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再探载体蛋白构象循环 - 十象变六象

(2019-10-06 05:40:53) 下一个

再探载体蛋白构象循环 - 十象变六象

自从三个月前提出载体蛋白十构象循环模型,没见到“阎颜之争”交战双方有谁杀将过来,另外好象也沒听到哈佛斯坦福等名校专家学者有什么批评意见。看起来这一世界上首次提出的十构象循环模型确实从理论上系统地阐明了MSF 载体蛋白构象转换之迷,同时也经受了实践/时间的检验。当然了,咱也明白别太自以为是。还是要记着  'All models are wrong!  But some are useful.' - Gregory P. E. Box

三人行必有吾师。看到过三条看似不经意的评论反馈,到促使俺再细想想这十构象循环模型并将认识又提高了一步,十构象可变换/简化成六构象循环!

>SwipeTheFox:“你不提我也没注意到,Partly open 与open有什么本质区别吗?". >Keyo: “俗称喇叭口朝外”和“俗称喇叭口朝里”两构相似无比要,去掉这两个构相就会形成一个完整循环 ”.    >鲁迅九:“图 01虽然有点瑕疵,但是还能用来表述 ”。

关于十构象循环模型有详细理论描述在前。 理论虽好,构象图片着实多了点。要做进一步分析变换实在是不方便了(unwieldy) .  Fox先生的话提醒了俺。虽然'半开半闭 '的构象(晶体三维结构已拿到多个) 确实存在,但这只是开闭程度的不同。对于深度理解“阎颜之争”所扯出的这个构象循环科学问题,因为是理论分析入手(Top-down approach) 拿掉几个构象没问题。所以四个'中间态'就被拿掉了。十构象变六构象循环!

这时我们需要引进一个重要的概念 -即载体蛋白本身内外二侧是不对称的,这样要深究一下的话载体蛋白示意图应画成不对称的以显示出细胞膜内侧部分和外侧部分是不一样的。  这样一来,讲底物(糖)结合然后被转运,就要用二张图了(图1A,   图1B). 另外一点需要说明一下。每个载体蛋白本身有细胞内侧与细胞外侧之分。示意图中这开关闭合的二瓣来自同一条蛋白质氨基酸链,而不是完全独立的二个蛋白质亚基。所以构象示意图中有一小段“链条”连接二瓣。

 

 

 所以要一五一十全面讲清载体蛋白在细胞环境里的构象变换,得用上面二张图。 但同时科学家们也知道用X 光晶体洐射技术抓拍不到十二个构象,因为无论这底物/糖从那侧结合上去,从X光洐射看是一样的. 从理论上讲现有技术应当可能抓拍到六个构象(图2)。

 

恐怕这就是润涛阎君“北岸刚上船”与“南岸上船-渡江来到北岸-末及下船”的新学说实际所指吧? 科学家们找到了解决这一难题的有效实验手段方法没有呢?这到是个值得深入探讨的问题。

 

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