由志愿军司令员出任沈阳军区司令员，邓华镇守东北
1954年的“高饶事件”后，该派谁接替已自杀的高岗担任东北军区司令员这一重任呢？在毛泽东的棋盘上，久经沙场的邓华成为最合适的人选。
1954年4月6日，中央军委正式任命邓华为东北军区党委书记。1955年3月，邓华被任命为沈阳军区司令员（东北军区此时已改为沈阳军区）。1954年9月5日，彭德怀辞去志愿军司令员兼政治委员的职务，已代理司令员兼政治委员的邓华被正式任命为志愿军第二任司令员兼政治委员。但邓华此时的主要工作已转移到了东北军区，担任志愿军司令员兼政委只不过是个过渡。不到两个月后，中央军委便任命杨得志和李志民分别接任志愿军司令员和政治委员。
1954年10月31日，中共中央和中央军委任命邓华为副总参谋长，主管作战方面事宜。彭德怀多次要求邓华赴京就职，但他一直未赴任。有热心的同志告诉邓华小道消息，说他任副总参谋长只是个过渡，下一步将是任总参谋长。这在别人看来是求之不得的好事，但性情固执的邓华却坚辞不去。
1955年9月27日，共和国首次授衔仪式在中南海怀仁堂隆重举行，邓华被授予中国人民解放军上将军衔。1956年9月，在中共“八大”上，邓华当选为中央委员。
1959年的军委扩大会议上，邓华成了“彭德怀军事俱乐部”的主要成员
庐山会议之后，中央军委扩大会议在北京中南海举行。
在这次会议上，邓华和洪学智、万毅、钟伟等人被错误地划为“彭德怀军事俱乐部”的主要成员，被迫交代“反党反毛主席”的“罪行”。过去挨过邓华批评的人，或者嫉妒邓华在朝鲜战争中地位升高的人，纷纷出场发问。他们的诘问被邓华一一顶了回去，会议陷入了僵局。
毛泽东很快知道了，他给邓华传话说：“有些同志对你有意见，开个会让他们说一说，你要硬着头皮，好好听下去，有则改之，无则加勉嘛。”邓华对于毛泽东的话是深信不疑的，于是冷静了下来，不再争辩。
会议最后，毛泽东一锤定音：“邓是彭的人。但是，邓与彭是有区别的。”
9月12日，军委扩大会议最后一天，林彪作了总结，宣布对邓华的处理是撤销党内外一切职务。林彪说：“我考虑很久，晚上睡不着觉，总觉得邓华留在部队是一个危险人物。”把邓华撵出部队，只是一个时间问题了。
军委扩大会议后，邓华被送回沈阳，继续接受批判。11月，邓华举家迁来北京，住在招待所，等待分配工作。1960年6月，邓华被明确了工作，安排到四川省任副省长。但到成都后，邓华发现人们并不欢迎他，大家的神情是淡漠的。数日后，邓华特地前往金牛坝拜访西南局第一书记李井泉。“省委决定你在副省长中分工抓农机工作。”李井泉说，“廖志高是管农业的书记，农业机械厅厅长苗逢澎是省委常委，今后你多同他们联系。”
从李井泉家出来，邓华立即来到新华书店，买来大量农业机械方面的书籍，自学钻研。好心的人见他如此认真，便劝道：“你不过是个挂名的副省长，还是少管点事，养养身体吧！”甚至还有人说：“现在是‘困难时期’，搞不好又会飞来横祸，睁只眼闭只眼过日子吧！”邓华则回答说：“我拿人民的钱，吃人民的饭，就得为人民办事。除此之外，别的我什么也不考虑。”
陪同邓华来成都的还有妻子李玉芝。她是医科大学毕业，温柔贤惠，在丈夫身处逆境后，特别注意家中的气氛。她向孩子们规定，不吵闹，不大声嚷嚷，不流露对当时国家处于困难局面的不满情绪，就是社会上许多人挨饥受冻、水肿病流行情况，也不让在家中谈论。
彭德怀的案子翻不了，邓华的案子就没有平反的希望
1962年6月初的一天，邓华来成都两年后，李井泉来探视他。寒暄之后，李井泉说：“省委和西南局对你在四川的工作是满意的，你深入实际，了解的情况具体，给省委的视察报告也很有分量。”接着，李井泉点到了主题上：“中央发了文，过去运动中对党员和干部处理错了的，要加以甄别平反，这个文件你看到了吗？”、“你对给你的处分有什么意见和要求，可以谈谈，我们可以替你向中央反映。”
邓华略有踌躇后表态了：“我的问题毛主席清楚，中央清楚。”“处理过了，没意见，没要求。”李井泉走后，邓华内心深处掀起了波澜，渴望将自己的问题搞清楚，决定向总书记邓小平写一个报告，在肯定犯有“错误”的前提下，要求党中央给一个书面结论。因为对他的处理，仅仅只由林彪在军委扩大会议上口头宣布，未有任何文字表示。报告在家里搁置了一个星期。经过慎重的考虑，邓华还是放弃了。这是因为自己的案子是因彭德怀而起，彭案不翻，邓案也是翻不了的，而毛主席是不会轻易让彭翻案的。搞得不好，还会带来新的麻烦。最后，邓华将报告销毁了。
邓华在朝鲜前线同彭总结下了深厚的友谊。当他得悉彭德怀任三线建设委员会副主任、就住在离他家不远的成都市永兴巷7号时，心里非常渴望见到彭总，同他再下一局象棋，但他知道，现在不能见。结果，俩人虽同处一城，近在咫尺，却始终未能见上一面。
“文化大革命”开始后，邓华受到残酷迫害，但却出人意料被“解放”出来
1966年12月23日凌晨，一伙红卫兵把彭德怀从成都抓到北京。
1967年6月3日，一伙红卫兵闯进成都前卫街邓华寓所，围住邓华，抄了他的家。发生争执时，有人动手要扭邓华。“住手！”邓华怒喝道，“我自己去，走吧！”说罢提着早已准备好的提包举步迈出家门。
被关起来后，红卫兵对他进行非法审讯。“邓华，交代你的罪行！”“交代你跟彭德怀的关系！”“交代你怎样勾结贺龙准备搞‘二月兵变’的。”邓华没有可交代的，红卫兵的一记耳光打在了他的脸上，鲜血直流。
在一次批斗会上，一位前志愿军战士路过这里，看到了令他震惊的一幕。这不是我们的司令员嘛。邓华此时正和李井泉、廖志高、杨超、赵苍壁等人坐在潮湿的地上。“文化大革命”就是这样的无情，邓华的胸前被挂上一块大木牌子，上写道“反革命分子邓华”，在“邓华”二字上面画了大红叉。这位志愿军战士禁不住泪如泉涌，愤然离开斗争会场。
1968年初，江青、康生在接见成都军区和四川省革委会筹备会负责人时，公开点了邓华的名，说“邓华是坏人”，“对坏人要专政”。
此后，对邓华的批斗迅速升级：拘留地由成都警备司令部转到城北昭觉寺临时监狱，囚室有岗哨把守，大小便时有人押着，批斗越来越频繁，拷打和人格侮辱几乎成了家常便饭。5月6日，邓华夫人李玉芝和长子同时失去自由，分别被关押在他们所在单位，强令写交代揭发材料。四个未成年的子女，也被立了专案进行审查。
正当邓华处于被迫害的水深火热之中时，一件意想不到的事情发生了：党中央来电，通知他去北京开会。
事后，邓华才知道了内情。还是在酝酿召开八届十二中全会的时候，在八届中央委员、候补中央委员中，有“问题”的人占了大多数。根据党的组织原则，出席会议的中央委员要超过半数，会议才能有效，必须“解放”几名中央委员不可。10月10日，经毛泽东亲自指名，邓华和张鼎丞、胡耀邦、范文澜等人一道成为被“解放”者。
会议期间有人对邓华说：“林总现在是副统帅了，黄永胜也是总参谋长了，他们一个是你的老上级，一个是你的老战友，你是不是去看看他们？”邓华回答说：“不去。我不抱任何幻想。”恰好，黄永胜正通过成都军区司令员梁兴初向邓华传话：要他在北京京西宾馆住一个时期，用意何在，没有说明。但邓华坚决不同他们拉扯到一起，全会一结束他就立即返回四川。
粉碎“四人帮”后，邓华回到部队的愿望终于实现
1977年8月3日，邓华盼望以久的愿望终于实现了。在邓小平和叶帅的共同研究决定下，邓华被任命为中国人民解放军军事科学院副院长。邓华参加了中国共产党第十一次全国代表大会，再次当选为候补中央委员。8月25日，新一届中央军委会组成，他任军委委员。但此时他的身体却不容乐观，不得不住进301医院。
1979年7月25日，邓华旧病复发，再一次住进301医院。他自知身体不行了，想在有生之年多做些有益的事情。他的《关于我军装备现代化问题》的文章很快脱稿。接着，他又抓紧写作《关于未来反侵略战争和国防建设的几个问题》。随后邓华去了一趟南方，到海南岛走访旧战场，准备写作渡海作战、解放海南的回忆文章。然而18年的逆境生活使他的肉体和精神上都备受折磨，很快他又病倒了，住进了医院。
在1980年7月3日逝世前，67岁的邓华终于完成了《挥戈南下，直取海南》和《雄师飞渡天险，踏破伯陵防线》两篇战争回忆文章。而在此前两个月，中共中央和中央军委已正式为邓华上将平反恢复名誉。
