该军前身是川军刘湘集团一部。1935年，川军刘湘集团第4师师长范绍曾叛刘投蒋后，招集旧部编为新编第21师。1938年2月，国民党军将新编第21师扩编为第88军，范绍曾任军长。下辖新编第21师，范绍曾兼任师长。该军成立后，在涪陵担任后方守备任务。1939年初，该军奉命出川参加对日作战，由四川涪陵一带进行游击作战。同年秋，开赴江浙地区参加了1939年冬季攻势作战。
1941年1月，皖南事变发生后，该军奉命担任堵截新四军的任务。同年9月，该军改隶第32集团军，参加了第2次长沙会战。1942年3月，范绍曾升任第32集团军副总司令，何绍周继任军长，罗君彤任副军长。同时，暂编第9军第32师改隶该军。同年下半年，暂编第32师与第86军第79师对调隶属关系，第79师改隶该军。随后又从第10集团军直辖部队中抽调出暂编第33师改隶该军。此时，该军下辖：
第79师，段霖茂任师长；
新编第21师，罗君彤兼任师长；
暂编第33师，萧冀勉任师长。
在此期间，该军参加了浙赣路会战。1943年1月，何绍周调任第8军军长，刘嘉树继任军长，罗君彤、萧继勉任副军长。1945年春，国民党军军衔局部编制调整时，该军第79师调归第25集团军直辖后，由浙江丽水调至湖南常德，先后参加了湘西会战和闽浙追击作战。
1945年9月，抗日战争胜利后，该军由浙江白开徐州休整时将暂编第33师裁减，另将第28军第62师改隶该军。12月，刘嘉树升任第32集团军副总司令，方先觉继任军长，此时，该军下辖：
第62师，谭道平任师长；
新编第21师，罗君彤兼任师长。
1946年初国民党军队进行整编时，该军改编为整编第88师，隶属第6绥靖区。方先觉改任师长，周云繁任参谋长，原辖各师依次改编为整编第62旅，谭道平任旅长；整编第21旅，李万密任旅长。不久，整编第21旅改称整编第147旅。该师整编后主要担任豫皖苏地区的守备和冀鲁豫战场机动作战任务。1946年9月至1947年2月，先后参加了定陶战役、巨野战役、巨金鱼战役、豫皖边战役等作战。在巨金鱼战役中，该整编师整编第62旅被人民解放军歼灭了两个团。
1947年5月，该师整编第147旅归第7兵团区寿年指挥，另拨整编第72师整编第13旅及整编第9师预备第2旅归该师建制。此时，该整编师下辖整编第62旅、整编第13旅和预备第2旅。同年6月至10月，该整编师先后参加了鲁西南战役、阻止人民解放军挺进大别山的追击和堵截战役、张家店战役等作战。在张家店战役中，该整编师第62旅被人民解放军全歼。此次作战后，师长方先觉调走，马师恭接任师长。
1948年9月，整编第88师恢复第88军番号，隶属国民党军参谋本部。马师恭任军长，同时，预备第2旅改为第149师，杨宝敦任师长；新编第13旅改称第230师，许午言任师长。该军恢复番号后，调至湖南铜陵担任江防守备。1949年春，该军隶属第7绥靖区时进行编制调整。此时，军长马师恭被撤职，杨宝毂继任军长，原辖第230师被调出，另将第18军第49师调归该军，并新增第313师，此时，该军下辖：
第49师（师长姓名不详）（可能是黄徵师长）；
第149师（师长姓名不详）；副师长彭镜澄；
第313师，（师长姓名不详）（可能是苏维忠师长）。
在三山至铜陵地段担任防御任务。同年4月下旬，解放军发起渡江战役后，该军弃阵而逃，被解放军追歼于浙赣线以北地区，残部在军长杨宝毂的率领下逃抵福州后，该军番号被撤消。
