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新冠病毒SRAS-CoV-2源头究竟来自何方?

(2020-04-02 20:32:06) 下一个

3月17日,《Naturemedicine》发表了一篇题为“The proximal origin of SARS-CoV-2”的文章:https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

此文一出即被大量中文媒体广泛引用,称“美国专家否认新冠病毒是人工合成,病毒不是起源于武汉,甚至添油加醋声称已经流传十几年了”。

实际上原文中说的是SARS-CoV-2不是起源于武汉海鲜市场,并没有说不是起源于武汉,只是因为要明确是指哪里的海鲜市场,所以出现“WuHan”一词,至于“已经流传十几年”更是无中生有,原文中没有一字提到新冠病毒“已经流传十几年”。

至于“不是人工合成”,原文中确实多次提到,根据基因序列数据分析可以判断此病毒人工合成的可能性很小,但并没有完全否定这种可能性。原文最后总结了病毒三种可能的来源,特别值得关注的是列出了第三种可能,下面就是这段原文(和笔者译文):

3. Selection during passage. (迁移/传代中的选择)

Basic research involving passage of bat SARS-CoV-like coronaviruses in cell culture and/or animal models has been ongoing for many years in biosafety level 2 laboratories across the world27, and there are documented instances of laboratory escapes of SARS-CoV28.
We must therefore examine the possibility of an inadvertent laboratory release of SARS-CoV-2.

包括SARS-CoV类似冠状病毒的细胞培养和/或动物模型的基础研究在全球很多生物安全二级(P2)实验室中已经做了很多年,而且曾经有SARS-CoV实验室逃逸的文献记录。

所以,必须检查SARS-CoV-2实验室非故意泄漏(释放)的可能性。

In theory, it is possible that SARS-CoV-2 acquired RBD mutations (Fig. 1a) during adaptation to passage in cell culture, as has been observed in studies of SARS-CoV11. The finding of SARS-CoV- like coronaviruses from pangolins with nearly identical RBDs, however, provides a much stronger and more parsimonious explanation of how SARS-CoV-2 acquired these via recombination or mutation19.

理论上说,像在SARS-CoV研究中已经观察到的一样,SARS-CoV-2在细胞培养中由适应性传代(迁移)可能获得RBD变异。穿山甲(体内)类似SARS-CoV冠状病毒的发现为SARS-CoV-2如何通过重组或变异获得(RBD)提供了更有力更简约的解释。

The acquisition of both the polybasic cleavage site and predicted O-linke dglycans also argues against culture-based scenarios. New polybasic cleavage sites have been observed only after prolonged passage of low-pathogenicity avian influenza virus in vitro or in vivo17. Furthermore, a hypothetical generation of SARS-CoV-2 by cell culture or animal passage would have required prior isolation of a progenitor virus with very high genetic similarity, which has not been described. Subsequent generation of a polybasic cleavage site would have then required repeated passage in cell culture or animals with ACE2 receptors similar to those of humans, but such work has also not previously been described. Finally, the generation of the predicted O-linked glycans is also unlikely to have occurred due to cell-culture passage, as such features suggest the involvement of an immune system18.

多碱基切割位点和O-链接聚糖的获得也对通过细胞培养(变异)提出争议。只有在长期低致病性禽流感病毒体内体外长期传代后才观察到多碱基切割位点。此外,细胞培养或动物传代产生SARS-CoV-2的假设需要事先分离出具有非常高遗传相似性的祖病毒,这种(工作)还没有见到记述。一个多碱基切割位点的后续产生需要在细胞培养中或者在具有与人类相似的ACE2受体的动物中反复传代,这类工作以前也没有记述。最后,希望得到的O-链接聚糖也不太可能在细胞培养中发生,因为这种特性需要一个免疫系统的参与。

笔者按:综上所述,此文在详细分析了SARS-CoV-2基因序列后,得出的结论是:究竟新冠病毒的源头是什么目前仍然没有定论,全文并没有否定任何一种可能性的猜测,只是更倾向于不是有意实验室人工合成,但在第三种可能性中却又提出必须检查实验室非故意泄漏的可能性,后面虽然说明细胞培养需要长期的更严格的条件,但同时提到了动物实验的可能性,指出两种情形以前没有记述并不等于没有实验室在做类似的工作。

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评论
说说也罢 回复 悄悄话 回复 '股聋' 的评论 : 谢谢关注,中文媒体杜撰的“已经流传十几年”,倒是无意中提示了很多P2、P3实验室进行蝙蝠病毒细胞培养重组和/或动物实验已经进行十几年了,所以本人猜测,实验室非故意泄漏的可能性相当大。

本人以前就曾提出:比较SRAS-CoV-2在野生动物体内自然环境中传代变异的概率 vs 病毒在实验室人工细胞培养和/或动物实验传代变异的概率,哪个更大?
股聋 回复 悄悄话 虽然没上热搜,赞同分析结论
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