一直从事清华校史研究的学者黄延复，从清华校史的角度对先辈们研究后，把知识分子分为五个层次：圣、哲、贤、儒、士。他认为一般知识分子，包括杨振宁、李政道等人只能算作士，普通读书人而已，而在他看来，叶老则是一位在清华历史上少数称得上“哲人”的人物之一。许多人为叶老的含冤叫屈，黄延复说，没有那段苦难的岁月，我们无法了解叶老的人格境界，也就看不到他修养的完善。黄延复说，从叶老受审的交代材料中，也能看出叶老的哲人品格。
新中国成立以后，全国掀起了改造知识分子的政治运动，是为“洗澡”。在“洗澡”的过程中，有的学者学会了察言观色，落井下石。疾风知劲草，叶企孙的独立观点和自由思想一直没有被改造掉。
据黄延复的文章，我们可知叶企孙的风骨。一直到1951年，叶企孙还在倡导“高校教学与科研要自由、民主”，而与“集体主义”、“阶级斗争”、“一边倒”等官方理念格格不入。他遇事都要“独立思考”一番：例如对于朝鲜战争，他认为是“美国的一种战略考虑，是针对苏联极权主义阴谋的”。他认为，“战争永远不会消灭，帝国主义消灭后，共产党内部又要打了，南斯拉夫就是一例”；“共产主义我赞成，最糟的是有很多材料不让人看，例如南斯拉夫的很多理论材料是看不到的”；“冯友兰的《美国法西斯化》一文写得太过分了”；张席褆教授批评他“对政治太不热情，在旁观”；张子高教授批评他“对新鲜事物感觉迟钝”；陈岱孙、张奚若教授说他“每年毕业生都强调统一分配，而你还讲个人兴趣，以后不应再认为政府是政府，学校是学校，两不相干”；刘仙洲教授建议他“向教育部自请处分” 等等。对这次所谓“思想改造”运动本身，他说他“对狂风暴雨式的批评方式不太习惯，希望对批评者提提改进意见，有所进步就算是能过去了” 叶企孙的言论不是跟风的墙头草，也不是人云亦云地迎合时代潮流，而是发自内心的真话，是建立在独立思考的基础之上的。
1967年，69岁的叶企孙被北大红卫兵揪斗、关押，停发工资，接受改造，并被送往“黑帮劳改队”。叶企孙突然受到刺激，他出现幻听症，总听见广播说他是特务，曾一度精神错乱。1968年4月，70岁的叶企孙被逮捕关押。
叶企孙在被关押期间，受过8次连续提审，写过多次“笔供”，受到了尊严和人格上的侮辱。每次提审后都要写一份“思想检查”，有一次，提审人就一个他记不清的问题要他写书面保证，他说：“我不写保证和任何文字上的东西，我只能说 记不清 ”；提审人要他态度老实，他说：“我是老实的，我是科学家，我是老实的。”
叶企孙从监狱放出后，住在斗室中，从无一句怨言。朋友来看他，想听他诉说遭遇，他从书架上取出《宋书?范晔传》读了一段范晔在逆境中的自述，以表白自己的心境：“吾狂衅覆灭，岂复可言，汝等皆当以罪人弃之。然平生行己任怀，应犹可寻。至于能不，意中所解，汝等或不悉知。”在这种自述中，叶企孙的人格、品质和哲人风范，达到了一种圆满的境界。
1969年，叶企孙获释回到北大，住在家属楼里一套三间房中的一间，但仍然接受隔离审查，每月只有50元生活费。这时他疾病缠身：两脚肿胀、前列腺肥大、小便失禁，只好日夜坐在一张旧藤椅上，读点古典诗词或历史书打发时光。当时他的学生探望他，“叶师住在北大的一间斗室里，腰已经弯到了90度，处境非常悲惨”。
叶企孙被释后，一直过着悲戚乃至乞讨式的生活。有一段文字记载，令人心酸落泪：“叶企孙踟蹰于北京中关村一带的街头，躬着背，弯着腰，衣衫褴褛，拖着一双大棉鞋，拢着双手。有时在水果摊上停下，买两个小苹果，往身上一揩，边走边啃。如果碰到认识的学生，就伸手向他们要一点钱： 你有钱吗？给我几个！ 所求不多，一两元、三四元而已 ”
这位为新中国培养了诸多大师的大师，在精神和肉体均受到严重摧残的日子里，无论受多大委屈，都不向别人倾诉，而是默默忍受。1969年的冬天特别冷，有人在中关村看到了叶企孙，裹着一身旧棉袄缓缓行走，没有人知道他要去哪里，那时，他已经七十多岁了。
叶企孙处于人生的谷底，还推心置腹地为他人考虑。有一次，钱三强在中关村的马路上碰到叶先生的时候，一看到老师，他就马上跑上去跟叶先生打招呼，表示关怀，叶先生一看到他来了，马上就说，你赶快离开我，赶快躲开，以后你见到我，再也不要理我了，躲我远远的。因为钱三强当时是二机部的副部长，是负责原子弹工程的，叶企孙知道这么重要的工作，最忌讳同那些政治上有问题的人来往的，他生怕钱三强因此遭到一些不幸。
1971年，叶企孙的学生、已在北大当教师的张之翔骑着自行车，在校外的一所公寓中找到了叶企孙。据张之翔的回忆：
他已经不认识我了，我说我是张之翔啊，他说哦哦，坐坐。他坐在藤椅上，就给我看他的腿，两个腿肿得很厉害，走不了路。他也没有牢骚，很平静的。可是人已经不像个人型了。我也没有多少好说的，我说叶先生多多保重，我就含着眼泪，我就 唉 我就离开了，以后再也没有看到叶先生。
1972年5月，北京大学对他作出“敌我矛盾按人民内部矛盾处理”的结论；6月，恢复其教授待遇，也恢复了每月350元的工资，还给他分配了一套一室一厅的住房。1971年到1973年，海外友人任之恭、赵元任和学生杨振宁、林家翘、戴振铎等回国观光时要求探望他，均遭拒绝。1975年，隔离被解除。这才有1976年春节陈岱孙、吴有训、王竹溪、钱伟长等老友恍若隔世的登门造访。
1977年1月10日，星期一，叶铭汉从北大将工资取回交给叔父，发现他说话不对头，又出现幻听症。当天，陈岱孙也去看望叶企孙，觉得他不对劲儿。当晚，叶铭汉到北大校医家里取了一点药，给叔父吃。第二天，叶铭汉发现叶企孙一天都在昏睡，急忙送其入北大医院，又立即转到北医三院。入院后第二天，即1977年1月13日21时30分，叶企孙在昏睡中去世。他离那个姗姗来迟的科学的春天只有一步之遥。
不知道叶企孙去世之前，是否会想起1949年1月的那一幕。陈毅来到清华园，看望当时清华大学的负责人叶企孙、张奚若、吴晗、潘光旦、张子高和周培源，并在合影照片上题字签名送与叶企孙。他带来了对知识分子的尊重和关怀，带来了春天的消息。可是，几年之后，知识分子怎么遭遇了无比严酷、无比寒冷的冬天呢？
治丧期间，叶铭汉接到北大某领导口头通知：“叶企孙的问题按人民内部矛盾处理，开追悼会，骨灰放在八宝山。”1月19日，叶企孙追悼会在八宝山举行，约200人受邀到会。悼词对他解放前50年只字未提，在学术贡献上只说他做过有益工作。好友陈岱孙泪流满面，时任中国科学院副院长的吴有训悲愤交集，对追悼会的规格和悼词内容不满，中途退场，以示抗议。
叶企孙的悲剧并不是个案。叶企孙和饶毓泰是中国早期物理学发展中的两个奠基人。他们同是留美的博士，后来主要从事物理学的教学工作，中国多数物理学家均出自两人门下。在“文革”中，他们的命运何其相似。吴大猷曾给饶毓泰写过小传，他说：“一生严正从无政治活动如饶氏者，亦横遭侮辱，于10月16日（1968年）自缢于北大教授住宅。”{1}
叶企孙、饶毓泰后来都获平反，但他们的死留给人们的印象是强烈的，一个连物理学家都容不下的环境，到底是哪里发生了问题？
物理学家钱临照曾把叶企孙和饶毓泰作过比较，他说：“他们两人都很刚强，但饶先生像玻璃，虽然硬，却容易碎，而叶先生像一块钢，不仅硬，还有Plasticity（塑性）。”叶企孙一手创建的清华大学物理系在1982年恢复了建制。1984年，在各界的强烈呼吁之下，清华大学物理系正式复系。1992年，海内外127位知名学者联名向清华大学呼吁为叶企孙建立铜像，1995年在清华大学举行了隆重的铜像落成仪式。叶企孙先生的铜像安放在门厅一侧。或许，只有那些已经步入暮年的人们才知道，当年，先生就是这样看着他们的。
