1333年,后醍醐天皇乘镰仓幕府势力衰微之机,联合不满幕府的武士贵族一举推翻了镰仓幕府。在此期间,足利尊氏实力强大,于1336年攻入京都,以其强大兵力夺取政权,自任征夷大将军,在京都室町建立幕府。同时建立完整的幕府统治机构,在中央设管领,协助将军总管幕府政务,其下设侍所、问注所、政所、评定众,统管幕府行政、司法和军务等。地方设关东管领、奥州探题、羽州探题、九州探题及守护,皆由足利一族充任。1392年,第三代将军足利义满时,结束了南北朝对峙局面,经济文化一度繁荣,形成几十年的稳定局面,始称室町幕府。应仁之乱(1467-1477)后,进入战国时代。群雄割据,战乱不休,并接连发生农民和市民的反封建斗争,幕府成了京都的地方政权。1573年织田信长将第十五代将军足利义昭从京都逐出,历时235年的幕府被推翻。室町幕府实际上是实护大名的联合政权,是由封建割据向中央集权制的过渡政权。在这个时代,佛教禅宗发挥了很大影响,茶道、花道等发展起来,中国宋朝的水墨画法广泛流行,建筑风格朴素庄重。