猞猁部落
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二、为什么要有进化论？－－从达尔文的贝格尔之航说起
三、是的，我们来自同一个祖先－－现代生物学的进化证据
四、进化在行动－－进化论的实际应用
五、从如此简单的一个开始－－生命起源和进化之谜
六、完美的过渡型－－始祖鸟、始祖马的故事
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而“达尔文式演化论”则含有另一个要素，在新达尔文主义的理念下，如果把个体发育过程与宏观进化相类比是不恰当的，虽然“受精卵”可对应于“共同祖先”，并且个体发育在某种意义上也是“从简单到复杂的”过程（从一个细胞分化为多种类型的细胞，并形成组织和系统），过程中也有很多细胞遭受了死亡的命运（对应于物种灭绝），整个“演化”过程也未违反自然律---- --- 然而由于个体发育是个受控过程，在受精卵中含有大量的指导信息，虽然这个“演化”过程也受许多偶然因素的影响，但其模式还是可以识别和预计的。这种“计划”和“控制”的成分是达尔文主义者在解释宏观进化进程时所不能容忍的。
达尔文主义与设计论有种奇异的联系，因为前者的观点就是以后者为靶子，这两者似乎被绑在一起，以致（达尔文式）进化论如果抛开设计论就无法陈述自己的观点（想想《盲人钟表制造商》这样的书名)
更有趣的是，在他们对达尔文理论进行证明时,最常用的思路是:如果这一切是被设计的,就不该出现某种特征(或"没有哪个设计者会这样做"),而现在恰恰有这种特征,所以设计论是错误的,所以这些东西是达尔文式演化论的产物。
达尔文主义者给论敌的指责是，他们用“现在科学无法解释”的事来证明上帝，这是一种“间隙中的上帝”论（God of gaps），随着科学的进展与解释范围的扩大，上帝的生存空间也愈发狭窄。但如上所述，达尔文主义者自己的论据似乎存在同样的问题：用设计论解释不了的东西来证明自己的正确，这不是把自己也置于“间隙”之中了吗？如何确保自己没有误解当前的设计论(或许人家对这些东西不是没有解释,参看Darwin's Black Box的相关章节)？又怎么知道设计论随着今后的发展还是不能解释这些呢?
But Doesn't Intelligent Design Refer to Something Supernatural?
From an ID perspective, the natural-vs.-supernatural distinction is irrelevant. The real contrast is not between natural laws and miracles, but between undirected natural causes and intelligent ones.
Just as humans do not perform miracles every time they act as intelligent agents, so there is no reason to assume that for a designer to act as an intelligent agent requires a violation of natural laws."
Take the flagellum, for example. No matter what its origins, a flagellum is a flagellum. We can take it apart, we can examine its components, we can modify it, we can figure out how it works. And we can do that whether it evolved over eons or popped into existence two seconds ago.
In the world of human technology, this is called reverse engineering. But the same process is also used in biology.
方舟子这样定义进化:
生物是演变的，小到物种内基因频率的改变，大到物种的改变，这是生物进化的最根本含义。除此之外，给进化的定义加上种种的修饰，不仅多余，而且可能是错误的。(《进化论虚妄吗？》第一章、进化是什么？)
方舟子又说, “。。。无法改变生物是进化的而非神创的这一事实。”
我们应该注意的是,方舟子(以及大多数人)都认为,如果进化论是可靠的,就意味着"神创"的观点是错误的,"设计"的理念是荒谬的。如果进化论只是一种普通的科学理论，为何它能直接决定一种世界观的正误呢？毕竟生物学也只是科学的一个领域，与物理或化学相比，不该有本质的差异，何以很少有人拿化学或物理学的某种理论来否定神创的世界观？没有人会说，如果前线轨道理论是对的，就说明世界不是上帝创造的。
甚至生物学的普通理论也不具备这种功能，如果有人讲，化学渗透理论就决定了“生物是进化的而非神创的这一事实”，或者说，如果生物是上帝创造的，那DNA怎么可能是双螺旋结构？这些言论显然是没有道理的。一个普通的科学理论，无论被证实或被证伪，都无法判定某种世界观的可靠性，因为后者属哲学层次。
可见，如果把学术界对进化论的正统观点仅描述为“演变”，那是不合事实的。一堆废铁最终被加工成一辆汽车，那也是“演变”，是否有人的参与并不是重点，随着理论和技术的进步，完全可能设计出全自动控制的生产系统，甚至连该系统本身的更新与复制也实现自动化。我们知道细胞就达到了这种技术水平，而物理或化学定律在生物界同样是有效的。
所以真正的进化论定义，不是靠抠字眼得出的，而应取决于学术界约定俗成的一致性意见，我在《从ID论与奥卡姆剃刀说起》里的一段话有助于描述其理念:
对ID论来说，生物界的许多结构和系统可以跟人造设备相类比,因此解释它们的起源,就类似于解释某些机器或建筑的"起源",三个因素是必需的1)材料2)能量3)计划(程序)。也许你要说还需要人有意识的参与,但既然我们把许多的生物功能都与工业设备做了类比,而且人体的许多功能(视觉,思考等)确实在很大程度上是自动运行的,因此完全可以把人工生产过程看做一个复杂而协调的自动化控制过程,在此过程中,自然资源的供给和自然律的运行是重要的,但通常我们研究的重点是"计划,安排,蓝图"这类智能动因。就好比计算机是由自然界的材料构成，它的生产和运行显然也未违背自然律，但“自然产生”的提法就不妥了，问题的关健在于有一个可行的方案，能够在自然律下使这些材料和能量得到适当的引导和安排。
而通常意义上的进化论观点则排斥上述的研究理念。生物系统像是人工设计的吗？多数专家会做出肯定的回答，但同时又会强调这是幻象,对生物的研究和解释必须摆脱这种误导。
达尔文为避免设计论的研究理念，提出了一种以缓慢积累为特征的路线。比如要解释眼睛这样的复杂器官的生成，就从一个简单的感光点开始，以后再附加一个结构，如果这对它的功能有微小的增进，则这种复杂度轻微提高的系统（相比只有感光点的状态）就可能通过自然选择的考验，以后再依此类推，经过漫长的积累，就可能出现极度复杂而精巧的器官，因此有像人眼这样的器官存在是不足为奇的。
这种缓慢积累的特征是达尔文主义的重点。当我们看到生物界种种高度复杂协调的系统，对其来源会有两种解释的大方向。
最容易想到的是：这是被设计的，则以下的具体工作就是辨认其构思，写一部类似于说明书的东西。而另一种选择，就基本上只有遵循前述达尔文的路线了，把起源过程分为众多的小步骤，而就每一步来说，似乎困难不大。
正如一位生物哲学家所说，无神论者古已有之，但从达尔文开始，才能出现理智充足的无神论者（这是就解释生物系统的来源而言，在其他方面无神论者一向是理直气壮的，比如，这个世界为什么有这么多苦难，当好人被坏人欺负时，你的神在哪里呢？等等）
方舟子说，生物的演变未必都是逐渐的，可以长期稳定后有一个跳跃，少数几个调节基因的突变也可能引起表型的巨变。
然而这些论述已经偏离了重点。因为以上这两种情况是就表型而言，并不能改变这一事实：遗传信息的变异和积累必须是逐渐的和缓慢的。如果有人说，一个小的变异可以导致短期内出现几十个新基因，那是不会被学术界认同的。（当然，基因可以大量扩增，但那只是原有信息的重复，要使它们成为行使职能的新基因，仍需要缓慢的积累突变）
HOX一类的调节基因必须有其他的“基础基因”来供其调遣，而调节基因本身相当于一个开关，我们解释电视机显象的原因时，总不能仅仅说，因为我按了一下开关。
这里要指出的是，间断平衡论或同源异形基因的妙用本身都不是问题的关键，因为通常意义上的进化论并非仅仅探讨生物演化的某个细节，如果那样，它就只是一个普通的生物学理论，无法作为“生物不是神创的”这一断言的依据。
事实上，进化论从其自身理念到辩护方式都已超越了技术范畴，进入了哲学层次。无论等级多高的学者，在为进化论做辩护时，总是免不了“上帝怎么会这样设计”或“没有哪个设计者会这样做"这类的话，最经典的一个例子是junkDNA的存在，还是先看一下方舟子的原话
“在分子水平上来看生命现象，这类蹩脚的“设计”就显得更明显了。分子生物学上一个出乎意料的发现是，作为遗传物质的ＤＮＡ，只有很小的一部分是真正载有遗传信息，有表达蛋白质的功能的。对于人体来说，百分之九十以上的ＤＮＡ都不编码蛋白质，其中极少数有调控功能，绝大多数没有已知的功能，被称为垃圾ＤＮＡ。如果我们现在就认定所有的垃圾ＤＮＡ都没有功能，未免过于轻率，但对其中的一部分，我们已有了深入的研究，它们的确是垃圾。实验表明，去掉它们对于生物体不会有任何的影响。就是这些废物，盘占着细胞核的宝贵空间，细胞复制时还要费心费力把它们也复制一份遗传下去。试想，如果你的居室的绝大部分空间都被垃圾占领，搬家时还要把它们也都带走，是一件多么荒唐的事！如果真有一位高明的设计者，他何必扔下这么多的垃圾，何不令清洁工来打扫一番？”
我们在此简要的分析一下
1.我们现在视为junk的那些序列,其中有一部分其实是参与运作的,甚至有一个pseudo基因也被发现是生存所需的,但这不是我们的重点,我们相信有许多序列即使被删除也不会对个体的生存造成明显的影响。
2.我们在某书卷中看到有些地方模糊不清,无法阅读,这并不表明全书内容是未经设计和构思的。只是在历代的传抄和保存过程中累积了一些错误和损伤,是年龄的见证。
设备运行必然会伴随着磨损，生物体内的设备也是这样，”熵产生“总是增加的，好在生物体作为开放系统，可以通过新陈代谢来解决该问题。
实际上，经过了如此漫长的年代，还是有足够的生物来保证人类的生存和研究，这值得惊奇。
3.就算很多序列完全没用,达尔文主义也未能对它们的出现做出具体的解释(仅仅说,“上帝不会这样设计,所以它们是达尔文式演化的产物”,这不能称作科学解释),另外,对于其他"有用"的序列的起源就更缺乏解释了。
但这一点也不是我们的重点。
4.如何判断"有用"与否?这是个价值观的问题。比如有人说，病毒有什么用？我认为生物系的学生如果也问这种问题就不可理解了，因为研究工作中要用到病毒的地方实在太多了。可以说，如果没有病毒，分子生物学还要“在黑暗中摸索更长的时间”。
画家和文学家的作品有用吗？如果没有这些作品我们能不能活？当然能！
基因组中还没有哪种类型的序列被认为是没有研究价值的（包括pseudo-gene 和各种重复序列）。
同时，如果整个基因组的序列都容不得任何变异，似乎“空间利用效率”提高了，但DNA鉴定等辨别身分的工作也失去了可能性。
总之，简单地把一些东西归于“无用成分”，再以这些“无用成分”的存在来全面否定设计的存在，这是否过于轻率呢？
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相关话题：上帝为什么造了食肉动物？
渐近创世论在教会内部已经有了一定的影响力(它的大本营之一是www.reasons.org),有许多人引述这种模式对创世记第1章的解释(如03年福音大会上黄力夫教授的专题)。既然它已经成为“多元”中不可忽视的“一元”，那么有必要把它的整套体系都介绍一下——其中一个很有分量的话题就是——假如确实有漫长的地质历史，很多动物先后兴盛过然后又绝种了，那么，这种堆积过无数动物尸体的世界还能被称为“好的”和“甚好”的吗？该理论的反对者还有一条相关的理由，就是罗马书所说的“死是从罪来的”。总之，他们（Hugh Ross等人）要应对两个问题（1）创世记中的问题——一个存在死亡和捕杀（还有地震等天灾）的世界能够是“好”的吗？（2）罗马书中的问题——死是从罪来的，是不是始祖犯罪之前不该有任何死亡呢？（“罪因一人进入了世界，死又是从罪来的。）以赛亚书讲到神掌权的时候，一切动物都不伤人不害物，万物和谐相处，（有些人认为这是恢复伊甸园的状态）
而对这些问题，他们有自己的一套解释，所以我想把它简述一下，好使这一派别在汉语世界有一个完整的形象。
他们的观点大体是这样的（1）大自然中的死亡、危险生物或种种天灾都是好的，之所以它们会给人造成伤害，不是因为这些东西的本质是坏的，而是因为人类没有正确的了解和处理它们（人犯罪后，在知识、技能和德行上都有了缺陷）。地震对于元素的循环是必须的，水灾火灾都可能要人的命，但水与火本身是不可或缺的（甚至呼吸功能也必须以燃烧作用的存在为前题）......其它像病菌、苍蝇一类的生物也都很有实用价值和研究价值（一切的终极目的不都是为体现上帝的荣耀和智慧吗？）更不要说种种肉食动物了。
（2）罗马书所说的“死”是单指人类的死，而其它的各种自然界的死亡现象并没有什么不好的地方，“种子落在地里死了”才能结得更多，植物作为动物的食物，这种“死”也顺理成章。人体的细胞也必须进行适当的分裂，并且要在合适的时机被清除或在程序控制之下死亡，以便保证整个人体的存活，等等。
据说路德说过，亚当就算没有堕落，他也照样要耕地和狩猎。我们今天也可以这样想：就算人类不吃肉，他也照样要解剖许多动物来了解上帝的设计和构思（并且启发自己的建设或发明）。
（3）还有一种可能，圣经中的“世界”这个词常用来特指人类世界（社会），所以，“死是从罪来的”就类似于“警察是被罢工活动引来的”——不是说在罢工活动开始之前警察不存在，也不是说罢工活动本身缔造了警察这一群体，而是说警察早就存在，但是哪个地方出现了反政府活动，他们就会被吸引过去。
创1所说的以青草给动物作食物，Hugh Ross等人认为这不是说没有肉食动物的存在，而是一切食物的来源从根本上说是来自植物（对太阳能的利用）。此外，摩西可能还出于文学上对称性的考虑——因为“第三日”提到了三样事物（海、陆地、植物），所以“第六日”也要提到三样——动物、人类、植物，并且这两“日”都在末尾提到植物，对应的很好，也给人以“圆满”的印象。
以赛亚书对新天新地的描述有可能是象征性的，表现出“和谐”的主题，而不是真的关注动物性情的变化。正像“大山要流出奶来”和“日头必明亮七倍”也分别是在表达“丰饶”和“光明”的主题一样（旧约有很多类似的表达方式，比如“流奶与蜜之地”、“从磐石中吸油”之类）。“把刀枪打成犁头”也不是说人类会一直处于冷兵器时代。
