槛外長江

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武汉肺炎相关的三篇研究论文

(2020-01-29 17:35:11) 下一个

关于武汉肺炎最近发表的三篇研究论文

武汉肺炎越来越牵动我们每一个中国人的心。 作为一个从事生命科学研究的学人(但我的研究方向相隔很远),我今天下午上网粗略地看了看我国科学家在国际顶尖杂志发表的三篇文章。 文章的科学(scientific) 内容我就不细谈了(其实我专业知识也不够细谈)。 先说一下这三篇文章发表的时间,杂志和领军人物。

  1. 武汉病毒所由石正丽研究员领军,共计29位作者,本月23日在bioRxiv 杂志发表一篇论文。大多数作者来自武汉病毒所。第三作者(也是三位共同第一作者之一)来自武汉金银潭医院。其它两个署名单位是中国科学院大学和湖北省疾病防控中心。 石应该是个蛮拼的女科学家(1964年生人)。 她早年毕业于武汉大学,20年前在法国获博士学位。七年前在顶级杂志之一的自然杂志上发表过关于蝙蝠(bats)是SARS病毒中间宿主(natural reservoir host)的工作。此次文章中,课题组报道了新病毒(nCoV-2019)和18年前的SARS病毒有79.5%同源性。 但和其自己的课题组在蝙蝠中分离到的一个病毒株有96%同源性。 这一报道也许给她惹了点小麻烦。我们听到了关于病毒最早可能是从武汉病毒所(P4级别)逃逸出来的“谣言”,可能和这一报道有关。
  2. 中日友好医院曹彬主任医师,中国医学科学院/协和医院wang jianwen (没有查找到确切中文名)牵头, 联合北京多所医院, 总共也是29位作者,本月24日在Lancet(也就是人们熟悉的柳叶刀杂志)发表一篇论文。 这篇文章主要是报道了41位病人的诊治工作,包括年龄性别分布 (73%男性),是否有 糖尿病,高血压和心血管疾病等(32%)。 41人中有13人住进了危重病房(ICU), 其中6人死亡.  66% 的病人 (27人)有华南海鲜市场接触史。 41人中含有一组是家庭成员得病(One family cluster was found)。 主要症状是发热,咳嗽, 身体疲乏无力。次要症状有多痰,头疼, 咳血和拉稀等 (此处多有省略)。 和没有进危重病房的病人相比较,进危重病房的病人血清中一些炎症因子水平上升。 文章有五位并列第一作者,其中至少排名第一的第一作者是金银潭医院的大夫。 说明牵头人还是“厚道”的。这使得武汉金银潭医院成为这篇文章的第一署名单位。还应该指出,那个自己中招了的王广发大夫(北大人民医院),也是本文作者之一。
  3. 最后也是影响影子(impact factor) 最高的是本月25发表在新英格兰医学杂志(New Engliand Journal of Medicine)的文章,带有杂志编辑部邀请专家写了评论(Commentary)。这篇文章倒数第二作者(也是通讯作者之一)是高福。 近来在微信上有攻击他的言论。高福是1961年生人,2013年当选中国科学院院士。他还有多个头衔, 包括:第三世界科学院院士,美国微生物科学院院士,欧洲分子生物学组织外籍院士,美国科学促进会会士,爱丁堡皇家学会外籍院士,非洲科学院院士。中国疾病预防控制中心主任,国家自然科学基金委员会副主任等。 高福是三个通讯作者之一,但没有排在最重要的最后位置。本文16位作者多数来自National Institute for Viral Disease Control and Prevention (CDC),还署有for the China Novel Coronavirus Investigating and Research Team 的字样,显然在“档次”上比较高。武汉金银潭医院只有一位作者,作为五名共同第一作者之一,排在第二位。 这篇文章属于基础研究范畴。研究者报道了用人的呼吸道细胞(air way epithelial cell) 来分离病毒。

看了这些研究,我首先要说,这个在20年前是难以想象的。 中国科学家能够在短短时间内做出了大量工作,并且把基因序列(sequence) 与世界共享,使得世界范围内用PCR快速诊断检测迅速可行。这是中国科学家对世界的贡献,是中国人的骄傲。

第二我想说说最近网上有谣传说高福课题组不顾流行病的危害,到了地方不择手段强夺科研成果发文章,科研误导得出了没有人传人的可能性,从而造成病毒蔓延。这个看来应该是没有道理的。 我读了这篇文章,这样的基础研究不可能得出有无人传人的结论,哪怕是一点点提示也不可能。 文章没有也无法讨论这个问题。相反,文章开辟细胞培养方法,正是要为研究如何应对人传人以及以后的治疗和预防。我也到武汉市网站看了。武汉市卫健委只是早期在报道疾病动态时,指出目前还没有“人传人”的证据。 与此同时,要求对病人进行隔离。 难道要让网站在没有人传人证据之前说有人传人吗?说目前没有证据恰恰是要密切关注”人传人“的可能性。

我想,第一线的医护和卫健委是尽责的。这场流行病一开始,尚在萌芽阶段,各路人马就立刻行动了起来,组建了三个团队,各显神通,各领风骚。竞争是有的,一定要说相互内讧, 有人窃取别人的科研成果,这个介于八卦和非八卦之间的话题,应该不是我们多数人的兴趣点。团队的组成,也能看出其中的道理。 Lancet 文章主要是北京的几所大医院和金银潭医院联手,做的是临床研究。石正丽团队应该是一定要自己独立干,因为她必需放手一搏斗,为自己更上一层楼做一个冲刺。她不可能加入CDC团队。她联系了中国科学院大学和湖北省疾病防控中心,自己是唯一PI。 武汉病毒所是科学院系统的,她联络中国科学院大学是正常的。 中国疾控中心当然是龙头,代表的是国家水平。

至于捕风捉影,说武汉病毒所P4实验室“放出“了病毒,造谣人的心态也太阴暗了,唯恐天下不乱。

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阅读 ()评论 (23)
评论
槛外長江 回复 悄悄话 回复 '不开窍' 的评论 : 看来高福这个主任多少有点尴尬。CDC三个副主任,加上他这个主任,只有他对流行病是外行。其他三人是公卫流行病出身。三个专家摆不平,来一个院士当主任。
槛外長江 回复 悄悄话 回复 'Christmas38' 的评论 : 从官方和我本人朋友圈已经证实,基因序列在第一时间就提供给国内有关单位了。这一点CDC没有耽搁。
槛外長江 回复 悄悄话 回复 '明秋' 的评论 : 谢谢。 说没有说明在关注。否则干嘛说,此地无银三百两?
明秋 回复 悄悄话 同意博主的观点。我觉得说话做事都应该按照时间顺序来推,而不是反着推。当时确实没有人传人的迹象,后来有了,并不能说当时的结果是错误的。
槛外長江 回复 悄悄话 回复 'FollowNature' 的评论 : 在微信上看到了,但没有看这段视频。 正因为这样,7日,碱基序列就完成了。9日,国内相关单位得到序列。10日,有一个单位率先开始开发试剂盒,13日完成,15日获批。应该说,行动还是快的。
FollowNature 回复 悄悄话 "CDC人员电视上对李克强自夸,说在1月6日就断定人传人了. ..." -

要是CDC 一月六日就汇报给国务院或更高层啡‘已经人传人“,而高层无动于衷。 这不是当面打李总的脸吗?

槛外長江 回复 悄悄话 回复 '不开窍' 的评论 : 谢谢赏读!
不开窍 回复 悄悄话 李克强去CDC调研, 高福未露面. CDC人员电视上对李克强自夸,说在1月6日就断定人传人了. 看来CDC罪责难逃.上次SARS, 这次武汉, 都坏在CDC科学家手中. 上次是"诊断"错误,事后还闹了一出病毒泄露; 这次"诊断"正确, 决策失误. 科学家不能做CDC的决策者. 决策者应该是临床医生,或者是公共卫生专家.
FollowNature 回复 悄悄话 我同意你的观点。 就像九一一也有阴谋论。 我也认为中国科技人员不会故意放病毒。 但是, 一个P4级别的实验实应该有相应的部门监督。 另一可能外就是敌对国的放毒。 本人也不想信。 但, 有些国家有过不良记录。

槛外長江 发表评论于 2020-01-30 11:15:25
回复 'FollowNature' 的评论 : 首先我们是否可以统一一下观点,不承认阴谋论。就是没有“美帝”或“中共”故意放毒。(文学城名博闫好像写了相关帖子,写得很好)在这个基础上,我们可以讨论。
槛外長江 回复 悄悄话 回复 '北美_原乡人' 的评论 : 谢谢赏读。问好!
槛外長江 回复 悄悄话 回复 'FollowNature' 的评论 : 首先我们是否可以统一一下观点,不承认阴谋论。就是没有“美帝”或“中共”故意放毒。(文学城名博闫好像写了相关帖子,写得很好)在这个基础上,我们可以讨论。

那么有没有可能是石的实验室不小心“跑”了出来的?我认为没有可能。

人工合成一段碱基序列没有问题。大规模改变生物体的遗传物质也变得可行了。但人工改变4%,工程太大,也没有必要。

说是石手里那一株病毒跑出来了,游逛了10年八年变成了今天这个模样,应该说不可能。如果变得这么快,PCR试剂盒是不是每天都要换?

石课题组不可能改变4%基因组,“制造”一个这样的新病毒,放了出来在自己报道。

任何人做任何事(哪怕是做坏事)都有逻辑链条。如果逻辑链条合不上,就要检查自己的怀疑是没有道理的。
谢谢!
FollowNature 回复 悄悄话 "别小看了4%的差异,在病毒基因组,这代表了1280个碱基。累积发生1280个碱基变异,这个在自然界要相当长时间的。 " --

本人绝不是和你争论。 合成生物学技术可以人工合成酵母的基因组。 人工合成一个病毒的基因组根本不是问题。
北美_原乡人 回复 悄悄话 谢谢专业的分享。赞同作者的观点,尤其是下面2点:
(1) 武汉市卫健委只是早期在报道疾病动态时,指出目前还没有“人传人”的证据。 与此同时,要求对病人进行隔离。 难道要让网站在没有人传人证据之前说有人传人吗?说目前没有证据恰恰是要密切关注”人传人“的可能性。
(2) 说武汉病毒所P4实验室“放出“了病毒,造谣人的心态也太阴暗了,唯恐天下不乱。
槛外長江 回复 悄悄话 回复 'FollowNature' 的评论 : 谢谢您留言。
1. 我虽然不是做病毒学相关研究的,但有医学和生命科学科研背景。我不认为中美任何一国,包括军方有开发生物武器的想法和实践(我早年在军事医学科学院五所作过课题,老师有做过鼠疫和炭疽杆菌研究的)。即便有试图,SARS或冠状病毒不可能是对象或靶子。
2. 分离病原菌/病原体并加以改造是常规,对保存和开发疫苗有必要。
3. 石报道今天的病毒和2003年SARS病毒有79.5%同源性,和6年前其课题组在蝙蝠体内分离到的一个病毒株有96%同源性。别小看了4%的差异,在病毒基因组,这代表了1280个碱基。累积发生1280个碱基变异,这个在自然界要相当长时间的。
谢谢!
FollowNature 回复 悄悄话 我想, 无风不起浪。 国家安全部门应该对病毒所和有关对动物病毒研究的人员和课题组, 尤其在武汉的, 进行调查。
槛外長江 回复 悄悄话 回复 'Christmas38' 的评论 : 这个我不知道。我问问在这个领域的同事。序列对大众公布意义应该不大吧,但对试剂盒的开发应该是非常及时的需要。谢谢!
槛外長江 回复 悄悄话 回复 '万发' 的评论 : 谢谢老朋友?春节好!我离开协和出国时,谢教授也是84岁,和今天的钟院士一样。三十多年过去了,时间过的真快。
槛外長江 回复 悄悄话 回复 '遍野无尘' 的评论 : 谢谢赏读,我不在行也不知情,无法进一步评论。不认识任何相关人员,我只能用我自己的知识和逻辑做我自己的分析。科学院系统的石正丽不可能加入CDC共同发文,充当分母。作为中国病毒流行病领域的龙头老大的CDC,不可能无作为。但高没有抢排名最后的通讯作者位置。攻击高福的那个帖子没有逻辑,也文理不通。
再谢。
槛外長江 回复 悄悄话 回复 '菲儿天地' 的评论 : 谢谢菲儿文友,新年好!
Christmas38 回复 悄悄话 有很多人疑问的是“新英格兰医学杂志”文章中病毒数据有没有及时开发给大众!!!!一旦有了病毒序列,能够早日确定病毒种类,对于早日制定预防策略,至关重要。
质疑的是:“是否把持着病毒序列不开放,等到文章发表,才公开。” 如果是后者,读者可以思考一下,合适嘛?
万发 回复 悄悄话 好文
遍野无尘 回复 悄悄话 高福有“挤占”成果之嫌,但弹绝无误导之意(“无人传人”)。
菲儿天地 回复 悄悄话 哇,好厉害啊,谢谢分享!
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