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颜自然论文全译

(2019-07-30 18:43:09) 下一个

颜自然论文全译 - 网红如何搞科研, 大阎你越红线了 new blogs!

为了进一步以正视听,本博将小颜2014在《自然》杂志上发的关于“人葡萄糖转运蛋白GLUT1的晶体结构”全文完整译于下。从这篇文章你可以看出:

一,为什么没有引用大阎的文章?全文描写的是在前人工作基础上进行的一个完整的而又独立的发现,小颜对以前有关GLUT1的结构方面的文章进行了大量地引用,丝毫没有回避,详见前言的第二段。没有引用大阎的是因为他们研究的不是一个东西。

二,没有注明“published biochemical data”吗?小颜在讨论和图五中提出了关于GLUT1的工作模型,其中提出四个构象,用的都是她们自己观察到的结构,和以前发表的生化资料。关于生化资料的文献在图五里引用了,文献号是28和29.

三,在马博士活着的时候不敢提模型吗?2014年做出的成果不可能在以前提模型,2012年没有提出模型是因为一,当时没有研究GLUT1; 二,当时XylE的结构只能推出四个构象中的两个。这就是为什么小颜在2014才提出模型的原因,说是怕马博士很可笑。

四,小颜抄袭或剽窃了大阎的成果吗?小颜在文里把如何得出的结构如何提出的模型都写得一清二楚,无懈可击,根本谈不上抄袭或剽窃。 

五,小颜不谦虚吗?不对,她认识到还有很多问题没有弄清楚,这就是她为什么在文里说:“对单向运输和同步器的运输机制的详细机理进一步了解还需要进行更多的生物化学和生物物理学研究。特别有待阐明的有去质子化,底物释放到高浓度环境中的耦合机制和同向转向器从朝内到朝外的构象的转换。。”

好了,不多说了,大家看全文吧。由于英文和专业水平都有限,翻译难免会有错误和不当之处,特别是有些专业的东西即使直译对了,也很拗口,敬请原谅!希望大家批评指正!

以下是全文的译文:

 

人葡萄糖转运蛋白GLUT1的晶体结构

Deng D1Xu C1Sun P2Wu J1Yan C3Hu M4Yan N4.

摘要:葡萄糖转运蛋白GLUT1促进葡萄糖向红细胞内的协助扩散(facilitated diffusion),并负责大脑和其他器官的葡萄糖供给。GLUT1一旦发生失活性突变就可以引起GLUT1缺乏综合征,而GLUT1的过度表达则可作为癌症的预后指标。尽管人们已经对之进行了数十年的研究,GLUT1的结构仍多有未知。在此我们报告一个分辨率为3.2A?的人类GLUT1的晶体结构。全长(GLUT1)蛋白是在朝细胞内开的构象被拍摄到的,它和其所属的协助蛋白超级家族的其它成员一样也有一典型的大折叠。有了晶体结构就可以对GLUT1中那些和疾病有关的突变准确定位,并解释潜在机理。基于结构的突变分析为了解GLUT1和其它糖运载体亚科成员所运用的交替接入(alternate access)机制提供了重要线索。还有,比较单转运蛋白GLUT1和其细菌同源物“质子偶联的木糖同向转运体”XylE的结构有助于对被动协助蛋白和主动转运蛋白的转运机理的分析。

前言

由SLC2A1基因编码的GLUT1在许多组织中司管细胞在基础状态下对葡萄糖的摄取。更为特别的是它通过辅助扩散的方式让红细胞不停地从血液里摄取葡萄糖 (1-3),并维持血糖恒定在大约5mM的浓度。此外,位于血液 - 组织屏障内皮细胞中的GLUT1对脑和其他器官的葡萄糖供应具有重要作用(4-6)。GLUT1的失活性突变可影响其转运葡萄糖的能力,这些突变和一些大脑缺乏能量供应而引起的疾病有关(7)。一种由此引起的疾病被称为GLUT1缺乏综合征(也称作为De Vivo综合征),该病的特征性的系列症状包括早发性癫痫发作,小头畸形和发育迟缓(8-12)。另一方面,癌细胞需要更多的葡萄糖供应,原因是癌细胞主要通过无氧糖酵解(Warburg效应)产能,效率很低。人们已经发现了在好几种不同的癌症中GLUT1的表达水平升高,并据此认为GLUT1是肿瘤发生过程的重要预后指标(13-19)。由于GLUT1的这些重要的生理和病理生理学意义,它一直是人们进行功能研究和结构测定的重点(20-22)。

GLUT1属于主要辅助转运体大家族(MFS)里的一个叫糖运载体的小家族,MFS是最大也是最普遍的转运体大家族之一(23,24)。 MFS转运体家族成员有一个共有的核心折叠,其中有12个跨膜区段,这些跨膜区段又被安排成两个离散折叠的结构域,即氨基(N)和羧基(C)末端结构域。在每个结构域内,六个连续的跨膜区段折叠成一对'313'大小的倒置重复(22,25)。越来越多的实验证据表明这种三螺旋束可能是这些转运体的基本的结构和功能单元(25,26)。人们认为所有的MFS转运体都使用交替接入机理(27),这个机理就是通过转运蛋白的构象变化让其中的底物结合的位点轮流或交替地在细胞膜的两侧和底物接触。

细菌GLUT1同源物 - 譬如说大肠杆菌的一个叫XylE的“D-木糖:H1同向转运体”(参考文献28,29)和表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)的一个叫GlcP的“葡萄糖:H1同向转运体”的结构以前已有所报道(参考文献30)。在这值得一提的是,在XylE和D-木糖或D-葡萄糖结合状态下的结构得到解析后,就有可能利用同源性去建立GLUT1的模型(参考文献28)。但是,XylE和GlcP都是质子驱动的同向转运体,而GLUT1是单向转运体,后者是顺着浓度梯度由高到低促进葡萄糖的跨膜转运,弄清人类GLUT1的原子结构对于了解其运输方式和相关的疾病机制至关重要。

结果

GLUT1的结构测定

GLUT1的亚克隆,表达和纯化的细节在本文的方法部分里。带有C-端103组氨酸标签的全长人GLUT1(残基1-492)蛋白是由杆状病毒带入其感染的High Five昆虫细胞株中表达。为了排除糖基化引起的异质性,我们在该蛋白中引入了单点突变(N45T,将第45位的天冬氨酸变成了苏氨酸)。但是我们没能成功地得到带有(N45T)突变的GLUT1结晶。我们推测像GLUT1这样一个具有高活性的转运蛋白(31)有可能形成多种可变构象进而妨碍结晶。为了解决这个问题,我们查看了关于GLUT1突变体的文献,目的是找个能将GLUT1这个单向转运体锁定在某种特定构象的突变体。结果发现了有一个单一的错义突变,E329Q(在第329位将谷氨酸变成了谷胱酰胺),以前有人发现这个突变可以将GLUT1锁在内向构象(32)。

我们最终成功地得到了同时含有N45T和E329Q两个突变的全长GLUT1的晶体。晶体出现在C2中空间组,其中一些晶体在同步辐射源处衍射X射线超过了3.2A°。 然后我们用XylE的N和C域的坐标为模型加上分子置换法确定了GLUT1的结构。最终的原子模型被改进到3.2A?分辨率(见附加数据图1和附加数据表1)。(译注:分子置换法 - 当某个氨基酸残基在晶体中的构象未解的情况下,用已知的高度类似氨基酸残基的分子的构象来替代或推测,是晶体学上常用的方法之一)

在GLUT1结构中,第9-455位氨基酸残基构成了典型的MFS折叠,而C端部分可能是因为在这种构象中具有固有的灵活性而处在不可见状态(图1)。 N和C结构域包围着一个通向细胞内侧的腔(译注:糖通道)。因此,结构显示的是一个朝内开的构象,与预测的GLUT1(E329Q)状态一致(32)。值得注意的是,N和C结构域通过一个有四个短的α-螺旋构成的细胞内螺旋束(ICH)连接起来(图1)。有趣的是,ICH结构域在XylE和GlcP这两个糖转运体成员的结构中也能够观察的到,而在其他MFS转运蛋白中却没有观察到,这表明ICH可能是糖转运体小家族的一个特有的特征(25)。

 

图1 |人葡萄糖转运蛋白GLUT1的总体结构。含有两个突变点(N45T,E329Q)的全长人GLUT1的结构的朝内开的构象被确定。图中显示的是侧面和从细胞膜内角度看到的视图。相应的跨膜片段中的四个3螺旋重复的着色相同。细胞外和细胞内螺旋分别为蓝色和橙色。右侧显示的是用PyMol50计算的表面静电势的切面视图,以便于观察朝细胞内侧之腔。 IC表示细胞内螺旋。所有结构图都是用PYMOL绘制的。

对配体结合的影响

在原子模型的优化过程中,我们观察到在朝内开的空腔中出现一带有间断性尾巴的盘形电子密度(附加数据图2a)。由于我们在纯化和结晶GLUT1时用了0.4%(w / v)正壬基-β-D-吡喃葡萄糖苷(b-NG),那些观察到的电子密度可能来自于和GLUT1结合的b-NG分子,该分子所含的糖碰巧是GLUT1的底物。实际上,ab-NG分子和那些观察到的电子密度完全吻合,其中D-吡喃葡萄糖苷与大概位于膜中间的GLUT1的C结构域结合,而脂肪尾沿着上面提到的腔指向细胞内侧(扩展数据图2b,c)。

GLUT1和XylE的C域可以以1.244A?的均方根偏差叠加在138个对齐的Ca原子上。在结构域叠加时,结合在GLUT1上的b-NG的D-吡喃葡萄糖苷与结合在XylE上的D-葡萄糖重叠(附加数据图2d)。b-NG中的D-吡喃葡萄糖苷与C域边缘那些极性残基形成氢键(H键合)让人联想起了D-葡萄糖在XylE中的配位(参考文献28)(附加数据图2e)。 朝外开的GLUT1中的b-NG所含的D-吡喃葡萄糖苷和朝膜内开的XylE的D-葡萄糖的配位如此相似为这些转运体中有一个可从细胞膜两侧交替接入的单一糖结合位点的概念提供了佐证(27,33)。在朝外并部分封闭的XylE里,和D-葡萄糖配位的主要是那些位于C结构域的氨基酸残基(28)。而在朝内的GLUT1中,N结构域的残基没有参和与配体(也叫底物,就是糖)结合。这些观察表明提供底物结合的主要位点位于C结构域,而N结构域的相对运动让交替进入成为可能。(译注:这两段的意思是说在研究时偶然发现GLUT1晶体中有一个盘型电子云,结果是在分离纯化该蛋白时用的一个物质b-NG中所含的糖,该糖在GLUT1中的结合方式和葡萄糖在XylE中差不多,这种必然中有偶然的发现在科技史时有发生,说好听点是无心插柳柳成荫,说不好听点是瞎猫遇上死老鼠,真是好运气!可以想象小颜当时肯定高兴得手舞足蹈,那样子应该不亚于大阎当年用手比喇叭口时的神态。另外,N结构区和C结构区各有分工,C区用来和糖配体结合,而N区则负责翻转让转运腔变型,使之能在朝内和朝外开构象之间交替。)

疾病相关突变的定位

GLUT1的详细结构信息为解释和疾病相关的失活性突变的机制提供了分子基础(附加数据表2)。这些突变发生在GLUT1缺乏综合征患者,早发性癫痫,阵发性运动引起的运动障碍和家族性特发性全身性癫痫的病人身上 (12,34-44)。大多数的突变可能是那些具有功能性而非结构性作用的极性或带电荷的氨基酸。一旦发生那些能够破坏结构完整性的突变就可能导致GLUT1的功能完全丧失,进而引发死亡 (10)。

疾病衍生的突变多在GLUT1中的三个簇(图2)。第一簇是负责与底物结合的残基(图2和附加数据图2e);第二簇位于跨膜结构域和ICH结构域之间的界面处(图2和3);第三簇III包括那些衬在传输路径上的残基,它们主要是负责于N和C域在细胞外侧之间的互动(图2和4以及附加数据图3a)。底物结合残基的突变可能会影响D-葡萄糖的识别和运输能力(28,45)。下面,我们将主要对第二和第三簇进行分析,这将有助于了解GLUT1和其他糖转运体的运输机制。

 

图2 | GLUT1中致病突变的结构图。已经在GLUT1缺乏综合征和其他症状的患者中发现的突变的氨基酸残基显示为品红色。橙色圆圈和灰色和青色色调表示致病突变集中的三个主要残基簇。 N,C和ICH域分别为绿色,蓝色和黄色。后面的图中使用相同的颜色。附加数据表2有这些突变的细节。

ICH域的关键作用

在简单的模型中,MFS运输蛋白的交替接入可以通过N和C域的僵硬旋转实现(25,46)。通过对朝内开的GLUT1和朝外的XylE的结构比较我们发现N和C两域可进行大约16u同心旋转(图3a)。 GLUT1和XylE共享三个细胞内螺旋(附加数据图4a)。第一个细胞内螺旋(IC1)和第二个细胞内螺旋(IC2)与N域间保持相对确定的构象,而IC3在由朝外构象向朝内构象转变的域间旋转期间被拉向C域(图3b和附加数据图4b,c)。为了便于结构比较,我们将使用GLUT1残基编号来注释XylE中的保受性高的残基(图3c和附加数据图5)。来自GLUT1缺陷综合征的近一半突变是能引起结构域间接触并位于细胞质那一侧的一些氨基酸残基(图3c和扩展数据图5)。在朝外的XylE上,几个同GLUT1缺陷 - 综合征有关的氨基酸相应的残基参与了N结构域和位于膜内侧那一边的C结构域之间的互动,从而对该蛋白的朝外构象起到稳定作用(图2和3c)。在第五跨膜阈(TM5)的细胞内一端的153位置上的精氨酸残基上的那个胍集团可以和在IC5前面那个环上位于458位置上的赖氨酸上的羰基形成两个氢键氧键 。 IC2上位于212位置上精氨酸可与IC5上处于 461的谷氨酸互动。最明显的是,处于329的精氨酸似乎在维持XylE的外向构象中具有关键作用,它的羧酸基团接受两个来自第154的谷氨酸和155的赖氨酸的主链酰胺基团的氢键。这些氢键又被由第329位置上的天冬氨酸和第333位置上精氨酸之间的一对电荷稳定的氢键进一步加固。(译注:保守性高是指在某个蛋白中的某个或某些位点上氨基酸在不同物种中保持不变或很相似,这些保守的氨基酸往往是对维持结构或功能很重要的)

显然,这些在XylE中观察到的互动在GLUT1的朝内构象中并不存在(图3c)。 XylE中处于329的精氨酸在GLUT1中被谷氨酸所取代。假设GLUT1与XylE的互动相似,我们预计E329Q突变会削弱或消除位于154的甘氨酸和位于155的丙氨酸之间的氢键。因此,GLUT1(E329Q突变)可能有利于朝内构象,这是因为它如果向朝外构象变动就可能会遇到更大的能量障碍。按此思路,我们预测在该界面中替换其他残基可能会削弱细胞内侧N和C结构域之间的互动,因此会因不利于朝外构象的形成而对运输周期形成障碍。对第二簇突变的分析表明那些大概只有在糖转运体小家族才有的ICH结构域可能会是一种确保朝外构象时细胞内门紧闭的门闩。XylE朝外构象的跨膜区中只有少数的疏水残基参与N和C结构域之间互动就支持这一观点(附加数据图3b)。因此,由带电或极性ICH残基引起的不同域之间的接触对于交替时从细胞内侧关闭转运蛋白具有关键作用。

 

图3 | ICH结构域有紧固细胞内门的闩锁的作用。 a,朝内开的GLUT1与其大肠杆菌同源物XylE(PDB登录号4GC0)(28)的结构比较。 b,用它们各自的N结构域得到GLUT1和XylE的结构重叠图。为了清晰起见,GLUT1以三种颜色显示,XylE以灰色显示。 c,对 能促进细胞内侧域间相互作用的致病GLUT1残基的分析。左:朝内开的GLUT1的细胞内侧的致病残基的定位和相互作用。右图:朝外开的XylE中相应残基的相互作用网络。该组中显示的残基在GLUT1和XylE之间是“保留”的,致病残基着色并标记为品红色。 XylE残基是根据其在GLUT1中的对应物编号的。氢键由虚线表示。

细胞外门

在GLUT1朝内开的构象中,TM1和TM7在细胞外侧相互接触并够成细胞外门的主要部分(图4a)。值得一提的是,GLUT1和向外的XylE不同的是GLUT1的TM7在它的细胞外末端附近有一个额外的扭结(附加数据图4d)。还有就是能影响到多达四个氨基酸的一系列突变即N34I,N34S,N34Y,S294P,T295M和T310已经从GLUT1缺乏综合征患者中分出(附加数据表2)。 TM1上位于第34位点的天冬氨酸似乎是一个组织中心,它可以和在TM7上位于294位点的丝氨酸,295位点的苏氨酸以及TM8上第310位点的苏氨酸形成氢键(图4b)。这个在N和C结构域之间的氢键网络一起能够保证当GLUT1朝内时将配体结合位点与细胞外环境中隔开封闭。注意292酪氨酸 ,294的色氨酸和295位的苏氨酸残基,它们能和N域互动,但位于TM7周围的不连续螺旋段(图4b)。

在与疾病相关的氨基酸残基中,位于126位点上的精氨酸特别令人感兴趣。这是因为它在XylE中的对应氨基酸即位于133位点上的精氨酸可以和第27位点上的天冬氨酸形成了氢键网络,而这个天冬氨酸恰好是XylE朝外时和质子偶合的必需氨基酸残基(参考文献45)。 XylE中第27位的天冬氨酸在GLUT1中被第29位的天冬酰胺取代。值得注意的是, 在GLUT1朝内时,其中第126位的精氨酸并不与第29位的天冬酰胺的侧链相互作用(图4c)。更重要的是,第126位的精氨酸上的胍基团和TM7上的第292位上的酪氨酸的苯环距离大约6A?,可能形成阳离子-p相互作用,进一步加固GLUT1朝内开构象状态时的细胞外门(图4d)。

图4 |朝内开的GLUT1细胞外门的分析。 a,TM1和TM7构成朝内开的GLUT1中细胞外门的主要部分。 b,朝内开的GLUT1的细胞外侧的N和C结构域之间的互动由几个致病残基介导。插图中显示了氢键网络的特写视图。 c,比较GLUT1中致病残基Arg 126和XylE中相应残基Arg 133的局部相互作用。 XylE的残基是根据它们在GLUT1中的相对应的位点标记的,括号中是它们本身的天然位点数。在GLUT1的TM4上的Arg 126可以与C域的TM7上的Tyr 292形成阳离子-p相互作用,是细胞外门亲和力的来源。 GLUT1和XylE的结构根据它们各自的N结构域而叠加。

 

图5 | GLUT1的工作模型。这里显示的是根据交替接入模型的完整运输周期所需的 - 朝外开 (outward open),结合了配体闭塞(ligand- bound occluded),朝内开 (inward open),没有结合配体闭塞 (ligand-free occluded) - 的预测构象。本研究报道了GLUT1朝内开的构象。结合配体的,封闭的构象和没有结合配体封闭构象分别从两个XylE结构中朝外,部分闭塞和与配体结合状态(28)以及内,闭塞状态(29)预测。外开的结构仍有待拍摄。 ICH结构域被显示为闩锁,它加固朝外构象中的细胞内门。细胞外门包含来自TM1,TM4和TM7的一些残基,其由“朝内开”卡通中的红砖示出??。

讨论

人葡萄糖转运蛋白GLUT1的结构解析为理解它的功能机理奠定了一个基础。对一个质子非依赖性单向转运蛋白的GLUT1和一个质子同向转运体的细菌同系物XylE(后者的结构以经在不同的构象时被获取)(28,29)进行比较让对辅助扩散与主动转运的机理分析有了可能。这种分析得出的结论通常也适用于其他单向转运体和质子偶联转运体。在我们的结构分析和已经发表的生化数据的基础上,我们提出了GLUT1的工作模型(图5)。(译注:这一句是大阎最新纠经的地方,先说小颜怕他的导师,一直等到2014他死后才提模型,后来有说已经发表的生化资料没有给文献,前一个指控拿死人当护身符,可笑。后一个指控是因为没有细看文中的图五注解中的文献标识,分别为28和29。)

单向转运体只能催化底物向从高浓度向低浓度顺着浓度梯度运输。单向转运体完成一个运输周期的基本要素是构象转换。对GLUT1来说,由于穿膜基团(TMD)和细胞内螺旋束(ICH)之间的大量的互动,没有和配体结合的蛋白可能更喜欢形成朝外开的构象。在C域上的主点处的底物结合可以提供和N域额外的接触,引起细胞外侧的N域和C域关闭并导致已经和转运体结合的配体两面的那些氨基酸残基互动发生重新组合。当细胞外侧的N区域和C区域之间相互结合的亲和力(图4)超过了细胞内侧时(图3c),转运体可以切换到朝内开的构象。一旦GLUT1采用朝内开的构象,底物(配体)就会处于一个底物浓度很低的环境中,此时底物“结合/分离”的动态平衡倾向于底物分离(向细胞内释放底物即葡萄糖),释放了底物的单向转运体又能够回到朝外的状态。根据该模型预测,在没有结合底物或配体时,单向转运体比较偏向一种开放构象,而底物结合和分离是驱动单向转运体构象转换的动力。

质子同向转运体则利用跨膜质子的浓度梯度(也是被称为质子动力(47))以驱动一种逆底物浓度梯度而行的'爬坡'运输。被运输的质子和底物必须是同时同向而行的(偶联)。值得一提的是,XylE的第27位的天冬氨酸和GalP中相应的第32位的天冬氨酸(参考文献48)或GlcP中第22位的天冬氨酸(参考文献30)都在质子偶联中起关键作用。如果把XylE第27位的天冬氨酸突变为天冬酰胺(D27N)或在GalP中相应的第22为的天冬氨酸突变为天冬酰胺(D22N)就可使这些转运体失去同相转运能力,同时却不影响其防止逆流的能力(30,45)。 一般认为因天冬氨酸同质子结合所引起的结构变化与被天冬酰胺取代有相似的后果。因此GLUT1在第29位的那个和细菌类似物中关键天冬氨酸相似的天冬酰胺的所得的结构为了解质子同向转运体和质子结合的状态提供了机会。

关键天冬氨酸残基的质子化的结果和其在GLUT1中的对应物即第126位的天冬氨酸结构相似,其随后能够与C结构域中的芳族氨基酸残基形成阳离子-p相互作用,这可能触发由朝外开向朝内开构象的转变(图4c,d)。在这种不完全的过程中,可以将一个单向转运体视为一个永久质子化的同向转运体。然而,单向转运体在释放底物后能够从朝内开返回朝外开构象,同向转运体即使释放了底物在其去质子化之前不能经历构象转换,反之亦然(即,去质子化的同向转运体不能回到外向表面,除非底物解离)。对单向运输和同步器的运输机制的详细机理进一步了解还需要进行更多的生物化学和生物物理学研究。特别有待阐明的有去质子化,底物释放到高浓度环境中的耦合机制和同向转向器从朝内到朝外的构象的转换。

总之,我们报告了人们长期研究的人类葡萄糖转运蛋白GLUT1的晶体结构,这个让我们能准确地对那些和疾病有关的突变进行定位和潜在机理进行解释。 对GLUT1与XylE的结构比较分析为了解单向促进转运体和质子驱动同向促进转运体的转运机制提供了基础。 GLUT1,XylE和GlcP的结构提供了对糖类转运体的结构和机制理解的重要见解,这些糖类转运体不仅参与各种生物过程,还有生物技术应用价值(49)。该结构还能对以GLUT1和其它有重要生理功能的MFS糖转运蛋白为靶子进行药物开发起指导作用。

方法总结懒得没翻

METHODS SUMMARY To obtain a large quantity of GLUT1 protein suitable for crystallization trials, we exploited multiple recombinant expression systems, including E. coli, several yeast species, baculovirus-infected insect cells, and mammalian expression systems. On the basis of both protein yield and solution behaviour, insect cells were chosen for large-scale production of GLUT1. Treatment of the purified protein by deglycosylase resulted in shift to a lower band on SDS–PAGE by western blot, indicating post-translational glycosylation of GLUT1 during expression. To eliminate potential heterogeneity caused by glycosylation, we introduced a single point mutation,

N45T, in GLUT1. A second point mutation, E329Q, was introduced in the hope of stabilizing GLUT1 in a certain conformation. The full-length human GLUT1 variant (residues 1–492, N45T and E329Q) with a C-terminal 103 His tag was overexpressed in the High Five insect cells infected with baculoviruses. Forty-eight hours after viral infection, the cells were collected and disrupted using dounce homogenizer. The protein was extracted from membrane fraction with 2% (w/v) n-dodecyl-b-D-maltoside (DDM) at 4 uC for 2 h and purified with nickel affinity resin (Ni-NTA) in the presence of 0.05% (w/v) DDM and 5% glycerol (w/v). The protein eluted from Ni-NTA was concentrated to about 10 mg ml21 before applying to size-exclusion chromatography (Superdex-200; GE Healthcare) in the buffer containing 25 mM MES pH 6.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, and 0.4% (w/v) b-NG. The peakfractionswere collectedfor crystallization trials. Crystals appeared through the hanging-drop vapour diffusion method at 4 uC in the well buffer containing 30% (w/v) PEG400, 0.1 M MES pH 6.0, and 0.1 M MgCl2. Data sets were collected at Shanghai Synchrotron Radiation Facility (SSRF) beamline BL17U. The structure of GLUT1 was determined using molecular replacement with the coordinates of the N and C domains of XylE as separate searching models. Online Content Any additional Methods, Extended Data display items and Source Data are available in the online version of the paper; references unique to these sections appear only in the online paper. Received 26 January; accepted 1 April 2014. Published online 18 May 2014.

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50. DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System. http://www.pymol.org (2002).

Acknowledgements We thank J. He, L. Tang, F. Yu and S. Huang at Shanghai Synchrotron Radiation Facility (SSRF). This work was supported by funds from the Ministry of Science and Technology (grant number 2011CB910501), Projects 31321062-20131319400, 31125009 and 91017011 of the National Natural Science Foundation of China, and funds from Tsinghua-Peking Center for Life Sciences. The research of N.Y. was supported in part by an International Early Career Scientist grant from the Howard Hughes Medical Institute.

Author Contributions N.Y. conceived the project. D.D. and N.Y. designed all experiments. D.D., C.X., P.S., J.W., C.Y. and M.H. performed the experiments. All authors analysed the data and contributed to manuscript preparation. N.Y. wrote the manuscript. Author Information The X-ray crystallographic coordinates and structure factor files of human GLUT1(N45T/E329Q) have been deposited in the Protein Data Bank (PDB) with the accession code 4PYP. Reprints and permissions information is available at www.nature.com/reprints. The authors declare no competing financial interests. Readers are welcome to comment on the online version of the paper.

Correspondence and requests for materials should be addressed to N.Y. (nyan@tsinghua.edu.cn)

 

 

 

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评论
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'Eudora18' 的评论 : 谢谢提议。等我有时间了再弄吧!
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '雨女' 的评论 : haha, good point! :)
Eudora18 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : 建议你另文介绍本论文的Extended Data Figure 1 - 5和Extended Data Table 1。特别请稍稍详细介绍序列比对Extended Data Figure 5中5个序列对比。
雨女 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : 有关系呀。我那时后中国留学生少。才轮到我。而且我自己也不知道翻译的对不对。反正混过去了。现在谁还需要翻译。
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '老泉' 的评论 : thanks! :)
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '雨女' 的评论 : 不会吧? 再说这个和老嫩有什么关系? :)
老泉 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : very vivid
雨女 回复 悄悄话 同声传译厉害。姐也做过。为两国访问团体晚宴。不过现在不行了。老了。
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '雨女' 的评论 :

是的,不仅模型受到启发,连动作都是一样的,请看我是这样报道的:

"我想当时她肯定很兴奋的,兴奋到什么程度呢?兴奋到“一边喘气一边抹汗,然后把两胳膊合在一起,再把两手分开成喇叭口状。然后把两手的手指尖合在一起,手臂张开。反复重复这动作给人家看。”, 哈哈,你懂的!"
雨女 回复 悄悄话 真努力。翻译了一篇彦宁的论文,现在你从烦人上升到了烦先生。必须要保持啊。 写这句的时候,外面打了个雷。算是给你的掌声。翻译得不错。彦宁做了这么多工作。完全的抄袭应该不算吧。但是她可能借鉴了了老闫的模型。活着六六年的那个模型。但是老闫的模型对她的研究是有支持作用的。老闫很可惜的是当初没有把这个工作继续下去。如果老闫做了晶体结构。就没彦宁后来的研究了。科学很多都是人梯。
我们以前party。有个教授喝醉了。我问他怎么了。他说自己早就想到的东西被别人做了。还发在了nature。我就给我自己也蛮上一杯。跟他干了。然后我跟他说。聪明人不止你一个。想到没用。要动起来。还要动作快。其实他喝醉一次也就过去了。还有很多其他方向可以做。再说了life is more important!

不行了, 干正事去了。

Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'Rosaline' 的评论 : 谢谢! 哈哈,不过城里要不要我这种人要看问谁。But your comment means a lot to me!
Rosaline 回复 悄悄话 高度赞扬烦先生的敬业精神和科学态度!文学城应该多些烦先生这样的博主。
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'JessAB' 的评论 : Thanks for the nice comment! Good job with your most recent blog! Surprised that he has gone as far as accusing her of plagiarism. What he is doing is libel because he is FALSELY accusing her of plagiarism IN WRITING. Very sad! :)
https://www.alllaw.com/articles/nolo/personal-injury/legal-recourse-falsely-accused-crime.html
JessAB 回复 悄悄话 It’s not a trivial task to translate Nieng’s paper into chinese. I think you deserve a round of applause for that.
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : You are welcome! Happy reading! :)
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '老泉' 的评论 : 很多人宁愿糊里糊涂地活着!:)
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :

大谢! 辛苦了
老泉 回复 悄悄话 这样可以防止有人进一步断章取义,混淆视听。小城里有独立思考能力的人太少了。这个事情越来越像像文革做法。也可能不简单。
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 谢谢!有鸡毛短信,请查收!
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :

同声传译--太厉害了!

翻译得很好! 我也顺带偷学点术语:) 。

Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 哈哈,这个是我花时间最长的一篇文章,比我翻译搞基因宝宝那家伙的幻灯片的时间还长,足足用了我一个晚上。以前回国时时不时会帮人家当下同声传译,很久没有搞的,中文术语都生疏了。如果看见有错误或不懂的地方,请告诉我,我现在发现看英文比中文还容易。不过觉得还是译成中文更好,因为城里不少不懂英文专业术语的。:)
SwiperTheFox 回复 悄悄话 出手真快啊!
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