一些熟知耀邦的人都知道，耀邦的理性思维领域里无禁区并非自今日始。自从林彪当年摇晃着“小红书”，神乎其神地大喊“突出政治”时，身为共青团第一书记的他就对一些人说过：“他那种‘突出政治’就真的那么灵?我看游泳时就得时不时地突出鼻子!”后来个人迷信之风刮得遮天蔽日，不分男女老幼都动辄高呼“万岁、万岁、万万岁”时，他又不止一次地对许多青年人说：“人能活到一万岁吗?这种口号很不科学嘛!”“我们不能提倡盲目地迷信个人。《百家姓》的第一句是‘赵钱孙李’，赵家排在第一位，我们能碰到姓赵的就磕
头吗?”
甚至早在1955年11月的一次小范围的讲话中，他就说过：“我们为什么要喊‘毛主席万岁’呢?人是不能活到一万岁的。”“世界人类已有一百多万年的历史，积累了多少科学知识，对此任何一个人不可能都懂得，处理任何事都有最正确的办法。”
因此早在那个年代，这位平生博览群书、苦读强记的人，就号召青年团干部既要读科学社会主义经典著作，也要读四书五经、二十四史、古今中外的文学名著和世界名人传记等等，而不是专读毛泽东一个人的书。
许多人还知道，耀邦的这种勇气与真知也不是一蹴而就的。
1926年北伐战争时，他才十一岁，就在学校里担任了少先队队长和宣传组长。1927年9月，毛泽东领导秋收起义部队到达耀邦的家乡浏阳，并在文家市学校的草坪上向一千多名红军战士讲了话，说是“小石头总有一天要砸碎大水缸。”当时十二岁的胡耀邦和同在一个学校读书的表兄杨勇，都爬到学校的围墙上，观看了这个富有历史意义的场景，毛泽东的这番演讲给他留下了终身难忘的印象。如果他不是只有十二岁，个头儿又小，红军不肯带他走，不然他那会儿就成了红军了。
1929年冬天，刚满十四岁的胡耀邦就参加了共产党，第二年终于成为一名红军战士，历经了五次反“围剿”和二万五千里长征，又从延安到北京，在迭享胜利的欢乐中也累遭种种磨难，但他一直保持着一个革命家的充满激情的思想境界。他的每次讲话，嘴上说的，手上比划的，都体现着一种忠诚。而在历经苦难的中国，对党和人民来说，还有什么比始终不渝的忠诚更可宝贵的?
参加座谈会的很多同志觉得：只有经受过不少磨难而从不泯灭良知、心里始终装着党和人民的人，才会如此一直明辨善恶是非，忧世人之忧，急冤苦者之急。因此耀邦在会议上的一次又一次的及时破难释疑的讲话，都使大家听得入神而信服，使座谈会的讨论愈来愈深入、愈来愈活跃。几乎每天散了会，负责掌握会议的同志都将当天的会议进展和各种不同意见，连夜写成书面材料送给耀邦。通常上午报去的材料，当天下午或至迟第二天上午，耀邦就批复回来，并逐一签署了意见。其中有过这样的批语：同意你们讨论的意见，请各省市自治区的同志带回去供本地区、本部门党委参考，结论由党委做。有时候他还进一步说：作为共产党人只能服从真理，实事求是，不应该让现代迷信和禁区继续存在。
这样的座谈会一共开了三次，从1978年2月下旬起到4月下旬结束，共研究了一百多个疑难案例。每一次前一个会议刚刚接近尾声，后一个会议的与会者就已到中组部报到，使三个座谈会开得十分紧凑。在这前后会相接的短暂间隙，耀邦对中组部参加会议的同志鼓劲说：“我们辛苦些，紧张些，哪怕政策落实得只快一天，就等于被落实政策的同志和他们的亲属少过‘一年’的苦日子；因为忍冤受苦的人都是‘度日如年’啊!俗话说人人都应该将心比心。我们当年在干校是啥滋味?”
几乎与此同步，耀邦请另一个人主持的、也分三批召开的中央与国家机关二十多个部委落实政策的座谈会也顺利结束。这三个座谈会，共研究了八十多个疑难案例。
每一次座谈会结束，耀邦都向即将分手的同志说上几句话。他再次强调：平反冤假错案、落实干部政策，必须全党来抓，从中央到省、地、县，四级党委一齐抓。这种座谈会的方法，可以层层推广。务必要搞清事实，实事求是，作出结论。
耀邦在座谈会上的这些讲话，使每一个参加座谈会的同志都感到思想大解放，原则很明确，对平反冤假错案是个大促进。他们回去之后都作了认真详细的传达。
1978年8月上旬，中组部的《组工通讯》，又对所谓“恶攻”和一般认识问题作出了有文字可鉴的明确划分，使这类被视为“禁区”的疑难案件的平反，纷纷化险为夷.
如果说到此为止，耀邦与中央党校和中组部许多同志的一切努力只是推倒“两个凡是”论的外围战，那么对“两个凡是”论的直接交锋，则是随之而来的“真理标准”的全党全国大讨论。
上面提到，在疑难案例座谈会的一年前，即1977年4月，尚未复出的邓小平就率先指出“两个凡是”不符合马列主义。4月10日，他在给中央主席华国锋、副主席叶剑英及党中央的
信中说，应当用“准确的、完整的毛泽东思想来指导我们全党、全军和全国人民”。
半年后，即1977年10月9日，在中央党校复校的开学典礼上，华国锋讲话后，叶剑英也讲了话。他认为理论密切联系实际，有两层最基本的意思：“一层是：一定要掌握理论。没有理论，一张白纸，凭什么去联系实际呢?另一层是：一定要从实际出发。如果理论不能指导实际，不受实际检验，那算什么理论!绝不能把理论同空谈、吹牛甚至撒谎混为一谈。”他希望在党校工作和学习的同志，“都要用心研究我们党的历史，特别是第九次、第十次、第十一次路线斗争的历史”。这等于要求研究总结整个“文化大革命”。
当时在中央党校主持校务的胡耀邦，积极指导党校讲授哲学与党史的同志，深入研究这一课题。
耀邦明确提出研究“文化大革命”并非自此刻始。早在这之前数月，即1977年5月7日，在中央党校的整风会议上，他就针对“文化大革命”造成的乌烟瘴气明确提出，应把被“四人帮”颠倒了的是非重新颠倒过来；后来又具体地说，“把被‘四人帮’颠倒了的思想是非、理论是非、路线是非再颠倒过来。”这就是说，要用实践检验真理的标准去总结“文化大革命”，才是历史唯物主义的观点。
8月25日，中央党校在耀邦倡导创办并直接指导的内部刊物《理论动态》第9期，就刊发了一篇经耀邦审定的批评“风派人物”的文章。文章说这种人“对待是非，不是以客观实际为准，而是以‘小道消息’为准，以某些‘权威’的意见为准，以报纸刊物上的提法为准”。这等于又一次提出用实践检验真理的问题。
这样，在当年11月，中央党校的哲学课堂上，就开始批评过去多少年以个人迷信取代了实践检验、用强权标准代替实践标准的错误做法。
当年12月2日，在中央党校教育长冯文彬主持的学校党委会讨论党史教学计划时，胡耀邦又针对一些人的不同议论，多次插话或讲话。他说：“因为是中央文件，就是正确的，这是什么‘论’啊?”“我看这十几年的历史如何，不要根据哪个文件、哪个领导人的讲话，而应该看实践嘛!”
冯文彬当即表示完全同意耀邦的讲话。他说：“要研究党史，就应该恢复党的传统，敢于实事求是。实践是检验真理的标准。如果脑子里还有旧的框框、精神枷锁，就研究不好。”
就在这个会议上，耀邦布置哲学教研室主任吴江等同志搞一个新的党史教学方案，起草成一个文件。
1978年1月18日，吴江将起草好的文件初稿，送请已去中组部但仍兼任党校副校长的胡耀邦审定。耀邦提出：应当以马列主义、毛泽东思想的完整体系和精神实质为指导；只有千百万人民的革命实践，才是检验真理的尺度；路线的正确与否，不单纯是个理论问题，而是实践问题，要由实践的结果来证明。
在耀邦提出这种真理标准，并指导《理论动态》初步发表一些有关文章的过程中，南京大学哲学系教师胡福明等人，从“十年内乱”给全国教育战线的严重摧残和天安门“四·五”运动之被残酷镇压等事实出发，也认为必须在理论上和认识路线上，找出一个明确区分路线正误是非的标准。同时，胡福明应《光明日报》所约，于1977年秋天写成了《实践是检验真理的标准》一文。
1978年3月，中央党校开始组织全校八百多名学员，讨论研究党史的那个指导文件。在讨论中，发生了一些争论。少数学员仍主张以党的“九大”、“十大”、“十一大”的文件为依据来评价“文化大革命”，明显地倾向于“两个凡是”。
据此，吴江布置理论研究室的同仁孙长江，为《理论动态》写一篇针对性的文章。孙长江以耀邦的多次讲话为依据，写成了这篇文章，题目叫《实践是检验真理的惟一标准》，与南京的胡福明可谓不谋而合。
正当吴江等人研究孙长江的这篇文稿时，中央党校高级班学员杨西光——原中共上海市委书记兼复旦大学党委书记，被中央任命为《光明日报》总编辑。杨西光在党校学习半年，曾两次与胡耀邦深入交谈，支持用实践标准来总结党的路线斗争的是与非。他到《光明日报》履任后，才知道《光明日报》已约来南京胡福明的《实践是检验真理的标准》一文，并经报社编辑部作了五次修改，他感到文章的分量还不够，没有着力突出这是一个政治问题而不仅仅是个哲学命题。同时他知道党校的孙长江在写同一主题的长文，遂通过吴江邀请孙长江到《光明日报》，帮助修改胡福明文。吴江嘱咐孙长江：尽量把两文捏合成一文。
孙长江勤奋思考把两文融合成一文后，仍以他自己原来的《实践是检验真理的惟一标准》为题，两次送请耀邦审改。
与此同步，为纪念“五四”运动五十九周年，耀邦又组织中央党校的同志撰写了《科学与民主》一文。
这篇文章说：“四人帮”是科学与民主的大敌。“四人邦”代表着旧中国最腐朽、最反动的没落封建统治阶级和官僚买办资产阶级。无产阶级的科学与民主思想，正是摧毁他们的封建专制主义法西斯主义权力结构和意识形态的强大思想武器，所以不能不引起他们的极大仇恨和恐惧。他们采取了野蛮的蒙昧主义和暴力镇压手段来践踏科学与民主。“现代化等于复辟”论和“全面专政”论，是他们摧残科学与民主的两把屠刀。
文章说：马克思主义认为，科学是生产力，同时也是推动历史前进的伟大革命力量。马克思主义还认为，无产阶级专政是阶级社会中民主的最高典型。而“四人帮”反对这个马克思主义原理，炮制出一个反动的“全面专政”论，要在社会主义社会的“一切领域”和社会主义发展的“一切阶段”，对“一切阶级差别”、“一切生产关系”、“一切社会关系”以及“一切观念”，统统实行他们把无产阶级专政对于极少数破坏社会主义的反革命分子使用暴力镇压的这种特殊手段，无限制地扩张到一切领域和一切人。他们不但在政治生活中践踏人民民主和革命法制，而且在经济、思想、文化、教育、科学、技术等一切方面都推行法西斯暴力统治——用暴力摧毁工农业生产，用暴力摧毁机关学校，用暴力摧毁文学艺术，用暴力摧毁科学研究。谁在日记中或睡梦中流露出对他们的丝毫不满，谁在内心中怀念被他们仇恨的周恩来总理，一被他们的鹰犬察觉，立即当做“现行反革命分子”抓起来镇压。他们完全是一群野兽，把封建法西斯制度中的一切最黑暗最野蛮的暴力镇压手段，全都拿来对付无产阶级和中国人民的精华。
文章说：打倒了“四人帮”反科学、反民主的野蛮兽行以后，无产阶级专政国家是否巩固和强大有力，归根到底取决于我们能否充分发挥人民群众的主动精神，能否组织人民管理和监督国家的事务。巴黎公社原则的伟大意义就在于第一次实现了劳动者对国家的直接管理和监督，防止国家管理人员从人民的公仆蜕变为人民的主人。自从这个伟大尝试以来已经过去了一百多年。由于历史的曲折前进，无产阶级专政下人民怎样管理自己的国家，还没有现存的完整的经验可借鉴。这有待于我们在实践中继续进行创造和总结。具有光荣革命传统的中国人民在粉碎了“四人帮”这样的专制魔王以后，完全有能力在自己的国家充分行使当家做主的权利。大家都记得，在1966年怀着反修防修热情涌向街头的那些青少年，由于缺乏经验往往上当受骗，选错了造反的目标；但是到了1976年，人民团结一致，万众一心，把矛头一直指向万恶的“四人帮”。这不平常的十年锤炼了毛泽东思想故乡的伟大人民。人民关心国家大事和鉴别大是大非的能力已经极大地提高了。在实现四个现代化的伟大革命中，我们要遵循毛主席的教导，切实地保证人民管理国家的根本权利，在政治、经济、思想、文化的一切领域，充分发扬人民民主，最大限度地调动亿万人民的积极性、创造性，依靠这个伟大的人民民主力量，去完成新的长征。
这篇也强调了“实践”的文章，于1978年5月4日以“特约评论员”名义在《人民日报》上如期发表。5月11日，《光明日报》也以“特约评论员”名义，隆重推出《实践是检验真理的惟一标准》那篇文章。当天新华社全文播发，次日《人民日报》、《解放军报》等全文转载。这立刻在国内外引起强烈震动。但在国内，也有人认为这是“砍旗”、“丢了刀把儿”、“反对毛主席”。
在《人民日报》转载这篇文章的当天夜晚，“文革”前的新华社社长和《人民日报》前总编辑吴冷西，就在电话中给当时的《人民日报》总编辑胡绩伟提出了严厉指责。他认为这篇文章犯了方向性错误；理论上是错误的，政治上问题更大，很坏很坏。文章提倡怀疑一切，提倡真理不可信、不可知，相对真理不存在。真理在开初提出时难道句句都不是真理才对吗?
5月18日上午，党中央副主席汪东兴，召见中宣部部长张平化、副部长熊复、《红旗》杂志总编辑王殊，宣布熊复接管《红旗》，并说：理论问题要慎重。《人民日报》就很不慎重。特别是讲实践标准和按劳分配两篇文章就很不慎重，在党内外引起议论纷纷。(对这两篇文章，事先)我们都没有看过。这是哪个中央定的?按劳分配这样大的问题，牵涉到党的政策，怎么能不送审呢?实践标准一文很不好，矛头是对着毛主席的。(我们)要捍卫毛泽东思想，平化同志你要把关。
很显然，这是一次发动并布置围攻“真理标准”一文的谈话。这对尔后的一些地方阻挠和压制“真理标准”问题的讨论，确实起了“打气”作用。
当天下午，张平化就把参加全国教育工作会议的各地代表团团长——省市自治区党委书记或宣传部长，召集到当时中宣部所在地钓鱼台东门内的一座楼里开会，传达了汪东兴的谈话。张平化说：关于实践标准那篇文章，我听到截然相反的两种意见：一种是很好，一种是很坏。我看了一遍，还没有摸透；至少证明这是一篇重要文章。大家都可以找来看一看。小范围内可以发表不同意见，比如在省市区党委领导班子内。不要以为《人民日报》发表了，就成了定论了。今后不管《人民日报》或新华社发出的稿子，只要有不同意见，都可以议论，并希望向中宣部反映。毛主席说过，不论从哪里来，都要用鼻子嗅一嗅。表态不要随风倒。应该按真理办事：是真理就坚持，不是就不要坚持；态度要鲜明，不隐瞒自己的观点。有什么事情向中宣部打电话、捎口信，都可以。
与此同时，胡乔木去了富强胡同6号耀邦家，对耀邦说：争论是你挑起来的。我不同意再争论不去，再这样争论下去，势必要造成党的新的分裂!
6月9日，汪东兴以党的副主席身份，直接找耀邦和陈野苹谈话，政治局委员纪登奎和吴德也在座。这次谈话当然不是对耀邦进行表扬。
6月15日，汪东兴又召开中宣部和中央新闻单位负责人会议，发表了严厉讲话，几次点了胡耀邦的名和耀邦组织的几篇文章，并对《人民日报》作了一系列批评：
一、《人民日报》特约评论员关于落实干部政策的几篇文章讲得不对，只讲了一面而没讲另一面，没有分析，好像有一股气，在出气。打着特约评论员的名义在报纸上那么样写，要注意。我给耀邦说，要他在报上写文章要注意。报纸好像什么都要翻案……这样翻，将来老百姓要算账的。对纪念总理的文章，有的讲过头了，有的还是假造的。
二、《人民日报》记者余焕春(全国政协委员)在政协的发言，竟认为天安门的案子(1976年“四五”运动)还没有彻底翻过来。这明明毛主席说的是“反革命事件”，你也要翻，翻谁呀?
三、《人民日报》在(刚刚召开过的)全军政治工作会议期间，对邓副主席的讲话，在标题上用了“精辟阐明”，而叶副主席讲的话，华主席讲的话，为什么就不标出“精辟阐明”呢?
四、(《人民日报》转载的)徐迟写陈景润的那篇文章，对“文化大革命”那样写，对吗?徐迟还写了一篇周培源，对北大怎么能那样写?北大是毛主席抓的点嘛!
这一系列批评，虽然没有明确提及“真理标准”问题上的重大分歧，但通篇依然突出地强调了“两个凡是”的不可动摇性，其要害是：
“好像什么都要翻案……这样翻，将来老百姓要算账的”“明明毛主席说的是‘反革命事件’，你也要翻，翻谁呀?”
可是，千百万的冤假错案弄得天怒人怨，不翻过来能行吗?莫说在这拨乱反正的关键时刻，就是在“摔死林彪”，到“活捉‘四人帮’”那个变幻莫测的年代，胡耀邦就为如何才能替天下冤苦人助一臂之力而朝思夕虑着。那时他的态度就是“多读书，不出门；有人来，不关门”……无论亲疏远近，来者一律不拒，为许多遭受迫害的老干部和知识分子的平反昭雪或恢复工作而操心劳碌，或出主意，或转材料，虽然从干校回京后有相当长的一段时间，他自个儿一直在家里被挂着没工作。以后在1975年所谓“反击右倾翻案风”时，江青等人曾发出这种威胁性的信号：“在北京，有几个专门搞右倾翻案的地下联络站，胡耀邦家就是一个!”
然而胡耀邦当时泰然置之。这一次，汪东兴又向耀邦们发出了警告：接受教训，下不为例!把矛头对准毛主席，是绝对不能允许的!
但是，争论的实质并非如此!
现在江青之流都已去了该去的地方，整个神州大地要求实事求是、真正遵照真理办事的强烈呼声犹如山呼海啸的时候，汪东兴等人还片面地认为这是对着伟大领袖毛主席的。
在这之前两个月，汪东兴就似乎按照这个逻辑，坚决不让胡耀邦对新华社《内部参考》一篇报道的震撼人心的批示公开见报。
那是《实践是检验真理的惟一标准》一文正处于紧张修改完善阶段的4月2日，《内部参考》刊登了新华社吉林分社副社长康国志的一篇报道——“长春光机所前主要负责人单奎章残酷迫害科技人员制造的冤案得到昭雪平反”。
报道说，长春光学精密机械研究所，是建国初期建立的技术力量较强、设备条件较好、拥有光机电配套齐全的研究机构，并附设专为科研服务的大型实验工厂。在毛主席的科研路线指引下，全所科技人员、干部和工人奋发图强，团结战斗，早在五十年代就研制成我国第一台电子显微镜、高精度经纬仪、晶体谱仪、大型光谱仪、万能工具显微镜等多项重要光学精密机械仪器和一个系列的光学玻璃。激光技术一兴起，这个研究所就和国外几乎同时起步投入研究，而且相继取得了同样的研究成果，对开辟我国光学科研领域，促进经济建设、国防建设和科研事业的发展，做出了重要贡献。
1958年，毛主席在科学院科研成果展览会上，视察了这个所的科研成果，并高兴地在高精度经纬仪旁照了相。
“无产阶级文化大革命”中，吉林省委前第一书记把他的亲信、“四个帮”的爪牙单奎章安插到这个科研所，窃据了这里的党政领导权，并怂恿支持单奎章大搞法西斯专政。
于是单奎章全面否定广大科技人员在毛主席革命路线指引下取得的进步和做出的贡献，肆意颠倒敌我关系，以知识分子为仇敌，视科学为罪恶，狂叫“光机所是封资修的大染缸”、“研究室是修正主义的黑苗圃”，诬蔑知识分子是“知识地主”，“知识资本家”，“知识越高，权威越大，思想越反动”，是“用技术专无产阶级的政”。他甚至用下流语言辱骂知识分子是“猪”、“狗”、“鬼”，“一肚子黑心烂肠子”。他疯狂地叫嚣科技战线的主要矛盾就是无产阶级与知识分子的矛盾，“党的基本路线就是要抓一个‘斗’字”，对知识分子“斗争就是政策”，“工资八十元以上的都要批判”，就是要把知识分子“打个落花流水”，“打个人仰马翻”，“打个灵魂出窍”。
从而单奎章无中生有地说：“光机所有四条特务线”，“有六层阶级敌人”，“各种阶级敌人应有尽有”，“特务多得连成了线，结成了网”，像“毛毛虫满地爬”，掀起了大抓“特务”的黑风。一霎时，被他抓出了“特务”或当做“特务”隔离审查的多达一百六十六人。其中研究员、副研究员和总工程师、副总工程师的百分之八十二，工程师的百分之五十七，助理研究员的百分之五十和教师的百分之五十，都被打成了“特务”；剩下来的研究员、副研究员和总工程师、副总工程师之全部，助理研究员、工程师和技师的一部分，也准备打成“特务”。
面对这多如“毛毛虫满地爬”的“特务”，单奎章狂叫“抓起来就审，一审就解决问题”，“不用出门调查核实就可以定案”，并私设公堂，动用多种酷刑逼供——科技会员证就是“特务身份证”，收音机就是“收发特务情报的电台”，个人存款就是“特务活动经费”，照相机也是“特务活动工具”，甚至通晓哪国语言、去过某个国家，也成了是这个国家“特务”的证据。
在这种惨无人道的残害下，有的科技人员被打死，有的被逼自杀。单奎章竟天良丧尽地说：“自杀说明他们问题严重。”
单奎章制造了这些冤案，不但在政治上、生活上、升学招工等方面直接影响着受害者的子女，而且还向外省市许多单位发出所谓的“敌情通报”，使许多受害者的亲友受到株连，轻者长期背着黑锅，重者被隔离审查甚至被迫害致死。
单奎章进而把技术上的分歧、学术上的争论，以及科研、生产上的责任事故，也统统说成是“阶级敌人的有意破坏”，并蛮不讲理地说：“你说无意，我说有意，你怎么解释，嗯?!”因此而受害的就有近百人。
为建立光机所、发展我国光学科研事业做出了重大贡献的国内外著名光学专家王大珩教授，也被单奎章诬蔑为“资产阶级反动学术权威的总后台”，并诬蔑他上边有根子，“根子就在北京”，对他一次又一次地进行批判和迫害。
总之，单奎章把一个好端端的光机所糟蹋殆尽，使国家光学科研事业受到了严重破坏。
然而吉林省委前主要负责人王淮湘却对这样一个无恶不作的人极为欣赏。他让单奎章总结“大抓特务”的经验，组织报告团在省内六个地区巡回报告几十次，听众数十万人，流毒很广，后果极坏，仅中国科学院长春应用化学研究所，就有一百一十一位老科学家和青年科技人员被打成了“特务”。不仅如此，王淮湘还让单奎章当上了省委候补委员，把他由光机所党委书记、革委会主任提升为省科技局党组书记和局长，把持全省科技大权。
尽管如此，忍无可忍的光机所很多职工仍与单奎章不断地进行着坚决的斗争，要他按照党的政策平反“特务”冤案，为受害者恢复名誉。但是单奎章以王淮湘为后台有恃无恐，对这些职工乱扣“否定文化大革命”，“攻击无产阶级专政”等大帽子，疯狂地进行打击报复与镇压。他说：“说我不落实政策，我看是落实过头了!要说不落实，就是批得还不够!”他更嚣张地说：“说我整知识分子，秦始皇一次就整了八百个，我算个啥?光机所有八百知识分子，批掉三百，还有五百呢!”
“四人帮”倒台后，单奎章在吉林省的大后台王淮湘也倒了台。新的吉林省委坚决执行中央领导同志关于光机所问题的指示，派出工作组进驻光机所，带领广大职工深入揭批“四人帮”和王淮湘、单奎章的罪行，查清了单奎章隐瞒了几十年的为汉奸和日本强盗效劳的罪恶历史；同时对一起起“特务”案件进行了复查，结果证明被打成“特务”的一百六十六人全部都是冤案。为此工作组召开了全所职工、家属和本地外地科研单位的代表以及受害者亲友共五千多人参加的大会，宣布了平反决定和平反名单，使九载沉冤得到了昭雪。工作组还向二十个省市自治区的一百五十个单位发出了一百九十五份平反通报，为受害者的亲友和受株连者挽回影响，将一切诬蔑不实之词统统推倒，对受害职工安排适当工作，伤残的给予治疗，死亡的开了追悼会并做好遗属的抚恤和安置；对被当做“罪证”抄走的财物，已经查到的全部归还，扣发的工资全部补发，生活困难的给予补助。
对于单奎章，待其他问题查明后，将由司法部门依法严惩……
4月8日，胡耀邦看到了这个报道，立刻从历史的高度作了一个相当长的批示。他批道——
这是一个骇人听闻的材料。对我们党的干部人事部门、政治部门都有深刻的教育意义。我们党从有政权以来，已经有五十一年的历史了[注1]。五十一年以来，经常出现这样或那样的极其错误的审干政策和肃反政策；在错误路线的统治或干扰下，这种政策可以发展到极端荒唐、极其野蛮的地步。这个材料就充分说明了这种情况。这是什么原因?我认为，原因是多方面的：同坏人当权有关，同我们平时教育不严有关，同人们的法制观念不强有关，一句话，同我们的整个经济、文化落后有关。因此，我们的干部部门、政治部门应该经常注意用这种反面材料教育我们的同志，以提高我们这一方面的政治和文化水平。
胡耀邦在邓小平“文革”复出因周总理病重而主持国务院工作时，曾一度担任过中国科学院党组织的领导职务，对中国科学家和知识分子们的一切都特别关心，此刻又担任了中央组织部部长，正在叶剑英、邓小平、陈云等老一辈革命家的支持下发动党的各级组织人事部门大力平反冤假错案、拨敌反正，恢复党的实事求是和其他一切优良传统，对这篇材料作出这样的批示，不但合乎情合乎义，也是完全公允，无可指责的。
新华社编辑部得到了这一批示，当即给吉林分社康国志挂了长途电话，要他火速来京把这篇《内参》稿改为公开广播稿，并将这个批示作为《新华社编者按》，冠于广播稿前。《人民日报》闻讯，也按照这个批示的内涵写了一个短评，将配合这篇广播稿一齐见报。两大新闻单位的这一默契，得到了全面支持中国科学院工作的中共中央政治局委员、国务院副总理方毅和密切关怀知识分子与民主党派人士的中共中央政治局委员、中共中央统战部部长乌兰夫等人的支持；但是到了分管宣传的党的副主席汪东兴面前，这《编者按》和短评被全部砍掉。新华社在当月28日只光溜溜地向全国播发了这篇报道，第二天的《人民日报》在第二版左下角予以见报——《吉林省委彻底昭雪长春光机所“特务”冤案，“四人帮”的爪牙、冤案直接制造者单奎章将依法严惩》。
当时一些知情人就说，谁想全面地恢复实事求是、彻底地拨乱反正，“两个凡是”论者必然起而阻挠与遏制……
在下面，也有一些人在“顶牛”。山东烟台地委宣传部的一位同志问山东《大众日报》理论部副主任：“为什么《大众日报》不宣传《实践是检验真理的惟一标准》?”这位副主任说：不是我们不宣传，而是省委负责同志不准报道，理由是要“看一看”。
在上海，上海市委对“真理标准”问题，从5月中旬到9月中旬长达4个月，在全市的理论宣传系统没有组织过一次讨论。报纸上除转载新华社发出的文章外，没有登过一篇有关“真理标准”的文章。市委宣传部长在一次会议上说：“对这个问题的重视，总不能超过(清查‘四人帮’余党的)第三战役吧!”这位部长竟把这没有任何矛盾的两件事对立起来。七八月间，群众再次广泛要求组织讨论，这位部长又说：“关于这个问题，我们没有收到中央文件，所以不组织讨论。我们只能按中央文件办事嘛!”9月初，这位部长又借中央四十八号文件借题发挥说：“现在最主要的任务是‘高举’。在国内有一股风，企图贬低毛主席。中央报刊上两篇文章，对毛泽东思想的提法是不妥的……”
真是上上下下，阻力重重。但是耀邦向一批批甘愿跟他“下油锅”的同志说：“真理在手，心里不愁，决不后退!”
1978年5月13日，即吴冷西打电话批评责难胡绩伟的第二天，胡耀邦在自己的家里，请来《理论动态》和《人民日报》的一些同志开了个小会。《人民日报》的同志介绍了吴冷西的电话内容，耀邦与大家你一言我一语地议论起来。一些同志提出，对“砍旗”与“反对毛主席”之类的谬论，必须公开批驳。耀邦想了想，支持这个意见，并出了个题目，叫做《历史潮流滚滚向前》。
耀邦说：这篇文章要从真理越辩越明谈起，阐明历史潮流是无法抵挡的。“我们的民族经历了‘文革’如此深重的大灾难，反面教育如此之深痛，在今后几十年，若再重复这种灾难与倒退，人民是定难饶恕的。这是不以某些人的意志为转移的。”最后耀邦强调：这篇文章要把历史潮流是怎样地不可阻挡这个道理，说深说透。
6月2日，在全军政治工作会议上，邓小平尖锐地批评了“两个凡是”思潮，十分明确地支持“真理标准”的讨论。
6月16日，就在汪东兴召集中宣部和中央新闻单位负责人开会，提出“接受教训，下不为例”警告的第二天，《人民日报》发表了中国社会科学院哲学研究所邢贲思的文章——《关于真理标准问题》，新华社立即转发，《光明日报》、《解放军报》等全文转载。
专门反驳“两个凡是”论者对“真理标准”一文责难的首篇重头文章，是由吴江撰写、孙长江参与的《马克思主义的一个最基本的原则》一文。由于汪东兴已对各报一而再、再而三地下了禁令，为减轻耀邦和《理论动态》、《人民日报》、《光明日报》已受到的压力，这篇文章得到了已恢复中央军委秘书长职务的罗瑞卿的大力支持。他赴德国动手术之前，还专门为这篇文章的发表给耀邦打电话说：“如果要打屁股，就打我好了!”不幸他这一去，在手术台上与世长辞；这个电话成了他给耀邦的最后一句遗言。
6月24日，《解放军报》以特约评论员的名义，发表了这篇一万六千字的文章，《人民日报》同日全文转登。
这篇文章首先揭露了林彪、“四人帮”对理论与实践关系的根本颠倒；阐述了理论指导实践的过程，就是实践检验真理、使理论得到补充、纠正、丰富和发展的科学依据；然后针对“真理标准”讨论后出现的种种指责与非难，发表了鲜明有力的不同意见。
文章说：林彪、“四人帮”所以大搞唯心论和形而上学，就是为了对任何事物任何人，可以不顾事实地由他们任意解释任意贬低，白的说成黑的，黑的说成白的，好人说成坏人，坏人说成好人，完全视他们的“阶级斗争需要”而定，他们也把这叫做“事实为需要服务”。
文章说：本来，路线的正确与否，只要尊重事实，不掩盖事实，让实践与事实说话，那是不难辨别清楚的。林彪、“四人帮”砍掉真理的客观标准，是为了便于他们胡作非为、作假伪造而又能强词夺理，把随便什么臆造、谎言宣布为“真理”，其危害之烈、情节之恶劣，几乎每个人都有切身的感受。
文章说：可是有些同志却发出了这样的责难：把实践摆在第一位以实践为检验真理的惟一标准，那么把毛泽东思想、毛主席的话摆在什么位置呢?
文章说：对于说这种糊涂话的人，除了上面所说可供他们思考以外，这里，只须再反问他们一句：毛主席说过：“只有千百万人民的革命实践，才是检验真理的尺度”(《新民主主义论》)，你们把毛主席这个教导摆在什么位置?怎样才算是按照毛主席的教导办事?看来，马克思主义这门科学，不经过认真学习，单凭朴素的感情，是不可能真正弄懂的。我们还是应该好好学习。
文章说：我们有些同志自称信奉唯物主义，熟读《实践论》，但一听到实践标准就如临大敌，究竟为了什么呢?应当认为，这是目前一种很值得注意的思潮。这种思潮，同群众中、工作中、在揭批“四人帮”斗争中刚刚恢复和发扬起来的实事求是、凭事实讲话、敢于提出和研究新问题的优良作风，站在对立面。这两者之间的斗争，毫无疑义反映了肃清林彪、“四人帮”流毒这场斗争的深刻性和复杂性。
文章也不客气地指出：改变一些旧口号往往很不容易。其原因，除了人们的思想往往落后于实际这一点以外，还因为有一部分人的利益或多或少地同这些旧口号联系在一起的缘故。这些人，他们口头上说的是担心某些旧口号、旧提法的修改，会导致整个革命和整个理论的否定(显而易见，这不过是一种天方夜谭式的饰辞)，实际上是害怕自己某种个人的东西会因此受到损害。
6月30日，《理论动态》与《人民日报》同时发表了经耀邦审定、署名“岳平”(特约评论员的谐音)的《历史潮流滚滚向前》，从历史发展规律的高度批评了“两个凡是”，同时也对一切反对“真理标准”的种种议论作了总回答。
7月15日，第七十三期的《理论动态》，发表了韩树英的《“一分为二”是普遍现象》一文，文中也有“真理也是一分为二”的小标题。
7月21日，邓小平找张平化谈了话，要他对“真理标准”的讨论不要设禁区、下禁令。
7月22日，《人民日报》发表了邢贲思的又一力作《哲学的启蒙和启蒙的哲学》，把“真理标准”的讨论推向更深的层次。
这天下午，邓小平找胡耀邦谈了一个多小时。邓小平说，“真理标准”这篇文章是马克思主义的，争论是不可避免的。有些人所以出来争论，其根源就是“两个凡是”。《理论动态》的班底很不错，这些同志很读了一些书，不要搞散了。这是个好班子。
也在这一天，新华社的《内部参考》，刊登了该社黑龙江分社记者孙铭惠的报道，介绍了中共黑龙江省委常委扩大会议讨论“真理标准”的情况。
讨论的背景是：在“文革”中，原省委的领导同志被说成是“黑省委”；粉碎“四人帮”后，他们又全都被委以重任，这说明原省委基本上还是不错的。但“文革”中进了省委班子的人却指责说：对“文革”前的省委只能称“黑省委”、“旧省委”，不能称“原省委”。这就产生了根本性分歧：如按照“两个凡是”，这“黑省委”三字是经毛主席圈阅过的，当然是“黑省委”；而按照“真理标准”来检验，则不能称做“黑省委”。于是在省委内部，乃至更大的范围，这原省委究竟是“红”还是“黑”，发生了许许多的争论。
省委第一书记杨易辰在省委常委扩大会议上说：用“真理标准”来衡量，“文革”前的省委是“红的”而不是“黑的”。既然原省委是红的，那么对于毛主席关于“夺权”的指示怎样看?
常委扩大会就此进行了热烈讨论。在讨论中大家一致认为：坚持“真理标准”，不但不会贬低毛泽东思想，而是真正地捍卫了完整准确的毛泽东思想……
耀邦当天看到了这份《内参》，立即提出给中央党校每个学员小组发一份。耀邦这样做，对学员们的思想大解放起了重要作用。后来新华社又将这篇《内参》稿改为公开电讯播发全国，《人民日报》于第二天在头版头条刊载时用了这样的大字标题：《中共黑龙江省委常委扩大会议，讨论真理标准和民主集中制问题》，在全国引起广泛反响。
7月23日下午，耀邦在家里向《理论动态》的同志传达了头天下午邓小平对他的谈话。耀邦说：有些人一见《实践是检验真理的惟一标准》就大吃一惊，一听说《“一分为二”是普遍现象》又大吃一惊。对这样一些基本道理，一些老同志淡忘了，一些新同志根本就不知道。因此，要恢复毛泽东思想的本来面目，就很需要哲学的启蒙和启蒙的哲学了!
过了几天，耀邦又召集《理论动态》的同志开会，布置撰写关于“真理标准”讨论的又一篇重头文章，即《一切主观世界的东西都要经受实践的检验》，由王聚武执笔。此文经几次讨论，耀邦几次修改定稿，发表于9月10日《人民日报》和第八十四期《理论动态》，新华社立即转发全国。
这些文章，不但为全国大多数省市自治区报纸和中央一级的大报所转载，还引发出更多为“真理标准”而呐喊的文章。在《人民日报》上，先后发表了《认真实行民主集中制》、《民主和法制》、《一定要把林彪、“四人帮”连在一起批》、《打开理论工作的广阔天地》、《把理论研究的空气进一步活跃起来》、《坚持社会主义的民主原则》、《夺取揭批“四人帮”斗争的全胜》、《天才论与实践论的斗争》、《理论工作惟一正确的方针》，等等；《解放军报》、《光明日报》和《哲学研究》等报刊的文章分别有：《斥林彪所谓“句句是真理”》、《林彪、“四人帮”的流毒非肃清不可》、《评所谓“专家路线”》、《在理论工作中要发扬科学精神和民主作风》……中国革命历史博物馆党史陈列部的同志，也在报上发表了题为《实事求是地宣传党的历史》的文章。
中共黑龙江省委书记杨易辰和中共辽宁省委书记任仲夷等同志，也在《人民日报》分别发表了文章：杨易辰的文章题目是《拨乱反正必须解放思想》，任仲夷的文章则是《理论上根本的拨乱反正》。到1978年12月十一届三中全会前的中央工作会议前夕，全国已有二十多个省市自治区的主要负责人，公开发表文章支持“真理标准”大讨论。这正如《历史潮流滚滚向前》一文中所说的那样，人民是推动历史前进的决定力量，历史潮流不可抗拒。“真理标准”问题在全国范围的讨论十分广泛而热烈。
对这样一个大好局面的出现，有人评述其原由说，除民心所向，最重要的因素之一，是在耀邦的组织指挥下，迅速形成了一支健康的理论大军，涌现出一批优秀人才。这支大军简直所向无敌，笔锋锐不可当。统治中国多年的“左”倾理论，以及妄图在新时期继续坚持这种错误理论的“两个凡是”，在这支大军的横扫下，顷刻间土崩瓦解，连一篇反攻的文章都拿不出。
如是，直到9月中旬还在“等等‘中央指示’”而拒不宣传讨论“真理标准”的中共上海市委，也不得不赶忙登出几篇表示认同“真理标准”的文章，以应付一下“门面”。
