随遇而安
人生境遇不可选择，心态可以选择
凡人兄曾告诫我： 给他（阎润涛）讲理没有用，这就是我为什么写文逐条驳斥他的原因。
我没有听， 结果有了现报。 阎润涛的问题一遍遍地问，我一遍遍地答。但是他就是不看， 再一遍遍问， 没完没了， 无始无终， 然后还抱怨自己一遍一遍地问，暗示别人回答不了或不答。 颜宁要是来了也一样，是会变成“十万个为什么”的， 绝对不是“回一下就能完事的”。 最好的办法只有写博客，
阎润涛问题１ 如果按你说的她在2012就得到了人体葡萄糖载体从开口朝内变成开口朝外的证据了，那她为何在2012年的论文没提出工作模型？
她在2012年拿到了XylE向外的构象，但是没有向里的构象。 2014年拿到了朝里的Glut1的构象。才能组合来起来研究模型。 Forest的综述里有讲，最好一个蛋白多个构象。
阎润涛问题２ 更可怕的是：她在2014年的论文里讲没有葡萄糖载体开口朝外的证据，也没有木糖载体从开口朝里变成开口朝外的证据，如果在2012年就有了生化证据，那她的图5嫁接想象图说是predicted开口从朝里变成朝外，那不是骗人了吗？？？
答：先说这个问题问的就不在点子上： 凡人兄曾经答过一句， 我这里稍微多花些笔墨解释清楚：
颜宁是Prospose Model. 就是告诉你根据前人的研究和已有的实验证据提出一个模型。没有自诩为“我提出并证明了人体葡萄糖转运机理”。 相反在图5的解释与讨论里，小颜对哪个部分是前人的， 哪个部分是自己的实验证据，哪个部分是用近似体猜得，哪个部分是目前还没有证据的，是说得一清二楚的。 知之为知之，不知为不知，都放在台面上，怎么能叫骗人？
模型本身就有猜的成分。 1966经典有动力学的初始证据， 但大部分是猜的，后来有了动力学实验证据，后来有了生化的证据，现在有了更确凿的晶体证据。以后研究不断深入，还会有更深入详尽的认识。 这就是生命科学积累大量证据证明并且不断深入理解机理的过程。 跟数学一篇文章证明就完整证明了一个定理就不用再找证据是不一样的。
现在谈谈颜宁提供的证据。
颜宁整个２０１４的思路是： Glut1朝里的构象是２０１４年做的。 朝外的构象由XylE代表。 XylE的可以代表Glut1的原因是XylE与Glut1 同源近似。 文中在解释机理时， 两者有什么相同，不同说的清清楚楚。
图５里有两个predicted. 我不是很清楚阎润涛说的是哪个， 就两个都谈谈我的理解。
一： Shown here are the predicted conformations—outward-open, ligand-bound and occluded, inward-open, and ligand-free and occluded—required for a complete transport cycle according to the alternating access model.
粗体的部分我不是很清楚是应该理解为：
（１）Shown here are the conformations predicted by the scientific community. 还是
（2） Shown here are the conformation predicted through our experiments.
如果是（1）那么没问题。如果是（2）需要先解释第二个predict.
二。 The ligand-bound, occluded conformation and the ligand-free, occluded one are predicted from two XylE structures in the outward-facing, partly occluded and ligand-bound state
就是说用XylE predicted Glut1 的朝外的构象。 就是不知道正主长什么样， 找他兄弟或表兄来看看长什么样。 虽然不完美， 但也不是不科学， 因为生化实验证明了在葡萄糖两者功能性的可替代性。（2012年图3a) .
解释完了第二个就好说第一个： 朝外的构象不是晶体，而是predicted. 那么第一个的predict有几个组成成分：
（１）前人２００６到２０１３给的模型（比如Iancu 2013) 。
（２）Glut1朝里的构象。
（３）用XylE predicted 的Glut1朝外的构象。
（4） ICH的功能： 介于猜和证明之间。
（5） 外门， 基本算证明了
阎润涛问题３。 你本来是想帮她洗地说她没有剽窃而是她自己在2012年就搞出来了生化资料以证明葡萄糖载体开口朝里变成朝外了，你一下子就把她变成了在欺骗读者。
答：我从来没说过生化实验是用来证明从朝里变朝外的。 我说生化实验是用来证明图5中ICH的重要性。
朝里到朝外的变化，由于上面的二 Glut1朝外的构象由XylE代表， 朝里的构象有了Glut1的晶体。 所以两者比较得出的。 由文献32知道Glut1是有朝里朝外这回事，但是不知道具体的结构与分子机理的变化。颜宁的贡献是通过Glut1本身朝内的构象与XylE predicted的朝外的构象，结合起来，猜测具体的分子水平上的变化。 所以是Predicted 而不是 demonstrated.
最后说一句老阎其实也没有朝里与朝外的构象。
Cystine scanning只是“符合”AAM. 只是说在跨膜第7区可以看成三个区域， 一个只跟细胞外有接触， 一个只跟细胞内有接触，一个两面都可以接触。
＊＊实际上也没给出从内到外的变化。 ＊＊
并没有排出其他可能性。 比如
１。如果一个（即使不是转运蛋白的）膜蛋白也可以有这样三个区。
２。比如跨膜区７被其他的跨膜区所掩盖（保护起来）。 比如如果是Channel， 7与１０的在外膜形成gate, 关上时，两个盖缠在一起，互相保护起来，也可以起到不接触细胞内物质的作用。
Mobil Barrier 就是 Gated Pore吧。
Accordingly, this model may be thought of as describing a MOBILE BARRIER (22); ...If. condition ... (then) one might also view this transporter as a "GATED PORE"
PNAS 1996讨论部分(page5976)最后是这么说的( 见下面完整引文). 记得你在讨战中谈过“mobile barrier”, 可否再解释一下？ “mobile barrier” 与1966AAM是对点的观点吗？
“when the transporter is in its outward-facing conformation, external substrates (or probes) would contact domains C and B but not domain A. Conversely, when in the inward-facing conformation, substrates (or probes) could interact with domains A and B but not with domain C. Accordingly, this model may be thought of as describing a MOBILE BARRIER (22); substrate transport arises as the formation and collapse of barriers (domains A and C) forces the translocation pathway to communicate with the inner and outer aqueous phases in alternating sequence. If the core domain B functions solely as a passive conduit for substrate movement, one might also view this transporter as a "GATED PORE" but before adopting this terminology it may be best to await a better experimental definition of this central region.”
注22. Mitchell, P. (1990) Res. Microbiol. 141, 286-289
“最后说一句老阎其实也没有朝里与朝外的构象。Cystine scanning只是“符合”AAM. 只是说在跨膜第7区可以看成三个区域， 一个只跟细胞外有接触， 一个只跟细胞内有接触，一个两面都可以接触。 ＊＊实际上也没给出从内到外的变化。 ＊＊ ”
PNAS 1996讨论部分(page5976)最后是这么说的( 见下面完整引文). 记得你在讨战中谈过“mobile barrier”, 可否再解释一下？ “mobile barrier” 与1966AAM是对点的观点吗？
“when the transporter is in its outward-facing conformation, external substrates (or probes) would contact domains C and B but not domain A. Conversely, when in the inward-facing conformation, substrates (or probes) could interact with domains A and B but not with domain C. Accordingly, this model may be thought of as describing a MOBILE BARRIER (22); substrate transport arises as the formation and collapse of barriers (domains A and C) forces the translocation pathway to communicate with the inner and outer aqueous phases in alternating sequence. If the core domain B functions solely as a passive conduit for substrate movement, one might also view this transporter as a "GATED PORE" but before adopting this terminology it may be best to await a better experimental definition of this central region.”
注22. Mitchell, P. (1990) Res. Microbiol. 141, 286-289
变成开口朝外的证据了，那她为何在2012年的论文没提出工作模型？"
对这个问题俺也有个回答：
“小颜Nature2012设计思想”
http://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/201908/14719.html
Nature2012是篇实实在在的好文章。作者在该文中既无相关内容也无任何空闲地方去扯出个工作模型/构象转换图。Nature2012与Dr. Maloney没有丝毫关系。在这点上没有”猫腻"。
谢谢！ 老阎这会陷得有点深
就因为在7月15日的帖子“转运蛋白模型一日游 （五）总结”的最初版本中，我和你讨论，你说“目前看过的文献来看， Yan_Maloney模型只出现在阎的博客里，没有出现在科学杂志里，就是说在科学界不存在”。我只好问你“‘The best characterized members of the family are UhpT and GlpT, both of E. coli, for which detailed topological models have been presented (29, 90, 91).’ 这是被引用了1281次的综述“Major facilitator superfamily（1998）”文章里的原话。其中文献90， 91分别是大阎1993和1995的文章。队友阁下，在这里"models"是啥意思？”。我再说“这就是你‘看了这么多文献，没有一篇文献用模型一词来提阎的两篇论文’。反证”，到这时你才无奈地承认你错了，有大阎的模型。
我当时对你勇于承认错误，这种有担当的行为，颇为欣赏。没想到你把帖子“转运蛋白模型一日游 （五）总结”以及后面的评论全删了，叫我怎么说你才好。
100年前，国学大师辜鸿铭一言以蔽之，他曾形容中国人：温和平静，稳重节制，从容练达。
绅士风度是西方国家公众，特别是英国男性公众所崇尚的基本礼仪规范。经要求在公众交往中注意自己的仪容举止，风姿优雅，能给人留下彬彬有礼和富有教养的印象。多指男士彬彬有礼的样子。 其基本要素是：礼貌 、尊重、尊严、礼仪。
但在半个世纪以来，中国人的样子似乎却慢慢消失了，“假装情义”、“揣度他人”、“戾气满满”、“好利急功”，“无利不往来”、“傲慢无节制”几乎变成了社会主流价值观和社会低落情绪。
且不论东方或西方，你的所作所为对照一下，是不是还有颇多改进之处？和你共勉，我也有颇多改进之处。
让老阎自己把自己的无知与鲁莽在专业人士眼前晒着，对老阎可不太好； 真心话。
我到希望那两段《自然》网站上的留言被删掉，只留RT的好了。
说的不对请原谅。
这里不支持图形符号，重发了一次。
我到希望那两段《自然》网站上的留言被删掉，只留RT的好了。
说的不对请原谅。