然而谁也没想到的是，在蒋云交出了“新共产党”的章程、纲领及五年发展计划不久，一天晚上在顾顺章家里吃饭时，蒋云夫妇双双被毒死，尸体被顾连夜用麻袋弄走，埋在南京荒郊。这显然是顾顺章唯恐泄密的杀人灭口之举，同时顾过河拆桥，背信弃义，凶残歹毒，也令了解内情的林金生不免胆战心惊。
事情还不止于此。1933年底的一天，顾顺章突然把林金生召到密室，要他干掉徐恩曾和陈立夫。
正在这时，又发生了一起意外，让林金生痛下决心离开顾顺章。这天，顾顺章派林金生送一封信到××饭店××房间。那天天气很冷，林金生身穿大衣外出，顺手将信放进大衣口袋。没料到了地方，摸遍全身，并不见密信踪影，方知是不小心在半途丢失了。没办法，他只好硬着头皮回去向顾顺章汇报。顾顺章阴沉着脸，一双满带狐疑的眼睛在林金生的脸上扫来扫去，却没有像平时那样发火骂人。这是一个不祥之兆，林金生心里寒气顿生，知道顾已经对他起了疑心，恐怕迟早要对他下手。
退出来后，林金生左思右想，最后横下心来：与其束手待毙，不如先行一步，死里求生。他表面上不动声色，当天便找个借口离开了顾家，立即往特工总部面见徐恩曾，告发顾顺章。
徐恩曾静静听完林金生的揭发，虽然没有更多表示，心里却对顾背着自己组建“第三党”，进而阴谋成立特务队，想干掉自己和陈立夫的种种行径大为吃惊。徐恩曾叮嘱林金生回去不要声张，先稳住顾顺章并监视其动向。而林金生此时哪敢再回顾家，急得连连摆手说：“徐先生，我是不能再回去了，即使待在南京也很危险。只求徐先生给我找个远离南京的去处，离南京越远越好。”徐恩曾也不好勉强，思索片刻说：“最近陕西省党部正好跟我要人，你就先去那里吧。”说罢即做了安排。
这边，徐恩曾表面上一切如常，实际已暗中做着除去顾顺章的准备。一方面，徐恩曾要稳住顾顺章，防止他狗急跳墙，搞极端之举；另一方面，清洗顾顺章是件大事，自己不可以随便做主，必须告知陈立夫同意，说不定还要报蒋介石本人亲批。这些都要作相应安排，且需一定时间。因此，徐恩曾内紧外松，只将顾的一举一动秘密监视起来，其他似乎一切照旧。而顾顺章自林金生出事后亦有警惕，行动有所收敛，未敢过分张扬，更不敢轻举妄动。1934年5月，徐恩曾在特工总部召开中统高层会议，顾顺章赴会。经徐恩曾暗中授意，有人突然对顾顺章发难，严厉指责其违反中统纪律，“不服从命令，而且企图另树一帜”，应予严惩。顾顺章对此毫无心理准备，自然不肯示弱，当场与之激烈争吵起来。争执中，该人突然掏出手枪，对准顾顺章，顾顺章亦欲拔枪示威。徐恩曾假意喝住，收缴双方手枪。会后，以调查为名，顾顺章即遭软禁。
又过了几个月，顾顺章被正式拘押，囚于南京监狱，后转押于中统控制的苏州军人反省院。在此期间，陈立夫、徐恩曾积极进行置顾顺章于死地的活动，一面搜集证据，一面上报蒋介石批准。终于，蒋介石感到顾顺章已失去了利用价值，又对其试图组建“新共产党”的政治野心深抱恶感，点头同意对顾处以极刑。1935年6月，顾顺章被秘密处死于苏州监狱，死况甚惨，年约31岁。
