1938年5月,曾传芳到中央党校学习,同年11月,经中共中央批准,到苏联学习并治病。1941年经新疆迪化(今乌鲁木齐)准备回延安,因国民党封锁,道路不通,曾传芳化名张平,留新疆帮助工作。
此时,国内抗战已进入相持阶段,国民党顽固派不断掀起反共逆流,制造了震惊中外的“皖南事变”,中国共产党及其领导下的八路军、新四军处境维艰;国际上,由于苏联被卷入第二次世界大战,自身难保,无暇东顾,更不能为盛世才当局提供帮助。于是,新疆军阀盛世才决定更换门庭,背叛“反帝、亲苏、民平、清廉、和平、建设”六大政策,投靠蒋介石,大举反苏反共。
1942年9月初,盛世才借口“容易保护与免被国民党发觉”,先是将分住在羊毛湖、“新房子”招待所和八路军驻新疆办事处的中共党员全部集中在八户梁原土产公司的一个仓库院内,17日,又分批将他们软禁起来,曾传芳等在新疆的中共党员及其家属子女130余人全部失去自由。
软禁期间,曾传芳与被软禁的同志们一道,在以陈潭秋为主任,张子意为副主任,徐梦秋、马明方、方志纯、谢良、吕黎平为委员和总的学习委员会(简称学委会)的领导下,在驻地分会干事会组织下,继续开展整风学习,下定“富贵不能淫、威武不能屈、贫贱不能移”的决心,作好坐牢的思想准备。
1943年2月,盛世才先后将中共在新人员悉数投入第一、二、四监狱。原在航空队学习的转移到刘公馆拘禁,妇幼病残软禁在西河坝蒙哈柯学校。入狱后,狱中党组织总结了狱中学习、斗争的经验教训,提出了“无罪释放回延安”的斗争口号和“百子一条心”的团结斗争方针,以利于更好地开展狱中斗争。关押在第四监狱的人员先后进行了两次绝食斗争,公开暴露共产党员身份的15人被审讯,陈潭秋、毛泽民、林路基累遭严刑拷打,后被秘密杀害。他们的顽强斗争,表现了共产党人威武不屈、不畏强暴的高风亮节和坚贞节操,彻底粉碎了盛蒋特务的罪恶阴谋。
1944年夏秋之间,世界反法西斯战争胜利形势日趋明朗,盛世才为了进行新的政治投机,于8月下令逮捕了驻新疆国民党省党部人员,盛蒋矛盾激化。8月29日,蒋介石下令撤销新疆边防督办公署,盛世才调任国民政府农林部长,新疆省政府主席一职由吴忠信接任,在吴未到职前,暂由朱绍良代理。中共在新人员处境更加困难,所受迫害愈来愈烈。11月前后,国民党新疆当局下令将软禁的妇幼、病残人员全部投入第四监狱,34名航空队人员全部投入第二监狱。至此,中共在新人员主要分成两部分:男的监禁在第二监狱,女的监禁在第四监狱。
面对新形势和新情况,曾传芳等狱中全体同志,紧紧团结在以张子意、马明方、方志纯为首的党的领导核心周围,开展了三次反普遍审讯斗争和两次绝食斗争。
1944年底,国民政府军事委员会“清理积案审判团”到新疆,一面释放被关押的国民党和非中共人员,一面威逼利诱两手并用,逼迫中共人员投降,填表。对此,曾传芳等在党组织的领导下,进行了坚决斗争。在“政治信仰”栏中,填“拥护三民主义,信仰共产主义”;在“是否拥护蒋委员长”栏内,填“拥护蒋委员长抗战到底”;在“志愿”栏,填“坚决要求无条件集体释放回延安”。狱中斗争,使国民党第一次审讯的阴谋未能得逞。审讯团返回重庆,将中共在押人员移交省警务处继续审理,警务处对狱中中共人员迫害控制愈甚。为反抗迫害,党支部派出三名代表与狱方交涉,提出改善政治、生活待遇等六项要求,竟被诬蔑为“无理取闹”,三位代表被毒打后,被分别关进黑牢。为此狱中人员在党支部的领导下,于1945年3月15日开始绝食。绝食斗争进行了三日,狱方无奈,只得将三人放回,但又妄图将航空队人员分别监禁。被押中共人员众口一词,“宁死不分散”,“死也不让航空队的同志们出去”,同仇敌忾,迫使当局不得不让步基本答应所提要求。这次斗争,充分显示了“百子一条心”的威力,沉重打击了敌人在狱中的秩序,使敌人心惊胆战,惊呼“长此羁押,恐非善果”。
1945年7月,在国民党新疆当局主持下,对中共人员进行第二次普遍审讯。为抗议狱方的分散和侮辱打骂,曾传芳所在的男牢全体人员又进行了绝食斗争。绝食后,一些同志奄奄一息,监狱当局仍惨无人道地严刑拷打他们,甚至用从肛门灌进掺有辣椒面的牛奶的方法,让人死活不得。在生死关头,狱中全体人员只有一个信念:坚持到底,集体返回延安。绝食坚持了七天,狱方被迫停止刑讯,把调出隔离的人调回院里,大家才同意复食。后来监狱当局无可奈何地承认“提共党88名分别谈话劝其投诚,然结果仍执迷不悟”。对中共人员的第二次普遍审讯也遭到了失败。
1945年11月下旬,国民党新疆省警务处对关押在监狱中的中共人员进行了第三次普遍审讯。曾传芳在党组织的领导下,对审讯作了充分的准备。审讯时,据理驳斥各种造谣诬蔑,并申明中国共产党救国救民,绝不做危害国家和各族人民的事,八路军英勇抗日,不怕牺牲,举世皆知。这些回答,表示了曾传芳等共产党员宁死不屈,誓为共产主义斗争到底的决心。同时也有力地回击了国民党当局的诬蔑,粉碎了第三次普遍审讯的阴谋。
中共在新人员被软禁、关押之后,党中央曾进行多次营救。国共《双十协定》签订后,张治中出任新疆省主席。在张治中的帮助下,中共在新人员得以重返延安。1946年6月10日,曾传芳等被解除囚禁的140多名中共人员乘坐10辆大卡车,在张治中指派的刘亚哲将军精心安排下离开新疆。他们穿过戈壁荒漠,越过祁连山脉,冲破重重阻挠,历时一个月,终于在7月份来到延安地区。那天,延安天气晴朗,万里无云。当运送新疆同志的车队进入七里铺时,只见红旗招展,耳边锣鼓喧天,鞭炮齐鸣。五公里的夹道上,挤满了延安军民,热烈欢迎新疆监狱难友归来。朱德、任弼时、林伯渠等站在欢迎队伍的前列,热烈地鼓掌,并走上前去同新疆同志握手。第二天,《解放日报》对欢迎场面作了生动报道。毛泽东听说新疆同志胜利归来,激动不已。第二天一大早,他就从杨家岭乘坐吉普车,赶到位于延河边的中央党校看望大家。7月16日,中共中央办公厅遵照中央和毛泽东的指示,特地在杨家岭设宴为大家接风洗尘。新疆监狱归来人员回到延安后,被安排在中央党校二部休息和学习。经过三个月治疗、休养,新疆归来人员基本恢复健康。此时,蒋介石破坏国共和平谈判,开始发动全面内战,烽烟四起。难友们义愤填膺,强烈要求分配工作,奔赴新的战斗岗位。
根据局势发展,中央组织部按照中共中央指示,对新疆监狱归来人员,一律不作个人结论,只作集体结论。理由是:一、他们是由党中央设法营救,集体返回延安的,属于集体行动,而非个人行动;二、他们冲破千难万险回到延安,这本身就说明他们心向着党,向着革命;三、他们在狱中一直有党组织领导,统一行动,受到组织纪律约束;四、大规模内战已经开始,前方后方都急需干部,大家都要尽快走上战斗岗位,形势不允许再作个人结论。为慎重起见,中央组织部还派副部长安子文和干部处处长廖志高等到中央党校代表中共中央当众宣布:“新疆回来的同志,只作集体结论,不作个人结论。胜利回到延安的都是好同志。同志们在狱中党支部领导下,对敌斗争坚决,立场坚定,党籍在狱中依然保留,并计算党龄。”
然而,“文化大革命”开始后,以极“左”面目出现的林彪、康生、“四人帮”“怀疑一切,打倒一切”,鼓吹“凡是新中国成立前被国民党逮捕过的人,过去所做结论一律作废,重新审查”。于是,在席卷全国的“揪叛徒”的风潮中,“新疆马明方叛徒集团”也悄然出笼。1967年11月初,随着由吴法宪、李作鹏和叶群等领导的中央专案组第二办公室主管的中央“四三”专案组(意为新疆监狱问题的要害是1943年的问题)的成立,所谓“新疆马明方叛徒集团”被正式立案,对外代号“五二六”。经过康生审定,在当年被无条件释放返回延安的人员中,现已在党、政、军系统担任高级领导职务并有代表性的马明方、张子意、方志纯、高登榜等20人被列为该专案组直接审查的对象,其余均由所在单位“立案审查”。曾传芳被投进共产党自己的监狱,身心受到严重摧残。
1971年,“九一三”事件发生后,周恩来开始主持中央日常工作。不久,中央对当时遍及全国的各种冤假错案进行了清理、复查和平反。蒙冤负屈的马明方等同志也纷纷通过各种途径向中央申诉,给毛泽东、周恩来、叶剑英等党和国家领导人写信,反映受害情况,说明事实真相。1974年,毛泽东要求先把关着的人放出来,按不同情况分别结案。年底,中央三办奉命对“马明方案”进行复查、结案,于1975年3月写出了对该案的复审报告,从根本上否定了所谓“新疆马明方叛徒集团”的存在。报告上呈中央,周恩来阅后批示:把复审报告压缩到1500字左右,改为平反报告。中央三办按照周总理的指示,很快写出《关于新疆马明方案的平反报告》,呈报上级,中央办公厅于7月31日以中办发(1975)10号文件将该报告转发各省军级单位。曾传芳得到初步平反。文件下发后,虽然起了积极的作用,但平反尚留有一定的尾巴。在宣布平反的同时,却又说立案审查是因为“有人揭发”,“是完全必要的”,而且平反报告只限于对中央“过去已定为叛徒的应予平反”,而对当时全国各地立案审查的一百多人和受株连的大部分同志则没有认真予以平反。1980年6月24日,中共中央以中发(1980)65号文件,批准了中央组织部和解放军总政治部联合提出的关于为“新疆马明方案”平反的报告,该文件称:“事实证明,所谓‘新疆马明方叛徒集团案’,是林彪一伙和康生等人制造的一起冤案,应推倒强加给马明方、张子意等同志的一切不实之词,彻底平反,恢复名誉。”从此,曾传芳得到彻底平反昭雪。