神藉着万有创造向人启示自己，更藉着耶稣基督(参照圣经记载)向人启示自己。科学研究的课题，是神在大自然的普通启示；神学研究的课题，是神藉着耶稣基督、藉着圣经赐给世人的特殊启示。
论到神在大自然的普通启示，诗人说：
诸天述说神的荣耀，
穹苍传扬他的手段，
这日到那日发出言语，
这夜到那夜传出知识，
无言无语，
也无声音可听，
他的量带通遍天下，
他的言语传到地极。
(诗篇19：1-4)
使徒保罗也说过类似的话：“自从造天地以来，神的永能和神性是明明可知的，虽是眼不能见，但藉着所造之物就可以晓得，叫人无可推诿。”(罗马书1：20；也参看使徒行传14：17；17：22-28)
有些基督徒(如：十八世纪的佩里［William Paley］)认为“自然神学”已足以证明神存在，他们的意思是：人从万有创造的普通启示，可以得出“神存在”的证据。可是“自然神学”似乎说得过了头——比较稳妥的说法，是神在他创造的世界处处留下点点线索，让人可以查究他的存在与性情。下面我们要看两个例子。
第一个例子：凡事皆有因，如果一直追溯上去，至终会得出“第一因”。可能很多人听过这个故事：有一个人在伦敦海德公园攻击有神论，他大声宣称万事发生无缘无由，根本没有逻辑可言，说话之际，有人向他丢蕃茄。“是谁干的好事？”他气呼呼的吼道。人群中一把声音回答说：“没有人用蕃茄打你啊——那蕃茄自己飞过去罢了！”
上述例子不是“神存在”的证据，却可引发人思索“神存在”的问题。以我自己来说，我比较容易接受“神从无有创造万有”，而难以接受“万有都是无中生有”。达尔文(Charles Darwin)在年迈之日写下这样的话：“这茫茫无边、美丽动人的宇宙(还有住在其中的人类)，实在不可能是盲目碰撞、机遇巧合的结果。我再三思量，不得不相信‘第一因’的实在，这第一因满有智能(与人相仿)，我甚至要自称为有神论者了。”
另一个例子：凡事皆有设计。这也不是“神存在”的证据，却是很好的线索。来自佛教背景的域甘马辛尔(Chandrs Wickramasinghe)说：“生命在世上偶然发生的机率，就像一场台风猛吹一处垃圾场，竟然把肥料打成一架波音七四七客机一般的不可思议。”
“设计论”近年谈论得很多，可能因为“人类定律”(anthropic Principle)时兴所致。所谓“人类定律”，是说人类存在的物理条件宽容度极低，只要有丝毫差异，生命根本不会出现。
在宇宙膨胀初期，张力(使物质分散)与引力(使物质聚合)的平衡非常关键：如果张力过大，物质散开的速度过高，物质就难以凝聚成星体，更遑论银河了。如果物质过度分崩离析，就不可能出现生命——但如果引力过大，导致宇宙内陷塌掉，生命也不可能出现。事实上，在宇宙诞生之初，张力、引力的差异不可超过10的60次分之一。识数之人会被这数字吓得目瞪口呆，至于不识数之人，让我借用戴维斯(Paul Davies)的一个比喻来说明这是怎么样的精确度：就像要从二百二十亿光年(已知宇宙的阔度)之外，打中一个直径半英寸的目标！
霍金说：
在大爆炸发生之后一秒，如果宇宙的密度多一万亿分之一，宇宙就会在十年后内陷塌掉；但如果少了一万亿分之一，宇宙在就会在十年后散得空空如也。宇宙起初的密度怎会那样精确？这背后一定有原因。
虽然霍金不相信世上有创造主，但他的理论却隐隐指向有神论。
除了生命的出现叫人惊叹，世上还有很多事物，譬如：人类智能、自然秩序、友谊、公义、美、爱，都叫人难以用纯科学观点来阐释。上述种种都不过是自然率的产品、物竞天择的结果吗？世事背后真的没有任何智能与心思吗？
科学可以成为导引人寻找神的明灯。人可以从普通启示思索神的大能、智能、心思，但如果没有耶稣基督与圣经的特殊启示，人对神的知识仍是非常有限。
信奉犹太教的爱因斯坦说过：“科学与宗教不应该有抵触。人单有科学，没有宗教，不过是跛子；单有宗教，没有科学，不过是瞎子。”这说法有几个理据：一、人不能单靠科学寻获圣经的神。“科学家单凭科学方法，不可能发现神、或证明神存在——但这证明不了什么，不过证明他们采用的方法错了。”
人除了普通启示，也需要神的特殊启示。诗篇十九篇头六节描述神的普通启示，后半篇描述神的特殊启示(神的律法)。世人唯有藉着神的特殊启示，才可以寻获“我们主耶稣基督的父神。”
二、科学不能满足人心底的需要。禾柏特(Lewis Wolpert)在英国《时报》(The Times)说：“没有宗教信仰的科学家(或任何人)必须面对这样的一个世界：这世界没有目标，也没有方向；或喜或忧，没有任何意义；或生或死，没有什么分别；人人死后一了百了，也没有来生。”科学不能帮助人面对世间的悲欢离合，不能帮助人处理道德疑难，也不能帮助人解决罪疚的煎熬。唯有藉着耶稣基督十字架代赎工夫，人才能够识破上述疑团。
流行小说作家贺苏珊(Susan Howatch)身家丰厚，香车豪宅绰有余裕，不料后来婚姻破裂。她公开说：“神揪住我的后颈，把我拎了起来。”她后来信了基督。前阵子她捐出一百万英镑给剑桥大学，设立一席以“神学与自然科学”为题的教席，因为贺苏珊深信科学与神学是“真理的两面”。
我们需要科学，也需要科学家，科学家对人类文明贡献良多，但我们更需要基督教信仰，更需要耶稣基督。
