最近“Analysis of therapeutic targets for SARS-CoV-2 and discovery of potential drugs by computational methods" 一文發現橙皮苷可能通過結合在新冠病毒S蛋白受體結合結構域(RBD)從而破坏RBD與ACE2(新冠病毒的人類受體)的相互作用。
原文摘譯如下(采用谷歌翻譯軟件):
"摘要
SARS-CoV-2造成了数以万计的感染,超过一千人死亡。目前尚无治疗冠状病毒感染的注册疗法。由于新药开发过程耗时,因此重新定位药物可能是解决突发性传染病流行的唯一方法。我们系统地分析了SARS-CoV-2基因编码的所有蛋白质,将它们与其他冠状病毒的蛋白质进行比较,预测了它们的结构,并构建了19个可以通过同源性建模完成的结构。通过执行基于靶标的虚拟配体筛选,针对包括ZINC药物数据库和我们自己的天然产物数据库在内的化合物库对总共21个靶标(包括两个人类靶标)进行了筛选。详细讨论了诸如3-胰凝乳蛋白酶样蛋白酶(3CLpro),Spike,RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp)和木瓜蛋白酶样蛋白酶(PLpro)等重要靶标的结构和筛选结果。此外,还建立了包含78种常用抗病毒药物的数据库,包括目前市场上正在接受SARS-CoV-2临床试验的抗病毒药物。预测了这些化合物的可能目标以及作用于某个目标的潜在药物。这项研究将为SARS-CoV-2的进一步体内和体外研究提供新的先导化合物和靶标,为当前正在进行的临床研究提供新的见解,并为治疗SARS-CoV-2感染的药物重新定位提供新的策略。
图形概要
通过同源性建模,构建了包括19个SARS-CoV-2靶标和一个人类靶标在内的20个结构。 针对这些靶点和人类ACE2,筛选了ZINC药物数据库,天然产物库,78种抗病毒药物。 这项研究为SARS-CoV-2的进一步体内和体外研究提供了重新定位药物的候选对象和靶标。
......
3. 結果
......
但是,没有预测到上述大多数化合物会与Spike-ACE2复合物的结合界面结合。 如图6A所示,唯一可以靶向Spike和ACE2之间结合界面的化合物是橙皮苷。 橙皮苷被认为位于斯派克RBD表面的中间浅坑中,该化合物的二氢黄酮部分与RBD的β-6片平行。 然后将糖部分沿远离ACE2的方向插入浅坑中,其中一些疏水性氨基酸(包括Tyr436,Try440,Leu442,Phe443,Phe476,Try475,Try481和Tyr49)形成了相对疏水的浅口袋,用于容纳化合物 (图6B)。 预测Tyr440与该化合物之间存在氢键。 通过将ACE2-RBD复合物与橙皮苷-RBD复合物重叠,可以观察到橙皮苷与ACE2的界面有明显的重叠(图6C),这表明橙皮苷可能会破坏ACE2与RBD的相互作用。
图6.橙皮苷的低能结合构象,该构象与分子对接产生的Spike RBD结合。 (A)将橙皮苷装入SARS-CoV-2 Spike RBD表面的浅袋中。 (二)在Spike RBD的口袋里的橙皮结合的详细视图。 (C)橙皮苷阻止ACE2和Spike RBD绑定的接口(支持PDB文件SARS_CoV-2 _Spike_RBD_homo_Hesperidin.pdb)。"
基於以上發現和中醫幾千年的實踐,介紹一個預防新冠肺炎的簡單易行的方法。由於柑橘類的果皮富含橙皮苷,因此橘餅(Mandarin Candy), 陳皮果醬(Orange Jam), 檸檬茶(帶皮),葡萄柚糖(Grapefruit Candy 帶皮), 都可能有效。陳皮果醬,檸檬茶也都是很容易自製的。尤其在加州,是橙子和檸檬的產地,易得易做。