张献忠把制区内的各地城市人口剿灭净尽，他又从郊区强迫村民们入城。毕竟，城市里还需要有人为军队服务。
虽然花了如许兵力人力来剿城迁人，四川各地也不见平定。在清军、明军、各地再起义军的攻势下，张献忠屡战屡败，接连几个月没有打过一个胜仗。张献忠挺不住了，他无比怀念起了当日的流寇生涯。放弃四川，到他处重新开始的念头越来越强烈。
然而又不甘心这样走。因为实在是太恨四川人了。好，你们不是反对我们吗？把你们都消灭了，变成一片赤土。张献忠决定屠蜀，理由是“自我得之，自我灭之，无使他人得。”在撤离四川前尽量把四川人杀光，留给敌人一个空省。
这是古往今来最宏伟的屠杀计划，执行得也相当坚决。
距剿灭城市人口不久，张献忠又发出了“除城尽剿”令，令军队出城，消灭农村人口。深入穷山大岭，一个也不放过。“立搜山、望烟等头目，踪迹高山大谷有匿崖洞者，举火薰之。”
从荣县、洪雅等县县志所引资料看，张献忠在四川许多地方无可争辩地实行了“除城尽剿”的政策。他认为“凡居山野者俱叛逆，将悉行剿灭；城内俱良民乃免死。”具体做法是：“凡剿一处，先令地方官清四至界，并乡导人送领兵官。前一日照四至界址布兵环围，次日开剿，四下齐向中央搜杀，如围场合龙口之状。”结果是，“不论男女老幼，逢人则杀”。“剿毕复扒草寻穴，细搜数日乃复命。”之所以这样仔细，是因为“倘有漏网者，或于别处发觉，罪其领兵官。”我们前面提到的小秀才欧阳直在为张献忠部服务时就“尝见郫县解来一个逃民，审迅之后，发现系峨眉人，于是负责查剿峨眉的官员洪都督被剥皮。”在这样严厉的政策下，各地官兵当然不敢不尽职。仅川中各县，就有十四万多入死在屠刀之下。
做为一项军事命令，当然要有验功标准。那就是手掌。欧阳直办理文案时，曾经见到以前用手掌记功的记载。他说：“每官兵回营以所剁手掌验功，掌一双准一功。凡有军官衙门所在，手掌如山积。而成都城内人掌，则更几于假山之万叠千峰矣。尝见一札付，自副将升总兵。其札头空白处用朱笔细字备注功级算手掌一千七百有零。”
十九
人已经杀得差不多了，张献忠开始撤退。穷途末路之人，比以往任何时候都眷恋家乡。他对部下说：“弃蜀出秦，一得长安，则是中原首领自我而据，且关中为我故乡，诸将兵多系秦人。自来强兵战马皆产于秦，要图大事还是陕西。”
然而这时又遇到了供应问题。人口消灭净尽，自然粮食就越来越难找。数十万军队，没吃没喝，如何行军？张献忠想到了屠杀自己的部下。当然，要杀必先杀那些掳来的四川人，他们虽然被征入伍，心却不附，却经常有人开小差。
《蜀碧》载，“ 献忠欲此行入陕，恶其党太多，欲止只（留）发难时旧人”，他和汪兆龄等密议如何实行，“兆龄怂恿之曰：‘恐兵知而先噪奈何？不若先立法，责之各将军都督等，多置逻者，以伺察营伍中行偶语者及微过，皆置文法并连坐，如此则杀之令名，无觉者矣。’密议巳定，辄收治。”
密议结果，在义军中要“收治”的有三种人：“其一系四川人，有在四川入伍者，有系四川人而在他省入伍者。其二系他省人而在他省入伍者，有系他省入而在四川入伍者，其三系明朝官兵投降过来者，有系阵前俘获者，又有系各地方上的土匪入伙的，俱当尽诛。”其中尤其是四川义军，张献忠认为都是些“剽悍亡命，叵测不轨之徒”，故“恨入骨髓”，必欲除之而后快。
屠杀的办法与杀士子时类似，据《蜀警录》载，“先谎称要从士兵中挑出精干者成立水师营。因此命令部队在张献忠等军官面前列队而过，过去者生，被‘挑中’者即待死。先在江边建造了一个木栅城，挑出来的数万军人都关进城内，开杀之时，先用枪炮向内轰攻，死伤大半，然后方挥兵入内砍杀。”“结果在军中共杀“男妇二十万有奇”，占全军半致，献忠在自己军中制造的屠杀恐怖，使得幸存者恐为献忠所屠，大批逃奔“姚黄十三家”起义军。
献忠还认为随营妇女是自己行军作战的累赘，在杀过自己士兵以后，把屠刀探向军中妇女。1646年他离开成都时，首先将自己的三百嫔妃杀掉二百八十名，只留了二十名侍候自己。并命令“各营所有妇女，齐集一处，由兵围绕，献忠另选兵人一队为刀斧手，号令一声，乱砍乱杀，叫冤哭惨之声，展动天地。妇女尸身堆积如山，血流成河。”
还有史料记载，由于缺乏军粮，张军曾经把这些死亡者的尸体“剐之割之，制成腌肉，以充军粮”。
收拾干净之后，张献忠率部起程。开国时的一千多文官，此时被杀剩二十五名，忠心耿耿地跟在身边。士兵人数亦已只剩三分之一。他犹满腔豪气。可惜行至西充凤凰山，遭遇清兵。他随即“骑马出营，未穿盔甲，亦未携长枪，除短矛外，别无他队，同小军七八名，并太监一人，奔出营外，探听满兵虚实。至一小岗上，正探看之际，突然一箭飞来，正中献忠肩下，由左旁射入，直透其心，顿时满地鲜血长流，献忠在血中乱滚，痛极而亡。”
其时，张献忠方四十一岁。
