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在突遭国民党左派的排挤之后，1927年8月初，毛和他的共产党同伴在九江举行紧急会议，商讨他们的前途。由于使用了巧妙的手腕，陈独秀未能出席会议，他被从中央领导中驱除出去，当了党和俄国顾问们（或按一些说法是俄国主子们）失败的替罪羊。瞿秋白接任党的总书记，他是个受过俄国训练的新闻记者。毛再度进入中央委员会。在会上，他向他的同志们指出了武装斗争的必要性，会议接受了他的意见。
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会后，毛立即秘密地乘坐一列货车前往长沙，受命去组织湖南省的秋收暴动。他必须使省党的组织从国民党中脱离出来，在那里创建一支农工革命军。在重组的共产党湖南省委第一次会议上，自信的毛提出了他激进的暴动计划，这个计划比中央委员会所指示的建立农村根据地和没收地主财产走得更远。
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9月9日起义爆发，毛将参加暴动的安源煤矿工人、地方农民自卫军，以及脱离了国民党的持不同政见的军队编成四个“团”。可是，毛本人却不能对这支部队行使有效指挥。当他在整顿这四个团时，被国民党民团抓到并解往民团总部，准备与其他共产党嫌疑分子一起处决。他后来回忆道：“我从一个同志那里借了几十块钱，打算贿赂押送的人释放我。普通的士兵都是雇佣兵，我遭到枪决，于他们并没有特别的好处，他们同意释放我，可是负责的队长不允许。于是我决定逃跑。但是直到离民团总部大约200码的地方，我才得到了机会。我在那地方挣脱出来，跑到田野里去。”
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“最后，天黑了，他们放弃了搜寻。我马上翻山越岭，连夜赶路。我没有鞋，我的脚损伤得很厉害。路上我遇到一个农民，他同我交了朋友，给我地方住，又领我到了下一乡。我身边有七块钱，买了一双鞋、一把伞和一些吃的。当我最后安全地走到农民赤卫队那里的时候，我的口袋里只剩下两个铜板了。”
毛的农军中埋伏 400余人构成红军的开端
最初几天起义进行得很顺利，许多重要城镇落到了起义军手里。然而，长沙的工人并没有像毛所期望的那样，起来支持农民。当两支已脱离国民党的部队决定在他们之间开战后，力量单薄的起义军就面临内部火并的危险，于是，安源矿工差不多都被消灭了，毛的农军也中了埋伏。
在起义爆发后的一个星期内，毛不得不放弃毫无希望的整个行动。正如他所承认的，“部队的纪律差，政治训练水平低，指战员中有许多动摇分子。开小差的很多”。在起义中，共产党杀掉了许多国民党人，并烧了他们的房屋，而这些人在统一战线时期被称之为同志，所以，湖南当时流行着这样一支讽刺歌：
砍，砍，砍！
同志砍下同志的头！
烧，烧，烧！同志烧掉同志的屋！
在浏阳县的文家市，毛集合了起义军的残部，前敌委员会举行了一次会议，9月20日毛率领他们向井冈山进军----沿途趁势释放了被监禁的共产党人，并打开公仓，把粮食分配给农民。
尽管他的部队在芦溪突遭袭击，但毛在9月底还是把他们重新集合起来，并在永新县三湾村重整旗鼓。那天晚上，毛将残存的400余人整编成一个团，在部队中实行民主，由党掌握军队，废止打骂，士兵有开会说话的自由，在另一种意义上说，这才是红军的开端。
从文家市经三百多英里的行军，10月，毛和他最得力的团到达了湘赣边界上的井冈山，这个地方对于他来说，不仅仅是以后几年中时断时续的一个山区根据地，而且也是他此后全部事业灵感的源泉。
毛被免职中央委员会批评毛“只与土匪和杂色军队接头”
后来，毛断然把1927年的悲剧归罪于陈独秀（中国人）和两个共产国际顾问罗易（印度人）和鲍罗廷（俄国人）。陈独秀的“动摇的机会主义”应负最大的责任，而鲍罗廷“随时准备尽力去讨好资产阶级，甚至于准备解除工人的武装，最后他也下令这样做了”，共产国际的印度代表罗易“站在陈独秀和鲍罗廷两人左边一点点，可是他只是站着而已”。罗易是个蠢货，鲍罗廷是个冒失鬼，陈独秀是个不自觉的叛徒。而罗易则指责毛是一个顽固和有意阻碍我们的革命计划的、完完全全的动摇分子，因此将他免职。
给毛的评语之所以下的这样刻薄，是由于毛本人在8月下旬至9月上旬的4个星期内，对革命局势的认识发生了激变。8月间，毛曾断言中国将会发生自己的十月革命，可在武装进攻长沙失败后，他转而相信，“从城市观点来看，这个运动好像是注定要失败的”。他看错了时机。
毫无疑问，毛以前过分夸大了农民起义的真实潜力。一个当时曾参与起义的同志后来说“毛向瞿秋白保证湖南至少可以发动10万的武装农民参加暴动，而瞿电告莫斯科的数字增到20万，结果最后仅有5000人”。
在11月14日共产党政治局会议上，把长沙失败的不幸归之于毛：“湖南省委所作的错误，毛同志应负严重的责任，应予开除中央临时政治局候补委员……”他被指控为军事投机，不充分发动农民，收编土匪和公然违背中央委员会的指示。
毛使用多少有些讥讽的口吻为他的失宠辩解：瞿秋白的人偶尔发现了我在湖南的一本小册子，其中包含我的“枪杆子里面出政权”的论点。这激怒了他们。枪杆子里面怎么可能出政权呢？因此，他们撤了我的职……他毫不后悔地说：“尽管这样，我们仍然在井冈山把军队团结起来了，深信我们执行的是正确的路线……”
其实，毛和中央委员会并没有实质上的分歧。双方都赞同这样的目标：即通过组织农民的革命力量（革命的主要力量），从农村包围城市，配合军队和城市的暴动（革命的辅助力量）。
但是，与中央委员会不同的是，毛不相信分散的暴动会扩散到广大的地区。并且，他把从湖南带出来的队伍整编成为正规军，这样，他们被作为“客军过境”来对待，也就毫不奇怪了。中央委员会批评毛“只与土匪和杂色军队接头，不引起极大农民群众起来暴动”，有些地方是符合事实真相的。
王明：毛在进入井冈山一年后，使用“鸿门宴”手法处决了两个土匪首领
毛所发现的得以躲避国民党和军阀追击的圣地，纵深30英里，方圆180英里，满目荒芜，人烟稀少。只有六七条狭窄的山间小路，穿过茂密的松杉树林和枝繁藤绕的竹林，通向井冈山的心脏，它的直插云霄的峰顶，终年云雾缭绕。毛在给共产党领导的第一份报告中，这样描述井冈山：山上大井、小井、上井、中井、下井、茨坪、下庄、行州、草坪、白泥湖、罗浮各地，均有水田和村庄，为自来土匪、散军窟宅之所，现在作了我们的根据地。但人口不满两千，产谷不满万担，军粮全靠宁冈、永新、遂川三县输送。山上要隘，都筑了工事。医院、被服厂、军械处、各团留守处，均在这里。现在正从宁冈搬运粮食上山。若有充足的给养，敌人是打不进来的。但对毛的“团”来说，井冈山并不是一个休养所。许多战士只穿着薄棉衣，来抵御冬天的霜雪，南瓜是他们的日常主食。
他们一到井冈山，便与两个秘密会社的土匪首领发生了冲突，后者属哥老会，有六百余人，一百二十余条步枪。显然，毛的小部队是没有希望消灭他们的，于是毛采用了结交联合的策略，以为在共产党的领导下，他们是能够在相处中得到改造的。
“我在井冈山期间”，毛后来说：“他们是忠实的共产党人，是执行党的命令的。”后来，在他们独自留守井冈山时，又恢复了土匪的习气。终为农民杀死，当时农民已经组织起来，建立了苏维埃，有能力抵抗他们。
结果，党内毛的批评者们斥责他，竟联合这样明显的落后分子。但是，毛已经清楚地表明了自己的观点，所谓游民问题绝不仅是在井冈山求生存的问题。
毛的批评者之一王明声称，毛在30年代末曾告诉他，在进入井冈山一年后，使用“鸿门宴”的手法，处决了两个土匪首领，由于当时已有几支共产党军队与他会合，安全有了保证。随后，他解除了土匪部队的武装。
为了得到粮食和其他补给 毛不得不征服四周的农庄
1928年间，毛开始和贺子珍一起生活，贺是一个漂亮的、举止羞涩温柔的娇小妇女，18岁，只有毛35岁的一半多。她是一个地主的女儿，曾在湖南师范学校读书，后当了教员，1927年加入共产党。南昌起义时，她曾领导一支妇女队伍，对于流亡中的毛来说，她是一个十分般配的佳偶。
她的惟一不足是，由于出身富裕家庭，从未做过体力劳动，因而不愿负担日常的家务琐事。可另一方面，她又被其他女共产党人当做热心家务的模范，因为在选择自己的工作时，她情愿去照顾毛个人。
类似情形也发生在后来的井冈山上的战友朱德将军身上，他是这样解释当时自己的婚姻的：“这不是常规的婚姻。我在四川有妻子，自从1922年以来没有见过面。我们有时通信，她早就明白我的生命是属于革命的，我不可能再回到家里去了。伍若兰和她的家庭对此是全部知道的，但他们并不受传统礼教的束缚。当然，像其他妇女一样，她还保持自己的姓名，在政治部做自己的工作，她大部分时间是在村子里。”
毛以井冈山为中心谋求扩大他的影响，并逐步壮大他的400人的部队，以控制更多的地区，这表明他是一个中国式的罗宾汉。为了得到粮食和其他补给，他不得不征服四周的农庄。但是，为纠正单一的流寇式游击，他建立了他的第一个独立政权，中心设在茶陵，中国共产党称这样的政权为苏维埃。人民委员会是执行机关，而由工人、农民和士兵代表组成立法机关。
毛从他前一时期的狂热后果中吸取了教训，因而茶陵的土地政策是温和的，既不是没收也不是重新分配土地。他领导的针对这一地区地主豪绅的游击暴动，旨在得到粮食和武器。因此，他并未取得当地农民的合作，他们对待他就像对待其他“客军”一样，是冷淡的。
党史学者：假若没有朱德毛在以后的生涯中有可能变成一个土匪
不久，正式代表政治局的湖南省委和着名的湖南特委，派遣了另一位共产党官员，侵入毛的领地，把他们的权力扩大到这个偏远的边界地区。毛到达井冈山5个月后，湖南特委代表到达井冈山，取消了毛前委书记的职务，改组了他的地方政府，毛仅成了一名部队的指挥员。当时，毛被指责为对地主过于温和：而在一两年前，同样是毛却被看成是一个极端主义者，可是此时，他已经学会了在农民之中促使社会转变的更合适的方式。
领导变更的结果是暂时丢掉了井冈山根据地，可毛却在湘南与伟大的南昌起义英雄朱德会师了。朱德率领一支暴动残存的杂色部队，已经到了湘南的桂东，队伍中有在前一年秋天被击溃的大量军队和农军。朱德已按自己的计划举行了湘南暴动，毛派他的弟弟毛泽覃与他联络。然而，朱没有成功，被迫再次由湘南城镇往东向井冈山退却。5月，两人在酃县会面。
朱德的传记中写道：他“曾经见过毛泽东一次，不过是在秘密会议的昏暗大厅中远远相对而坐，没有真正见过面”。这是毛一生中最有意义的一次会面，从此，他就和这个率直刚毅的战士结成了亲密的关系，这种关系确保了中国共产党队伍中最强有力的团结。一个共产党历史学家略有些夸张的说：假若没有朱德，毛在以后的生涯中有可能变成一个土匪……然而，更为确切的假设应是，如果没有这种团结，毛的最好结局是当一个不受信任的省级领导人。
