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阎颜之争了断科普篇--有图有真相.

(2019-05-18 09:20:50) 下一个

阅读了颜宁三篇论文特别是有关机理部分的讨论,论文引用的某些文献,以及阎的博客文章后得出以下结论:

1. 从阎润涛的角度看,他是很有理由不服气的. 特别是在发现转运蛋白经典论文之前. 

2. 如果我们生活在绝对真空, 也许象脖子粗所说的一样"引最好,不引不是罪". 但是我又查阅了自然杂志引文规定,得出结论: 颜宁直接引用阎润涛的文章几乎是不可能的.

为什么这么说? 从科普开始, 兼谈糖转运蛋白机理中公子,小姐与丫环的感情婚姻纠葛

第一部分: 转运蛋白经典机理与颜宁的贡献.

 

上图以 转运蛋白工作的经典机理为框架(Alternating Access Model ), 展示了葡萄糖转运蛋白的爱情轮回. 原论文是:Jardetzky在1966年发表的经典论文, 也是颜宁回复质问的引文.   我查阅了好几篇有关转韵蛋白结构与转运机理的论文, 都引用这篇文章.  这似乎是这个领域的惯例.  颜宁也不例外, 除2012年论文因着重讲结构以外, 2014年与2015年讲机理的论文都引用了该文, 并特别指出:"All MFS transporters are thought to transport substrate using the alternating access mechanism) . 

颜宁最醒目的贡献是在结构: 即所谓50年的难题: 结晶GLUT1. 这里只谈她对机理的贡献.

1. 她发现了一个XylE与GLUT1-4独特的蛋白域ICH (途中红色虚线圈住, 阐述了其作为门拴的功能. 并预测"约会"的状态是GLUT1的常态(Default).

2.  GLUT1与XylE有一点不同:GLUT1是uniporter是葡萄糖小姐一个人嫁过来的情况。  XylE是H-Symporter,  葡萄糖嫁过来时还带了个丫环(氢离子)。   而且离婚的时候, 公子哥不放丫环是不能回到单身与约会状态的。 

这里要强调一下颜宁研究机理的手段

1。 各种姿势摆拍: 单独看一个蛋白质结构可以猜测但无法验证运动机理。  颜宁与其它实验室让转运蛋白用各种姿势摆拍: 约会时拍一张,滚床单拍一张,结婚拍一张, 单身拍一张。 而且不止拍一张, 还用各种不同小姐纠结时拍,以研究其运动机理。

2。 功能性试验: 用各种蛋白质突变(有的是自然界存在的病态突变, 有的是设计的突变), 类似于阎文的方法。 但这种方法似乎是科学届常规手法,非阎所独有。

3。 动力学实验 : Counterflow Experiment (希望我没有理解错)

总之颜宁没有单独依赖固定的晶体结构来推导机理。

第二部分: 颜宁该不该引用阎文.

1。喇叭门是谁的专利(这里纠正脖子粗:喇叭口更确切,这是整个蛋白的形状,你说的螺旋门是一个TM的形状)?  阎在PNAS讨论机理时说他的模型是受50年代结构动力研究的启发, 而且没有引用上述1966年的经典论文,再看阎的第一篇博文与他老师用板尺演示交流的样子。 我善意地推测, 阎独立地发展了the Alternating Access Model。 可惜晚了27年。 如果他没有在细胞杂志里引用1966年的经典论文,也许应该回去补上? 阎也许不知道1966年的经典模型与论文,所以看到颜宁发表的机理很生气,是可以理解的。

2。阎的专利:阎的专利如脖子粗文中描述的一样,是把TM7的三个功能区找出来了, 与阎2015年可以被晶体模型化学解释。 但颜的晶体模型包含了整个蛋白的化学解释, 对TM7的描述就比阎完整。而TM1, TM5, TM8和 TM10的描述阎的根本就没研究。

如果生活绝对完美的真空, 我们可以有空间要求颜宁回去把2阎的专利补上, 但是Nature 要求引文不超过50篇。颜宁的三篇论文篇篇引满50篇,要引用阎就必须把别的引文踢走,现在不是颜文与阎文在绝对意义上有没有重合的问题,而是阎文与其它论文比谁更重要的问题。 各位专家,如果你读了颜宁的三篇论文,你觉得应该把哪篇论文踢走吗? 比如1966年的经典论文?   

自然杂志引文规定. 

https://www.nature.com/nature/for-authors/formatting-guide

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阅读 ()评论 (2)
评论
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '老泉' 的评论 :

这些我都不知道,也没看到细胞杂志的论文(要花钱), 所以不加评论,而是凭善意假设老阎在博客里写的都是真实情况: )
老泉 回复 悄悄话 老阎九三年描述自己,"好象"不知道有喇叭口模型。Peter不看具体结果,凭比划,也同意了机理。 老阎老板Peter也不知道有喇叭口模型 ?
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