1170年,巴黎大学以圣母院教会学校为基础建立起来,当时只有教授和学生的一种集合体。由于罗马教皇的支持,使它成为阿尔卑斯山北部地区正统的神学教学中心。14世纪时,成为基督教世界著名的教学中心。它分为神学、教会法规、医学和人文学科四个系。16-17世纪期间,它下设不少学院,其中有1257年建立的巴黎大学神学院。法国大革命以后,巴黎大学隶属于“法国大学”(类似中央组织机构)而成为其中的一所学院。此后,神学系于1886年被撤销,又新设了科学系和药学系,教学完全成了世俗性的,摆脱了神学理论的控制。20世纪中期,法国成立国家公共教育部,取代了“法国大学”的职权,从此巴黎大学再度成为科学和知识的中心。学校的课程均由有名望的教授担任,全校有600多个教授职位,学生有2万人之多。经过20世纪60年代的一次教育改革,扩大了各学院的权利,学生也可以更多地参加学校的行政事务。