阿古柏是中亚细亚吉延(浩罕)的政治野心家。1865年乘中国内乱未平，新疆一些地方势力掀起反清运动的时机，侵入新疆，在血腥镇压的基础上，建立了分裂政权。为了维护其政权，阿氏先后同英国，俄国进行了一系列勾结，非法签订商约与协定，大批出卖我国新疆地区的权益，阿氏是个英俄帝国主义的走狗，是新疆各族人民的凶恶敌人。
但阿氏美梦不长，在其统治不到12年，其政权的丧钟就敲响了，1876年9月清军突然出现在天山以北，夺取了乌鲁木齐，正在紧紧围攻玛纳斯，当阿氏听到这个噩耗后，惊得目瞪口呆，不知所措，其实这意味着这个短期的不得人心的分裂政权未日即将到来的警钟敲响了。
现在就回顾一下忽然出现在新疆天山脚下这支清军的历史。清政府在解决了太平天国的起义和捻军造成的困难，在极度混乱的地方恢复了秩序，把一群乌合之众整顿成劲旅之后，就把他们的注意力转向他们从未忘怀的甘肃省外的东干造反者问题，云南获胜的军队没有被遣散，而是被调来参加在戈壁以外的新战役。皇帝的诏书很快到了这些老兵面前:诏书号召所有忠实军人为维护国家的光荣，和他们被屠杀的兄弟，被亵污的宗教而讨伐阿氏这个分裂的政权，统一大清帝国。象左宗棠统帅及张曜这样的将领所做的热情的榜样很快地为他们的全体士兵所效法。
在这样旺盛士气之前，这支清军仿佛回到了当初清军开拓疆土，创立大清国时所向披靡的时代，那时一个省份的征服就是另一新的胜利的前奏，而参加每一次战役的队伍中都有前一战役的老兵在内。就这样，这支云南战役的胜利的清军，通过贯穿四川与陕西的长途行军到达了兰州府，即甘肃省会，在这里陕甘总督正在集聚集军需品并招募新兵以便把那些受过训练的士兵核心扩大到和一支侵略军队相称的规模。可以说，那些不需要在云南担任卫戍工作的部队，通过一条远离首都的迂回曲折的道路被调往西北边疆城市兰州，并在那里为自上一世纪中国收复新疆以来最艰巨的军事准备。
1874年底，清军先头部队就开始向西进军了。在兰州和哈密之间这个长达数千里的不毛地带，为了克服阻碍主力部队前进的困难耗费了一个冬天的时间。最后，随着戈壁沙漠平原上春季的出现，总共五万人的清军，就沿着贯穿沙漠的长路出发，向着天山南北更为肥沃的长路前进。尽管大家都知道西北有军事活动，但其目标和规模都是极其保密的。先头部队由于必须在沙漠里构筑固定的营舍，或毋宁说是屯居点，种植谷类以便来春能够进军，而经过耽延一段时间之后，清军在没有受到任何严重阻碍的情况下，就出现在乌鲁木齐城墙之前，这是东干领袖们决心守卫的地方。
防御并没有持久，几天后守军就投降了。大部被复仇的清军灭杀。
9月2日，清军就在玛纳斯防御工事前驻扎下了，玛纳斯城比乌鲁木齐地势坚固得多，并且由东干人以全部力量防守着。在清军出现引起的最初震惊过去以后，玛纳斯的守军看出这是为他们的生命而战。乌鲁木齐的攻陷，虽是一次军事上的胜利，但战役的成败还必须在玛纳城堡前决定。9月2日清军的排炮就开始向城墙的东北部分轰击，对四周城墙进行或重或轻的轰击达两个月之久。几次攻城被击退，但在八个星期的围攻以后，清军的顽强攻击仍和他们最初到达时一样。而东干人的粮草储备则已消耗殆尽了。随着供应的耗竭，他们的勇气也就耗竭了，在经过一次没有成功的突围后，守城将领向清军前哨自首。11月6日守城主力由城里出来，但人员都是武装的，并且排列成完整的战斗队形，突围的意向很明显，清军立即采取行动，炮兵，骑兵，步兵马上发起袭击，在短时间内被消灭了，他们当中没有被杀的首领也都被立刻"处以极形"。
阿氏军事力量的重要一部分，东干军队的消灭，使1862年1863被阿氏主要是东干军队屠杀的驻守在新疆的清军的血得到了抵偿，中国人的威望恢复到了本世纪的最高峰。
远离乌鲁木齐与玛纳斯上千里住在喀什噶尔王宫里的阿氏是怎么做的呢？他手下有几个军官当时就在这两个城里，可清军攻前都溜之大吉了，为什么这样做呢，这是因为阿氏他是通过第一次东干战争和攻取库车之后，就用武力制服了东干族，但他十分不放心东干的军队，完全采取了隔岸观火甚至是渔翁得利的侥幸心理，其实他大错而又特错了，在对付清军方面，他们是唇齿相依的关系。到11月份阿氏无所做为，这使他个人号召力受到的损害比一次战事失利更为严重。它给他部下中的狂热分子的信心泼了冷水，而且这些人才是他最能干，最忠实的党羽，有种种迹象表明，有不满的并不限于新疆人民的一部分，而是遍及全体人民当中。东干战争一直就是不得人心的，而且是一种劳民伤财的血腥的作战行动，与俄英两国商贸交易，由于较大的天然障碍，也没有给当地人民提供在他们眼中认为唯一值得获得新的贸易的孔道。
由于人民的不满情绪，阿氏的权力必然会受到削弱，当他稍微清楚地看到这种情绪的时候，清军回来了，但阿氏已无力组织有效的反击。在库车以东的地方，如果还有人居住的话，那也不过是由于阿氏的代表的命令而被屠杀剩下的少数遗孤，这些人不会为他的野心而卖命的。喀什噶尔城的守备队主要是由被饶命的前清军士兵组成，要他们跟自己的同胞去战斗也不可能。军队中大多数都是东干人，然而就连他们当中也有不满情绪。他们有一切理由惧怕落入清军之手，那屠杀无辜的清军的正是他们，对于这种罪行阿氏至少是没有染手的;清军的忿怒行动首先是指向他们的。但他们对阿氏也有他们的怨恨。他曾在战场上打败了他们，而且他们与其说是受他劝诱，不如说更多地是受他强迫参加了他的军队。他们对安集延穆斯林的仇恨只是比对汉人的仇恨略逊一筹罢了;他们也想分裂的野心都被这个阿氏这个更大的野心家给挫败了。在1862年到1865间，他们曾冒着极大风险参加了分裂的叛乱，当他们完成任务的时候，他们发现自己所取得报酬被阿氏骗走了。所以当清军收复失地，消灭分裂势力时，阿氏军队的核心的确为数很少，但他所能依仗为他的王冠和宗教进行战争的人也只有这少数的核心。
1876年，当他忙于搜集武器和储备品的时候，他一定发现自己陷入孤立的境地了，他只有孤注一掷了，于是他把他所有军队，包括东干人在内，沿天山南边集中起来，总部设在吐鲁番。
守卫着穿过山脉的主要隘道的达板城堡垒，驻有九百个骑兵，配有滑膛枪和两尊大炮---一尊后膛炮。在吐鲁番和阿氏在一起的有三千骑兵和五百名步兵，有炮五尊，绝大多数是旧产品。托克逊是一个设防的地方，位于往库尔勒去的大路上，离吐鲁番近十里，驻有四千骑兵和二千步兵，有炮五尊。阿长子在这里指挥。在库尔勒有一千五百人不久也调往前线去了。阿氏不得不用这些分散在一个很广泛地区的一万七千人来抵御清军，清军不但在人数上占优势，如结果所示，在指挥上也占优势。
除了阿氏在边境上所集结的多少受过点训练的一万七千人以外，还有一万东干人，这就是说，住在东部地区的东干居民，这些人是出名地不足信任，而且装备也不好，因而总起来说他们是力量的源泉还不如说他们是软弱的源泉更为恰当。2月底阿氏就在吐鲁番了，他在托克逊和天山一带构筑工事，并给部下打气，做最后的挣扎。
在这期间清军也没闲着。他们战胜东干人后，就在靠近乌鲁木齐的古城设立了司令部，为了保证他们和甘肃之间的交通，已组织了正规的信差往来，武器，后勤补给和人员源源不绝地穿过戈壁流向远征军。例如，在兰州建立了一个储存武器的大型军械库，曾经一次就护送走了步枪达一万多支。当陕甘总督左宗棠为了在雪融化时即强越过天山而在天山以北进行这些准备的时候，另一个将领张曜，则为了天山以南进行牵制性的突袭以配合主攻而驻扎在哈密。清军总数约六万人---五万人在古城附近，一万人在哈密。在3月里清军已经把进攻阿氏的一切准备都准备好了。从古城到吐鲁番并没有直达的路，因此清军主攻方向是从乌鲁木齐攻击阿氏已经修筑有堡垒的达坂城。但是，尽管较大的一支军队是从天山以北活动，实际决定性打击是由哈密出发的一支小军队所做出。而这支部队的活动并没有受到阿氏应有的注意。
4月中旬张曜将军没有遇到任何严重的抵抗就攻取了七台和鄯善于两个小城，后者在吐鲁番以东约百里，从这里他和他的上级，左宗棠，开始了那即将粉碎喀什噶尔抵抗的一切的协调一致的行动。位于吐鲁番的阿氏，由于受到从乌鲁木齐和鄯善前进的两支队伍的夹击，就仿佛陷在两片火焰当中一样，如果被打败的话，他的退路将完全暴露在一个有胆识的敌人面前。清军一经发现他们的初步行动取得了成功，就下令全面进攻。清军最初在达板城是遭到顽强抵抗的，在强取天山隘口还未成功的时候，就有消息传到守军耳中，说一支清军把他们的统治者从吐鲁番赶走了。于是，阿氏部下的各级官兵乱成了一团;在那疑或和失去理智的惊恐时候，阿氏的大多数士兵或者投向敌方，或者逃往喀喇沙尔。
当这绝望的时刻，阿氏仍不甘心失败，他在吐鲁番城外与清军交锋，尽管众寡悬殊而败走，仍然在吐鲁番以西六十里的托可逊继续顽抗，当再次被击败时，又退到喀喇沙尔来抵御清军不可阻挡的进攻。在这几次战役中，阿氏损失了不下二万人，这时他只有撤退的份了，这样阿氏又退到库尔勒。
阿氏在此之前早一个月曾派使者到塔什干请求俄国干涉，但俄国已断定阿氏气数已定，也因为俄国忙于应付欧洲事务，拒绝插手。
清军进入托克逊以后忽然停止前进，但他们引起恐惧的名声已经走在他们的前面，喀喇沙尔以东地方很快被居民放弃了。在这五个月的平静期内，在喀什噶里亚发生了最重要的事情，阿氏突然死去。当清军得知此消息时，就判定最好和策略是在挥戈西进以前，让阿氏集团内部的分解因素发挥其作用。
阿氏之死确实有不同的版本，最可能死于一群阴谋者手中，其实他这次不可避免的失败就是新的动乱的信号，也是意料中的事了。当阿长子把他父亲的死和他自己即位的事通知俄国时，阿氏真的死了，至于到底怎么死的，对所有的人来说已显得不那么重要了。
清军终于向前挺进了。五个月来，一直在分裂分子头脑里悬虑着的危险，已迫在眉睫。长期使人畏惧又叫人等待了很久的清军，正在以不可抗拒的力量迫进他们最后的大本营;一个被吓怕了的民族的危惧不安的心情使他们明白，他们的末日就在眼前了。而喀什噶尔的人们却陷入了近乎党派策略的阴谋诡计之中。而清军正在把套索进一步收紧，要绞死这个分裂的政权，使它永世无翻身之日。
在天山以北，最高权在大帅左宗棠手里。在天山以南，指挥官是刘锦棠和张曜，前者是围困玛纳斯城的英雄，后者是对吐鲁番和哈密作牵制战的英雄。前者的基地是玛纳斯，后者的基地是吐鲁番，清军并不热衷于扩大他们军队的规模;而是谋求提高军队的效率;同时，在夏季数月的署热中，他们留在他们最近收复的土地上休息。
第一个行动是在天山以南采取，一位名叫汤仁和的准将，于1877年8月25日，率领前卫部队，离开托克逊去占领阿哈布拉的外围村庄。他的部下似乎不过数百人。两周后，9月7日，董福袢和张俊带着1500人的部队，全部是步兵，随后跟来。他们推进到曲惠。部队在这地方集中起来。
这些分遣部队的首要任务是为主力部队准备前进的道路，在上述地点贮存燃料和用水，并且建筑防御性工事。这部分任务完成的如此彻底，于是刘锦棠将军，于9月27日，发布了总进军的命令。
步兵走大路，而骑兵在刘将军的直接命令下，从侧道向同一方向前进。10月2日，天山以南的清军会合于曲惠。人数为15000人。9月24日，喀什阿氏部队的一支小队威胁了汤会和将军的交通，但当清军出现时，他们便转身窜逃了，刘锦棠将军就在他抵达曲惠的次日，又继续向前推进，同时又委派两名准将带领6000兵力去执行对库尔勒的侧击运动。刘将军亲自领导他的主力攻击库尔协，到达海都河，但他的前进道路在这里被阻止，因为叛军首领已经阻塞了这条河道，用水淹了这个地区。最深部分灭顶，最浅的部分也达到马背。清军于是转向一个朝北的方向进军，以便找到这条河的上流，在那里就较低容易克服敌人所设转眼的障碍。沿着这些碱质平原，小心地修建起一道木桥。这一迂回导致了一些耽搁，然而，10月7日，在刘将军从曲惠动身后第四天，便到达喀剌沙尔了。
10月9日，清军从两侧向库尔勒进军，就在那一天，发生了一次小规模的骑兵战，从俘虏的供词得知阿氏的部队整个撒退到库车，并带走了所有的人和物。同一天清军开进库尔勒，发现这个城完全被丢弃了，因为粮草辎重没有达到，军队就有因饥饿而撒退的可能，但刘将军下令全军搜索，凡是可能埋藏的地方，都加以挖掘，找到了"好几万斤粮食"，解决了暂时的口粮问题，同时他们颁布一项公告，招当地居民返回他们的家乡，许多人被招回去了。在这个地区清军没有因过分行为而有损声誉，他们对非武装居民的和善态度冲淡了当地百姓的敌视态度。
刘将军听到阿氏部下要迁散沿途的百姓，毁灭他们的庄稼。他亲自出马，要挫败这一计划，带领1500名骑兵和1500轻装步兵去保护那些无辜的地方居民，不分白日和夜晚追赶，清军进军的神速得到了报偿，敌军带着大批的居民刚刚走在前边不远。由一千骑兵组成的后卫部队很快赶到，而阿氏部队因见清军人人数少而胆壮，因而发起攻击。然而，以优良的来福枪武装起来的清军步兵的沉着应战，粉碎了他们的袭击，后由骑兵进行余下的战斗，阿部遗尸上百，12名被俘。从俘虏方面知道，约数万百姓及2000主力军的阿部就在不远处，于是刘将军发出命令，凡是发现持武器者一律杀掉，其他人则赦免。
这一仗打得很好，刘将军这支小部队因有优越的战术和武器占了优势，阿部遭受了重大的损失，在极其混乱中溃退，刘将军以惊人的速度和不休止的旺盛精力又连连获胜，阿部即刻逃奔库车，把居民放弃给清军。不幸的居民苦苦哀求清军的宽恕，刘将军保证了他们的他们的安全，并要他们不必再恐惧。
这时候清军已经从后方得到增援而大为加强，战事到了更为艰巨的部分，攻打库车城。当清军兵临城下时，他们发现阿氏士兵和拒绝跟他们向西再后撒的市民之间正在进行一场战斗。但一见清军到来，阿部便撒离城市，同时，于库车西边和清军接战。清军立即攻击他们，开头没有多少进展，而为数约四千多人的骑兵发动的袭击也被击退。但是清军用大炮轰击阿部，却收到显著的效果，同时，清军的后援部队不断进入阵地。最后，在密集炮火的掩护下，步兵奉命冲锋，同时，骑兵抓住最恰当的时刻发起突击。阿部全军溃败，并在无可挽回的混乱中逃走，丢下1000多名士兵在战场上。无疑地，这是整个战争中一场最残酷和激烈的战斗。参战各方都约一万;赢得这场战斗要靠战术和技巧，同样也要靠蛮力和勇猛。清军所有的军事行动都有他们将领的非凡才干，也表明他的士兵的服从，勇敢和忍耐力。从曲惠向喀喇迅速的推进，从那里向布告尔急行军，占领库车，清军对待平民的宽容，这一切对清军官兵们，特别是刘将军，是值得钦佩的。
清军在库车设立了一个司令部，并把一支庞大的军队作为驻防部队留在那里;但是他们的主要行政措施则旨在改善当地居民的处境。他们建立了一个行政部门，目的在于为居贫民提供生计手段和为整个社会利益分配谷种。这个部门也监督道路的修筑和渡般，驿站的设立，用民便利商业和旅行的活动，以及加速邮件的传递。给所有的城市任命了行政长官和治安长官，并采取预防措施迅速地并以最实际方式实施了，这一切对稳定当地局势以及未来走向都是有深远影响的。
10月19日，刘将军又继续向前进军，没有遭遇严重的抵抗。并在一个叫着拜城的城镇上，等待后卫部队的到达。这支兵力10月底之前到达，接着又继续向阿克苏推进。
而左宗棠直接指挥下北边军队的行动，绝密地在北部行动，穿过那些由特克斯河和裕勒都河形成的罕这人知的小道而入喀什噶尔;两支军队是在拜城会师的。由于左宗棠这一战略的成功，清军才能以压倒优势出现在阿克苏城下，当地守军一看见这支军队，便从内心深处消失了所有抵抗念头。阿克喀什噶尔东边的屏障，左宗棠一出现在城前，守军头目就惊惶失措，丢职逃官。他后来被阿氏的长子拘捕，并被处死。清军于是向乌什挺进，它也是不经一击便投降了。
在12月初，清军开始了攻打阿氏最后大本营喀什这最后一着，并于该月17日以奇袭的方式予以攻克。，继位的阿长子伯克先撒退到叶尔城，当他听到喀什陷落时，便从那里逃往俄国领土。，随着喀什的收复，清军重新统一新疆的事业便告完成。其他城市也迅速解放，清军再没有碰到抵抗，剩下的只需要开展重新组织的任务就行了。当喀什被清军攻克时，大部分阿部认为他们他们在清军手中不能期望宽恕，他们逃亡俄国领土，并散布关于清军又进行屠杀的谣言，这只是他们自己想象的屠杀。毫无疑问，清军的胜利是彻底的，在今后许多年里，分裂势力已没有能力也无法让人们在跟他们起来从事分裂活动了，清军统一的行动也得到当地人民的拥护，没有什么人什么势力敢向清王朝的中央权威提出挑战和有什么异议了。
在清朝覆灭，军阀割剧，国民党当政期间，新疆也没有大的动乱，因为新疆人民通过左宗棠收复新疆的壮举，认清服从中央政府，在中华民族这个大家庭里才能给新疆带来无限的前途！
当然中华民族永远也不会忘记一百年前左宗棠率领的清军收复新疆的壮举，他们的伟业将永载中华民族的史册！
