雅美之途
教育，人文，社会
ChatGPT为我这本书创作的封面：《科学与谎言：免疫学家所经历的新冠大流行》”。还在不断的完善中, 书也是写作进行时。
从2019年底至2020年初，我们在美国对武汉的新冠爆发相当关注，当时不断搜索各方的信息，也保持着与国内的亲朋好友的密切联系。武汉的亲人被关了76天，很多同学直接在抗疫的前线。
至于新冠是否会传到美国，我觉得是迟早的事，但是对新冠所造成的世界范围的大流行则完全出乎我的预料。我们古董社区当时的年会，正是在2020年的元月份举行的。当时有位资深律师问我，新冠在美国大流行的可能性。我直接告诉他，他在我们人烟稀少的林荫大道上感染病毒，比被雷击的可能性还小，这个判断被证明是完全错误的。
可恶的病毒浪费了我们几年的宝贵时间，很多课题都停摆，但是我们有幸活了下来。遗憾的是全球几百万甚至上千万的人没有度过这个难关，包括被清零暴政和新冠海啸夺去生命的数以百万计的同胞。
我在文学城是持续关注疫情的博主，很少有人像我这样努力过，系统和专业程度更是在海外的中文媒体中少见。我以后回忆往事时应该有些成集的东西，而不是零星的博文。
我还有一个梦想，那就是为未来学会中文的美国孙子辈们写点东西。最好的方式是出版一本集子，虽然现在读者已经不习惯读大部头的书了。我应该写了几百篇关于新冠大流行的博文，留点东西还是必须的。
我的文章从大流行的科学到人文都有广泛的覆盖，自己也感染过病毒。不仅向大众普及疫苗及其免疫反应，我也打过六针mRNA疫苗。我深知政治与谎言对科学抗疫的作用有多大，以致于设立了我的第二大原则：“我尽可能避免与具有坚定信仰的人辩论社会议题，我所称的“坚定信仰”泛指党派的极端认同和对某种宗教的狂热追求。原因很简单，大脑被这些东西统治的人，很容易形成固定思维，基本上不容易应用人类和自然的公理与他们辩论。也就是说，他们不知道怎样reasoning，与他们辩论完全是对牛弹琴，瞬间就进入循环辩论。所以长久受科学与人文熏陶的人，遇见什么“以色列的土地是上帝赐予的”或者“两个凡”，我们基本上知道已经碰到城墙了，赶快躲开，因为沒有任何思辨的基础存在了”。
我设想以每篇博文为线索展开，加上现在的评论，对于博文我只会改错别字和调整句子，内容会保持原样不变。为了控制书的长度，有时候也可能只列出部分的文字。
这篇是我在文学城的首篇新冠博文，被封的公众号可能还有更早的。当时的武汉还是春节团拜会和万人宴，新闻的封锁使国人都蒙在鼓里。我当时是拥有公众号的人，这篇被广泛阅读的文章让人警惕，直接或间接地救了在信息茧房里的武汉朋友的命。以后文章的格式是这样的，并且将会以此循环：现在评论，以前博文题目，博文主题内容，博文写作时间。
《武汉冠状病毒感染病例可能高达1723人》。
我有位在圣路易斯华盛顿大学受过感染性疾病专科训练的朋友，这位同时也是麻省理工博士的专家知道我来自武汉，所以自从武汉呼吸道感染性疾病爆发后，他总是给我电邮更新，我也相当感谢他。
他的最新电邮告诉我，美国疾病控制中心，已经派人前往美国的三大国际机场：洛杉矶、旧金山和纽约以监控来自武汉的航班，可见问题已经比较紧迫了。
昨天读到这则英文信息：“The number of people already infected by the mystery virus emerging in China is far greater than official figures suggest, scientists have told the BBC.
There have been 45 laboratory-confirmed cases of the new virus, but UK experts estimate the figure is closer to 1,700.
Two people are known to have died from the virus, which appeared in Wuhan city in December.
"I am substantially more concerned than I was a week ago," disease outbreak scientist, Prof Neil Ferguson, said.”
中文大意是：“科学家告诉BBC, 被在中国开始流行的神秘病毒感染的人数，远高于官方公布的数据。
现在有45例被实验室证实的新病毒感染，但是英国专家估计感染人数可能高达1700。
武汉在去年12月已经有二例感染病人去世。
英国研究流行病爆发的专家Neil Ferguson教授说：“我现在比一周前更加担忧了””
这项研究来自英国帝国理工，朋友传我他们的关于1700病例结论的研究资料，为已经成文的正规论文，发表在他们学校自己的网站上。当然有待同行的评估，感兴趣的可深究文后的论文截图。
需要说明几点：
首先，这1700例病例只是根据他们定义的计算方法得出的，不是基因测序证实了的。我怀疑现在这么早他们会有免疫测定法去检测到病毒抗原，不知他们是否从病人血清中分离到抗体。看国内先进的程度了，美国应该很快就有。中国应该大力加强对病原微生物和免疫系统研究的投入，少把钱投在研究果蝇同性恋打架上。
其次，这是通过全球旅行以推测武汉的疫情。现在已经发现与武汉相关的国际病例，日本一例和泰国二例。我是实在不明白，海外病例不多，他们怎么能通过百分比预测武汉的病例？需要流行病学家看看最后一页的算法。
第三，他们的估算方法值得推敲。他们将从武汉离开的航班，人数和病毒感染潜伏期作为参数，以计算出可能的感染人数。很多因素会影响到计算的结果，诸如国际旅行的多是富人，以及他们是否接触过海鲜市场等等。还有一个弊端是他们的评估没有包括无症状或仅有轻微症状的人，如果包括人数会更高。我的直觉是人与人的传播是不可避免的，因为大部分病人有到过武汉的旅行史，但是有些人没有去过海鲜市场。
总之，该文至今还不是一篇经同行评审过的论文。但是他们的结论需要我们的警惕：他们估计截止2020年元月12日有1723人感染了武汉冠状病毒，况且英国帝国理工是世界知名的学府。
冠状病毒没有特异治疗，现在连武汉病毒的潜伏期有多长都不知道，永久宿主也待查，更没有疫苗。只有对症处理，最重要的，是靠我们机体内“上帝”为我们设计的免疫系统。中国拥有非典经验，又有强有力的政府机制，希望这次能渡过难关。写于2020年1月18日。
武汉在2020年1月23日封城，这篇文章写于消息刚公布的1月22日。现在看武汉封城的作用，中国和世界各国的观点可能有所不同。我还是维持自己当时的看法，对于那么高传播指数的病毒，封城是沒有必要的措施，这种不计血本的封控只有中国能做得出来。我们只有说，武汉人民受苦了，他们的这种苦是被动吃的。武汉在历史上只有三次封城的经历：1852年的太平天国，1911年的辛亥革命和这次的新冠封城。
猫儿（书中会以实名）从武汉封城开始，到2023年的新冠突然放开导致新冠海啸结束，呈现出他的冒然决策的特点。但是他在这两个事件中间的三年是维持清零暴政的，我几乎看到的是个非常stubborn（固执）的人。还是在波士顿研究中国政治的华裔教授的水平高，她在清零暴政时期在华大讲座时称猫儿是具有果断决策力的人。
在一个荒唐的时刻，说出这点真相都需要勇气，我还在文中这样肯定他：“钟南山重点强调武汉冠状病毒可以人传人，这是值得肯定的”。
这里引出我的两个概念，“清零暴政”指从武汉封城到突然放闸的三年，“新冠海啸”指2023年初的突然放开。这两个本世纪初的中国灾难都导致了中国人民的大面积死亡，以后我们会在文中涉及可能死亡人数的科学研究报告。
武汉封城拥有全国人民的支持，整个过程除了令人恐惧外，经历还算顺利。随后在全国范围的封城决策，那些可以想象的后勤保障就面临挑战了，尤其以上海数月的封城导致食物短缺达到了登峰造极的程度，我们都会有随后的书中详细涉及。
《武汉的封城决定是否可取？》
武汉市政府出此通知，为了阻止武汉冠状病毒的曼延，决定停止市内公共交通，也禁止武汉市民通过飞机和火车等交通工具离城。为了表达方便，我简称封城。据说这是钟南山几天前的建议，武汉当时沒采用。非典来自广东，钟南山自己是广东人，他却沒建议封广东，为什么他建议封武汉？
对我这问题的反驳是，当时非典己传到全国，封广东的意义已经不大，但是现在武汉的冠状病毒不也己经相当程度地传遍世界各地了？
钟南山重点强调武汉冠状病毒可以人传人，这是值得肯定的。我一直认为，长期称只是动物传染人，无人与人传染，家人聚集性传染都不报，这些行为难以原谅，钟南方对此的澄清贡献巨大。但是他反复强调武汉冠状病毒沒非典的毒性那么大，这话也不要说得太早。从传播速度上讲，武汉冠状病毒己经很猛，可能超过了非典。
英国伦敦帝国理工已经更新了他们对武汉感染人群的预测，调升到4000人，95%可信区间从1700至10,000。他们以前预测的中间值为1723例（在当时报道只有36例的情况下），可信区间从427例至4471例，所以增加了一倍还不止。再次强调帝国理工的数据出自著名流行病学家Neil Ferguson 教授，他为美国医学科学院院士。
封城的决定确实会重创武汉经济，可以辨称这是不得己的决定。但是我们还是要听些专家的意见，在美国CDC任职的华裔专家这样留言：“重症发病者只是感染者中极少的一部分，临床病例容易发现和隔离，潜伏期、隐性感染和症状轻微者是主要的不明原因的传染源，认识不到位，才会出现只有封城这样代价特别大的局面。”
“中国具有远比美帝强大的政府执行力，针对大项目、需要封城或强行隔离这些行动，中国特别有效。早期忽视需要我们纳喊，现在迎头赶上还来得及”，这些话是我在封城决定之前说的。我也在前博文中说过：“中国拥有非典经验，又有强有力的政府机制，希望这次能渡过难关”。
但是我现在仍然不认为如此强制性的封城措施可取，我不知道日本遭遇核弹攻击时是否对广岛和长崎封过城，也不知道现代任何世界都市被封过城。希望对武汉只是短期或有限度的措施，完全封城肯定不行。
我看了对那位武汉市长的采访视频，我现在要拿中国著名海归学者Eric X. Li试问，因为他们一向标榜中国怎么拥有机制选择优秀的官员，而这显然是个不称职的市长。他自己决策失误，让人仍然吃万人餐，而把疫情蔓延怪在武汉协和的医生身上。他们长期隐瞒数据则是另一个失职，现在仍然说医务人员只有15人感染，而一个协和医院都15人感染，我同学在协和之外也感染，那数字加上去了吗？
以前为了武汉经济拒绝说实话和隐瞒数字，现在180度转弯，采取封城这种极端手段。遇到这种决策人，够你喝一壶的。如果此冠状病毒发生在皇城或上海，我觉得无人敢在此情况下做出封城的决定，武汉的乡亲们受苦了。
不仅仅是对外封城，对内是所有公共交通工具停顿，除了私交车，也就是几乎全线封一个千万人的城市，这是相当不现实的。短期可以，长期肯定不行。
武汉市政府应该举行记者招待会，详细解释怎么落实这些封城措施，并且回答诸如此类的问题：
日常通往武汉的航班、高铁与汽车是否停止？
物资与运输人员的交通怎么限制？生活和日常用品怎么维持？
只是不允许武汉市民出，还是也不允许人进？进去后是否允许再出来？
武汉与外地的生意如何维持？
最长封城时间是多久？
医疗急救怎么操作？
靠此一纸短信通知社会，让人瞎猜，真不知道这帮政府部门怎么进行公关的，弄得像以前皇上的指令似的。写于2020年1月22日
下面这篇博文写于武汉封城的当天，在中国需要英雄的时候确实产生了英雄，石正丽的研究组当天贴出非常令人鼓舞的论文。
石正丽的这篇论文完成了三大里程碑式的突破：首先，她的研究组鉴定出病毒的感染源是冠状病毒，也测出了该病毒的全基因序列；其次，她们确定新冠病毒的受体与萨斯病毒相同，也是广泛表达的ACE2; 最后，她们发现了病人是会对新冠病毒产生强有力的IgM和IgG免疫反应的。这些结果为后续的研究奠定了坚实的基础，对疫苗的设计和研究免疫系统控制病毒的机理都有广泛的意义。
中国科学家当时给我们的印象是眼前一亮，因为上海复旦的张永振教授前不久冒着巨大的风险，通过澳大利亚的病毒学同行向全世界首次公布了新冠病毒的全基因序列。当时他们直接贴在美国NIH的NCBI数据库中，这是所有新冠mRNA疫苗的制备以及核酸诊断的科学基础。全世界科学家都应该感谢张教授，虽然他的实验室后来被查，但是他的勇气是中国科学家的骄傲。
这次中国科学的进步是显著的，在非典期间北京的洪涛院士还闹出过非典病原是支原体的笑话。他不懂病毒感染可以併发支原体感染的道理，在电子显微镜下看到支原体就认为病原是支原体。非典的病原体SARS病毒（萨斯病毒）的全基因序列，还是现在华大的正教授当年在UCSF做博士后时测出的。
我们科学家在审稿时，首先相信做出论文的科学家是诚实的。如果出现重大矛盾的地方，我们也会让作者们解释，但是我们首先相信他们。如果从一开始就怀疑作者做假，那我们就无从说起了。这也是我对石正丽这篇后来发表在Nature上的文章的态度，他们确实做的非常扎实，为新冠领域的奠基性工作。
当政治介入和民众质疑出现后，我总让他们回归科学本身，我也告诉他们武汉病毒所与汉口海鲜市场的距离是非常远的，公汽交通当年恐怕需要一个小时。但是中国确实应该支持国际组织的溯源要求，需要公布实验室的笔记本以及购买核酸引物的记录，看他们是否有改造病毒的企图。我对此论文的疑问是，他们怎么能够在如此短的时间内完成这么全面的论文？另外，新冠爆发后他们派将军封存关键信息的目的是什么？
现在的世界学术界的认知是，自然界存在的病毒从武汉病毒所泄露出来的可能性没有被排除；其次，人们没有看到新冠病毒的人工修饰或合成的痕迹。
这是我一向的观点，在人类的生死关头，抗疫或救命是首要的任务。当时关注新冠病毒溯源没有意义，特别是在没有疫苗和特效药的时候。但是现在人类已经控制了新冠病毒，溯源可以有限地不带偏见地进行。
我们最在意的是，造成大流行的爆发地点在哪里？新冠病毒爆发在汉口那一带，即海鲜市场和汉口周围的地区，这是无可争议的结论。至于你说最原始的源头是哪里，恐怕永远找不到，也毫无意义。因为在检测技术越来越发达的今天或未来，你都可能在千年前的南极样品中找到流感病毒的核酸，你能怪那里的企鹅导致了西班牙流感大流行吗？有人说流感大流行源于堪萨斯的美军。
中国领导层始终没有认识这点，不仅不承认武汉是新冠的爆发源，反而倒打一耙说是美国人制造了病毒，然后将病毒带到了武汉。中国如此这般逻辑让自己越来越孤立，最后发展成为众矢之的。我这样告戒自己的学生，如果你们在课堂上说新冠来自美国，小心美国学生揍你，因为别人前不久才送别了感染新冠病毒去世的祖母。
《中国科学家让我们对战胜武汉冠状病毒拥有信心》
这次中国科学界立了大功，他们在如此短的时间内确定了病原体和全基因序列，为在世界范围内控制武汉冠状病毒的疫情贡献巨大。与非典时期的束手无策绝然不同，这些成就受到包括日本病毒学家在内的世界同行的尊重。
中国科学院武汉病毒所石正丽研究员发表最新论文，在一个公开的网站上。祝贺她的团队，在非典病毒的杰出表现后又有重要贡献。
让我谈点论文的要点：她们参与发现了武汉冠状病毒，并做了深入的病毒学研究，为武汉扳回一城，虽然全序列在上海之后。武汉冠状病毒与非典病毒的核酸同源性大约80%，武汉冠状病毒与蝙蝠中的病毒具有高达96%的同源性，蝙蝠是非典病毒的宿主之一。另一个突破性的发现是, 武汉冠状病毒利用ACE2膜受体进入培养的肿瘤细胞中，而非典病毒正是通过ACE2膜受体进入细胞的。原代细胞标本的感染实验现在做起来太难，但是这些体外实验可以让我们思考病毒进入肺上皮细胞的情形，这会对药物设计与治疗产生深刻的影响。这里要强调的是，没有她实验室以前的深厚积累，根本不可能在如此短时间内找到武汉病毒的受体。所以沒有必要为了争时尚杂志，天天想着抢别人的热门课题。那是米兰时装设计师的目标，不是科学家的追求。
在美国行医的同济校友前段时间也想到了ACE2，并且给出治疗建议：“我通过检索以往SARS的研究成果，昨天就提出有可能的话要用ACE2 阻断剂。另外，TGF-beta/Smad pathway 是SARS引起肺急性纤维化的重要通径，所以，我认为对有些病人要上相应的抑制剂。当然，前提是如果有的话”。
石正丽团队从病人的BAL（肺支气管洗脱溶液）分离到病毒颗粒，这些武汉冠状病毒可以被感染病人的血清抑制，说明机体的中和抗体被病毒有效地诱导了，病毒没有产生抑制抗体产生的免疫逃避机制，可以用于抗体治疗的设计。流感病毒可以直接感染B细胞以降低抗体的产生，病毒聪明吧。
进一步的好消息是，她们分析的五位病人的核酸顺序几乎相同，所以至少现在的资料表明，武汉冠状病毒没有发生明显的突变。病毒为了自己的生存会突变以逃避免疫攻击，突变病毒的毒性有时会增强，也有减弱的。现在初步判断武汉冠状病毒为非典病毒的家族成员，核酸序列和受体都同源，如果国内拥有更多像石教授这样的实验室，中国战胜武汉冠状病毒是肯定的。
以后国家对自然科学的投入必须强调对人民健康的影响，美国NIH标书要求申请人写明对公众健康的价值。作为对科学史感兴趣的人，我再明白不过基础发现的重要性，但是石正丽的研究就是探索的生命机理。中国应该少资助些研究果蝇同性恋打架的课题，因为国家远没有富有到玩科学的程度。
武汉的同学证实这次疫情会10倍于非典，现在的情况越来越严重，看来必须封城。我读了香港专家逃离武汉的文章后，似乎觉得封城都晚了，武汉加油！
我引以为骄傲的是发现了调节补体homeostasis的膜机制，不算重大科学发现，但是足以让我到回忆人生时自豪一番。让我谈谈homeostasis的概念，指的是在慢长的进化过程中，机体内部或者机体与外界达到的一种平衡，一种共生状态。比方说，我们肠道拥有的细菌数比我们人体的细胞数量还多，但是我们相安无事。疱疹病毒长期藏在我们的神经根部，只有免疫力低下时才爆发。非典病毒和武汉冠状病毒也是一样的，它们在像蝙蝠或蛇等野生动物里生活得好好的，我们人类只应该去欣赏和敬畏生命。我们去杀生并吃它们，这就残暴地打破了这种平衡，病毒就到我们身上了。我们必须要立法，并且强制执行，那就是严禁任何野生动物的交易。
先读这段转述：“刚听完武汉市内防疫系统内部会议的录音：已经定名为SARI了，确定是SARS的进化病毒，致病机理完全相同。病毒进入人体后干扰免疫系统，让免疫系统误认为肺细胞是外来物从而发起进攻。病人是被自己的免疫系统杀死的，目前市面上所有的药物均无效，只有采用与SARI相同的方法：用激素压制免疫系统，但同时，人体会非常脆弱。同时，这个病毒比SARS更聪明：1.潜伏期更长；2.有患者从感染到发病，再到死亡，体温始终是正常的，也就是说，发热不是该病的特征症状，通过体温筛查不能确保完全筛查，这也是封城的原因。3.传播速度更快，目前只获得空气传播的证据，但不能明确日否还有其它途径。”
我读完后这样留言：“几乎是急性爆发性免疫打击，大量细胞因子风暴时，还封闭作为发烧介质IL-1的功能，病毒十分聪明让人体不发烧，自己活得更好[疑问][疑问][疑问]”。免疫细胞因子会告诉下丘脑的热敏神经元：“机体受打击了，需要提高体温以抵抗入侵的病菌”，大家知道上次非典病毒就是在4-5月份当温度升高后自然消失的。IL-1, IL-6和TNF-alpha都具有通知机体升高体温的功能，这些细胞因子更是抗病毒的重要成员。
借阿肯森的一个演讲幻灯, 我们领域的知识，让我谈谈达尔文进化理论的选择压力。眼底退化性疾病（AMD，Age-Related Macular Degeneration) 的部分原因，是因为调节补体活化的蛋白Factor H的基因突变造成的。如果机体不能抑制免疫系统的活性，代谢等生命过程产生的垃圾物就沉淀在眼底的Macular（黄斑), 而黄斑正是光线聚焦通过视神经传递信息的区域。原因查出是Factor H的402位置的氨基酸从Y（Tyrosine, 酪氨酸）变成了H（Histidine, 组氨酸），也就是Y402H。但是令人难以置信的是在人群中大概30%拥有Y402H突变，为什么这么普遍？
微生物实验告诉大家，原来我们拥有此突变是因为进化压力使我们保留下来的。细菌为了逃避免疫的攻击，常常借用机体的成分来对抗免疫系统，因为细菌的基因组不够用。细菌与人体的Factor H结合后就能抵抗人体免疫系统的攻击，细菌变得为所欲为，人则面临死亡的命运。但是研究发现链球菌或鼠疫杆菌与拥有Y402H突变的Factor H的结合能力下降，这样拥有Y402H的人们变成对抗细菌感染的保卫性突变，使自己的免疫系统不被细菌滥用而更容易清除细菌。这样在瘟疫杀死大量人群时，拥有Y402H的人群就存活了下来。多少代后，那么逃避了鼠疫的幸存者的后代，当他们活得足够长时，眼睛却看不清了，真是有得必有失。不知受过武汉冠状病毒感染而存活的个体，机体是否存在抗病毒的突变或病毒透导了突变，如果突变涉及到生殖细胞，他们突变基因的长远效应则会是又一个挑战。写于2020年1月23日。
