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1931年，穆罕默德伊敏于哈密起义，反对新疆军阀盛世才独裁及专横的统治；甘肃军阀马仲英亦乘机派兵入疆，大战盛世才。伊敏于1933年，靠著英国支持，建立东突厥伊斯兰共和国，势力范围包括喀什及禾田。后来，盛世才战胜马仲英，伊敏流亡海外，东突厥伊斯兰共和国灭亡。

1940年后，伊敏秘密回疆，并于1944年倚靠苏联的支持，在伊犁、培城、阿勒泰等地重建东突厥伊斯兰共和国。1945年，苏联与中国签署密约，以外蒙古独立，换取新疆不独立。1949年，苏联将新疆三区交与中共军队。中共军队入疆，大败伊敏，伊敏再度流亡海外。

1954年，中共在新疆进行土改，不少田地被充公。阿不都依米提再建东突厥伊斯兰共和国，与中共大战禾田，阿不都依米提战败。1962年5月，因为大跃进导致饥荒，伊宁市政府被民众严重破坏。当时中苏交恶，苏联驻伊宁领事馆向民众大派苏侨证及开放边境，大量民众逃亡到苏联，不少都是“东突厥伊斯兰独立运动”的骨干。

文化大革命爆发后，因为可以进行武斗及组织公社，东突厥人民革命党于是成立。1978年时，其基层组织已遍及整个新疆。后来，得到苏联支持，其领袖阿洪诺曾率领部队从喀什跑到中苏边境，企图立国。不幸，途中被捕。

1984年，胡耀邦采取怀柔政策，重建清真寺；规定30户人家毫可有1所清真寺（是1979年的6倍），亦准许民间办刊物及宗教学校。这段时间可算是新疆民族与汉人的密月期。

1989年，六四事件发生，泛突厥及泛伊斯兰主义高昂，加上对怀柔政策完全失望，有伊斯兰传教士甚至提出圣战。

1990年，位于土耳其的“世界伊斯兰统一者”宣布，要协助“东突厥伊斯兰独立运动”在新疆办学，并选择人才到土耳其留学。亦有1000名“东突厥伊斯兰独立运动”年青成员到阿富汗培里班游击队中学习战争，亦有不少武器由阿富汗等地偷运入疆。

1997年2月，伊宁发生反汉示威，8人死亡，过100人受伤。在香港，龙纬汶等人向新华社示威，要求和平解决新疆种族冲突。