帝国分裂
1260年，蒙哥汗在四川合川攻城中，中流矢身亡。[ ]
消息传来，当时忽必烈正统帅三路大军围攻鄂州(武昌)，宋丞相贾似道屯兵汉阳，重庆之宋军也南下援鄂。奉命从云南北上的兀良哈台将军的部队，也在潭州(今长沙)受阻，忽必烈不得不分兵解围才与之会合。
这时候，忽必烈的妻子察必从漠北捎来信息，留守帝国首都哈喇和林的忽必烈幼弟大有夺取汗位之势。情势紧迫，断不可犹豫再三。忽必烈在军前召集幕僚商议。郝经建议“断然班师，销祸于未然“，廉希宪也建议“愿速还京，正大位以安天下“，正在此时，贾似道恰好遣使约和，于是双方商定，以长江为结，宋向蒙古每年纳银二十万两，绢二十万匹。
忽必烈轻车简从到达燕京(今北京)，驻其近郊。而这时候，阿里布哥已派脱里赤在燕京召集军队包抄忽必烈。忽必烈遣散了脱里赤的军队，同时秘令自己的军队火速北返。这时候，阿里布哥派信使召集忽必烈参加漠北和林的忽里勒台会议，选举新汗。忽必烈未予理睬，并命廉希宪到开平(后称上都，今内蒙古正蓝旗)，观察事态发展。又命塔察尔赴宗王塔察尔处，劝其支持忽必烈为汗，得到塔察尔的赞同。
忽必烈返回开平，召集部分宗王开会，在他们支持下，忽必烈登上大汗位。按照成吉思汗定下的扎撒规定，蒙古选汗必须在鄂嫰河之地召开选汗大会，而且必须有各系宗王参加，忽必烈自行选汗，显然有违传统。在哈喇和林的选汗大会上，阿里布哥得到术赤系 察哈台系 窝阔台系 大多数蒙古宗王的支持，即大汗位。
忽必烈另一个弟弟旭烈兀，正领军发动第三次西征。旭烈兀当时已攻克巴格达，叙利亚苏丹纳昔尔派其子向旭烈兀表示臣服，旭烈兀将使者遣回，要求纳希尔投降。蒙古大军继续西进。旭烈兀兵分三路，进军叙利亚，先后攻占美索不达米亚北部诸城，渡过幼发拉底河。旭烈兀架炮攻城，纳昔尔逃奔埃及，蒙古军队占领大马士革。这时候，传来蒙哥汗死讯。旭烈兀于是班师，回到波斯。回到波斯后，旭烈兀得知忽必烈已经在开平即大汗位，并且和阿里布哥发生了汗位之争。旭烈兀与忽必烈关系向来不错，于是决定不在赴和林，而留在波斯。
这样，由于汗位之争，蒙古帝国正式分裂。其中支持阿里布哥的术赤系别儿哥，封地为从额尔齐斯河到第聂博河(乌克兰)的广大地区，统治中心在伏尔加河的萨莱(阿斯特拉罕附近)。支持阿里布哥的窝阔台系海都，封地为准噶尔盆地北部，包括今塔城、阿勒泰地区和蒙古的西部。察哈台系汗位虚悬(后为阿里布哥派出的阿鲁忽)，封地为东至伊犁河流域，西至阿姆河流域的土地。由于察哈台系和窝阔台系曾反对蒙哥即位，所以阿姆河和锡尔河之间的河中地区被划给了支持蒙哥汗的术赤系。高昌(维吾尔)由于亦都护归属成吉思汗较早，保留了自己的领地，不属于任何宗王的封地，归蒙古大汗直辖。阿姆河以西，直到地中海，包括波斯 伊拉克 叙利亚 小亚细亚，归拖雷系旭烈兀统辖，统治中心在波斯的大不里士。[ ]
一场以忽必烈和旭烈兀为一方，以阿里布哥和术赤系别儿哥 窝阔台系海都 察哈台系阿鲁忽 为另一方的大战即将开始了。这是当时世界上最强大的军队。当时世界其他地区的形势是，在术赤封地以西，是罗马教皇的基督教世界(西班牙在阿拉伯穆斯林统治下)。在旭烈兀封地以西的小亚细亚，基督教的东罗马帝国的拜占廷还在君士坦丁堡苟延残喘。在旭烈兀封地以南的埃及，是一个通过政变上台的突厥人建立的穆斯林王朝，罗马教皇派出的英国人和法国人组成的十字军和穆斯林埃及正不断发生战争。
蒙古国家军队的主力，原由蒙哥汗统帅进攻南宋，蒙哥汗蒙难后，四川方面蒙古军进攻不得不停下来。在大将哈喇布花率领下，退居六盘山与浑都海部会合。阿里布哥分遣阿蓝答儿进军西凉府，与哈喇布花 浑都海部会合。另遣玉木忽儿和哈喇察尔南征。又派霍鲁怀，刘太平赴陕西，欲与六盘山驻军联络，自关中进兵。忽必烈命廉希宪为京兆等路宣抚使，与商挺同往。廉希宪到任后，先发制人，以谋反罪处死了霍鲁怀和刘太平。接着，忽必烈诏令八春为陕西四川宣抚使，节制诸军。命汪良臣统帅陕西汉军，监视六盘山部队。阿里布哥令阿蓝答尔领兵到西凉府后，与浑都海军会合东来。忽必烈命诸王合丹 合必赤和八春 汪良臣等率蒙汉诸军，与六盘山军队会战耀碑谷，啊里布哥军大败，阿蓝答儿 浑都海等被杀。
于是忽必烈决定亲征和林。阿里布哥败逃谦谦州(既唐奴乌梁海，今图瓦)。忽必烈命宗王移相哥统领一军驻扎和林，以待阿里布哥。自己领兵南返。在燕京赏赐拥立诸王。然后返回开平。
在说察哈台汗国，由于察哈台系和窝阔台系在蒙哥选汗时反对蒙哥汗，河中地区被蒙哥汗划给支持他的术赤系，自己封地仅限东部，而且察哈台孙哈喇斡忽勒在返回途中夭折，其妻兀鲁忽乃可敦监国达十余年。蒙哥大汗死后，由于发生了忽必烈和阿里布哥的汗位争夺，忽必烈和阿里布哥都企图占据察哈台汗国。该地区成为角逐之地。忽必烈派曾供职于他身边的察哈台曾孙阿必夫和的儿子兀鲁乃任察哈台汗国国主。不想途中被阿里布哥军队所杀害。阿里布哥以谦谦州为基地，控制了察哈台封地，并派察哈台六子拜达尔之子阿鲁忽成为察哈台汗国国主。同时命他轭守阿姆河，防范旭烈兀东接忽必烈。
这时候阿里布哥率斡亦喇部众至和林，详称愿意归顺，发动突然袭击，占领了和林，并发兵南下。忽必烈急召张柔 严忠嗣部汉军，并令董文柄率射手千人，塔察尔率军士万人出征。诸王合丹为右军，塔察尔与史天泽等为左军，诸王合必赤为中军，合力进攻。两军相遇于昔木脑儿，塔察尔与合必赤分兵奋战，大破斡亦喇军，北兵溃遁。忽必烈居开平，下令禁止汉地对漠北的物资供应。哈喇和林的饮食，通常是用大车从汉地运来，忽必烈封锁运输后，那里便开始了大饥荒，物价飞涨。于是阿里布哥派使臣赴察哈台汗国征集粮食器械。但使臣被阿鲁忽扣留。
于是阿里布哥率斡亦喇部队进攻阿鲁忽。阿鲁忽战败，退往撒马尔罕。阿里布哥军进驻阿力麻里(今新疆伊犁霍城)，大肆焚掠。恰逢阿力麻里饥荒，人民奋起反抗阿里布哥统治。阿里布哥部下多逃至阿尔泰地区玉龙答失。共商归降忽必烈。这时候察哈台汗阿鲁忽整军来攻。阿里布哥处于东西夹击中，众叛亲离，只能向忽必烈投降。[ ]
阿里布哥势衰后，忽必烈开始采取措施，打算直接控制中亚。这时，"忽必烈合罕命一支大军前往阿姆河岸，使一切居于这一地区的打算独立的宗王统统从交通线上撤走，这样合罕的使臣可以没有任何一点困难地往返于旭列大王"
在忽必烈与阿里布哥激战的时候，高加索正发生着另一场战争。下面我们来说统治波斯的旭烈兀系。和别的支系不同，旭烈兀把自己看做忽必烈统治该地的副手。这时候，旭烈兀要应付来自阿姆河和高加索两方面的威胁。在阿姆河对岸，阿里布哥任命的察哈台汗阿鲁忽正在集结军队。在高加索山脉以北，术赤系的别儿哥也是阿里布哥的支持者。战争首先在高加索展开。旭烈兀大军越过作为双方边界的高加索山隘口打耳班关，进入俄罗斯草原。一直进攻到捷列克河。别尔哥派出大将那海那颜迎击。旭烈兀失败，被迫退回高加索以南。后来，那海那颜又穿过高加索山隘口打耳班关进入旭烈兀系的封地，穿过库拉河，这时候旭烈兀已经去逝，他的继承人阿八哈打败了别儿哥的军队。
旭烈兀系和术赤系的冲突还有另外的原因，就是别儿哥是穆斯林的同情者，而旭烈兀则赞成基督教。当旭烈兀攻占巴格达后，别儿哥公开指责旭烈兀滥杀和平居民，并责备旭烈兀未经和宗王商议就擅自处死了哈里发。随着双方发生冲突，别儿哥和埃及的突厥穆斯林接成了联盟，其实埃及的国王本身就是钦察突厥人，正因为如此也拉近了双方的关系。旭烈兀则与基督教联系密切。旭烈兀的继承者阿八哈甚至娶了东罗马帝国的一位公主为妻。伊尔汗国和英国 法国及罗马教皇，都有频繁的往来。
前面说到阿里布哥帮助阿鲁忽登上察哈台汗国国主的位置，但阿鲁忽背叛了阿里布哥，还扣留了阿里布哥汗的使者，于是阿里布哥汗率领斡亦喇部众打败阿鲁忽，并劫掠了富庶的阿里麻里(伊犁的霍城)，阿鲁忽被迫逃往撒马尔罕。阿里不哥在富饶美丽的伊犁河流域的行为是如此野蛮，他蹂躏农村、屠杀他的政敌的所有党徒，以至于发生了饥荒，他自己的一些将领也率军离开了他。阿里不哥看到他的军队陆续瓦解，便设法与阿鲁忽和谈。他使兀鲁忽乃皇后站在他一边。兀鲁忽乃是为抗议她在察会合汗国的统治权被剥夺而来的，于是，阿里不哥委托她和麻速忽·牙刺洼赤带着和平协议到撒麻耳干阿鲁忽处。然而，在撒麻耳干情况发生了戏剧性的转变。兀鲁忽乃一到，阿鲁忽就与她结婚，并任命麻速忽为他的理财大臣。麻速忽的支持产生了不可估量的价值。这位贤明的行政官从不花刺和撒麻耳干征收到大量的钱财，使阿鲁忽和兀鲁忽乃得以募集到一支精军。阿鲁忽后来能够击溃从叶密立领地南下的窝阔台系宗王海都的一次入侵。与此同时，阿里不哥由于缺乏物资，并且又遭到忽必烈和阿鲁忽的东、西夹攻，正如我们已经看到的，他于1264年被迫投降忽必烈。
在蒙哥汗时代，由于察哈台系和窝阔台系反对蒙哥继承汗位，因此他们都受到了惩罚。其中在察哈台系方面，把察哈台系富庶的河中地区划给了支持他的术赤系。阿鲁忽继承察哈台国主后，又把河中地区从术赤系手里夺了回来。
阿鲁忽死（1265或1266年）后，遗孀兀鲁忽乃把她与前夫（哈刺斡忽勒）所生之子木八喇沙扶上王位，他是在河中地区的影响下第一位皈依伊斯兰教的察合台后裔（贾马尔·喀什记载他即位日期是1266年3月）。然而，另一位察合台宗王、木阿秃干之孙八喇从忽必烈那儿获得了札儿里黑，忽必烈为了更好的控制察哈台汗国，任命他与他的堂兄木八喇沙共同执政。八喇一到伊犁河地区，就策动军队叛乱，在忽毡捉住木八喇沙本人（据贾马尔·喀什，此事发生在1266年9月），夺取了他的王位，把他贬为管理王室狩猎的长官。尽管八喇把他获得的王位归功于忽必烈，但是，不久与忽必烈发生争吵。大汗指定他的使者蒙古台去统治东突厥斯坦。八喇驱逐之，并以自己的一个部属取代之。忽必烈派一支由6千骑兵组成的部队帮助被罢免的蒙古台，但是，八喇以3万军队迎战，迫使忽必烈的骑兵不战而退。八喇还遣军掠夺忽必烈统治下的于阗城。[ ]
这时候，忽必烈的真正对手出现了，他就是窝阔台的孙子海都。海都统治着叶密立流域和塔尔巴哈台山地的父系领地。蒙哥汗逝世后，海都依附于阿里布哥，与忽必烈为敌。阿里布哥失败后，海都拒绝归附忽必烈。
以忽必烈为代表的拖雷家族似乎抛弃了纯成吉思汗蒙古人的传统，海都无视拖雷家族，决定亲自恢复窝阔台家族的命运，自1251年以来，窝阔台家族就已经失去了权力。换言之，海都的目标是要宣布他本人是合法继承人，或者，无论如何，要牺牲忽必烈在蒙古的利益和察合台家族在突厥斯坦的利益，使自己在中亚创建一个大汗国。
海都首先起来反对的是察合台家族。1267年至1269年间，他打败八喇，占领伊犁河流域和喀什噶尔，留给八喇的只是河中地区。八喇的继承者们不过是海都任意废立的属臣。现在，海都作为中亚的君主采用“汗号”，并攻击忽必烈。
忽必烈把与海都战争的任务交给他的第四子那木罕（Nomokhan或Nomoqan），于1275年派他率军前往阿力麻里（今固尔扎附近，在伊犁河畔）。那木罕由一些宗王组成的一个杰出的参谋组陪同出征，他们中有脱脱木儿和那木罕的堂兄弟、蒙哥之子昔里吉。但是，1276年，脱脱木儿因不满忽必烈，劝昔里吉与他合伙进行反叛。他们两人背信弃义地拘捕了那木罕，并宣布拥护海都，把那木罕交给海都的盟友、钦察汗忙哥帖木儿(别儿哥的继承者)。他们还劝说察合台次子撒里蛮和另一些成吉思汗宗王们参加反叛。海都于1277年从阿力麻里(伊犁的霍城)向哈拉和林进军，形势对忽必烈来说十分严峻，他把
他最杰出的将领伯颜从中国召回(就是灭亡南宋的伯颜，这时南宋已经灭亡)。伯颜在鄂尔浑河畔打败了昔里吉，把他赶回到也儿的石河畔；而脱脱木儿逃到达唐努乌村的黠戛斯人境内，后来又在帝国先头部队的攻击下被赶出此地。受到这次挫败之后，昔里吉、脱脱水儿和撒里蛮之间发生争吵，昔里吉处死了脱脱木儿，昔里吉与撒里蛮之间也互相采取敌对行动。在采取了一些无目的的行动之后，撒里蛮捉住了昔里吉，向忽必烈投降，并把他的俘虏交给了忽必烈。忽必烈原谅了撒里蛮，但把昔里吉流放到一个岛上。此后不久，1278年，那木罕王子被释放。这个反忽必烈同盟由于成员们素质差而失败。
但是，海都与忽必烈仍处于交战状态，他起码具有领导者的气魄。海都作为叶密克、伊犁河流域、喀什噶尔的主人和察合台诸王的宗主（他已使察合台的领地缩小到河中地区），正如忽必烈是远东的可汗一样，他是中亚的真正可汗。1287年，海都组成了新的反忽必烈同盟，参加同盟的有蒙古帝国系各支的首领：成吉思汗弟弟们的后代。宗王中有乃颜、势都儿和哈丹。乃颜，或者是成吉思汗幼弟铁木哥斡赤斤的后裔，或者是成吉思汗异母弟、别里古台的后裔，其领地在满洲地区；他是一位聂思托里安教徒，马可·波罗坚持认为在他的旗帜（或称纛）上画有十字。势都儿是成吉思汗大弟哈撒儿的孙子。哈丹是成吉思汗二弟哈赤温的后裔。他们在东蒙古和满洲地区都占有封地。如果海都从中亚和西蒙古带来的部队与乃颜、势都儿和哈丹在满洲集合的部队会合的话，那么，对忽必烈来说，形势将变得十分危险。[ ]
忽必烈迅速行动起来。他命伯颜代替他驻守哈拉和林，阻止海都。他本人亲自率领另一支蒙军前往满洲，随之而行的有成吉思汗最信任的伙伴博儿术的孙子，玉昔帖木儿将军。帝国舰队从长江下游的中国港口出发，带着这次战争所需的大批物资在辽河口登陆，这一仗将决定蒙古帝国的命运。乃颜的军队在辽河附近扎营，以蒙古的方式，用一排马车保护着。忽必烈当时是72岁，坐在由四只象驼着，或拉着前进的一座木塔上指挥作战。拉施特记道，这次行动十分艰巨，在一段时期内，胜负难分。结果，无疑是忽必烈获胜了，正如中国史所记，是由于忽必烈军队在人数上占优势，也是由于他把中国军队与蒙古军队有效地联合起来。乃颜被俘，作为成吉思汗的侄孙子，忽必烈赐他不流血的死，即将他在毡毯下闷死（1288年）。那些站在乃颜一边的聂思托里安教教徒们有理由担心会遭到报复，但是，忽必烈认为基督教对这次反叛不负有责任。忽必烈之孙、未来的皇帝铁穆耳完泽笃（Temtir Oljaitu）由于粉碎了哈丹和镇压了满洲及其毗邻的蒙古地区而完全制止了进一步的叛乱。铁穆耳甚至追击哈丹残余一直到外兴安岭。铁穆尔后来继承忽必烈成为皇帝，就是元成宗。
海都干涉远东事务的希望成了泡影，但是，他仍是杭爱山以西的西蒙古和突厥斯坦的君主。忽必烈的一个孙子甘麻刺（Ka－mala）王子担负着守卫杭爱山边境地防止海都入侵的任务，结果他被海都军打败，并被围困在色楞格河附近，在费尽了努力后才逃脱。忽必烈不顾自己年事已高，感到有必要亲自前去扭转形势（1289年7月）。但是，海都按游牧方式已经远遁。1293年，留在蒙古统率帝国军队的伯颜，以哈拉和林为基地，成功地发动了一次对叛军的远征。同年，忽必烈之孙、铁穆耳王子取代伯颜统率军队。伯颜成了忽必烈的宰相，他在忽必烈去世后不久，于1295年去世。
忽必烈生前未能看到反海都之战的结束。当这位大皇帝于1294年2月18日去世时，窝阔台家族的首领仍然是杭爱山以西的蒙古和中亚的君主。忽必烈的孙子、继承者铁穆耳完泽笃（1295－1307年在位）继续了这场战争。当时海都的主要盟友和属臣是统治着突厥斯坦的察合台兀鲁思首领都哇。在1297年至1298年期间，都哇发动突
然攻击，捉住了汪古部勇敢的阔里吉思王子（即乔治，在此可以回顾一下，汪古部人是聂思托里安教教徒），他是铁穆耳皇帝的女婿，正统帅着在蒙古的帝国军队。当时都哇企图袭击另一支帝国军队，即由保卫着唐兀惕边境（甘肃西部）的阿难答王子统率的军队。但是，他本人却意外地遭到袭击，只得逃跑。为报此仇，他处死了他的俘虏阔里吉思（1298年）。
1301年，海都作了进攻帝国的最后一次努力。这次有窝阔台系和察合台系的许多宗王参加。他向哈拉和林进军，和林当时由铁穆耳皇帝的侄子海山王子镇守。1301年8月，在和林与鄂尔浑河左岸支流塔米尔河之间展开一场大战。结果海都战败，并在撤退中死去。
海都在与元军战斗中受伤，并在回师中死去后，子察八儿继承窝阔台汗国主。1304年察哈台国主都哇起而与察八儿争战，大掠其国西部诸城。元朝海山(就是后来元成宗的继承者元武宗)的军队也越过阿尔泰山，大破察八儿军。察八儿逃到都哇处。察合台兀鲁思首领都哇最初承认察八儿是他的宗主，但是，不久厌倦了这些无休止的反帝国战争，他劝说察八儿承认铁穆耳皇帝(元成宗)为宗主。1303年8月，两位宗王的使者到北京宫廷表示效忠，这是十分重要的一步，它再次把窝阔台和察合台的兀鲁思置于拖雷家族的藩属地位而恢复了蒙古的统一。接着，正像我们将要看到那样，都哇和察八儿之间发生争吵；都哇囚禁了察八儿，逼他交出东、西突厥斯坦（约1306年）。都哇死（约1306－1307年）后，察八儿约于1309年进攻都哇之子、继承者怯伯（Kebek）汗，企图以此恢复窝阔台兀鲁思对察合台兀鲁思的霸权，但是，他被怯伯开打败，除了逃到中国大汗处避难外，别无选择。[ ]
窝阔台兀鲁思就这样结束了。40年（1269－1309年）来，窝阔台家族在它的基地塔尔巴哈台的叶密立河畔统治着中亚，并与拖雷家族的命运抗衡。
忽必烈的王朝，即中国的元朝，作为其他蒙古汗国的唯一的宗主而存在。北京成为远至多瑙河和幼发拉底河的世界之都。
关于察哈台汗国与海都的关系补叙如下。阿里布哥与忽必烈争战结束后，海都联合术赤系诸王继续与忽必烈对抗。察哈台汗国国主八喇遵照忽必烈指示，攻打海都。术赤系忙哥帖木尔派五万骑兵支持海都，结果八喇失败。术赤 察哈台 窝阔台系都想拥有河中，为了调和彼此矛盾，三方在阿姆河以东的塔喇斯草原开会，将河中分为三份。会上还决定诸王联合起来共同反对忽必烈。塔喇斯会议后，八喇和海都结为安答，他们清除了忽必烈的拥护者，并把矛头指向拖雷系的旭烈兀汗国。八喇发兵侵掠呼罗珊地区，海都派察八忒前去援助，八喇占领呼罗珊大部分地区，这时候察八忒却按海都指示离开，结果八喇被旭烈兀汗国国主阿八哈汗打得大败，只余五千骑狼狈逃回。不久八喇病死，海都把察哈台汗国交给都哇继承。海都成为察哈台汗国宗主。都哇继承汗位后，把矛头指向忽必烈和伊尔汗国。他曾占领伊尔汗国的哥疾宁(今阿富汗)，并以此为基础，几次远征印度的旁遮普和信德。
与窝阔台系 察哈台系诸王在中亚不同，追随海都叛乱的成吉思汗诸弟后裔，帖木哥斡赤斤后裔乃颜，哈萨尔后裔势都儿，哈赤温后裔哈丹，封地在东北，远达乌苏里江以东黑龙江以北的广大地区。铁穆耳追击叛军残余甚至越过外兴安岭。由于他们参与叛乱，失败后被削去封地，元武宗时才得以恢复。
