| 台湾海军包括舰艇部队、海军陆战队、海军航空兵和岸/舰导弹部队。
“海军总司令部”是台湾海军的最高统帅机关，通过海军作战指挥系统、教育训练系统及后勤支援管理海军部队。海军司令通过参谋长对海军舰队、军区、海军陆战队、两栖部队实施指挥，并有权使用海军航空兵。
台湾海军舰队由舰队司令管辖，包括两个驱逐舰舰队、两个登陆舰舰队、潜艇舰队、扫雷舰队、反潜舰队、勤务舰队以及包括北区和南区巡逻运输支队、导弹艇大队在内的第62特遣部队（担任日常作战勤务）。
军区是台湾海军的主要陆面机构。台湾海军依据台湾海区地理状况和作战任务，划分为第1、2、3军区和中正基地指挥部，直属海军司令部。军区司令部在辖区内为海军最高行政机构。军区司令对本辖内的海区、海军基地的防务负责，还负责保障部署在辖区内的舰队兵力、岸防部队、机关和其他军事设施的活动。军区辖区范围内的海军其他陆上机构均受军区司令部督导监察和行政管理。军区以下划分为若干军分区，并设有相应的陆地机构，即基地指挥部。在乌丘、东沙及南沙设有3个守备区。
海军第1军区管辖范围包括台湾南部、南中国海各岛，有2个海军基地：左营和高雄。左营是台湾海军的主要基地，舰队和军区司令部以及海军陆战队、登陆舰队、扫雷舰队、导弹艇大队、南区巡逻运输支队的司令部均设在这里，另外还有海军院校、医院及造船厂等。高雄是驱逐舰队司令部所在地，也有海军造船厂等其他设施。
第2军区管辖范围包括澎湖列岛、台湾海峡南部；有马公海军基地，是军区司令部所在地，也设有海军院校、医院和造船厂。
第3军区管辖范围包括台湾北部、台湾海峡北部、马鬃山群岛；有基隆海军基地，是军区司令部以及北区巡逻运输支队司令部的所在地。
台湾海军的后勤保障体系较为完善，其造船工业能力完全可以满足台湾自身防务的需要。目前，台湾共有大小船厂约200家，分布在高雄、基隆、台南、苏澳港等6个地区。这些造船工业能够设计建造各种大中型民船和较大的军用辅助船。但不具备较大舰艇的设计能力。由于特定的历史原因，台湾的舰艇修理改装能力较强。台湾曾对二战时期美国制造的驱逐舰和护卫舰进行不同程度的现代化改装，某些性能超过了20世纪80年代世界驱、护舰的先进水平。
海军陆战队。台湾海军陆战队约3万人，占台湾海军总人数的1/2，由2个海陆师（第66师和第99师，分别部署在高雄和台北）、1个坦克营、1个勤务团、1个蛙人队和1个航空通信大队及其他增援部队组成。其装甲力量包括：160辆美制M—60A3型主战坦克和700辆左右美制LVT—4/5型装甲车、V—150型水陆两栖车、M41型轻型坦克、CM—25两栖装甲车、SIBMAS6×6两栖人员输送车等军用车辆。其中V—150和LVTP—7型装甲车上加装了“陶”式和“昆吾”式反坦克导弹。在火炮系统方面，台湾海军陆战队配备了105毫米和155毫米牵引炮，M—109A2（155毫米）和M—110A2（203毫米）自行榴弹炮；106毫米无后座力炮；60毫米，80毫米和120毫米迫击炮；在防空火力方面，装务有美制M—42“清道夫”40毫米双管自行高炮。M—48“小檞树”防空系统，
台湾海军陆战队是参谋总部的战略预备队，直接受参谋总部指挥，以“永远忠诚”为队训，自诩为“参谋本部的两只铁拳”。他们的前身是第一师，又有“天下第一师”之称。在陆战队60师和99师的营地中，一部分运兵车上永远装有武器、弹药、粮食，只要几分钟，上万部队就可以立即出动。
为了跟上世界水准，台湾海军陆战队主要聘请美国教官进行训练。 | 
