朱头山

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中国新冠阳性者很多是假阳性!

(2022-01-27 17:46:08) 下一个

最近看到一个震惊的消息,中国的新冠PCR阳性阈值Ct设置在40, 而国际标准是30,整整少了(Ct值越大,病毒量越少)2^10, 也即很多按国际标准阴性的人,按中国标准是阳性。这也就是为什么很多旅客在国外测定是阴性的,到了中国变阳性,这不但造成本人的旅程延误,连带航班也被熔断,还有官司,在中国被测定阳性的人要告国外测定的机构。现在,这事又延烧到奥运会相关人员,很多运动员在国外测定阴性,进入中国复查阳性。

怎么会这样!到底是哪一方错了?这些边缘人,到底是假阳性,还是假阴性。

前几天写过一篇《统计学地看待疫情》https://blog.wenxuecity.com/myblog/70246/202201/27078.html, 认为对疫情放开的好处极大,坏处极小,这个论断的出错率在万分之一以下(P<0.0001)。这被很多听了不入耳的人辱骂,或者说我是文科生在班门弄斧卖弄统计学。统计学和生物学是我赖以为生的技能,不说是专家,也算professional。 PCR的CT值我也很熟悉,就来科普一下,由读者来决定,到底是假阳还是假阴。

PCR技术,就是在一段核酸(DNA 或RNA)上用头序列和尾序列两个模板,在聚合酶和反复变温的作用下,就能不断合成这段核酸。原核酸的量越大,合成同样量该段核酸所需的次数(cycles)越小,这个次数就是Ct值。Ct30比Ct40, 病毒载量多了1024倍, 比如有个病人,在国外需要有1024个病毒才算阳性,到了中国,有1个病毒就算阳性。

不熟悉检验科学的人,认为阳性就是绝对的有,阴性就是绝对的无,但在检验界,是不存在绝对的东西的,这受到检验技术的限制。最重要的两个指标,就是敏感性和特异性,还有检查的可行性。说得太深了不好理解,就举个简单的例子吧,如何鉴别男性和女性?

你会说,这还用检验,但让你弄一个指标,让计算机程序能分清男和女,还真的不容易!如果拿头发长短做指标,是的,头发长的多是女性,但特异性很差,男的也很容易养长头发,只要他愿意。脱了裤子检查,测定染色体检查,特异性是好了,可行性就差了。于是有人提出用腰臀比例来测定,其特异性,敏感性,可行性都不突出,但比较平衡。

对新冠检查,也需要一个在特异性,敏感性,可行性上比较平衡的适合于大规模检验的方法,于是口,鼻咽取样定量PCR法就成了首选。以前一度有肛门取样的做法,敏感性和特异性都很好,可惜可行性不好。

定量和定性又是检验学的两个重要指标。比如决定黑白,让人来决定定性,一目了然,但如果你让机器来决定,一定得设置一个量机器才能懂,就如照相机里的灰度测定值。所以现在即使是定性指标,也必须有量的设置。新冠测定也不例外,必须设置一个阈值,机器才能判定阴性阳性。

很多人以为All/None的事,其实都是一个连续体。比如癌症,其实每个人身上都有癌细胞,只有达到一个阈值后,才是癌症病人。比如性取向,每个人都有多少不同的同性恋成分,加州要设立43个性别是有科学基础的,只能通过量化某个指标,才能决定谁是直男谁是勒死宾。曾有个啤酒厂宣传其成品完全无甲醛,结果引出了一个行业潜规则,99%以上的啤酒里都含有甲醛,只要没超过某个指标,就是合格的。

新冠的PCR测定,不可能得出零值,是不是那些非零值的,都是有新冠呢,不是的!那些非零值是背景,这就需要来validation, 方法是在标本里加入病毒,来看这时的PCR值是多少。加少了病毒,PCR还是分辨不出,只有加到了达到能实现明确分辨有无的程度的时候,这叫最小可测出量(LOD,limit of detection),达到了可测量多少的时候,叫LOQ.机器实现的LOD,LOQ还要来临床验证,证明这个量的病毒是否有临床的意义,能够引起感染。Ct30是经过这一系列严格的论证,既能被机器测出,也具有临床意义的值。

那中国为什么要把这个值提高1024倍呢?我也不知道,中国各地的领导都强调要做到万无一失,我提到过的出错率在万分之一以下肯定是不够的。领导也听了专家的话,知道Ct30是个平衡的产物,并不等于不能再低。那我就把标准提高10(他不知道等于2的10次方),那岂不是更好,那才是万无一失呢!

Ct40阳性的人中,当然包括Ct30阳性的人。但在那些Ct30阴性,Ct40阳性的人,很多人的检测数据只是背景信号,根本没有感染,是假阳性病人,如果被隔离,被污名,被驱逐出境,那他们真是比窦娥都冤!

https://www.wenxuecity.com/news/2022/01/27/11239023.html

 

 

 

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评论
朱头山 回复 悄悄话 回复 '红米2019' 的评论 : 我这么举例吧:我们有两组,一组30岁以下,一组40岁以下,那第二组的人应该包括30岁以下和30-40岁的,是吧?然后我们比较传染力,一组31%,二组16%,由于二组中有一部分是30岁以下的,也应该在31%左右,怎么总数会下降一半呢,最合理的解释是,二组中30-40岁的人根本没传染力,是假阳性。当然,你要解释为30-40岁的人传染力较弱也行,这个题目就有了两种解释,做个分层分析,单独分析30-40岁的就能解决。最后,即使是第二种解释为对,分组为40就能降低传染率吗?另外放弃决定阈值的经典方法,而采用如此小样本的,相对不客观的临床分析研究来justify 一个重要的公共安全决策,也是不合理的。
红米2019 回复 悄悄话 我理解这里讲的Ct值,应该是指对于一个样品,测到高于本底的信号时所需的扩增次数。这样每个样品都有一个Ct值。你讲的cut off Ct,则是达到这个扩增次数时,如果还没有测到信号,就判定为阴性。这个cut off,一个实验室应该只有一个。
红米2019 回复 悄悄话 至少那篇文章的数据不是这个意思,Ct小于30和大于30是两个组,后者不包括前者。
香的花生米 回复 悄悄话 机器是死的,没有一定的量它是读不出来的。几乎所有的检测都是一个浓度问题,事实上人体没法干干净净的,当然这也是证明一个事实,国内一直有病毒在传播,要不莫名其妙的那些本土病列哪来的?所以最终人类只能与病毒共存。
内务府 回复 悄悄话 秀才和兵辩论?
朱头山 回复 悄悄话 回复 '红米2019' 的评论 : 这是cut off, 卡在40的范围更广,包括了30的。所以40组是A(《30)+B(》30), 《30的都达到传染31%, 40组的至少应该高于31%,结果反而低,这说明B没有任何显著增加传染性的效用。这个试验不说明卡在40能降低传染率,而是说明卡在40完全没有意义
红米2019 回复 悄悄话 你的前半部分,我不做评论,因为我无法权衡两种政策的利弊。我只知道,中国那种做法,在美国肯定行不通。后半部分,我没看懂。Ct大于30的肯定还是有造成传染的,根据那篇论文。至于40,确实没看到有传染的。
朱头山 回复 悄悄话 回复 '红米2019' 的评论 : 这就像宁可错杀一千,不可放走一个这种极端的措施一个道理,把社会成本,对人权的损害等等都置于不顾,整个社会只盯着一个目标,即使能取得减少新冠感染率一点成就,又有何益?你举的这个例子,恰恰说明CT》30的都是假阳性,因为CT40阳性的应该包括CT30阳性和大于30的一部分,是A+B, 如果》30的(B)也有传染性,那这一组应该比单纯的A传染性高。而你举出的是A》A+B, 那些B没有任何加分,只能说明他们是没有传染性的假阳性
红米2019 回复 悄悄话 他们的阳性患者中,Ct小于30的占了大约四分之三。如果这个比例有代表性,再考虑到这些人比Ct大于30的人传染性强一倍,粗略说,Ct小于30的人造成了大概90%的传染。所以如果只对Ct小于30的患者采取隔离,就可以防止大约9成的感染。如果放弃清零,这倒不失为一个比较好的选择。但如果坚持清零,那显然不够。
红米2019 回复 悄悄话 刚才引的那篇文章研究了Ct小于30和大于30的阳性患者的感染性。前者在31%的密切接触中造成传染,而后者是16.4%。
红米2019 回复 悄悄话 我不懂PCR,从文章里抄一句:
“Many PCR assays use 40 as cut off for Ct value to consider the test positive, allowing detection of even very few starting RNA molecules”
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1876034121002318

至于具体检测用多大Ct,我想要根据人群中感染情况。在美国当然毫无意义,而在中国,要做到清零,可能就不得不用40.
三河匹夫 回复 悄悄话 BMC 发表评论于 2022-01-28 08:45:42
我不明白中国的实验室为什么做40cycles 的PCR. 这是外行人的做法。并不是说它会引起假阳性,而是,用一句粗话来说,脱了裤子放屁。

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老朱大概也是说这个意思吧,问高福?老朱这篇文章挺有道理,像是内行人。
顺序是否有要求 回复 悄悄话 ?物的浓度也影响 pcr 结果,
BMC 回复 悄悄话 我不明白中国的实验室为什么做40cycles 的PCR. 这是外行人的做法。并不是说它会引起假阳性,而是,用一句粗话来说,脱了裤子放屁。
BMC 回复 悄悄话 做过PCR的人都明白,30 cycles后已经是平台期了,也就是说再做多几个cycle并不会成比例地增加产出,我做PCR时一般不会超过30cycles. 再加多十个cycle 到40并不会增加假阳性。
cn_abcd 回复 悄悄话 回复 '朱头山' 的评论 :
谈到邮件可能传递病毒导致感染的问题,可以去看看日本一份港发表还未经同行评论的研究报告,在这份报告里,日本科学家证明Omicron在皮肤和塑料表面存活时间是原始株的3-4倍。虽然没有做在纸上存活试验,但应该也有理由推论在纸上存活时间也是3-4倍。

所以现在这些”专家“的言论是要带问号的
红米2019 回复 悄悄话 根据这份FDA文件,对于这个PCR套件,Ct小于等于37是阳性:https://www.fda.gov/media/141951/download

这个值也许对于不同公司产品也有不同。
遍野无尘 回复 悄悄话 “很多人的检测数据只是背景信号”
如果是背景信号,那么随便测,都会“找到”病人。
并且一个人永远不会测量为阴性,因为再测几次,就随机到阳性了。

同样,把PCR设置到20, 国外也会很快清零。哈哈, 整个一笔糊涂账。
朱头山 回复 悄悄话 回复 '桃花潭' 的评论 : 谢谢指正, 是1024
朱头山 回复 悄悄话 这是个科学问题,过严了并不能解决问题,只会显得傻,就像前段时间,说国际邮件会传染,收到邮件的人都得去查,最后成了国际笑料,中国也只能出来纠偏
cn_abcd 回复 悄悄话 现在有没有任何科学证据证明CT30以上的不会传染给别人了?如果没有任何证据,那么应该是从严还是从宽呢?换句话说,是期待有更多传染还是以一定代价控制防止传播?
笑薇. 回复 悄悄话 这么说, 中国是最安全的地方。冬奥会运动员的标准是40,希望不要给中国带去麻烦。
桃花潭 回复 悄悄话 1024不是1028。不是有人说中国报少了,你认为中国报多了
lio 回复 悄悄话

讲话要有根据,不要阴阳怪气。你说的有些人是谁?


老天真 发表评论于 2022-01-27 22:17:30
有些人巴不得中国阳性病例更多才好呢,这样他们就可以说“中国的清零防疫失败了”。如果中国把阳性诊断标准,提高到国际平均水平,阳性感染者的数字一下就降低十倍以上,这会让很多国家面子上难堪。美国那个怀疑中国发病统计数字的理工科教授,可能冲到老朱家里去吵架。

laoyingdiguo 回复 悄悄话 主要不是科学检测,没有考虑检测的误差.这就是为什么会有多次PCR检测,阴性阳性都有.
老天真 回复 悄悄话 有些人巴不得中国阳性病例更多才好呢,这样他们就可以说“中国的清零防疫失败了”。如果中国把阳性诊断标准,提高到国际平均水平,阳性感染者的数字一下就降低十倍以上,这会让很多国家面子上难堪。美国那个怀疑中国发病统计数字的理工科教授,可能冲到老朱家里去吵架。
格利 回复 悄悄话 朱头说得对,听朱头的。
lio 回复 悄悄话 宁左勿右,出问题好交代。这种思维今后会不断出现。
常态 回复 悄悄话 听包子的。
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