必须指出，北伐胜利后，蒋介石领导的南京－重庆国民政府，在极为困难的处境下，对维护中国对西藏的主权作出了巨大的贡献，包括在亲英的第十三世達賴喇×逝世后派黄慕松入藏，后来又责成马步芳护送年幼的青海灵童即第十四世達賴喇×及其父亲等家属到拉萨等等。吴忠信代表国民政府入藏，“主持”達賴喇×坐床大典，更是伸张中国主权的大事。此后亲中央政府的热振活佛出任年幼的達賴喇×的摄政，进一步限制了西藏亲英势力。同时国民政府在大量藏族人口聚居的地区设立青海和西康两省，并在西藏地区发展中国国民黨地下黨，加强中央政府对藏区的影响。
国民政府另一项意义深远的成功是其回族政策。无庸讳言，满清对回族长期歧视，甚至到所谓“同（治）光（绪）中兴”，仍出现许多迫害回族的“恶性事件”。而南京政府在相当短的时间内，就赢得绝大部分回族对中国的认同和忠诚。在回族名将白崇禧的细致工作下，甘肃青海一带的回族马氏势力对中国始终忠诚不二，成为对英国策划的藏独运动的致命障碍。这从今天達賴喇×的著作里还可以经常品味。就是在今天，回族仍然是藏独运动的最大障碍之一。
抗战初期，中國政府命令马步芳在青海玉树修建可供轰炸机起落的军事机场，使得后来蒋介石可以公开宣布：如果拉萨噶厦政府某些成员继续其离心动作，重庆政府将“进军西藏”。同时中国国民黨大力支持印度国大黨的獨立运动，迫使英国在1943年正式警告拉萨，如果重庆中央政府进军西藏，印英将爱莫能助。?
但是英国并没有因此停止支持藏独，同时印度国大黨不顾中国对其早先的支持，俨然以英帝国的当然继承人自居。西藏亲英势力因此不仅将热振活佛排挤出拉萨政权，在英国驻藏代表黎吉生（Hugh Richardson）的直接参预下，于1947年关押热振活佛并将其秘密处死（有说法是在狱中“被捏碎睾丸致死”），同时支持热振活佛的三大寺之一色拉寺的大批反英喇×被屠殺，而達賴喇×的父亲也在此际不明不白地死亡。此事的巅峰，是在印度獨立后，马上有人企图在印度领土上宣布“西藏獨立”。
同时，随着英帝国的衰亡、国共内战中钟共的胜利和冷战的开始，美国政府一反多年来支持中国对西藏的主权，开始接收英帝国在中亚的衣钵。早在1948年，美国驻迪化（乌鲁木齐）领事包懋勋（Paxton）和副领事马可南（Mackernan）便帮助组织“保卫宗教反共反苏委员会”。1949年4月，美国国务卿艾奇逊电告美驻印度大使：美国希望西藏的军事抵抗能力暗中得到加强。1949年9月，在钟共军队入疆前夕，马可南仓惶经西藏逃亡，并对“反共”人士留下指示：“从西藏去巴基斯坦有个地方叫太吉努尔，…在那里可以得到美国的帮助”。从此际起，在新的外国主顾下，藏独运动逐渐进入“现代”阶段。
由于国民黨政府采取了一系列积极维护中国对西藏主权的措施，加上英国从次大陆撤退，“中国军队”入藏成为一个迟早的历史大势。钟共1950年10月越过金沙江和半年多后“十七条协议”的签订，无非是这一历史大势晚来的兑现而已。顺便一提，钟共军队进藏时，马步芳当年在青海玉树修建的军事机场，起了不小的作用。
值得一提的历史事实，是在二次大战前后，美国政府一直相当坚决地支持中国在西藏的主权，这也是二战时美英在亚洲的一个矛盾。但是由于国际政治的变迁，美国全面接手第一次大博弈中英帝国争夺亚洲腹地的传统和“资产”，西藏不幸成为“冷战”的战场和牺牲品。这是西藏的悲哀，也是全中国的悲哀。
美国从1950年代就认识到中国边疆地区的“民族矛盾”对美国亚洲战略的利用价值。于是在北美，美国国务院等开始大力资助对中国边疆地区的“学术研究”；在中国，美国则直接在军事上卷入西藏和其他边疆地区，“鼓励”少数民族对钟共的“反抗”。
