在国民革命军的编制序列中，历史上曾先后出现过3个第98军。
一、第82师、新编第193师组成的第98军
该军前身一部是湖北警备旅。1933年月，湖北警备旅与何成浚第3军团一部合编组成第82师。1937年7月，抗日战争全面爆发后，第82师编入预备第4军。1938年6月，预备第4军第82师与新编第193师合编组成第98军，隶属第32军团。第31集团军总司令汤恩伯兼任军长。同年7月，张刚接任军长，郑洞国任副军长。下辖：
第82师，罗启疆任师长；
第193师，李宗鉴任师长。
改军编成后，先后参加了徐州会战、武汉会战等作战。1939年1月，国民党军进行编制调整时该军番号被撤消，所辖第82师改隶第92军、第193师改隶第13军。
二、西北军杨虎城一部组成的的第98军
该军前身是西北军杨虎城所属陕军一部。1936年13月，西安事变结束后，西北军杨虎城所属陕军被国民党军事委员会改编为第42师、第169师，隶属第27路军。抗日战争爆发后，第42师、第169师改隶第14军团。1939年3月，以第42师、第169师合编为第 98军，隶属于第14集团军。由第14集团军代总司令冯钦哉兼任军长，柳彦彪兼任副军长。下辖：
第42师，柳彦彪兼任师长；
第169师。武士敏任师长。
同年10月，冯钦哉免去兼职，武士敏接任军长。12月，该军参加了冬季攻势作战。1940年，该军改隶属第5集团军，下辖第42师、第169师编制不变。 1941年5月，该军在晋南会战中，被日军重兵围困在中条山区，遭受重大伤亡，后在八路军掩护下撤往太岳解放区。同年9月，日军兵分九路对太岳解放区进行大“扫荡”时，该君与八路军工同展开反“扫荡”作战。
三、第32集团军突击总队组成的的第98军
该军前身是第32集团军李默庵部所辖的突击总队。1945年9月，国民党第3战区将第32集团军李默庵部所辖的突击总队改编为第98师，隶属第32集团军，段霖茂任军长，下辖：
第117师，廖运升任师长；
预备第3师，魏人鉴任师长；
预备第4师，曹耀祖任师长。
该军编成后在江苏徐州、安徽砀山地区驻防。
1946年5月，国民党军队进行整编时，第98军改编为整编第57师，段霖茂任师长，原下辖第117师改编为整编第 117旅，廖运升任旅长；预备第3师改编为预备第3旅，魏人鉴任旅长；预备第4师改编为预备第4旅，曹耀祖任旅长。该师改编后，即调至江苏东海连云港，担任守备并维护陇后海路东段交通。同年12月，该整编师为解救整编第69师之围，调预备第3旅奉命增援宿迁，在宿迁附近被人民解放军歼灭，该旅番号取消。 1947年，该师改隶属陆军总司令部临沂指挥部时，预备第4旅改番号位第60旅。此时该师下辖整编第60旅，曹耀祖任旅长。整编第117旅，廖运升任旅长；同年，国民党军对山东解放区发动重点进攻后，该师先后参加了泰蒙战役、孟良崮战役、沙土集战役等作战。9月，该整编师在沙土集战役中被解放军全歼，中将师长段霖茂、少将政治部主任李梯青等被俘。
1948年春，国民党军在川东地区重建整编第57师，隶属重庆绥靖公署。刘劲持任师长，下辖：整编第60旅，李亦炜任旅长；整编第117旅，罗觉元任旅长。1948年9月，整编第57师恢复第98军番号，刘劲持任军长，原整编第60旅、整编第117旅恢复整编第60 师、整编第117师。同年11月，第60师改隶属川鄂边绥靖公署，另将第158师划归第98军建制。此时，该军下辖：
第117师，罗觉元任师长；
第158 师，朱则鸣任师长。
1949年上半年，该军由四川调至陕南，担负安康地区守备任务，同年7月至12月，该军先后参加了陇陕战役和西南战役等作战。12月 25日，该军在四川阆中南部地区参加了由第7兵团司令长官裴昌会组织的起义，接受解放军的改编。
