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转:阎颜之争:大部分人都忽视了这个事实

(2022-11-11 09:27:56) 下一个

原文链接:https://www.wenxuecity.com/blog/202211/62623/9483.html

这个事实就是:单从蛋白质结晶体X光衍射数据解析出来的蛋白质3维结构是静态模型,无法推导出动态的功能机制。

阎润涛文章(Cell,1993;PNAS,1995,92:5973)描述了他们用氨基酸点突变进行半胱氨酸扫描实验的结果,发现TM7片段中260-282位置的氨基酸在喇叭口“开”与“关”的过程中起重要作用。

 

 

颜宁的Nature文章(Nature 2014,510:121)主体有六个部分:

  1. Structure determination of GLUT1
  2. Implications for ligand binding
  3. Mapping of disease-related mutations
  4. Critical role of the ICH domain
  5. The extracellular gate
  6. Discussion

1是颜宁实验室用蛋白质结晶体X光衍射数据解析出的蛋白质3维结构描述

2-5都是在用这个3维结构解释已发表文章中GLUT1蛋白的各种氨基酸突变带来的功能变化。文章中提到TM7片段里Tyr 292, Ser 294 and Thr 295的作用,但是并没有讨论阎的文章中260-282位置氨基酸的作用

6 在1-5基础上总结出一个动态模型

颜文章模型的关键在于TM7片段的“开”与“合”。没有引用阎的文章,如何能够推断出TM7片段在喇叭口的作用?这在逻辑上是非常不合理的。

 
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评论
houtou72 回复 悄悄话 houtou72 发表评论于 2022-11-11 10:37:14
再写几句:

“无论如何,颜宁的文章没有引用闫先生在先发表过的文章,对于她自己的研究的论述水平来说,是一个降级别的观点。”

这是我对发生的事件的综合看法,或结论。

颜宁女士如果在她的文章中引用了闫先生的研究文章并予以论述和科研水平上的定位, 那么就是一个完整定位她自己在业界的位置了。那样的话,她的理论水平就更全面更高些。但是她没有引用应该引用的文章是事实。也就失去了给自己的研究成果在科学界定位的完美基础。这个事实很可惜。但这与过程,特别是事后的过程无关。这些在我看来已经是不重要的了。

科学界发表过的文章不都是完美无缺的。即便是超一流的杂志。但这并不影响人们对这些杂志水平的仰视。
houtou72 回复 悄悄话 无论如何,颜宁的文章没有引用闫先生在先发表过的文章,对于她自己的研究的论述水平来说,是一个降级别的观点。

事实正是如此:她和施一公的研究成果可以说是先进水平,但绝不是超一流的科学指导性水平。仅仅是沿袭学界的惯性思维的推进:绝不是什么高瞻性的突破性开创成果。她和他更没有也没那个水平达到开创一个全新的研究方向。更不要说有这个水平的研究成果了。

这是我几年前给他和她的结论。至今仍未见到整个业界有在蛋白质结构的科研理论和研究成果有如我提出的如此界定水平的进展出现。

一览众山小:我能下此结论,便有能下此结论的眼界和水平。
houtou72 回复 悄悄话 雪花漂飘 发表评论于 2022-11-11 09:03:23
颜女士科研水平还是蛮高的, 闫先生水平也高,颜女士没用闫先生文章,只有她自己真正清楚原因。另外楼上 碧螺春珍珠奶茶 所言极是。

作为闫先生多年读者,虽然他有时演绎成分多,但的确很好看,也有一些道理。

他博文里写过,闫先生为了妻子及2个宝贝女儿选择帮助妻子经营其实验室,并不是差到只能到妻子实验室打工,他只是在自己事业和家庭之间做了一个自我牺牲的选择,以我人生经验,他是十分伟大的, 至少对家人。 凭他的专业水平回国不会比RAO等差, 他没有个人回国,他选择爱妻子女儿, 在美国陪伴女儿妻子。我向他致敬!

古龙 发表评论于 2022-11-11 08:42:41
阎颜之争不是那个领域的专家,谁也说不清。但从颜在当前中国的政治形势下,高调回国,宁肯回去做核酸被隔离,就可以看出她不是什么好鸟。一定是个骗子
BMC 发表评论于 2022-11-10 18:36:11
即使退一步来说,老阎对颜宁所有的指责都是事实,颜宁确实是看了他发表在Cell的文章而模仿并设计她的实验,他也不能说颜宁剽窃他的idea. 在科学研究中,剽窃的对象是未公开发表的idea和科研数据。一旦公开发表,它们就是公众财产。只有有商业价值的产品才可以申请专利,才有exclusive的性质。scientists 有权模仿他人公开发表的研究成果而不构成侵权。但模仿他人实验的人在学术界会被同行看不起,这些缺乏原创性的文章即使能发表也是在低档杂志。
Stegy223 发表评论于 2022-11-10 16:15:07
我的一点意见.
"解读阎颜之争这一半科学公案的一篇关键文献"
https://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/202211/9844.html

TexasIns02 发表评论于 2022-11-10 16:14:51
真没必要和这里的一群固执自私的老者们辩论,他们就喜欢在中国城的茶馆里面闲坐的,胡说八道。。。
jty 发表评论于 2022-11-10 13:54:55
楼主的问题问到点子上了。基于以下两点,颜宁不需要知道老闫的工作也可以得出她的动态模型: (1)早在1975年就有论文用和老闫相似的逻辑的生化实验数据(虽然没有用基因突变的手段,而是用inhibitors)证明了喇叭口模型构型转换在Glut1的存在。(2)颜宁在2012年在自然杂志上发表过一篇XyIE三维结构的文章。XyIE是Glut在大肠杆菌里的homologue,其晶体的构型和Glut1晶体构型相反(一个朝里一个朝外)。颜宁通过对这两个蛋白的结构进行比较就可以推断出TM7在两种构型里和TM1怎样互动。当然,不需要不等于没有做。
北美_原乡人 发表评论于 2022-11-10 12:43:28
老阎当年与小颜连篇累牍的争辩时候,我跟了两句。第一句说好男不跟女斗!第二句说你要有那么多的时间和精力,早就可以写出搞出超过她的研究了。

无论有人怎么判断、怎么争辩,必须看到学术界科学界理论界至今为止任何人都没有办法推翻,都没有办法否定小颜的结果。实践的结果才是检验真理的唯一标准和最后标准。这个世界只看重结果,不注重过程。结果、结果、还是结果。有的人无论过程如何,所做的一连串的结果都是好的,都是对科学对人类有贡献的, 都得到了社会和国家很高的声望和报酬。少数人开始做出了好的结果,但接下去的十几年,几十年一事无成,去干其他的了,或者去当网络写手、写小说去了。这如同华大基因副总裁尹烨总结人生所说的,就算你是个B,往南就是NB,往北就是SB。每个人自己的格局最终决定了自己的选择,也决定了自己的命运。所以, 面对事情的结果,说什么、说再多也没有什么用。
红米2015 发表评论于 2022-11-10 11:33:13
ft 发表评论于 2022-11-10 10:17:11
https://www.6parkbbs.com/index.php?app=index&act=view&cid=4078194

看看上面链接的帖子:从实案例看颜宁“抄袭”。
有谁知道这网站是哪里的?
据内容判断,博主应该是大学教授。


哇,连爱因斯坦的原创性都敢质疑。
蓝天白云915LQB 发表评论于 2022-11-10 11:28:16
一个著名医学院的教授,文学城热门博主,居然说润涛阎是写文章的,就这个认知,就下结论说:文学城第一博主润涛阎可能冤枉颜宁。请问:一个写文章的,居然能在世界级的科学杂志以第一作者发表科学研究论文,可能吗?

润涛阎是一个只要做一件事,就一定把它做到极致的人,他在做这个蛋白研究的时候,是花了很多心血,可惜的是,他没有继续做到底,所以,这样重大的发现,为别人做了嫁衣裳。

所以,没有专业知识的人,没有资格贬低润涛阎,润涛阎在激怒以后,直接就指责颜宁抄袭,实锤欺骗,因为他能拿出有力证据,颜宁和施一公没有半句申辩,象她们这样的公众人物,有权有势,岂能忍受如此大辱?
zl8y 发表评论于 2022-11-10 10:18:53
只要在学术界工作过,投稿审稿做过主编的都会了解,文章作者负全责对内容和道德的准确全面性,包括引用。主编和审稿即使是专家,也不会了解到每一篇文章,尤其是主编会自由分给审核任务, 很多因素决定那一刻分给谁,绝对不可能确保是那个特别领域的#1, 知道所有的每个学术观点。杂志只是一个提供同行平台各舒己见的地方,不会介入争纷中, 除非是被证明的剽窃和荒谬。杂志建议润涛阎备注他的问询,这就已经表明了杂志的立场。除非撤稿,杂志会保持中立。对于以发的文章,只要有一些新的贡献,杂志就会中立,不会轻易撤稿。
ft 发表评论于 2022-11-10 10:17:11
https://www.6parkbbs.com/index.php?app=index&act=view&cid=4078194

看看上面链接的帖子:从实案例看颜宁“抄袭”。
有谁知道这网站是哪里的?
据内容判断,博主应该是大学教授。
山乡不仕老了 发表评论于 2022-11-10 09:46:28
楼主是内行。
山乡不仕老了 发表评论于 2022-11-10 09:42:34
学术界这样的事情不少。回想一下DNA双螺旋结构的发现吧。
Wtp003 发表评论于 2022-11-10 09:16:24
其实简单的事实是颜在阎的成果上有针对性的高效率地
出了和阎结论一致的成果(当然进一步),但没给阎credit.连文献都不提。
花名鸭仔 发表评论于 2022-11-10 09:09:06
阎喜欢绕这样的弯子, 咋解释都行, 可科学不是这么回事, 必须直接, 客观。

”我记得阎先生提到过一个比喻,颜的工作只是看到码头站立的人,不能确定此人是从船上走下来,还是要上船过河。阎先生的工作是一个动态分析的试验方法。谢谢博主!“
二胡一刀 发表评论于 2022-11-10 08:15:47
科学上面有时候就是想到和没想到的区别,老阎想到了。颜宁也许看过他的文章也许没看过,死无对证,只能如此了。
playnice 发表评论于 2022-11-10 08:15:43
对同行评审的期望值太高了。在学术界的都知道这是怎么回事。

笑薇. 发表评论于 2022-11-10 06:57:46
那么,是怎么通过审稿人的? 润涛严给编辑部写了信,编辑部也做了调查。做出什么调查结论?
lostman 发表评论于 2022-11-10 07:20:13
颜宁要不是侮辱老阎的人格,老阎也不会跟她较劲。颜宁自以为老阎不在原来的领域,她企图凭借自己的名声来诋毁老阎,竟然说老阎要碰她的瓷,真是颠倒黑白
回首前尘 发表评论于 2022-11-10 07:15:49
因为绝大多数人其实都不懂阎颜之争的学术根据。结构生物学是一个狭窄的范围,内行人真的很少
FollowNature 发表评论于 2022-11-10 07:12:35
本人不懂结构生物学,但想信阎润涛的质疑一定有道理。 颜的碰瓷之说,实在太傲慢。
碧螺春珍珠奶茶 发表评论于 2022-11-10 07:04:53
不懂学术方面 但凭颜宁对润涛阎提出质疑的那种态度 就看低了这位名人几分 至少风度很差 不过世界上就是这种人吃得开 跟杨振宁似的 怎么都是恰到好处 对自己最划算 润涛阎有权力提出质疑 也有权力在文学城发表文章 如果颜觉得是诽谤 美国是法治国度 尽管起诉就好 她没这么干就说明问题了
笑薇. 发表评论于 2022-11-10 06:57:46
那么,是怎么通过审稿人的? 润涛严给编辑部写了信,编辑部也做了调查。做出什么调查结论?
葫芦岛 发表评论于 2022-11-10 05:58:34
我记得阎先生提到过一个比喻,颜的工作只是看到码头站立的人,不能确定此人是从船上走下来,还是要上船过河。阎先生的工作是一个动态分析的试验方法。谢谢博主!
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