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回忆科学人生,浅谈科学写作

(2024-02-26 21:09:25) 下一个

我执笔的英文科学评述论文受到好评,成为所谓的Outstanding author, 自已也为此接受了杂志社(AOB, Annals of Blood) 的采访。

大家可以从访谈中了解我的背景,因为很多读者对我的经历感兴趣,我总引述钱钟书的话说,你吃了鸡蛋,没有必要对那个下蛋的母鸡感兴趣。

我曾经写过大量的关于美国和欧洲的教育、社会与人生的博文,这次访谈可以回到我作为实践科学家的本色。我还没有退休,只是杂志编辑在促使我回忆自己的科学人生。

先看杂志编辑说明的采访那些法国、美国和香港的杰出作者(Outstanding authors)的原因,英文来自学术杂志,ChatGPT给出了令人难以置信的准确中文:

In 2023, many AOB authors make outstanding contributions to our journal. Their articles published with us have received very well feedback in the field and stimulate a lot of discussions and new insights among the peers.

(2023年,许多AOB的作者对我们的期刊做出了杰出的贡献。他们在我们刊物上发表的文章在各自的领域内获得了很好的反馈,引发了同行之间的许多讨论和新的见解)。

Hereby, we would like to highlight some of our outstanding authors who have been making immense efforts in their research fields, with a brief interview of their unique perspective and insightful view as authors.

(因此,我们想要突出一些在他们的研究领域付出巨大努力的杰出作者,通过对他们的独特观点和深刻见解的简要访谈来表彰他们)。

除了访谈外,网站也贴出了照片。同济美国教授校友对我的发型这样调侃:“强烈要求波兄换个发型![Facepalm];不妨学你那老学弟绝招:剪板寸![Facepalm]”。还是我的儿子和女儿更精通西方文明和懂得安慰老爸的心:“That’s a nice photo of you :)”;“ Congrats daddy the article was very nice”。

现在转述杂志编辑根据对我的采访所总结出的英文内容,中文是略加修饰的ChatGPT的翻译。

我从来没有博士学位,既沒有中国的,也沒有美国的,比较幸运的是中国的医学本科学位相当于美国的MD。这里采访以Dr. Wu的称呼是因为我拥有同济的医学学位,翻译成中文的博士不恰当。但是我确实是美国超一流医学院的教授,所以下面的ChatGPT翻译时,我将Dr. Wu以吴教授代替。

我从来不出口转内销称自己是博士,因为根本没有必要这样做,诚实是最为重要的。我学到了阿肯森教授的坦荡,他虽然是十分优秀的蛋白质化学家,但是遇见自己不懂的科学问题,他总是说:“I am only a rheumatologist (我仅是位风湿科医生)”。

Dr. Xiaobo Wu is an Associate Professor of Medicine in the Rheumatology Division of the Department of Medicine at the Washington University School of Medicine. He obtained his medical education at Tongji Medical University in Wuhan, China, and received his research training at Washington University in St. Louis, Missouri, USA (WUSM). His scientific journey started in Prof. Shi Liangru’s lab at the Wuhan Institute of Biological Products, where he studied differentiation antigens on the surface of immune cells. He was part of the team that contributed to the development of the first therapeutic mAb in China, WuT3, to prevent transplant rejection. He joined the Departments of Pathology and Medicine at WUSM to study FDCs and anti-GBM glomerulonephritis in 1990. He contributed to the characterization of Cr2-/- and Crry-/- mice, and he established a membrane-associated mechanism of complement homeostasis in collaboration with Drs. Hector Molina and John Atkinson. They are currently using mouse models to study complement activation and its application in human diseases and therapeutics.

(吴晓波教授是华盛顿大学医学院医学系风湿病学分部的副教授。他在中国武汉的同济医科大学获得了医学教育,并在美国密苏里州圣路易斯的华盛顿大学接受了研究训练。他的科学探索始于卫生部武汉生物制品研究所史良如教授的实验室,他当时的研究涉及免疫细胞表面的分化抗原。他曾经是中国第一个用于预防移植排斥的治疗性单抗WuT3的开发团队的成员。1990年,他加入了华盛顿大学医学院的病理学和内科学系,研究FDCs和抗GBM肾小球肾炎。他参与了Cr2-/-和Crry-/-小鼠的制备和鉴定。与Hector Molina博士和John Atkinson博士合作,他建立了一种与膜相关的补体体内平衡机制。目前,他们正在使用小鼠模型研究补体激活及其在人类疾病和治疗中的应用)。



Washington University in St. Louis.

The main functions of academic papers, whether original articles or commentary reviews are devoted to documenting scientific discoveries and stimulating further exploration of the unknowns of the natural world. In Dr. Wu’s view, the original data presented in research articles not only contribute to peers pursuing ongoing projects but also serve as historical documents for students learning how to become excellent scientists. Comprehensive reviews written by experts serve as excellent resources to become aware of specific narrow fields and also stimulate new ideas.

(学术论文,无论是原创文章还是评论综述,主要用于记录科学发现并激发对自然界的未知领域的进一步探索。在吴教授看来,研究论文中所呈现的原始数据不仅有助于同行参考正在进行的课题,还为学生学习如何成为优秀科学家提供了历史文献。专家撰写的综述是了解特定狭窄领域的优秀资源,同时也能激发新的思路)。

Speaking of how to avoid biases in one’s writing, Dr. Wu points out that, first of all, we have to read and understand as many scientific research articles as possible. Then, we have to critically evaluate the importance of each article regarding its contributions to observe and generate the ideas. To him, facing the facts is the most important thing to avoid biases, which also requires personal integrity in the process.

He thinks it is important to give fellow scientists credit based on their original articles rather than through someone’s comments.

(关于如何避免写作中的偏见,吴教授指出,首先,我们必须阅读和理解尽可能多的科学研究论文。然后,我们必须批判性地评估每篇论文的重要性,尤其是它们对观察和产生思想的贡献。对他而言,面对事实是避免偏见的最重要的品质,这也需要在整个过程中保持诚信。他认为,给予同行科学家应有的赞誉的重要途径是基于那些原创性的科学论文而不是通过某些人的评论)。

“Our article, selected as one of the outstanding authors, was a group effort where complement biologists worked together with rheumatologists and nephrologists. This points out the importance of team spirit in scientific research and writing. We are in a digital age where disinformation is routine, so as scientists, we have the duty to tell the scientific truth to the wider public. Effectively communicating to the public has demonstrated its vitality during the pandemic by reducing the fear of the virus and promoting the usage of valid vaccines,” says Dr. Wu.

(吴教授表示:“我们的文章被选为杰出作者是集体努力的结果,通过补体生物学家、风湿病学家和肾病学家的共同合作。这指出了科研和写作中团队精神的重要性。我们生活在一个数字化的时代,虚假信息司空见惯,因此作为科学家,我们有责任向更广泛的公众传递科学的真相。在大流行期间有效地向公众传递科学知识,对于减少公众对病毒的恐惧和推广有效疫苗都相当重要”)。

让我尽可能使用简单的文字解释文章中的图表,也做些科普的努力,希望能帮助懂英文的读者更能明白图解。这是体内天然存在的作用于我们瞬间抵抗病毒和细菌的重要免疫功能。如果它不行了,你有再好的T细胞也不能有效地抵抗病原微生物。

先通过我以前的文字提供背景知识:“阿肯森在40岁左右独立发现CD46,他的研究组从蛋白到基因找到这一重要的免疫调节蛋白。后续世界范围内的跟进研究证明:像病菌的吸铁磁一样,CD46为麻疹病毒或淋病杆菌等多种微生物的受体,该蛋白质还涉及生殖功能和调控T细胞。生命机体的基因有限,编码出的蛋白质必须执行多样的功能。阿肯森的研究组还与哈佛和Case Western竞争或合作克隆了CR1和DAF两个补体受体或调节蛋白的基因,蛋白质为别人发现的。这样他们在基因组里发现了编码系列免疫调控蛋白的基因区域,他们将该区域命名为RCA”。

图一:补体旁路途径(AP)的激活。AP是负责激活补体的最古老的途径。AP比经典途径和凝集素途径进化得更早,称之为“旁路”是因为它是在经典途径之后被发现的。

图二:补体系统的调节:CA(辅助因子活性)。血浆蛋白FI裂解C3b,但需要一个调节蛋白如CD46或FH首先与C3b结合。因此,CA需要一个结合蛋白和一个蛋白酶的协作。iC3b没有形成转化酶的能力,现在对那个2 kDa的片段C3f的功能,我们还不知道。iC3b可以进一步转化为C3c(释放到流动相)和C3dg,后者仍然共价结合到目标上。请注意,iC3b和C3dg/C3d是CR2、CR3和CR4的配体。未显示的是,类似于C3b,C4b被裂解为C4d(仍然共价结合到目标)和C4c(释放到流动相)。MCP,膜共因子蛋白;CA,辅助因子活性;FI,因子I;FH,因子H。

图三:CD46与aHUS相关的突变。示意图描述了CD46蛋白及其基因结构,以及CD46与aHUS相关的氨基酸突变。

上世纪的80年代是发现免疫受体的时代,当时发现CD46这种膜蛋白后,就会去研究它们的结构域,通常的方法是将蛋白质的氨基酸定向突变。可以使用试验盒去做,但是费时费力的工作。这里又呈现出阿肯森的另一个风格,他的实验室几乎将CD46的每个氨基酸都突变过,然后研究它与补体配体结合的功能性变化。大家要知道CD46是拥有几百个氨基酸的中小型蛋白,其工作量是巨大的,而如此辛苦的工作只产生了一篇JBC论文。阿肯森总是说那是JBC罕见的长论文,可以折成三篇,但是他执意全放在里面只发表一篇,这是德国人的风格。

这些努力为后续荷兰结构生物学家们铺了路,在会议上他们组的十分聪明的华裔博士生曾经对我说,现在基本上没有阿肯森这么愿意付出的大科学家了。阿肯森实验室大规模人工定点突变CD46还为疾病研究奠定了基础,发现CD46后的长期困惑是沒有发现任何疾病与它相关,九十年代从英格兰Newcastle打到St. Louis的电话彻底改变了这个困局。

当时英国Tim Goodship教授和他的遗传学家太太率先发现,aHUS是补体调节蛋白FH基因突变造成的遗传性疾病。他们的测序结果也发现CD46的第206号氨基酸也突变了,但是不知道这是无用突变还是功能性突变。Tim打电话来时正是美国周五快下班的时间,在英国应该是深夜。阿肯森当时就在电话中告诉Goodship教授:206号氨基酸是位于蛋白功能区域的重要氨基酸,因为沒有它,CD46与补体片段的结合出现了障碍。那是人类发现的首个CD46与aHUS相关的突变,现在已经在CD46蛋白上发现了图谱中的几十种突变。

图四:aHUS的补体相关发病机制。这是一种由于补体调节功能障碍导致的内皮细胞损伤的疾病。在生理条件下,C3(H2O)和生成的C3b会被辅助因子活性迅速失活。在组织损伤的部位,特别是在FH、CD46或FI的罕见变异缺陷的情况下,C3b的失活效率不高,从而导致了aHUS。MAC的C5b-9附着导致膜完整性的破坏,产生有利于血小板积累和血栓形成的局部环境。这里的关键观察是,绝大多数突变导致FH、FI或MCP(杂合子)水平降低至正常水平的一半。因此正常水平的调节蛋白在进化中被选择出来。FH,因子H;MAC,膜攻击复合物;aHUS,非典型溶血性尿毒症综合症;CA,辅因子活性;FI,因子I;MCP,膜共因子蛋白。

我们都知道阿肯森教授的风格,他的五百多篇文章都是用笔一篇篇改成的。编辑的次数很难统计,有时第五版的有些句子又改回到第二版的。他这风格应该来自华大遗传系的创系主任Don Schreffler, 后者出身于Caltech,但是仍然对手稿文字一丝不苟。传说中有位博后的太太是英国文学专业的,博后手稿在太太修改后给Schreffler, 反馈回来仍然是用圆珠笔改的面目全非,博后顿时开始怀疑人生。Schreffler正是以此精神,发现了MHC III基因区域,里面包含补体C4的基因。

这是受阿肯森改手稿之苦的医生教授寄给我的:“I found this interesting as I can trace JPA’s editing style from it” ("我觉得这很有趣,因为我可以从中追溯到JPA的编辑风格”)。

我的回复:“John inherited the style of Don Schreffler.Schreffler made his postdoc hate his pen. However, John seems to have taken it a step further by editing the U.S. Constitution!”("约翰继承了Don Schreffler的风格。Schreffler让他的博士后讨厌他的笔。然而,约翰似乎更进一步,通过编辑美国宪法来展示他的风格!")

 

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全球战略 回复 悄悄话 CONGRATS, Dr. Wu!
美国1号 回复 悄悄话
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