1944年，新疆的东突分子以盛世才的“献马运动”为借口，在伊犁巩哈挑动突厥暴民发起叛乱。与此同时，在苏联内务人民委员贝里亚亲自坐镇阿拉木图指挥下，大批在苏联学习了特种作战战术的突厥极端分子也纷纷越过国境进入暴动地区，直接参与了所谓的“三区革命”。
叛乱初期，突厥叛军利用国军在伊犁河谷兵力空虚的契机，取得了一些“胜利”，一度占领尼勒克。蒋介石盛怒之下命朱绍良接替了盛世才的职位调遣内地的国军西进平叛，一举击溃了突厥叛军。
苏联不甘心失败，继续向伊犁的突厥恐怖组织提供军火及人员的援助。于是在1944年11月7日这天的夜里，突厥暴徒在伊宁暴乱，屠杀当地汉族军民，奸淫汉族妇女，连5、6岁的幼女都不放过，其残酷程度超过了侵华日军在南京的暴行。同时，苏联间谍、二台公路养路段段长列斯肯带领苏军特种部队在果子沟切断了进入伊犁的唯一公路----迪伊公路；突厥极端组织头目阿巴索夫和苏联彼得・罗曼诺维奇・阿列克山德洛夫率领另一支苏军从霍城越界潜入了伊犁市区，随后杀害了国民政府官员，切断了伊犁河大桥的交通。
国军守军一个排试图重新夺回大桥，未出城即遭突厥暴徒伏击。入夜，巩哈一带的恐怖分子绕道赶到伊宁城，开始四处进攻国军守军。暴动很快成功。于是这些凶残的突厥狗再一次把屠刀挥向了手无寸铁的汉族平民。
幸存的国军守军掩护一部分伊宁居民撤退到了惠远老城和艾林巴克。杀红了眼的突厥暴徒在苏军的协助下穷追不舍。12月31日，在数十架轰炸机和十门火炮的支援下，苏军军官科兹洛夫指挥突厥暴徒攻下了惠远城，国军守将陈伯良、高炜用中正剑切腹自裁。突厥暴徒再屠惠远。
在这样的情况下，伊犁郊县的数十万汉族居民纷纷逃往焉耆，结果在至玉尔都斯山被苏军和突厥暴徒追及，随后就是一场惨绝人寰的大屠杀，最后生抵焉耆者只余三十多人。整个伊犁地区只有艾林巴克一地的国军还在坚守……
艾林巴克，在突厥语中为“脏园子”，位于伊宁东北，是全城最高处，北为飞机场，南是乱坟岗，原来是沙俄军队营房，当时是国民党中央航空分校教导总队。伊宁叛乱后，城内军民退守此地约8000人。从1944年11月9日，突厥暴徒开始围攻艾林巴克，久攻不克。1945年元月10日，国军第45师和预备役第7师试图救援艾林巴克，其中第45师一个团冒严寒跨越天山抵达伊宁东郊，遭到大批装备精良、受过正规训练的突厥暴徒围歼。艾林巴克守军见救援不成，遂决定冒险突围，突围后残余2000军民又被突厥骑兵追击，守将杜德孚（预备第7师副师长）、曹日灵（预备第7师参谋长）战死，最后这批死守艾林巴克的军民仅有800多人生还，其余皆被屠杀。
伊宁沦陷后，大批东突分子手持大刀木棒，四处搜杀汉人。其中东北籍汉人无一人幸免，伊宁救济院的残废汉人都被拖到河边用木棒打死，数千妇女被奸污。
早在战斗还在继续的1944年11月12日，突厥暴徒就匆匆忙忙成立了“东突厥斯坦共和国”，艾力汗・吐烈成为伪“政府主席”，阿奇木伯克为副主席，规定的国旗是绿地、中间是黄色星月标志的带有明显伊斯兰教标志的旗帜。
1945年2月，伊犁伪政府发布兵役法，规定20―22岁“公民”要应征入伍，服役三年，在目前总动员时期，23―44岁“公民”也要入伍。
1945年4月8日，在伊宁市西公园（后来的斯大林公园，现在叫人民公园）广场上，进行了一场东突分子的誓师大会。在大会上，伪政府主席艾力汗・吐烈发表了带有泛伊斯兰主义、泛突厥主义的煽动性讲话，并给突厥叛军各部队授予标有伊斯兰星月徽、写有“为东突厥斯坦的独立前进”文字的军旗和写有经文的白色伊斯兰教教旗。授旗后还进行了阅兵式。
这些暴徒合计有：
1、1944年8月成立的乌拉斯台游击队，也就是后来的巩哈游击队，这是伊犁叛乱的主力，人员最多。这也是伊宁大屠杀的元凶之一。
2、阿巴索夫和阿列克山德洛夫在苏联编组训练后秘密潜入的游击队，人员虽然少，但是装备精良，战斗力很强。
3、列斯肯率领的芦草沟游击队，这个游击队主要是俄罗斯族人。
4、鲍里诺夫和伊斯哈克伯克从苏联带回来的突厥骑兵。就是他们制造了玉尔都斯山和艾林巴克的大屠杀。
1945年2月开始，伊犁的国军基本阵亡。叛乱开始向北疆和南疆发展。7月在叛乱军和当地暴徒的夹击下，塔城国军、政府人员和汉族群众14000多人逃入苏联，塔城沦陷。
此时北疆的阿山地区局势更加混乱，乌斯满和达列力汗两次大规模进攻承化，那里的国军守军英勇还击，将之击溃；8月7日，一支来自蒙古的骑兵部队和达列力汗的叛乱军会合，第三次进攻承化，在国军的抵抗下，仍然未能夺取承化；9月，叛乱军独立骑兵旅赶来，于9月6日攻破了城墙，国军守将高伯玉率守军和百姓3000余人弃城北逃，希望能进入蒙古避难，但在中蒙边境奥尔尕提达坂遭到蒙方阻拦；9日，叛乱军赶到，残酷的杀害了高伯玉以下国军官兵1130人。9月20日，在阿山的暴徒被改编为叛乱军阿山哈萨克族骑兵团，达列力汗为团长。
与此同时1945年4月，叛乱军主力在苏联红军的步兵、炮兵、装甲车和飞机的支援和参战下开始向迪化进军，到9月将战线推进到距离迪化仅150公里的玛纳斯河西岸。在南疆，苏联顾问纳斯洛夫和阿巴索夫直出天山，进攻库车，在阿克苏一带和国军展开拉锯战。在蒲犁，以苏联的托合托米什为基地的恐怖组织夺取了蒲犁等地，成立了伪“蒲犁专署”，随后开始向英吉沙、喀什、库车进犯。10月，叛乱军和国军守军对峙在这些地区。
叛乱军和国军对峙在玛纳斯河沿岸。国军调集大批部队，“死守大迪化”，第八战区副司令长官兼参谋长郭寄鞒奉命抵达迪化，将第46师部署在绥来，在这里成立前线指挥部，第46师师长徐汝诚担任指挥官，以玛纳斯河为第一道防线。谢义锋的新2军军部由绥来迁移到景化（今天的呼图壁）为第二道防线。从青海赶来的整编骑兵第1师（马呈祥）接替暂编第3师的防地，进驻迪化、景化一带；暂3师调往焉耆。第43军杨德亮指挥的新45师加强伊吾、哈密的防守，其中徐达率领新45师一部防守在七角井。
尽管如此，第八战区司令长官朱绍良仍然十分担心迪化将不保，在战事最危急的时候，朱绍良曾经八小时内给蒋介石连发三份急电“……内乏可用之兵，外无一旅之援……迪化危在旦夕，卑职惟有以身殉职，与国共存亡，上报党国……恳请钧座速筹良策”。
后国军援兵陆续开至，终于解了迪化之围。
1949年，中国人民解放军在国内取得决战性胜利，随后挥军西进，东突分子见势不妙，纷纷逃遁。
五十多年过去了，当年惨遭屠杀的同胞已经化为累累白骨，却还有几人记得他们的悲惨遭遇？当年保家卫国的国军将士也将陆续故去，不知还有谁能记住他们为民族和国家作出的贡献？
