1966年马思聪在文化大革命中受迫害。1967年1月15日与女儿马瑞雪、夫人王慕理、儿子马如龙乘“002”号电动拖船偷渡香港。1967年4月12日美国国务院公布：北京中央音乐学院院长马思聪逃出中国大陆，来此避难。马思聪同夫人及两个孩子，一起被批准避难。
此后不久，马思聪在纽约公开露面，在寓所接待外国记者，发表了题为《我为什么逃离中国——关于“文化大革命”的可怕真相》的讲话。原文如下：
“我是音乐家。我珍惜恬静、和平的生活，需要适宜工作的环境。况且我作为一个中国人，非常热爱和尊敬自己的祖国和人民。当然，我个人所遭受的一切不幸和中国当前发生的悲剧比起来，全是微不足道的。‘文化大革命’在毁灭中国的知识分子。去年夏秋所发生的事件，使我完全陷入了绝望，并迫使我和我的家属成了逃亡者，成了漂流四方的‘饥饿的幽灵’。如果说我的行为在某种意义上有什么越轨的地方的话，那就是我从中国逃跑了……”
“文化大革命”的灾难
从1966年的春天开始，中国遭受了一场史无前例的劫难，文化界、教育界的知识分子首当其冲，遭到了残酷的迫害和打击。5月底，被“革命口号”煽动起来的中央音乐学院的青年学生们，给他们的院长贴出了大字报。一夜之间，马思聪成了“资产阶级反动权威”、“三名三高的修正主义分子”。往日热闹的马宅也冷清了下来，学生再也不上门学小提琴。“文化大革命”，这个陌生的名词，让他感到惶恐、不可理解。
在朋友和家人的劝告下，马思聪发表了一个声明，表示坚决、热情地支持“文化大革命”，愿意接受广大“革命师生”的批判。6月中旬，文化部系统的艺术院校的“黑线人物”500多人，被集中到北京郊区的社会主义学院的校园内，住进了“牛棚”。他们当中，有各院校的领导，知名的教授、画家、音乐家、导演、名演员、作家，马思聪也是他们中的一员。在那里，马思聪他们被迫每天学习有关“文化大革命”的文件，写交待材料和揭发材料。
8月3日上午，一辆贴有“黑帮专用”标语的卡车，把马思聪等10多位中央音乐学院的“黑帮”押回了学院，接受“红卫兵小将”们面对面的批判。刚下卡车还没来得及站稳脚跟，一桶浆糊就倒在马思聪的头上，接着，一张大字报贴在他身上，一顶写有“牛鬼蛇神”字样的纸糊高帽子戴在头上，脖颈上前后挂上两块牌子，前面写着“资产阶级音乐权威——马思聪”，后面写着“吸血鬼”。一个“红卫兵”顺手将一只破搪瓷盆和一根木棍塞在马思聪手中，逼他一面走一面敲。
马思聪被这情景惊呆了。他同一群“黑帮”一起被“红卫兵”押着在学院内游街，一群狂热的青年高喊着口号，向他们身上唾着口水。昔日学院的一排琴房，此刻成了关押“黑帮”的“牛棚”。马思聪每天早上6时起床，学习、劳动、写检查，还要被迫唱着承认自己有罪的歌曲。只要那些“小将们”一高兴或一不高兴，马思聪等人就要遭殃，轻则挨骂，重则挨打。马思聪在中央音乐学院遭受非人折磨的同时，“造反派”又把斗争的矛头指向他的夫人和孩子。8月14日晚，“造反派”涌进马思聪的家贴大字报，第二天又批斗马思聪的夫人。
在这种情况下，马思聪的夫人王慕理和女儿马瑞雪在她家厨师贾俊山的帮助下，仓促离开北京南下，想暂时避一避，等运动结束再回来。她们先来到南京，投靠王慕理的妹妹，后中央音乐学院的“造反派”得到消息到南京追查，她们又被迫逃到上海、广州，投靠亲友。在广州，一再被“红卫兵”追查的王慕理感到十分恐怖，觉得这次的运动没有结束的迹象，再这样下去一家人性命难保，危急之中产生了到香港暂避的念头，就委托她的哥哥王友刚帮她想办法。王慕理还让女儿马瑞雪悄悄回北京一趟，在贾俊山的帮助下和马思聪见了一面。与此同时，王慕理在广州加快了出走香港的准备工作。
中央音乐学院名誉院长赵风提供的材料很说明问题：“有一天，马思聪和我被派到学院里拔草。一个造反派(瓦工)对马思聪吼叫：‘你还配拔草！你是匹马，只能吃草！’说完，真的当场强逼马思聪吃草。还有一次，我见到一些红卫兵拿着尖刀威胁马思聪说：‘你要老实交代问题！要不，我就拿刀捅了你！’过后不久，大约是1966年9月份，马思聪对我说：‘这样下去，什么时候是个了啊！’”马家原来的厨师贾俊山，看到老院长被折磨得死去活来，生活又这样困苦，常常冒着危险，送吃送用。看到老院长想不开，还百般劝慰。然而到了1966年年尾，再要马思聪熬下去，已是相当困难了。
被迫流亡海外
1967年的1月，中国正处于一个疯狂的时期，海外的舆论都把目光投向中国“造反派”的夺权上，连篇累牍地报道中国大陆的夺权风暴。就在这时，1月19 日，香港的几十家中英文报纸几乎用同一标题，报道了马思聪出逃的消息：《中国著名音乐家马思聪逃抵香港》。4月，马思聪出现在美国的纽约，举行记者招待会，发表了《我为什么离开中国———关于“文化大革命”的可怕真相》。马思聪这一举动，立即在全世界引起了一阵不小的轰动。
马思聪的秘密出走，是被迫的、无奈的，是“文化大革命”对他残酷迫害的结果。1966年11月，马思聪的肝病复发，被“造反派”批准离开“牛棚”，回家居住。此时，马家的四合院已搬进了四五户人家，马思聪只得一人住在一间潮湿的偏房里。下旬，马思聪的女儿马瑞雪秘密回到北京，在厨师贾俊山和马思聪的朋友、私人针灸医生倪景山的资助下，马氏父女化装离开北京，来到广州，住在郊区丹灶的亲戚家。当时的广州、深圳等地，暗中存在着到香港的“偷渡线”，一些“蛇头”为谋取暴利进行“偷渡”。
此时，马思聪的“失踪”引起了中央音乐学院“红卫兵”的重视，向公安部门报了案，并在马思聪的亲友中查找。广州的“文化大革命”形势也越来越紧张，马思聪的安全难以保证。摆在马思聪面前的只有两条路，一是被揪回北京继续接受批斗，其后果不是被打死就是像作家老舍一样自杀；另一条路是偷渡香港，远离内地混乱局势，但万一被抓住则性命难保，而偷渡成功则全家安全，马思聪进行了激烈的思想拔河。为了保全性命，为了躲避“文化大革命” 的灾难，马思聪被迫做出了选择。
1967年1月15日夜，马思聪以5万港币的代价，带着其夫人、儿子、女儿，在新州登上了新州渔轮厂的电动拖船“002号”。这次偷渡的组织者为广州一街道服务站的工人何天爵和原“002号”拖船的司机何炳权，船是他们偷出来的，乘坐者共5户13人。1月16日晨，拖船在香港大屿山靠岸。到了香港上岸后，马思聪把胸前挂的毛像章摘下来扔进黑黑的大海。
“002”号被丢弃在九龙油麻地水师塘的岸边。“狗头”带领着九死一生的“乘客”们，趁着晨光熹微匆匆往岸上走。一上岸，“狗头”把“乘客”们藏进一个庙堂里，吩咐道：“你们在这儿别动，我去打电话！”“狗头”在附近一所学校里，找到电话。“狗头”给住在九龙旺角道的家人拨了电话当“狗头”打完电话，回到庙堂，天已大亮，却不见了马思聪一家，据说到对岸的香港去了。
马思聪一家，到哪儿去了呢？小心谨慎的马思聪，上岸之后便与“狗头”分道扬镳。他不愿让“狗头”知道他去九龙，更不愿让“狗头”知道他躲在九龙什么地方。他生怕“狗头”走漏风声。马思聪一家，躲进了岸边一个潮湿而又阴冷的岩洞。直到“狗头”带领“乘客”们上车远去，马思聪这才悄然出去打电话。
马思聪的妻弟王友健在香港，这是很多人都知道的。可是，马思聪却选择了九龙作为隐匿之处。九龙不像香港那样惹人注目，何况，那里有着马思聪不为人知的社会关系：他的大姐马思锦和其丈夫徐腾辉，原本借住在上海马思齐家。一九五七年，马思锦与徐腾辉迁往香港。一九六零年，他们又迁往加拿大。徐腾辉的侄女徐增纯，住在九龙；马思聪十妹马思芸的丈夫何维林的父亲何焯贤，在九龙也有着宽敞的住房……
拨通了九龙的电话，却没有人接。马思聪只好回到那长满青苔的岩洞。出走时赤手空拳，没有带一片饼干、一块面包，身边又没有一张港币。一夜惊恐交加，一天饥寒交迫，马思聪一家非常狼狈。实在饥饿难熬，向当地人赊了一块面包，把早饭、中饭、晚饭“三合一”……总算在傍晚时分，打通了电话。在浓重的夜色之中，汽车来了。马思聪一家上车的时候，噎顾不得拍去衣裤上的泥浆了。
就在马思聪到达九龙的翌日－－一九六七年一月十七日，香港报纸便刊登了“002”号小艇的照片，报上披露，这是广州新洲渔轮修配厂的电动拖船－－因为小艇上钉着“新洲渔轮修配厂”铜质铭牌。所幸，记者们还不知道偷渡者为何许人，没有披露姓名，没有提及中国的大音乐家……
马思聪仿佛觉得脚下的大地在震颤。自从躲进九龙以后，他的一家都未曾出房门一步，就连马瑞雪好奇地掀开窗帘的一角想看一下窗外的景色，也被他制止。尽管如此，危机仍在向他逼近。如果香港警察抓住了“狗头”，他供出马思聪的大名，那就会把他避难的美梦击得粉碎。而到达九龙的第二天“002”号小艇的照片一出现在香港报纸上，马思聪就意识到这里绝非可以久留之地。
选择美国
除了香港、九龙，他能到哪里去呢？
去法国吗？奥别多菲尔教授和毕能蓬教授多年没有联系，连是否尚在人世都不知道。去英国吗？除了傅聪在伦敦之外，别无熟人。去日本吗？举目无亲。
马思聪选择了美国。虽说自从九弟马思宏一九四八年去美国之后，与他联系不多，而且兄弟俩对一些问题的见解不尽一致，不过毕竟是骨肉同胞，何况马思宏在美国音乐界已站稳脚跟，颇有影响。到了美国，借助弟弟的介绍，他可以在那里的音乐界立足，找到工作……
可是，要去美国，谈何容易！不用说他的一家没有一张出国护照，就连他的中央音乐学院工作证，也在踏上小艇之前销毁了－－他生怕在途中发生意外，工作证将暴露他的真实身份。
眼下，空空如也的他，惟一的财富、惟一的“证明”，是那把陈旧不堪的小提琴。这是出自十六世纪意大利著名小提琴工匠斯特拉地瓦利（1644－1737）之手的稀世珍品。斯特拉地瓦利一生，制作了一千一百把小提琴。他制作的小提琴，云杉面板木板如丝，背板的“虎皮纹”宽而明显，造型漂亮、美观。更重要的是，他的提琴的发音格外醇厚、圆润、优美、流畅，具有穿透性。几百年之后斯氏小提琴在世界上所剩无几。美国小提琴大师梅纽因手中所持是一把斯氏小提琴，据说价值五万美金。由于几十年前一位名叫哈廷伯的七十多岁的俄国小提琴家的转让，马思聪有幸也得到一把斯氏小提琴。从此，无论马思聪走到哪里，手中总是拿着这把弥足珍贵的名琴。在出走时，他抛弃了一切，却紧紧抱着这把几百年前的小提琴。他想，倘若在香港从亲友处借一笔钱，买四张飞往美国的机票，到了美国，只要他拿出这把琴演奏，音乐会的收入将会偿还欠款。
抵达九龙的第二天晚上，马思聪托亲友找到了跟马家有点瓜葛的南希（Nancy）小姐。
“什么？马思聪到了香港？想去美国？”当南希小姐把消息转告美国驻香港领事，领事先生也大惑不解。美国领事担心九龙那个自称是马思聪的先生，会不会是一位“马骗”先生？消息灵通的美国中央情报局，也从未探听到马思聪前来香港的半点消息。
美国领事挑选了一位酷爱音乐的馆员，驱车九龙，面晤那位中国音乐家。
身边没有任何证件，短短的平头，不合身的西装显然是刚刚借来的，那个中国人睿智的目光足以表明他是颇有教养的。他操着纯正的法语，也能用英语对话，更表明他的文化修养是不错的。
那位馆员吐露了对音乐的偏爱。那个中国人打开了琴匣，拿出那把油漆斑驳的旧琴，轻轻地奏出了舒伯特的《圣母颂》。那琴声缠绵悱恻，温柔动人，一听便知面前的演奏者是第一流的提琴手。
动作迅速的美国领事馆当天便已从馆藏的中国报纸上，查到好几张马思聪照片，毋庸置疑，面前的中国人眉宇宽广而眉梢下弯，一双眼睛显得炯炯有神，嘴角总是挂着浅浅的微笑，跟照片上的形像一模一样。趁着中国人拉琴之际，闪光灯亮了，那位馆员拍摄了照片，说是留作纪念，其实为的是连夜冲洗，让领事馆的特工专家作出最后的判别。
一曲奏毕，这位高鼻梁、蓝眼珠的美国人，忽然说起一口流利的汉语，那股“京腔”十分标准：“马先生，你知道李永刚吗？”
“哦，我认识他。”对于这个生僻的名字，马思聪马上作出反应，说道，“他是我在南京中央大学教书时的同事，现在他在香港？”
“不，不。他在台北任教。”那位馆员又问道，“请问，马先生知道纽顿这个人？”
“知道，当年美国驻广州的新闻处处长。”
虽然没有规定什么“接头暗语”，也没有什么“土匪黑话”，凭着刚才的两句问话，那位馆员对于马思聪的真实身份，确信无疑了。
夜深时，他改口用粤语向马思聪道别，马思聪也操着流利的粤语祝他晚安。
就在马思聪进入梦乡之际，美国驻香港领事馆已向华盛顿发去密电，报告中国音乐家马思聪要求前往美国……
翌日－－也就是马思聪抵达九龙的第三天，他的一家依然闭户幽居。马思聪一点也不知道，一场关于他的谈判，正在幕后激烈地进行着……
香港属英国政府管辖。手中没有任何护照的马思聪一家，要想从香港前往美国，必须征得英国当局的许可。
美国领事向香港政府提出了引渡马思聪一家的要求。香港有关方面从美国领事那里获知马思聪在九龙，立即责怪香港警察局的无能，居然对这样重要的情报毫无所知。
香港有关当局建议美国领事，双方为引渡马思聪一家进行具体谈判。香港有关当局认为，在引渡之前，必须由港方对马思聪一家进行必要的审查、盘问，而且还要全面检查身体，以便判定他们从中国大陆出走时是否带有传染病菌……只有履行了这些查验手续之后，港英当局才能给马思聪一家发放证件。然后，再与美国领事具体磋商引渡的条件、途径。
按照有关方面的安排，光是各种审查与体格的检查，起码要花费一段时间。
美国领事担心夜长梦多，希望尽早从香港政府手中得到马思聪一家。可是，香港毕竟由英国人所管治，大权在香港英国当局手中，美国领事不得不听命于它。
不知道是英美磋商走漏了消息，也不知道是美国故意把消息捅给新闻界，还是某方面耍了什么花样，总之，在马思聪到达九龙的第三天晚上，香港新闻界获知了这一爆炸性新闻。
于是乎，一九六七年一月十九日，香港几十家中英报纸，都在头版头条位置，以粗黑的铅字刊登醒目标题《中国著名音乐家马思聪逃抵香港！》。几乎每一家报纸，都开列了马思聪的头衔：“中国文联副主席，中国音乐家协会副主席，全国人大代表，中央音乐学院院长。”不少报纸重新刊登了“002”号小艇照片，说马思聪于四天前与妻子、女儿、儿子一起乘这艘小艇潜往香港……
事情急转直下。正当马思聪一家阅报后呆着木鸡时，门口响起了汽车的喇叭声。
两部漂亮的轿车停在门口。进门的是南希小姐和两位来过的美国领事馆馆员。马思聪一家钻进了轿车。轿车直奔温莎大厦。
一位坐在沙发上的美国官员一见到马思聪一家，立即站了起来，伸出了长着棕色汗毛的粗壮的手，用一口字正腔圆的普通话说道：“欢迎，马先生！”他自我介绍说是美国驻香港领事。
领事先生满面春风，向马思聪宣布：“马先生，马太太，略备一桌薄酒，为你们洗尘、压惊。午宴之后，我们就一起上飞机场。”
“上飞机场？飞到哪里？”马思聪连忙问道。
美国领事放慢了讲话的节奏，把每一个字都清楚地送进马思聪的耳朵里：“飞往华盛顿！”
马思聪一下子愣住了！
在午宴上，美国领事一边熟练地用象牙筷为马思聪添菜，一边谈笑风生。三杯下肚，他说出了“幕后新闻”：自从今天上午香港各报一片哗然之后，他给香港政府方面挂了电话，询问总督先生是否看过今天的报纸？他说，这下子，谈判该结束了吧？如果让马思聪继续留在九龙，已无法保证马思聪的安全，必须立即离港赴美。至于各种审查、体格检查，可以在美国补办……
人类音乐史上最黑暗的音符
1967年4月12日美 国国务院公布，北京中央音乐学院院长马思聪逃出中国大陆，来此避难。马思聪同夫人及两个孩子，一起被批准避难。
马思聪列举所遭受的各种凌辱，包括每天早晚被强迫集体唱《牛鬼蛇神队队歌》。这首“歌”的歌词有两段 是：“我是牛鬼蛇神/我是人民的敌人/我有罪，我该死。我有罪，我该死。/人民应该把我砸烂砸碎。我是牛鬼蛇神/要向人民低头认罪/我有罪，我改造。我有 罪，我改造/不老实交代死路一条，死路一条。”1966年8月，北京许多红卫兵从各自校门口逼迫揪出来“反动学术权威”和“黑五类”站成一排，大声唱《牛 鬼蛇神队队歌》。谁要是唱不好，红卫兵立即一顿皮带劈头盖脸抽上去，直打的“反动学术权威”和“黑五类”唱好这首歌为止。
音乐界对此评论：“这是音乐史上最黑暗的一串音符，音符在颤抖，人类在哭泣，在哭泣与颤抖中，音乐的暗伤形成了。”
马思聪由于逃往美国，被当时的公安部定性为叛国投敌。公安部的《关于马思聪投敌案请示报告》，经康生、谢富治批示，当时的中央wen革小组和公安部将这个案子作为要案，于1967年5月成立了马思聪专案组即“002号专案组”，全面调查马思聪出走经过，株连亲友数十人。他们当中，后来有的被判刑，有的被迫害致死，上演了一出株连的人间悲剧。
马思聪的大哥马思齐在他逃跑后被怀疑知情不报，警方抄家时发现失业又患脑瘤的马思齐家里经济拮据，一家人都是用废报纸当草纸擦屁股，这还了得！“wen革”期间的报纸，天天印着毛主席语录，经常还有毛 泽 东像，于是马思齐一家6人有5人被打成“现行反革命”——夫妻双双被判管制，马思齐当时已70多岁，在监狱里干很重的活；大女儿马迪华原来就患有严重的心脏病，被抓后惨死于上海公安局拘留所，死时30岁；第二个儿子马宇亮被判12年徒刑；小儿子马宇明判8年刑；唯一幸免的是长子马宇中，远在新疆阿拉尔建设兵团，处于“002号专案组”的视野之外，没有沾上用报纸擦屁股的“现行反革命”大罪。
二哥马思武，原是上海外国语学院出国培训部的法语教授，被指协助马思聪“叛国投敌”，受到残酷批斗，于1968年7月11日跳楼自杀，终年63岁；跟他在中国住了30年的法国籍妻子其后离开中国，两年后1976年在法国忧郁而死；马思武自杀的消息传至美国，马思聪在日记里悲愤写到：“国内人民何辜？遭此大劫。我家人何罪，也不免于家散人亡。”
马思聪的大妹马思芸是上海音乐学院的教授，当时突然被隔离审讯，关在学校地下室，不许和任何人接触，天天写交代，一关就是一年多，而马逃离的事是在其妹被放回家后才知道的。马思聪的侄女马之庸当年30多岁，在广播电台工作，不知情的她也遭到隔离审查，被调到麻袋场工作，直到1979年才调回原单位。
马思聪太太王慕理的兄弟也没有一个逃过迫害。她的大哥王恒尝了8年的牢狱之苦；三弟王友刚和妻子何琼均被判入狱5年。
就是马思聪的家庭医生倪景山和家厨贾俊山亦被指协助马思聪逃亡，前者被判劳改8年，妻子因此患上精神病，后者被扣4年，弄至身体伤残，出狱后几年便身故。
痛苦的亲身经历和血迹斑斑的亲友遭遇，马思聪无疑心存恐惧，所以即使他在1984年底已得到平反，恢复名誉，他仍迟迟没有归国。文革后，他回拒中共总书记胡耀邦的亲自召唤，宁愿在异国独吟《思乡曲》，也不做返国之想。跟马思聪一起逃亡的马思聪太太王慕理，在1987年5月20日马思聪因心脏病发去世，又活了13年才逝世，在此期间，她也没有返回过大陆。
马思聪一生的作品，可谓创作颇丰：小提琴独奏曲16首；小提琴协奏曲2首；芭蕾舞剧2出；歌剧1出；钢琴曲7首；管弦乐7首；合唱曲2首；独唱曲2首。
