关系认知的能力，大脑就不能够辨别、区分产生这些类似情况之间的细微差别。特别是对成人的负面、强制性的语言、批评、斥责、威胁、惩罚等，孩子很难将自己的行为（即导致成人认为的有问题、犯错误的原因）和成人的负面反应（结果）联系在一起，而是无意识地将因果分开成为两个独立不相关的事情，将成人的负面反应作为环境信号来对待，通过突触修饰，形成抑制性神经通路并固定成为神经网络结构的一部分。长此以往，形成的抑制性神经通路会越来越多，大脑就会越来越容易被封闭，直接影响大脑的学习能力。孩子面对新的事物进行学习时，大脑需要高度兴奋来处理大量的信息。抑制性神经通路作为网络结构的一部分也会同时兴奋，反过来抑制了神经网络的兴奋程度，无意识地对学习进行干扰，导致学习的效果下降。更严重的极端情况，会启动自我封闭，不愿意或拒绝学习、接受新的事物。
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