武汉新病毒是人为构建的确凿证据

昨天晚上以前，我从来没有想过，更不相信武汉新病毒是人为构建的。不过网上,群里反驳“武汉病毒是人为构建”的著名专家，教授的文章铺天盖地，让人不得不看。我昨天就看了两篇，顺便看了一篇推测认为“武汉病毒是人为构建”文章。看完之后，感觉那一篇认为的“武汉病毒是人为构建”文章是就事论事，有理有据，认为插入了一段pshuttle的人工构建的序列；而那些著名的专家教授的说法则是云里雾里，滔滔不绝的说了半天，就是没有丝毫实际有用的证据。于是，我在今天有空的时候就去查了一下武汉新病毒的核酸序列和氨基酸序列，然后和武汉病毒所最新发布的蝙蝠冠状病毒的序列进行了对比。不比不知道，一比吓一跳，武汉新病毒还真真正正的是人工构建的病毒。

通过武汉新病毒序列（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/LR757998.1）和蝙蝠冠状病毒（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1802633852）的序列比较发现：

1. 这两个病毒序列都是武汉病毒所发布的。
2. 两个病毒整个的核酸序列相似性是96%。其实这个核酸序列是没有太大意义的，核酸需要翻译成蛋白质才能起作用。即使是两个病毒的囊膜蛋白的核酸序列，也只有96%的相似性。
3. 通过两个病毒的蛋白质的氨基酸序列比较，才真正发现了问题所在，两个病毒除了囊膜蛋白，其它所有的蛋白的氨基酸序列都是99%以上的相似性，而囊膜蛋白氨基酸序列相似性还是只有96%，但是，如果把红框框里和绿框框里的差异序列去掉（query是武汉新病毒，sbjt是蝙蝠冠状病毒），囊膜蛋白氨基酸序列相似性就是99%以上了。而红框框里和绿框框里的序列的差异则是证据的关键所在。
4. 大家先看红框框里，武汉新病毒囊膜蛋白比蝙蝠冠状病毒多了PRRA四个氨基酸，做过囊膜病毒的都知道，很多病毒如艾滋病病毒，流感病毒，冠状病毒的囊膜蛋白一般是先表达出前体，如冠状病毒的是S蛋白，基本上没有活性。需要靠宿主细胞的Furin蛋白裂解成S1和S2以后才有活性，S1和细胞表面的受体结合，S2溶解细胞膜，从而使病毒进入细胞。裂解位点是由两个连续碱性氨基酸加另外一个任意氨基酸，再加一个碱性氨基酸组成，就是这里的PRRAR。千万千万不要小看这几个氨基酸，病毒裂解位点的的活性决定了病毒的感染能力，S蛋白不裂解成S1和S2，病毒几乎没有感染能力，就像是一把剑一样，虽然锋利，是在剑鞘里，不会伤人。正是PRRA的加入，使原来感染能力极其低下，和蝙蝠共生的蝙蝠冠状病毒，变成了感染能力极强的冠状病毒。
5. 如果病毒只是感染能力提高了，还没有问题，最多会对蝙蝠有感染能力，造成蝙蝠发病。现在再看绿框框里，这两个位点是冠状病毒的受体结合位点的关键位置，原来病毒只能感染蝙蝠的细胞，现在把这两个位点的氨基酸改变之后，就变成对人体的细胞结合力极强的病毒了。

这样，通过这三个位置的几个氨基酸的改变，彻彻底底把原来只是在蝙蝠身上存在，和蝙蝠共生共存的冠状病毒，就变成了对人类健康构成巨大威胁的武汉新冠状病毒了。

[oceanblue2]

受体结合位点的突变把宿主变成了人，这段序列是不是更接近2003年的SARS序列？

[speedingticket]

就看那个裂解位点的凌空插入，99%以上可以断定是人为的。
至于合成全序列的病毒， 有石正丽名字的2015年的nature文章的摘要，已经说了，他们人工合成了全序列的病毒

[speedingticket]

回复 'haohao88' 的评论 :
看了你的链接的文章，原文还没有看。
1,张的文章是针对所谓的hiv基因片段的插入，说的有道理。
2，文章中有句话说的好：而人类蓄意插入的片段在基因序列中也是非常显眼的，很容易就能被挑出来。现在spike protein的三个位点的插入，这么明显，足够说明问题了

[haohao88]

能否点评一下密西根大学张阳团队的文章，他们的结论是“新冠病毒宿主为蝙蝠的可能性，病毒由蝙蝠冠状病毒RaTG13自然演化而来，中间宿主则可能是鸟类”。http://tech.sina.com.cn/csj/2020-02-11/doc-iimxxstf0513402.shtml

[Horse66]

许多RNA virus, 例如retrovirus, 膜蛋白都有furin(like) 蛋白酶的切割位点。能否换个角度想：2019-nCoV并非起源于RaTG13,而是源于一个未知的蝙蝠或什么动物
的冠状病毒？很想看到穿山甲的病毒序列。

[Horse66]

回复“liketotrade"的评论：
合成整个病毒基因组，即没必要，也合成不起。但是病毒的基因合成在这里没有人管。

[playnice]

在其它地方的变异，可能是病毒演化复制过程中自然生成的。自然界中提取的同一种病毒，不知道它们的genome是否完全一样？

[liketotrade]

因为在核酸水平的差异大，不应是人工突变做的，要人工构建病毒，需要人工合成病毒基因，在美国基因合成公司是不会允许合成任何病毒基因的，在中国就不知道了。不管是不是武汉病毒所的制造，都应该成立调查组，调查武毒所的研究项目，加强监管，不能让个别疯子科学家乱搞，像前段出现的基因造人。

[红米2019]

speedingticket 发表评论于 2020-02-08 06:26:56
不知道是这个改建病毒的人知识不够，还是良心发现，只是用了prrar这个比较弱的裂解位点，所以这个病的致死率并不高，只是感染性比较强。我见到过最强的裂解位点是连续6个碱性氨基酸，很高的中和保护抗体都不能保护

that's also one of the arguments made by Gallaher:
"One has to consider that the PRRA is an unusual sequence to introduce to generate a furin site – others even among coronaviruses like MHV A59 are so much better. "

[playnice]

听起来很有说服力。我是外行。这个prrar是更容易被Furin裂解切割是吗？

[speedingticket]

不知道是这个改建病毒的人知识不够，还是良心发现，只是用了prrar这个比较弱的裂解位点，所以这个病的致死率并不高，只是感染性比较强。我见到过最强的裂解位点是连续6个碱性氨基酸，很高的中和保护抗体都不能保护

[speedingticket]

这本书居然是父子合写的

[speedingticket]

回复 '红米2019' 的评论 :
50年的话，年龄太大了吧，所以容易没有根据就下结论。

[红米2019]

I know nothing about virus, but this guy has been dealing with viruses for more than 50 years.

[speedingticket]

回复 '红米2019' 的评论 :
他这话说的真像是中国官员的话。他从哪里得出结论说这个序列已经存在很久了？多久？一年，十年，一万年？
现在武汉新病毒的最近的祖先就是蝙蝠冠状病毒，是父子关系，父亲没有的东西，祖先怎么会有？除非是假父子

[红米2019]

The preponderance of evidence, coupled with Ockham’s razor (that the simplest explanation is preferred) dictates that the PRRA sequence has been conserved in nCoV2019 from a long ago ancestor virus. It is not of suspicious origin.

[speedingticket]

所有的实验都有实验设计，实验记录，实验进展汇报，不是一两个人知道的事情，肯定是瞒不住的，等疫情控制住以后，肯定会有明确说法。

[speedingticket]

回复 '红米2019' 的评论 :
我不管怎么看他的说法，他都没有说这个prra到底从哪里来的。其它位置的氨基酸几乎完全一样，只有这几个关键位点变异，这是有基本推理能力的人都能推理出这是人为插入的。

[红米2019]

这老哥们居然已经写了一本关于新冠病毒的书，真不能不佩服有些老美：

http://virological.org/uploads/short-url/z0cOhZzme3C6HtlcOcE61uMwJmU.pdf

[红米2019]

PRRA

[红米2019]

这个人认为RRAR不可能是人工插入的，好像是路易斯安娜州立大学医学院的：
http://virological.org/t/tackling-rumors-of-a-suspicious-origin-of-ncov2019/384

[speedingticket]

回复 'Ouat' 的评论 :
至于你说的1000多个碱基的变异，有可能是optimized原因，也有可能是感染细胞时，或者做动物感染时候的变异。但是因为氨基酸变化不大，我觉得是第一种原因的可能性最大。

[speedingticket]

回复 'Ouat' 的评论 :
不知道你做了多少年病毒研究了。现在很多热点病毒的基因序列都是codon-optimized的，人工合成的，放在表达载体的cdna，目的是让病毒的核酸在细胞内更稳定，表达更高。在表达载体的质粒里，你可以用site—direct mutation kit任意修改核酸而不用留下任何痕迹。对于比较大的病毒，你可以把它的几个蛋白克隆到不同的质粒里，到时候需要病毒的时候共转染就行了。

[speedingticket]

回复 '红米2019' 的评论 : 就是这个意思

[Ouat]

单纯的这两个病毒的基因序列比较并不能证明这个新病毒是人工构建的。事实上人工构建这个新病毒的可能性很小。因为第一，这个新病毒有1000多个随机点突变，并不是像您所说的其他氨基酸几乎不变。如果这1000多个随机点突变都是没用的话，那做这个的目的是什么呢？用来迷惑别人吗？第二，要弄清楚哪几个氨基酸的变异可以产生获得性功能，理论上是可能的，实际上的工程量大到难以想象。第三，现在的基因工程手段还做不到人工插入而不留下任何痕迹。当然，因为蝙蝠病毒不能直接感染人类，只要一天找不到中间宿主，阴谋论就会存在一天。有一种可能倒是只要将蝙蝠病毒持续在人肺细胞传代的话，有可能会产生能感染人肺细胞的病毒突变体。

[红米2019]

speedingticket 发表评论于 2020-02-07 07:40:18
回复 '红米2015' 的评论 :
一个人这样说的
It seems unlikely that the receptor binding domain–and especially the receptor binding motif–would be nearly identical to one found in pangolin through random chance

I think he meant it must be a result of recombination.

[speedingticket]

回复 'Ouat' 的评论 :
我前面已经说了，如果是自然变异，要变大家一起变。现在这三个位置氨基酸的变异如此之大，又如此特别，而其它氨基酸几乎不变，自然变异的可能性应该几乎为零。特别是那个裂解位点，除了人工插入，不会有任何别的解释。

[Ouat]

事实上，有人分析这种程度的变异在RNA病毒里只要6-20年就可自然产生。

[Ouat]

看起来你是同行，不过你的分析只指出了这两种病毒的氨基酸序列的差异，并没有证据说这种差异是人为构建的

[speedingticket]

回复 'curiousGeorge2' 的评论 :
感谢帽子工厂工人给我发的帽子。不过你的帽子可能对你最合适

[speedingticket]

回复 '思芦' 的评论 :
在法律和道德许可的情况下，重组病毒实验值得做。但是国内对实验废物的处理远不够规范，很容易留下很多隐患

[curiousGeorge2]

民科制造的阴谋论

[思芦]

看到 The Scientist的一篇文章。
https://www.the-scientist.com/news-opinion/lab-made-coronavirus-triggers-debate-34502

实验室制造的冠状病毒引发辩论
嵌合型SARS类病毒的产生使科学家们讨论获得功能研究的风险。
2015年11月16日
杰夫·阿克斯特
北卡罗来纳大学教堂山分校的传染病研究人员拉尔夫·巴里克（Ralph Baric）上周（11月9日）发表了一项研究，关于他的研究小组利用在中国的马蹄蝙蝠中发现的具有SHC014冠状病毒表面蛋白的病毒制作病毒的努力。以及在小鼠引起类似人的严重急性呼吸系统综合症（SARS）的骨架。研究小组的结果发表在《自然医学》杂志上。

结果表明，SHC014表面蛋白具有结合和感染人类细胞的能力，这证实了人们对该病毒（或蝙蝠物种中发现的其他冠状病毒）能否在不首先进化为中间宿主的情况下向人飞跃的担忧。 。他们还引发了关于该信息是否可证明进行此类工作的风险的辩论，这被称为功能获得研究。巴黎巴斯德研究所病毒学家西蒙·韦恩·霍布森（Simon Wain-Hobson）告诉《自然》杂志：“如果[新]病毒逃脱了，那么谁也无法预测其发展轨迹。”

2013年10月，美国政府停止了所有用于功能获得研究的联邦资金，尤其是对流感，SARS和中东呼吸综合征（MERS）的关注日益增加。美国国立卫生研究院主任弗朗西斯·柯林斯说：“美国国立卫生研究院（NIH）为此类研究提供了资助，因为它们有助于确定人与病原体相互作用的基本性质，能够评估新兴传染病的大流行潜力，并为公共卫生和备灾工作提供信息。”当时在一份声明中说。 “但是，这些研究还涉及生物安全和生物安全风险，需要更好地理解。”

Baric告诉《自然》，Baric对SHC014嵌合冠状病毒的研究在暂停宣布之前就开始了，NIH允许其在审查过程中进行，最终得出结论认为该工作不属于新的限制。但是，一些研究人员，例如Wain-Hobson，不同意这一决定。

争论归结为结果如何丰富。罗格斯大学分子生物学家和生物防御专家理查德·埃布赖特（Richard Ebright）对自然界说：“这项工作的唯一影响是在实验室中创造了一种新的非自然风险。”

但巴里奇（Baric）和其他人则认为这项研究很重要。 “（结果）将这种病毒从候选的新兴病原体转移到了明显的当前危险中，” EcoHealth Alliance总裁彼得·达萨克（Peter Daszak）告诉《自然》杂志。

[思芦]

回复speedingticket ：谢谢。不是内行，但看了一些文章，觉得存在可能性。正反方都应该就事论事，拿分析和证据说话。不应该一律斥之为匪夷所思，不可能。也许善良和天真限制了我们的想象力。

[speedingticket]

回复 '思芦' 的评论 :

我没有把病毒的序列和pshuttle比较，不过我感觉他的论证严谨，就事论事，是比较科学的态度。有人说很多冠状病毒都有这个序列，和pshuttle同源性不超过90%。

[思芦]

博主如何评论这个link："中等强度的证据证实2019-新冠病毒是实验室制造的"。他说2019-新冠状病毒的基因序列包含了一个“中间片段” 来自于SARS的独特棘突蛋白编码。根据他的基因组分析，似乎是使用“pShuttle”技术插入到2019-nCoV病毒中。该技术只能在实验室中完成，因为它从来没有自然发生过。这个新病毒的发生目的是为了制造SARS疫苗。
https://jameslyonsweiler.com/2020/02/02/moderately-strong-confirmation-of-a-laboratory-origin-of-2019-ncov/

[遍野无尘]

The overall sequence similarities between 2019-nCoV spike protein and SARS-CoV spike (isolated from human, civet or bat) are around 76%-78% for the whole protein, around 73%-76% for the RBD, and 50%-53% for the RBM

https://jvi.asm.org/content/jvi/early/2020/01/23/JVI.00127-20.full.pdf

[speedingticket]

回复 '红米2015' 的评论 :
这种序列，自然重组的可能性几乎为零。要是发生重组，很多蛋白都会有变异，不可能只是关键位点全部变异而其它位点一点不变。如同一个人一样，要衰老，是全身各个零件都衰老，到了70岁，不可能是20岁的心脏，70岁的肝脏

[speedingticket]

回复 'localappleseed' 的评论 :
可能实验正在进行，也可能只是感染了实验动物，对人的感染能力还不确定。但是如果查实验记录，就能查到

[speedingticket]

回复 '红米2015' 的评论 :
一个人这样说的
It seems unlikely that the receptor binding domain–and especially the receptor binding motif–would be nearly identical to one found in pangolin through random chance

[localappleseed]

得查查武汉病毒所发表的文章里有没有做过“三个位置的几个氨基酸的改变“的研究。

[红米2015]

speedingticket 发表评论于 2020-02-07 06:30:32
回复 '红米2015' 的评论 :
谢谢你提供的连接。
另外文章有一句话也说了：受体结合位点的变化，自然随机变异是不可能的

but is recombination a possible explanation, as he suggested?

[speedingticket]

回复 '红米2015' 的评论 :
谢谢你提供的连接。
另外文章有一句话也说了：受体结合位点的变化，自然随机变异是不可能的

[红米2015]

红米2015 发表评论于 2020-02-06 21:14:48
我昨天在另一个地方读到，这种新发现的冠状病毒，其S1受体结合部分与新冠状病毒高度相似（97％），怀疑是穿山甲本身的冠状病毒与蝙蝠冠状病毒重组的结果。

Here:

http://virological.org/t/ncov-2019-spike-protein-receptor-binding-domain-shares-high-amino-acid-identity-with-a-coronavirus-recovered-from-a-pangolin-viral-metagenomic-dataset/362

[flyingdust11]

不好意思标点符号不对，同意楼主分析，谢谢分享！

[flyingdust11]

楼主分析得真不错????

[金笔]

光有这三个改变还是不够的。如果真是人工基因重组，总是会在基因序列上留下别的痕迹。

[枕寒流]

太恐怖了。我在想，已经感染过新冠病毒的人，会不会在病毒变异后再次感染?如果是，神州大地将永无宁日。

[无法弄]

那国际卫生组织不质疑吗？只要他想抵赖，永远没真相，跟MH370一样

[singuy]

建议把protein blast 图放大一些

[红米2015]

我昨天在另一个地方读到，这种新发现的冠状病毒，其S1受体结合部分与新冠状病毒高度相似（97％），怀疑是穿山甲本身的冠状病毒与蝙蝠冠状病毒重组的结果。

我不是学生物的，只提供一点信息。

[speedingticket]

回复 '红米2015' 的评论 :
等他们发了文章看看再说吧，这个新闻发布会说明不了太多问题

[singuy]

厉害了 同意你的分析

[红米2015]

广东研究人员说在穿山甲体内找到了与新冠更相似的病毒。

[speedingticket]

回复 'Horse66' 的评论 :
你自己blast一下就知道了

[speedingticket]

武汉新病毒请用这个链接：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512

[Horse66]

如果所列的是事实的话那实在是太可怕了！！！我们做HIV膜蛋白为了增强活性，需要把gp120 和gp41之间氨基酸换成碱性的以增加Furin的切割效率！

[speedingticket]

回复 'Wtp003' 的评论 :
特别是那个裂解位点，99%可能性是人工插入的

[speedingticket]

回复 'Wtp003' 的评论 :
应该有模型，我不熟悉。不过关键位点变异而其他位点几乎不变，我觉得自然发生的可能性非常小

[speedingticket]

图只是两个病毒的囊膜蛋白的氨基酸比较，红框框以后，两个序列100%一样

[Wtp003]

这种变化理论上自然发生的机率？

[coinbycoin]

致敬李文亮医生

任何行为 都会留下痕迹
行为的motive 需要用行为带来的结果去推理

以这个系列，

献给世界上所有的人，无论国籍，无论种族，无论贫富，无论信仰，无论职业，无论政治立场

祝福

- 全世界的老人们幸福安康

- 全世界的中年人健康无忧

- 全世界的年轻人心正体強

- 全世界的孩子们平安成长

目录

1 发生了什么？

https://blog.wenxuecity.com/myblog/71649/202001/36295.html

2 灭霸的响指？

https://blog.wenxuecity.com/myblog/71649/202001/37011.html

3 中国的切尔诺贝利？

https://blog.wenxuecity.com/myblog/71649/202001/38503.html

4 财迷心窍 - 为GDP制造增长点？

https://blog.wenxuecity.com/myblog/71649/202002/11.html

5 什么是真相？

https://blog.wenxuecity.com/myblog/71649/202002/769.html

我们所有人，摸着我们的良心，放下我们的争论，万众一心，在灾难到来之时，保卫我们的父老乡亲