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半胱氨酸突变和扫描 - 老阎做了几个点突变

(2019-10-08 05:44:31) 下一个

半胱氨酸突变和扫描 - 老阎做了几个点突变?

自五月以来这“阎颜之争”三次大会战都涉及到老阎当年在UhpT上到底做了多少个半胱氨酸点突变。挺阎方指责挺颜方你们连老阎到底做了多少个半胱氨酸点突变都搞不清,纯粹是来“给颜宁洗地的”。 老阎当年把UhpT 450氨基酸每个都变了一变!  挺颜方指出老阎在这点上又在给大伙儿讲故事了(见烦人Fanreninus “润涛阎的四大假”
https://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201909/23999.html  )。

这样到底做了多少个半胱氨酸点突变是个值得认真探索一下的科学问题。 其实Peter Maloney  实验室当时除了这二篇著名的Cell1993和PNAS19 还有一篇至今无人谈及确是值得一读的文章(J. Exp. Biology2014).   就象是唐诗读不懂了,找本唐诗300首浅析。  这篇文章把老阎当时在UhpT 上做的半胱氨酸扫描实验设计总体思想结果及下一步的构思讲得清清楚楚(图一,图二)。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

简单总结如下:

1. “A residue in the translocation pathway of UhpT” - 找到TM7 上神奇一点Cys265.

2. "Suggest that the pathway has considerable size" - 这通道/Pathway 口子还真挺大的。

3. "It is also likely that transmembrane segment seven (TM7) is structured as an alpha-helix " - TM7 应是穿膜alpha-螺旋二级结构(这点是业内的共识)

4.  Cell1993和PNAS1995发表了TM7上29个点突变的结果

5. 其它TM上57个点突变结果末见发表

砖家鉴定结果 1) 烦人再神也猜不到这个数 2) 老阎故事没讲全 3) Peter Maloney 看见“喇叭口开/喇叭口关”没有?  啥喇叭口? 没听说过!

 

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评论
Stegy223 回复 悄悄话 附注: 公元2019年7月14是夏日里炎热的一天。 挺阎大将Nikono_88 只身深入敌后大战护颜四大金刚之一的Fox. 对话录详见SwiperTheFox 博文 “小颜神秘的生化实验”
https://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/14748.html

Nekono_88 2019-07-14 18:17:14回复'SwiperTheFox' 的评论 : "我这能看到1993文章的全文,文章中调查了更多的突变位点,从一百零几到四百多的位点。看来你大发议论是仅凭一篇摘要,这可不是窥一斑而知全豹的事。还是赶快想办法先看看全文再发议论保险一点。否则弄不好,你要给大阎一个道歉。"

Nekono_88 2019-07-14回复 'SwiperTheFox' 的评论 : "大阎运气真好,455个氨基酸,他就调查了C143和C260-288一共30个残基,就敢出模型。还在博客里吹说“我冥思苦想出来的这个野路子其工作量巨大,我最终决定用细菌葡萄糖转运蛋白作为研究对象以解密营养分子如何进入细胞膜的世纪之谜。这个细菌葡萄糖载体基因已经被UVa大学的Kadner实验室克隆出来了(1990年发表出来了cDNA顺序)。这个膜蛋白大分子由455个氨基酸构成。我首先找到了“以假乱真”的探针分子。每个突变体在细胞膜上的两边用放射性底物单独做试验,把每一突变体的两边得到的数据分别做出图,就是用铅笔在作图纸上画出图表。这些数据都是“活体”蛋白的数据,就是说,是在细胞膜上的葡萄糖载体在转运葡萄糖分子过程中得出的数据。是葡萄糖载体在真实的运动状态下的研究结果。”,分明是在误导吃瓜群众,好像他调查了几百个残基似的。看到你的解释才明白,他的生化试验工作量只是和小颜的差不多而已。没啥了不起的。"

Nekono_88 2019-07-14 09:48:43 “大阎声称:每个突变体在细胞膜上的两边用放射性底物单独做试验,把每一突变体的两边得到的数据分别做出图,就是用铅笔在作图纸上画出图表。这些数据都是“活体”蛋白的数据,就是说,是在细胞膜上的葡萄糖载体在转运葡萄糖分子过程中得出的数据。是葡萄糖载体在真实的运动状态下的研究结果。.....,这里不知他做了多少突变体?一个?两个?大于100?大于200?大于400?到底是多少个???”


Stegy223 回复 悄悄话 回复'SwiperTheFox'的评论: “我记得后来有老马先生的几篇文章做了进一步的突变”.

后来与UhpT转运通道直接有关的有一篇 很充实的文章。Hall, JA., and Maloney PC. "Transmembrane segment 11 of UhpT, the sugar phosphate carrier of Escherichia coli, is an a-helix that carries determinants of substrate selectivity" J. Biol. Chem. 2001, 276:25107–25113.

结论: “Our analysis implicates position 388 and 391 in TM11 as crucial determinants of Substrate Selectivity and suggests that TM11 is an alpha-helix, with roughly two-thirds of its surface facing a water-filled translocation pathway”

Stegy223 回复 悄悄话 回复'SwiperTheFox'的评论: Good point.

1. Maloney实验室后来将半胱氨酸突变加扫描法用于其它的载体蛋白上。代表作之一是:Xicheng Wang, …, Peter C. Maloney “Cysteine scanning mutagenesis of TM5 reveals conformational changes in OxlT, the oxalate transporter of Oxalobacter formigenes”
Biochemistry. 2008, 47(21): 5709–5717.

2. UhpT上横向拓展("a horizontal experiment")的57突变结果未见发表。

SwiperTheFox 回复 悄悄话 我记得后来有老马先生的几篇文章做了进一步的突变, 所以老阎根本不可能做了所有的突变, 否则后来的文章就没必要发表了. 老阎这个谎也扯得太大了.
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