1875年，清廷内部出现了“海防”与“塞防”之争。当时清廷面临着来自东西方向的双重危机：西部新疆已经完全丢失，东面日本图谋台湾。
清廷两位主要大臣意见分歧。李鸿章重“海防”，左宗棠则主张加强西部“塞防”，收复新疆。左公强调“重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京师”。
对于左宗棠力主收复新疆的建议，慈禧太后心里没底，询之于左宗棠：需时几何？左宗棠的答复是：“剿抚兼施，一了百了，得五年时间”。
慈禧太后对左宗棠的“一了百了”四字十分欣赏，对左宗棠敢於承担责任的勇气尤为赏识，西征之事遂得以确定。1875年5月，清廷任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。 
左宗棠
1.新疆残局
1851年，太平军兴，长江中下游流域从此战火不绝。不几，新疆的形势也渐趋不稳。
1864年，南疆和北疆几地分别建立了地方割据政权。
1865年1月，在叛清割据政权的邀请下，以安集延人(乌孜别克人)为主体的浩罕汗国派遣军事首领阿古柏等60余人进入新疆喀什噶尔，以帮助巩固政权为名，行篡位夺权之实。同年4月，阿古柏成立所谓“哲德沙尔(Yatta Shahar)汗国”，以布素鲁克为傀儡，自己担任武装部队总司令。
“哲德沙尔”即“七城”之意，指天山以南的喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田、阿克苏、库车、乌什等7座大城。其实，当时除喀什噶尔回城(今喀什市)和英吉沙外，喀什噶尔汉城(今疏勒县)及其他5城并不处於阿古柏集团控制之下。
1865年秋，浩罕汗国本土遭到俄国军队攻击，约7000余浩罕汗国败军逃来喀什噶尔投奔阿古柏，阿古柏的实力大为增强。其时，安集延人的原有“地盘”已被扩张的俄罗斯人占去约四分之三，安集延人一面战守剩余领地，一面向中国新疆扩张，寻求出路。
在英国等支持下，1870年3月，阿古柏率部攻占吐鲁番。1871年，阿古柏相继攻取乌鲁木齐、古牧地、木垒、玛纳斯、鄯善等地。1871年7月，俄罗斯军队趁清廷无力西顾，以“回乱未清，代为收复”的名义，也借机抢占了北疆伊犁。至此，新疆完全脱离清廷控制。
阿古柏占领新疆大部后，积极扩充实力。1870年，英国派遣使团到达喀什噶尔，为阿古柏提供军事教官和武器。1873年，英国再次派出300人组成的使团，携英国女王的亲笔信到达喀什噶尔，于1874年2月与阿古柏集团签订通商条约。1875年，英国仅从印度即给阿古柏运去连发枪2.2万支，山炮8门，炮弹2000发。
此外，1873年，阿古帕派外甥阿吉托拉出使土耳其，声明承认土尔其奥斯曼帝国为宗主国，土耳其国王则册封阿古柏为“艾米尔”(统治者)。1875年，阿古柏又从土耳其购得新式步枪1.2万支，火炮8门。
阿古柏集团在新疆苦心经营，但其政权基础仍然十分脆弱。
2.西征政治策略
1876年4月，左宗棠先生以65岁高龄，抬棺西征。他的西征政治方针是：“剿抚兼施”，“剿”新疆外来势力，“抚”人口占新疆绝大多数的原住居民。外来势力主要包括阿古柏集团和自陕西逃来新疆的白彦虎回民集团。左宗棠的这一策略合理地缩小了打击面，大大减小了清廷收复新疆的阻力。 
总观左宗棠的征战历史，大致可以分为三个阶段：太平天国时期，陕甘回民起义时期和收复新疆时期。有学者认为，左宗棠在镇压陕甘回民起义时期，“剿”的比重过大，“抚”的比重不够，笔者也有同感。
至於左宗棠在陕甘期间重“剿”轻“抚”政策的形成，是否如某些研究者所指出的，与左公等宗教观念淡薄的满汉统治者们，内心并没有把回民作为一个有别于自己的民族来看待，而只是由於自己的道德框架不能容许“平等”的观念，更不能容许有对一个活人(宗教头领)有着超过对天命皇权的崇拜有关，有待商论。
左宗棠“痛剿以服其心”的镇压陕甘回民起义政策的结果是，在陕甘上演了许多的人间悲剧。是以白彦虎回民集团自陕西经甘肃入新疆，也许算得上是左公的一处败笔。
然则白氏集团入疆以后，因其已经构成了对清廷收复新疆的重大障碍，左公对其重“剿”轻“抚”则又变得不可避免和合理起来。值得指出的是，左公在收复新疆时，对除阿古帕和白氏集团以外的当地大多数其他伊斯兰信徒已经变得相当宽宏友善，此一修正是否系左公由陕甘回民事自省调整所致，不得而知。
笔者观乎当今之俄罗斯车臣危机，俄罗斯政府重“剿”而轻“抚”，与车臣民族主体为敌，付出了惨重的代价，战事历时十年，至今仍未完全平息，此处不表。
左宗棠在新疆还需要解决俄罗斯占领伊犁的问题。在西征开始初期，俄罗斯对清军的行动还是乐观其成的，盖因一旦安集延人在新疆站稳脚跟，将可能在英国和英属印度的支持下，向俄军发起反攻，收复其被俄罗斯占去的“地盘”。是以有俄罗斯人卖给清军粮食一事。
3.西征军事策略
左公以“先迟后速，缓进急战”的八字方针，拉开了军事行动的帷幕。“缓进急战”的策略主要着眼于解决长距离作战条件下的后勤保障问题，“迟”为后勤，“速”为决战。他根据新疆的实际情况，制定了“先北后南”的战略部署，拟首先攻占北疆，收复乌鲁木齐这一全疆要津，作为日后进军南疆和向西收复伊犁的基地。
清军先打驻守乌鲁木齐的白氏集团，既可依托哈密、巴里坤等后方基地，又可阻止俄军继续东侵。加之白彦虎率部逃来新疆后，无心恋战，对阿古柏只是敷衍了事，其战斗力也低于阿部，因此清军先行解决白氏集团实属上策。
1876年8月，左宗棠指挥清军发起了北疆战役。清军顺利占领乌鲁木齐，收复了除伊犁以外的北疆地区。白彦虎部逃往南疆。1877年4月，清军攻取达坂城，接着攻克吐鲁番城，打开了进军南疆的门户。
此后，清军“缓进”，以备粮草军需。期间，阿古柏死亡，其集团内部爆发内乱。1877年9月，清军发起南疆战役，刘绵棠率步骑一个月驰驱3000里，一举收复东、西四城，南疆全复。阿古柏部属中除小部投奔俄军外，其余全部被歼。白彦虎率部属等逃出新疆边境。
白彦虎回民集团在新疆基本以“避战”为主。此时，白氏与其说是一位武将，不如说是一位政治家，他的主要目标只是如何带领属下闯出一条生路。最终，他和部属们拖家带口地来到了中亚。
清军收复新疆大部以后，俄军拒绝撤出伊犁，因之左宗棠主张：“先之以议论”，“决之于战阵”。1880年，左宗棠坐镇新疆哈密，命令3路大军挺进伊犁，对俄军形成军事威慑，为曾纪泽的对俄外交活动壮声撑腰。最终，曾纪泽推翻已由清使崇厚与俄拟下的约章，俄罗斯同意撤出伊犁。
1881年初，中俄正式签定《伊犁条约》。据此，中国收回了对伊犁和特克斯河上游两岸领土的主权，但霍尔果斯河以西地区和北面的斋桑湖以东地区则仍被俄国强行割去。至此，新疆全境基本收复。
4.左宗棠功在千秋
左宗棠收复新疆，功在千秋。左公仙逝，徐某挽云：“千载证丹忱，前出师表，后出师表；中兴论元辅，湘乡一人，湘阴一人。”，湘乡(县)一人指曾国藩，湘阴(县)一人指左宗棠。
曾左事功虽存争议，但以封建王朝的标准来衡量二人，则此联实不为过。而以左公收复新疆，功犹巨大，堪当后人纪念。
左公在新疆大兴屯垦之风，使清廷戍边政策发扬光大，并惠及今人。新疆生产建设兵团的发展实质上只是扩大其规模，完善其布局。前人栽树，后人乘凉。左公柳向后人传递的不仅仅是余荫和春风，更像是表达出中国领土完整的不容侵犯，坚稳如根一样。
5.异邦血脉
在清军的追击下，白彦虎率部属约3300余人，退至中亚楚河一线，即今哈萨克斯坦与吉尔斯坦两国交界处，定居下来。此前不久，已有甘肃籍起义回民约1200人由新疆乌什进入俄境。此后，又有吐鲁番一带起义回民约1800人经喀什噶尔西北乌恰逃入俄邦。稍后几年，复有伊犁地区回民约4700人陆续前来俄境。
中国回民在异邦的土地上艰难地生存了下来，在哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦和乌兹别克斯坦境内繁衍生息。他们聚族而居，以蔬菜农业为主，兼营畜牧，如今人口已达12万余众，被当地人称为“东干人”。
据称，如今90%以上的“东干人”仍然使用着陕甘方言，---新疆的许多回民原本就是来自陕甘，尽管他们已经完全看不懂中国文字。“东干人”用俄文字母对陕甘方言进行拼写，创造出了一种新型的汉语拼音文字---“东干文”，其中也吸收了一些俄文和突厥语的词汇。
有考究者披露，“东干人”至今仍然保留着许多清末西北特有的土话，他们称政府机构为“衙门”，称政府官员为“大人”、“头子”，称商店为“铺子”，称妇女为“婆娘”，男孩叫“娃娃”，女孩叫“丫头”等。
如今，120多年过去，时光似乎已经冲淡了仇恨。那原本就不是人民之间的仇恨。是统治者们伤害了人民！据说，现在“东干人”对自己血脉的来源地中国依然充满了感情，他们称中国为自己的“舅家”，对中国人热情友好。笔者由此想，当恩仇泯灭，他们何尝不可以成为当今中国加强与中亚人民联系的桥梁？
一位名叫“黑雅尔”的“东干人”，写下过这样一首“东干文”诗歌：《啊，贵重的客人》，描写了自己对故国浓烈的感情，读来不禁令人动容：
“今儿个您到来哩，我们高兴，
百年过了遇面呢，就像亲生弟兄。
这还不是节气吗？
贵重弟兄，我们热心接迎中国客人，
亲热一同喧皇呢，汉回没有分别高兴高兴，
男女一切都盼世界太平，哪儿太平哪儿就是财东。
我们中国去奔望弟兄，真树的根扎在陕西大省……”
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