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新冠病毒是实验室泄漏的吗?

(2020-02-05 19:20:56) 下一个

声明:我不是病毒学专家,对基因学也一知半解。也没有什么内部消息,所有有关知识都是从网上得来。这篇文章只是试图梳理一下这几天对这个问题的学习,思考。本文不涉及任何阴谋论。

怀疑新冠病毒可能是实验室泄漏,是基于以下事实:2019新冠状病毒肺炎是在武汉暴发,而武汉病毒研究所,特别是该所石正丽研究员的团队,恰恰是中国研究蝙蝠类SARS冠状病毒的重镇。更要命的是,石研究员的团队在1月23日发表了一篇文章,首次披露该组2013年在云南获得的一种蝙蝠冠状病毒,RaTG13,与新冠状病毒2019-nCoV高度相似,两者在全基因组水平上有96.2%重合。而人类已知的其它冠状病毒与2019-nCoV的相似度都在80%左右或以下。这证明新冠状病毒也源自云南蝙蝠。

对于一个普通人来说,不发生联想恐怕才是不正常的。要知道石研究员的团队是花了十几年的时间,才于2013年7月在云南一个山洞的中华菊头蝠中,发现了包括RaTG13在内的数十种蝙蝠类SARS冠状病毒。与很多人的想象不同,这些冠状病毒绝不是哪里的蝙蝠身上都有的。武汉的蝙蝠就是不冬眠,也不可能携带和传播这一类病毒,而新冠状病毒却还是在武汉出现了!如果不是从实验室泄漏出来的,还能是哪里来的呢?!

但是基因这东西的妙处,就是让人可以追踪一个生命的来龙去脉。石研究员的团队于27日发布了RaTG13的全基因图谱,这就让全世界的研究者能够仔细研读分析RaTG13和2019-nCoV两种病毒基因的异同,特别是那些不同的地方,它们能告诉我们二者究竟是继承,还是平行的关系。打个比方,就是祖孙,还是远房亲戚的关系。如果两个病毒是祖孙,那新冠病毒是从实验室泄漏的可能性就非常大了。

华盛顿大学的基因和流行病学家Trevor Bedford根据已知冠状病毒的基因制作了一幅进化树图。这种图和我们常见的人类进化树很相似,可以看到每种病毒在进化中的位置,也可以看到两种病毒在进化上距离有多远,它们的祖先是从什么时候分开的。在Bedford教授的图中,RaTG13和新冠状病毒2019-nCoV是远房亲戚,在很多年前两者有共同的祖先,后来就分家了。就凭这一点,我们就可以断定,2019新冠状病毒不可能是从RaTG13繁衍变异而来。

Bedford教授,RaTG13与这个共同祖先有563个位点不同,而2019-nCoV则有554个(别问我怎么知道的,我也不懂)。看到这两个数据,我是有一些怀疑的。因为RaTG13是6年半以前获取的,那时之后它就不再变异了。而2019-nCoV则一直在进化变异,二者变异的数量怎么会大体一样呢?甚至RaTG13还稍多一些?会不会RaTG13有什么问题?

如果两个病毒的这个共同祖先生活在遥远的过去,比如说数百年前,那么6年半的时间差就可以忽略不计了。这个时间的计算,需要知道两种病毒的变异速度。这个数据目前还没有,但是我们可以用SARS病毒的变异速度来估算,因为它们都是同一类。SARS暴发之后的一些早期研究表明SARS病毒的变异速度在1x10-3变异/每个位点/每年。按这个速度,RaTG13和2019-nCoV是在大约20年前从一个共同祖先分化而来的。与这个时间尺度相比,6年半的时间差无法忽略。

但是晚一些的研究表明,这类病毒在繁殖过程中存在一种纠错机制,大大抑制了变异速度,可能比上述速度慢2-3个数量级。那么RaTG13和2019-nCoV的共同祖先就不是在20年前,而是数百甚至上千年前,那么6年半的差别就无足轻重了。

综上所述,目前看到的数据看起来相当合理,没有证据能表明新冠状病毒是从武汉病毒所的实验室泄漏的。新冠状病毒出现在蝙蝠冠状病毒研究重镇武汉似乎确实是一件概率很小的巧合。

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评论
BKK2BER 回复 悄悄话 看一下我的小说,说不定你有新的思路

https://blog.wenxuecity.com/myblog/78185/202102/20141.html
BKK2BER 回复 悄悄话 看一下我的小说,说不定给你新思路。

https://blog.wenxuecity.com/myblog/78185/202102/20141.html
梅华书香 回复 悄悄话 希望很快会有结论和发现。祝周末开心!
红米2015 回复 悄悄话 如果广东的发现被证实,那么可以猜想病毒传播过程:2019年中,一批穿山甲被从东南亚某国走私进中国,经过云南时被蝙蝠冠状病毒感染。穿山甲本身的冠状病毒与蝙蝠冠状病毒在穿山甲体内发生基因重组,形成了一种与新冠病毒99%相似的病毒。这些穿山甲的一部分在广东被动物保护组织截获,交给了广东生物资源应用研究所。一些感染的穿山甲死亡,该所从这些死亡穿山甲体内提取到了这种病毒。与此同时,另一部分穿山甲被运到武汉在海鲜市场销售。此时穿山甲体内的病毒经过变异已经具有感染人的能力,因此在武汉造成了新冠病毒肺炎大暴发。
红米2015 回复 悄悄话 昨天正好也看到,广东应用生物资源所提交的一种在马来穿山甲中分离的冠状病毒,其S1受体结合部分与新冠状病毒高度相似(97%)。而这个部分恰恰是新冠状病毒与蝙蝠冠状病毒RaTG13最不吻合的区域。因此推测是某种蝙蝠冠状病毒感染了穿山甲,与穿山甲本身的冠状病毒发生了基因重组。

这与今天说的应该是同一件事。马来穿山甲分布在东南亚各国,已被列入需要受保护的动物名单。广东生物资源应用研究所是从动物保护组织接收了一批这种动物。他们从其中11只已死亡穿山甲中分离了出了冠状病毒。结果发布于去年10月。
红米2015 回复 悄悄话 广东发现穿山甲中冠状病毒与新冠病毒99%相似!

"团队通过分析1000多份宏基因组样品,锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主;继而通过分子生物学检测,揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70%;进一步对病毒进行分离鉴定,电镜下观察到典型的冠状病毒颗粒结构;最后通过对病毒的基因组分析,发现分离的病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99%"
Stegy223 回复 悄悄话 James Lyons-Weiler报道了他认为是pShuttle-SN vector(1378bp)在大约21000bp处。这又是S蛋白的编码基因处。有什么说法吗?
红米2015 回复 悄悄话 Stegy223 发表评论于 2020-02-06 12:56:29
谢谢介绍分享Bedford的观点和结果。James Lyons-Weiler似乎与Bedford有所不同。

他最初发文的时候还没看到RaTG13,当然他现在也还有不同意见。我觉得有了RaTG13以后,他原文中提到的第一种可能性就大大提高了。
Stegy223 回复 悄悄话 谢谢介绍分享Bedford的观点和结果。James Lyons-Weiler似乎与Bedford有所不同。
“On The Origins Of The 2019-NCoV Virus, Wuhan, China”
https://principia-scientific.org/on-the-origins-of-the-2019-ncov-virus-wuhan-china/
红米2015 回复 悄悄话 还有一个与有些人想象不同的结论是,迄今为止所有的感染都源自去年11月底到12月初的一次感染。 没有更早的感染,更没有所谓“反复投毒”。

另外,武汉以外地区死亡人数较少不是因为病毒发生了变异,事实上迄今为止这个病毒的变异很少。
ali88 回复 悄悄话 一件概率很小的巧合?
你越说我越紧张。
红米2015 回复 悄悄话 flyingdust112020-02-05 23:36:19回复悄悄话2020年"首次披露该组2013年在云南获得的一种蝙蝠冠状病毒",那么有没有可能她们团队之前还掌握了其他蝙蝠的病毒直到现在才公开呢?她们实验室公开数据不就能证明清白了吗?

我们讨论的前提是相信对方的诚信,否则永远可以无根据地怀疑对方还有更接近新冠状病毒的蝙蝠病毒数据没有披露。
haohao88 回复 悄悄话 读一读很有说服力的一片文章"武汉病毒来自实验室:武小华对质石正丽:你该知道的一切",在万维网上.
红米2015 回复 悄悄话 Bedford比较了RaTG13和2019-nCoV两种病毒的氨基酸变异数/总位点变异数比值,分别是14.2%,14.3%。据他说这是进化生物学家常用的一个判据,14%与自然选择相符。另外,两种病毒氨基酸编码变异的分布也是相似的。有兴趣的话可以关注他的推特:
https://twitter.com/trvrb
haohao88 回复 悄悄话 RaTG13和2019-nCoV高度相似,完全用人工方法在RaTG13基础上得到2019-nCoV,这样一切都可解释了。
Jeoff_zhang 回复 悄悄话 武毒所的疯狂女人石正丽的几枚病毒泄露导致了现在的全球灾难,也将习大大的中国梦毁于一旦,鉴定完毕
简体 回复 悄悄话 https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-outbreak-s-origins
Jon Cohen写的。提到的几位都是基于新冠是全天然的前提,看法也不同。如果有人工过的呢?
flyingdust11 回复 悄悄话 2020年"首次披露该组2013年在云南获得的一种蝙蝠冠状病毒",那么有没有可能她们团队之前还掌握了其他蝙蝠的病毒直到现在才公开呢?她们实验室公开数据不就能证明清白了吗?
J_man 回复 悄悄话 从武汉官员的自私愚昧麻木的普遍性,庸才居高位的普遍性,任人唯亲的人事体制和一问三不知的渎职的普遍性(武汉卫计委、红会、石正丽本人),也能够逻辑推断出武汉的病毒实验室的管理不会与武汉其他政府机构有什么本质区别。
从中国政府压制言论,哪怕是呼喊救命,呼喊伸冤的言论,哪怕是警告身边人防范可能的疫情的声音都要压制来看,在如此荒谬愚蠢的政府和政府机构的管理下,出现病毒泄露的可能性是极大的。
股聋 回复 悄悄话 您的分析似乎指向不排除病毒被人为修改的可能了? 因而就不是自然进化的途径了?

还有什么逻辑解释?
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